src/jalview/ext/forester/io/ForesterParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.Tree;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   6
   7 import java.io.File;
   8 import java.io.IOException;
   9
  10 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  11 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  12 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  13 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
  14 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  15
  16 public class ForesterParser
  17         implements TreeParserI
  18 {
  19   private final PhylogenyParser parser;
  20
  21   private TreeI[] parsedTrees;
  22
  23   protected ForesterParser(PhylogenyParser foresterParser, File file)
  24           throws PhylogenyParserException, IOException
  25   {
  26     parser = foresterParser;
  27     parser.setSource(file);
  28   }
  29
  30   public static ForesterParser createNexusParser(File file)
  31           throws PhylogenyParserException, IOException
  32   {
  33     return new ForesterParser(new NexusPhylogeniesParser(), file);
  34   }
  35
  36   public static ForesterParser createPhyloXmlParser(File file)
  37           throws PhylogenyParserException, IOException
  38   {
  39     // support non-xsd validating?
  40     return new ForesterParser(
  41             PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating(), file);
  42   }
  43
  44   // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create(foresterParser, source)
  45   @Override
  46   public TreeI[] parse() throws IOException
  47   {
  48     Phylogeny[] foresterTrees = parser.parse();
  49     parsedTrees = new TreeI[foresterTrees.length];
  50
  51     for (int i = 0; i < foresterTrees.length; i++)
  52     {
  53       parsedTrees[i] = new Tree(foresterTrees[i]);
  54     }
  55     return parsedTrees;
  56
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public void setSource(Object source) throws IOException
  61   {
  62     parser.setSource(source);
  63
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public String getName()
  68   {
  69     return parser.getName();
  70   }
  71
  72
  73   @Override
  74   public TreeI[] getParsedTrees()
  75   {
  76     return parsedTrees;
  77   }
  78 }