src/jalview/ext/forester/io/PhyloXMLParser.java

   1 // package jalview.ext.forester.io;
   2 //
   3 // import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
   4 // import jalview.datamodel.AlignmentI;
   5 // import jalview.datamodel.SequenceI;
   6 // import jalview.io.AlignmentFileReaderI;
   7 // import jalview.io.DataSourceType;
   8 //
   9 // import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  10 // import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  11 //
  12 // public class PhyloXMLParser extends ForesterParser
  13 // implements AlignmentFileReaderI
  14 // {
  15 // PhyloXmlParser phxmlParser = PhyloXmlParser
  16 // .createPhyloXmlParserXsdValidating();
  17 //
  18 // public PhyloXMLParser(PhylogenyParser foresterParser)
  19 // {
  20 // super(foresterParser);
  21 // }
  22 //
  23 // @Override
  24 // public SequenceI[] getSeqsAsArray()
  25 // {
  26 // // TODO Auto-generated method stub
  27 // return null;
  28 // }
  29 //
  30 // @Override
  31 // public void addAnnotations(AlignmentI al)
  32 // {
  33 // // TODO Auto-generated method stub
  34 //
  35 // }
  36 //
  37 // @Override
  38 // public void addGroups(AlignmentI al)
  39 // {
  40 // // TODO Auto-generated method stub
  41 //
  42 // }
  43 //
  44 // @Override
  45 // public void setSeqs(SequenceI[] sequencesArray)
  46 // {
  47 // // TODO Auto-generated method stub
  48 //
  49 // }
  50 //
  51 // @Override
  52 // public boolean hasWarningMessage()
  53 // {
  54 // // TODO Auto-generated method stub
  55 // return false;
  56 // }
  57 //
  58 // @Override
  59 // public String getWarningMessage()
  60 // {
  61 // // TODO Auto-generated method stub
  62 // return null;
  63 // }
  64 //
  65 // @Override
  66 // public String getInFile()
  67 // {
  68 // // TODO Auto-generated method stub
  69 // return null;
  70 // }
  71 //
  72 // @Override
  73 // public DataSourceType getDataSourceType()
  74 // {
  75 // // TODO Auto-generated method stub
  76 // return null;
  77 // }
  78 //
  79 // @Override
  80 // public FeatureSettingsModelI getFeatureColourScheme()
  81 // {
  82 // // TODO Auto-generated method stub
  83 // return null;
  84 // }
  85 //
  86 // }