src/jalview/ext/forester/io/NexusParser.java

   1 // package jalview.ext.forester.io;
   2 //
   3 // import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
   4 // import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 // import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 // import jalview.io.AlignmentFileReaderI;
   7 // import jalview.io.DataSourceType;
   8 //
   9 // import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  10 //
  11 // public class NexusParser extends ForesterParser
  12 // implements AlignmentFileReaderI
  13 // {
  14 // NexusPhylogeniesParser nxParser;
  15 //
  16 // public NexusParser()
  17 // {
  18 // nxParser = new NexusPhylogeniesParser();
  19 //
  20 // }
  21 //
  22 // @Override
  23 // public SequenceI[] getSeqsAsArray()
  24 // {
  25 // // TODO Auto-generated method stub
  26 // return null;
  27 // }
  28 //
  29 // @Override
  30 // public void addAnnotations(AlignmentI al)
  31 // {
  32 // // TODO Auto-generated method stub
  33 //
  34 // }
  35 //
  36 // @Override
  37 // public void addGroups(AlignmentI al)
  38 // {
  39 // // TODO Auto-generated method stub
  40 //
  41 // }
  42 //
  43 // @Override
  44 // public void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray)
  45 // {
  46 // // TODO Auto-generated method stub
  47 //
  48 // }
  49 //
  50 // @Override
  51 // public boolean hasWarningMessage()
  52 // {
  53 // // TODO Auto-generated method stub
  54 // return false;
  55 // }
  56 //
  57 // @Override
  58 // public String getWarningMessage()
  59 // {
  60 // // TODO Auto-generated method stub
  61 // return null;
  62 // }
  63 //
  64 // @Override
  65 // public String getInFile()
  66 // {
  67 // // TODO Auto-generated method stub
  68 // return null;
  69 // }
  70 //
  71 // @Override
  72 // public DataSourceType getDataSourceType()
  73 // {
  74 // // TODO Auto-generated method stub
  75 // return null;
  76 // }
  77 //
  78 // @Override
  79 // public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme()
  80 // {
  81 // // TODO Auto-generated method stub
  82 // return null;
  83 // }
  84 //
  85 //
  86 //
  87 // }