src/jalview/ext/forester/io/NexusParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   7 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   8 import jalview.io.AlignmentFileReaderI;
   9 import jalview.io.DataSourceType;
  10
  11 import java.io.IOException;
  12
  13 public class NexusParser implements TreeParserI, AlignmentFileReaderI
  14 {
  15
  16
  17   public NexusParser()
  18   {
  19
  20   }
  21
  22   @Override
  23   public TreeI[] parse() throws IOException
  24   {
  25     // TODO Auto-generated method stub
  26     return null;
  27   }
  28
  29   @Override
  30   public void setSource(Object source) throws IOException
  31   {
  32     // TODO Auto-generated method stub
  33
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public String getName()
  38   {
  39     // TODO Auto-generated method stub
  40     return null;
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public SequenceI[] getSeqsAsArray()
  45   {
  46     // TODO Auto-generated method stub
  47     return null;
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public void addAnnotations(AlignmentI al)
  52   {
  53     // TODO Auto-generated method stub
  54
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public void addGroups(AlignmentI al)
  59   {
  60     // TODO Auto-generated method stub
  61
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray)
  66   {
  67     // TODO Auto-generated method stub
  68
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public boolean hasWarningMessage()
  73   {
  74     // TODO Auto-generated method stub
  75     return false;
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public String getWarningMessage()
  80   {
  81     // TODO Auto-generated method stub
  82     return null;
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public String getInFile()
  87   {
  88     // TODO Auto-generated method stub
  89     return null;
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public DataSourceType getDataSourceType()
  94   {
  95     // TODO Auto-generated method stub
  96     return null;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme()
 101   {
 102     // TODO Auto-generated method stub
 103     return null;
 104   }
 105 }