src/jalview/ext/forester/io/NexusFile.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   6 import jalview.io.AlignFile;
   7 import jalview.io.FileParse;
   8
   9 import java.io.File;
  10 import java.io.IOException;
  11
  12 public class NexusFile extends AlignFile
  13 {
  14
  15   public NexusFile(FileParse source) throws IOException
  16   {
  17     super(source);
  18   }
  19
  20   @Override
  21   public String print(SequenceI[] seqs, boolean jvsuffix)
  22   {
  23     // TODO Auto-generated method stub
  24     return null;
  25   }
  26
  27   @Override
  28   public void parse() throws IOException
  29   {
  30     TreeParserI parser = ForesterParser
  31             .createNexusParser(new File(getDataName()));
  32     TreeI[] trees = parser.parse();
  33     for (TreeI tree : trees) {
  34       for (SequenceI seq : tree.getNodeSequences()) {
  35         seqs.add(seq);
  36       }
  37     }
  38
  39   }
  40
  41 }