src/jalview/ext/forester/ForesterMatrix.java

   1 package jalview.ext.forester;
   2
   3 import jalview.datamodel.Sequence;
   4 import jalview.math.MatrixI;
   5
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.Writer;
   8 import java.text.DecimalFormat;
   9 import java.text.NumberFormat;
  10
  11 import org.forester.evoinference.matrix.distance.DistanceMatrix;
  12 import org.forester.util.ForesterUtil;
  13 import org.forester.util.IllegalFormatUseException;
  14
  15 public class ForesterMatrix implements DistanceMatrix
  16 {
  17   private final static NumberFormat PHYLIP_FORMATTER = new DecimalFormat(
  18           "0.000000"); // straight from forester
  19
  20   private final MatrixI jalviewMatrix;
  21
  22   private Sequence[] sequences;
  23
  24
  25   private String[] identifiers;
  26
  27   public ForesterMatrix(MatrixI jalviewInputMatrix,
  28           Sequence[] matrixSequences)
  29   {
  30     this.jalviewMatrix = jalviewInputMatrix;
  31     this.sequences = matrixSequences;
  32
  33
  34     if (jalviewMatrix.width() != jalviewMatrix.height())
  35     {
  36       // some kind of warning?
  37     }
  38
  39   }
  40
  41   public ForesterMatrix(MatrixI jalviewInputMatrix,
  42           String[] matrixIdentifiers)
  43   {
  44     this.jalviewMatrix = jalviewInputMatrix;
  45     this.identifiers = matrixIdentifiers;
  46
  47
  48     if (jalviewMatrix.width() != jalviewMatrix.height())
  49     {
  50       // some kind of warning?
  51     }
  52
  53
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public String getIdentifier(int i)
  58   {
  59     // TODO Auto-generated method stub
  60     return null;
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public int getIndex(String identifier)
  65   {
  66     return 0;
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public int getSize()
  71   {
  72     return jalviewMatrix.width();
  73   }
  74
  75   @Override
  76   public double getValue(int col, int row)
  77   {
  78     return jalviewMatrix.getValue(row, col);
  79   }
  80
  81   @Override
  82   public void setIdentifier(int i, String identifier)
  83   {
  84     // TODO Auto-generated method stub
  85
  86   }
  87
  88   @Override
  89   public void setValue(int col, int row, double distance)
  90   {
  91     jalviewMatrix.setValue(row, col, distance);
  92
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public StringBuffer toStringBuffer(Format format)
  97   {
  98     // TODO Auto-generated method stub
  99     return null;
 100   }
 101
 102   @Override
 103   public double[][] getValues()
 104   {
 105     return jalviewMatrix.getValues();
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public void write(Writer w) throws IOException // directly copied from
 110                                                  // forester
 111   {
 112     w.write("    ");
 113     w.write(getSize() + "");
 114     w.write(ForesterUtil.LINE_SEPARATOR);
 115     for (int row = 0; row < getSize(); ++row)
 116     {
 117       if (!ForesterUtil.isEmpty(getIdentifier(row)))
 118       {
 119         w.write(ForesterUtil.pad(getIdentifier(row), 10, ' ', false)
 120                 .toString());
 121         w.write(' ');
 122         w.write(' ');
 123       }
 124       else
 125       {
 126         throw new IllegalFormatUseException(
 127                 "Phylip format does not allow empty identifiers");
 128       }
 129       for (int col = 0; col < getSize(); ++col)
 130       {
 131         w.write(PHYLIP_FORMATTER.format(getValue(col, row)));
 132         if (col < (getSize() - 1))
 133         {
 134           w.write(' ');
 135           w.write(' ');
 136         }
 137       }
 138       if (row < (getSize() - 1))
 139       {
 140         w.write(ForesterUtil.LINE_SEPARATOR);
 141       }
 142     }
 143
 144   }
 145
 146
 147 }