src/jalview/ext/forester/io/ForesterTreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.ArchaeopteryxInit;
   4 import jalview.gui.Desktop;
   5 import jalview.gui.JvOptionPane;
   6 import jalview.util.MessageManager;
   7 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
   8
   9 import java.io.File;
  10 import java.io.IOException;
  11
  12 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  13 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  14 import org.forester.util.ForesterUtil;
  15
  16 public class ForesterTreeParser implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
  17 {
  18   private final String filePath;
  19
  20   private final File file;
  21
  22   public ForesterTreeParser(final String treeFilePath)
  23   {
  24     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  25     if (possibleError != null)
  26     {
  27       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  28               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  29               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  30
  31     }
  32     filePath = treeFilePath;
  33     file = new File(filePath);
  34
  35
  36   }
  37
  38   public ForesterTreeParser(final File treeFile) throws IOException
  39   {
  40     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  41     if (possibleError != null)
  42     {
  43       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  44               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  45               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  46
  47     }
  48     file = treeFile;
  49     filePath = file.getCanonicalPath();
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public MainFrame loadTree(AlignmentViewport viewport)
  54   {
  55     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  56         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  57     MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  58     ArchaeopteryxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  59     return aptx;
  60
  61
  62   }
  63
  64 }
  65
  66
  67
  68
  69
  70