src/jalview/ext/forester/io/ForesterParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.archaeopteryx.Tree;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   7
   8 import java.io.IOException;
   9
  10 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  11 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  12
  13 public class ForesterParser implements TreeParserI
  14 {
  15   private final PhylogenyParser parser;
  16
  17   private SequenceI[] seqs;
  18
  19   public ForesterParser(PhylogenyParser foresterParser)
  20   {
  21     parser = foresterParser;
  22   }
  23
  24   @Override
  25   public TreeI[] parse() throws IOException
  26   {
  27     Phylogeny[] foresterTrees = parser.parse();
  28     TreeI[] jalviewTrees = new TreeI[foresterTrees.length];
  29
  30     for (int i = 0; i < foresterTrees.length; i++)
  31     {
  32       jalviewTrees[i] = new Tree(foresterTrees[i]);
  33     }
  34     return jalviewTrees;
  35
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public void setSource(Object source) throws IOException
  40   {
  41     parser.setSource(source);
  42
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public String getName()
  47   {
  48     return parser.getName();
  49   }
  50 }