Merge branch 'features/mchmmer' into features/mchmmer_merge_JAL-1950
[jalview.git] / src / jalview / ext / ensembl / Species.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ext.ensembl;
22
23 import java.util.HashSet;
24 import java.util.Set;
25
26 /**
27  * Selected species identifiers used by Ensembl
28  * 
29  * @author gmcarstairs
30  * @see http://rest.ensembl.org/info/species?content-type=text/xml
31  */
32 enum Species
33 {
34   /*
35    * using any suitably readable alias as the enum name; these are all
36    * valid species parameters to Ensembl REST services where applicable
37    */
38   human(true), mouse(true), s_cerevisiae(true), cow(false), pig(false),
39   rat(true), celegans(true), sheep(false), horse(false), gorilla(false),
40   rabbit(false), gibbon(false), dog(false), orangutan(false), xenopus(true),
41   chimpanzee(false), cat(false), zebrafish(true), chicken(true),
42   dmelanogaster(true);
43
44   static Set<Species> modelOrganisms = new HashSet<>();
45
46   static
47   {
48     for (Species s : values())
49     {
50       if (s.isModelOrganism())
51       {
52         modelOrganisms.add(s);
53       }
54     }
55   }
56   boolean modelOrganism;
57
58   private Species(boolean model)
59   {
60     this.modelOrganism = model;
61   }
62
63   boolean isModelOrganism()
64   {
65     return modelOrganism;
66   }
67
68   public static Set<Species> getModelOrganisms()
69   {
70     return modelOrganisms;
71   }
72 }