src/jalview/ext/forester/io/NexusFile.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.datamodel.SequenceI;
   4 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   6 import jalview.io.AlignFile;
   7 import jalview.io.FileParse;
   8
   9 import java.io.File;
  10 import java.io.IOException;
  11 import java.util.List;
  12
  13 public class NexusFile extends AlignFile
  14 {
  15
  16   public NexusFile(FileParse source) throws IOException
  17   {
  18     super(source);
  19   }
  20
  21   @Override
  22   public String print(SequenceI[] seqs, boolean jvsuffix)
  23   {
  24     // TODO Auto-generated method stub
  25     return null;
  26   }
  27
  28   /**
  29    * This does not properly work for Nexus yet as Forester's parser doesn't
  30    * parse the actual sequences to the tree.
  31    */
  32   @Override
  33   public void parse() throws IOException
  34   {
  35     TreeParserI parser = ForesterParser
  36             .createNexusParser(new File(getDataName()));
  37     TreeI[] trees = parser.parse();
  38     List<SequenceI> treeSeqs = trees[0].getNodeSequences();
  39     for (SequenceI seq : treeSeqs)
  40     {
  41         seqs.add(seq);
  42       }
  43     }
  44
  45   }
  46
  47