src/jalview/ext/forester/ForesterMatrix.java

   1 package jalview.ext.forester;
   2
   3 import jalview.datamodel.Sequence;
   4 import jalview.math.MatrixI;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.Writer;
   8 import java.text.DecimalFormat;
   9 import java.text.NumberFormat;
  10
  11 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
  12 import org.forester.util.ForesterUtil;
  13 import org.forester.util.IllegalFormatUseException;
  14
  15 public class ForesterMatrix implements DistanceMatrix
  16 {
  17   private final static NumberFormat PHYLIP_FORMATTER = new DecimalFormat(
  18           "0.000000"); // straight from forester
  19
  20   private final MatrixI jalviewMatrix;
  21
  22   private Sequence[] sequences;
  23
  24   private final double[][] values;
  25
  26   private String[] identifiers;
  27
  28   public ForesterMatrix(MatrixI jalviewInputMatrix,
  29           Sequence[] matrixSequences)
  30   {
  31     this.jalviewMatrix = jalviewInputMatrix;
  32     this.sequences = matrixSequences;
  33
  34
  35     if (jalviewMatrix.width() != jalviewMatrix.height())
  36     {
  37       // some kind of warning?
  38     }
  39
  40     values = new double[jalviewMatrix.width()][jalviewMatrix.height()];
  41
  42   }
  43
  44   public ForesterMatrix(MatrixI jalviewInputMatrix,
  45           String[] matrixIdentifiers)
  46   {
  47     this.jalviewMatrix = jalviewInputMatrix;
  48     this.identifiers = matrixIdentifiers;
  49
  50
  51     if (jalviewMatrix.width() != jalviewMatrix.height())
  52     {
  53       // some kind of warning?
  54     }
  55
  56     values = new double[jalviewMatrix.width()][jalviewMatrix.height()];
  57
  58   }
  59
  60   @Override
  61   public String getIdentifier(int i)
  62   {
  63     // TODO Auto-generated method stub
  64     return null;
  65   }
  66
  67   @Override
  68   public int getIndex(String identifier)
  69   {
  70     return 0;
  71   }
  72
  73   @Override
  74   public int getSize()
  75   {
  76     return jalviewMatrix.width();
  77   }
  78
  79   @Override
  80   public double getValue(int col, int row)
  81   {
  82     return jalviewMatrix.getValue(row, col);
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public void setIdentifier(int i, String identifier)
  87   {
  88     // TODO Auto-generated method stub
  89
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public void setValue(int col, int row, double distance)
  94   {
  95     jalviewMatrix.setValue(row, col, distance);
  96
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public StringBuffer toStringBuffer(Format format)
 101   {
 102     // TODO Auto-generated method stub
 103     return null;
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public double[][] getValues()
 108   {
 109
 110     return null;
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public void write(Writer w) throws IOException // directly copied from
 115                                                  // forester
 116   {
 117     w.write("    ");
 118     w.write(getSize() + "");
 119     w.write(ForesterUtil.LINE_SEPARATOR);
 120     for (int row = 0; row < getSize(); ++row)
 121     {
 122       if (!ForesterUtil.isEmpty(getIdentifier(row)))
 123       {
 124         w.write(ForesterUtil.pad(getIdentifier(row), 10, ' ', false)
 125                 .toString());
 126         w.write(' ');
 127         w.write(' ');
 128       }
 129       else
 130       {
 131         throw new IllegalFormatUseException(
 132                 "Phylip format does not allow empty identifiers");
 133       }
 134       for (int col = 0; col < getSize(); ++col)
 135       {
 136         w.write(PHYLIP_FORMATTER.format(getValue(col, row)));
 137         if (col < (getSize() - 1))
 138         {
 139           w.write(' ');
 140           w.write(' ');
 141         }
 142       }
 143       if (row < (getSize() - 1))
 144       {
 145         w.write(ForesterUtil.LINE_SEPARATOR);
 146       }
 147     }
 148
 149   }
 150
 151
 152 }