src/jalview/ext/forester/ForesterMatrix.java

   1 package jalview.ext.forester;
   2
   3 import jalview.math.MatrixI;
   4
   5 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
   6
   7 public class ForesterMatrix implements DistanceMatrix
   8 {
   9   private MatrixI jalviewMatrix;
  10
  11   public ForesterMatrix(MatrixI jalviewInputMatrix)
  12   {
  13     this.jalviewMatrix = jalviewInputMatrix;
  14     if (jalviewMatrix.width() != jalviewMatrix.height())
  15     {
  16
  17     }
  18
  19   }
  20
  21   @Override
  22   public String getIdentifier(int i)
  23   {
  24     // TODO Auto-generated method stub
  25     return null;
  26   }
  27
  28   @Override
  29   public int getIndex(String identifier)
  30   {
  31     return 0;
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public int getSize()
  36   {
  37     return jalviewMatrix.width();
  38   }
  39
  40   @Override
  41   public double getValue(int col, int row)
  42   {
  43     return jalviewMatrix.getValue(row, col);
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public void setIdentifier(int i, String identifier)
  48   {
  49     // TODO Auto-generated method stub
  50
  51   }
  52
  53   @Override
  54   public void setValue(int col, int row, double distance)
  55   {
  56     jalviewMatrix.setValue(row, col, distance);
  57
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public StringBuffer toStringBuffer(Format format)
  62   {
  63     // TODO Auto-generated method stub
  64     return null;
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public double[][] getValues()
  69   {
  70     // TODO Auto-generated method stub
  71     return null;
  72   }
  73
  74 }