src/jalview/ext/forester/ForesterMatrix.java

   1 package jalview.ext.forester;
   2
   3 import jalview.datamodel.Sequence;
   4 import jalview.math.MatrixI;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.Writer;
   8 import java.text.DecimalFormat;
   9 import java.text.NumberFormat;
  10
  11 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
  12 import org.forester.util.ForesterUtil;
  13 import org.forester.util.IllegalFormatUseException;
  14
  15 public class ForesterMatrix implements DistanceMatrix
  16 {
  17   private final static NumberFormat PHYLIP_FORMATTER = new DecimalFormat(
  18           "0.000000"); // straight from forester
  19
  20   private final MatrixI jalviewMatrix;
  21
  22   private final Sequence[] sequences;
  23
  24   private final double[][] values;
  25
  26   public ForesterMatrix(MatrixI jalviewInputMatrix,
  27           Sequence[] matrixSequences)
  28   {
  29     this.jalviewMatrix = jalviewInputMatrix;
  30     this.sequences = matrixSequences;
  31
  32     if (jalviewMatrix.width() != jalviewMatrix.height())
  33     {
  34       // some kind of warning?
  35     }
  36
  37     values = new double[jalviewMatrix.width()][jalviewMatrix.height()];
  38
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public String getIdentifier(int i)
  43   {
  44     // TODO Auto-generated method stub
  45     return null;
  46   }
  47
  48   @Override
  49   public int getIndex(String identifier)
  50   {
  51     return 0;
  52   }
  53
  54   @Override
  55   public int getSize()
  56   {
  57     return jalviewMatrix.width();
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public double getValue(int col, int row)
  62   {
  63     return jalviewMatrix.getValue(row, col);
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public void setIdentifier(int i, String identifier)
  68   {
  69     // TODO Auto-generated method stub
  70
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public void setValue(int col, int row, double distance)
  75   {
  76     jalviewMatrix.setValue(row, col, distance);
  77
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public StringBuffer toStringBuffer(Format format)
  82   {
  83     // TODO Auto-generated method stub
  84     return null;
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public double[][] getValues()
  89   {
  90
  91     return null;
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public void write(Writer w) throws IOException // directly copied from
  96                                                  // forester
  97   {
  98     w.write("    ");
  99     w.write(getSize() + "");
 100     w.write(ForesterUtil.LINE_SEPARATOR);
 101     for (int row = 0; row < getSize(); ++row)
 102     {
 103       if (!ForesterUtil.isEmpty(getIdentifier(row)))
 104       {
 105         w.write(ForesterUtil.pad(getIdentifier(row), 10, ' ', false)
 106                 .toString());
 107         w.write(' ');
 108         w.write(' ');
 109       }
 110       else
 111       {
 112         throw new IllegalFormatUseException(
 113                 "Phylip format does not allow empty identifiers");
 114       }
 115       for (int col = 0; col < getSize(); ++col)
 116       {
 117         w.write(PHYLIP_FORMATTER.format(getValue(col, row)));
 118         if (col < (getSize() - 1))
 119         {
 120           w.write(' ');
 121           w.write(' ');
 122         }
 123       }
 124       if (row < (getSize() - 1))
 125       {
 126         w.write(ForesterUtil.LINE_SEPARATOR);
 127       }
 128     }
 129
 130   }
 131
 132
 133 }