src/jalview/ext/forester/ForesterMatrix.java

   1 package jalview.ext.forester;
   2
   3 import jalview.datamodel.Sequence;
   4 import jalview.math.MatrixI;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.Writer;
   8 import java.text.DecimalFormat;
   9 import java.text.NumberFormat;
  10
  11 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
  12 import org.forester.util.ForesterUtil;
  13 import org.forester.util.IllegalFormatUseException;
  14
  15 public class ForesterMatrix implements DistanceMatrix
  16 {
  17   private final static NumberFormat PHYLIP_FORMATTER = new DecimalFormat(
  18           "0.000000"); // straight from forester
  19
  20
  21   private Sequence[] sequences;
  22
  23   private int width;
  24
  25   private int height;
  26
  27   private final double[][] values;
  28
  29   private String[] identifiers;
  30
  31   public ForesterMatrix(MatrixI jalviewInputMatrix,
  32           Sequence[] matrixSequences)
  33   {
  34     width = jalviewInputMatrix.width();
  35     height = jalviewInputMatrix.height();
  36     values = new double[width][height];
  37
  38     this.sequences = matrixSequences;
  39
  40
  41     if (width != height)
  42     {
  43       // some kind of warning?
  44     }
  45
  46
  47
  48   }
  49
  50
  51   @Override
  52   public String getIdentifier(int i)
  53   {
  54     // TODO Auto-generated method stub
  55     return null;
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public int getIndex(String identifier)
  60   {
  61     return 0;
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public int getSize()
  66   {
  67     return values.length;
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public double getValue(int col, int row)
  72   {
  73     return values[row][col];
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public void setIdentifier(int i, String identifier)
  78   {
  79     // TODO Auto-generated method stub
  80
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public void setValue(int col, int row, double distance)
  85   {
  86     values[row][col] = distance;
  87
  88   }
  89
  90   @Override
  91   public StringBuffer toStringBuffer(Format format)
  92   {
  93     // TODO Auto-generated method stub
  94     return null;
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public double[][] getValues()
  99   {
 100
 101     return values;
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public void write(Writer w) throws IOException // directly copied from
 106                                                  // forester
 107   {
 108     w.write("    ");
 109     w.write(getSize() + "");
 110     w.write(ForesterUtil.LINE_SEPARATOR);
 111     for (int row = 0; row < getSize(); ++row)
 112     {
 113       if (!ForesterUtil.isEmpty(getIdentifier(row)))
 114       {
 115         w.write(ForesterUtil.pad(getIdentifier(row), 10, ' ', false)
 116                 .toString());
 117         w.write(' ');
 118         w.write(' ');
 119       }
 120       else
 121       {
 122         throw new IllegalFormatUseException(
 123                 "Phylip format does not allow empty identifiers");
 124       }
 125       for (int col = 0; col < getSize(); ++col)
 126       {
 127         w.write(PHYLIP_FORMATTER.format(getValue(col, row)));
 128         if (col < (getSize() - 1))
 129         {
 130           w.write(' ');
 131           w.write(' ');
 132         }
 133       }
 134       if (row < (getSize() - 1))
 135       {
 136         w.write(ForesterUtil.LINE_SEPARATOR);
 137       }
 138     }
 139
 140   }
 141
 142
 143 }