src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.ArchaeopteryxInit;
   4
   5 import java.io.File;
   6 import java.io.IOException;
   7
   8 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
   9 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  10 import org.forester.util.ForesterUtil;
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  12 public class TreeParser
  13 {
  14   private final String filePath;
  15
  16   private final File file;
  17
  18   public TreeParser(String treeFilePath)
  19   {
  20     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  21     if (possibleError != null)
  22     {
  23       // something
  24     }
  25     filePath = treeFilePath;
  26     file = new File(filePath);
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  28
  29   }
  30
  31   public TreeParser(File treeFile) throws IOException
  32   {
  33     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  34     if (possibleError != null)
  35     {
  36       // something
  37     }
  38     file = treeFile;
  39     filePath = file.getCanonicalPath();
  40   }
  41
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  43   public void loadTree()
  44   {
  45     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  46         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  47     MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  48     ArchaeopteryxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  49
  50
  51   }
  52 }
  53
  54 /**
  55  * Mostly refactored from Archaeopteryx.main() and
  56  * MainFrameApplication.readPhylogeniesFromFile()
  57  */
  58 // boolean nhx_or_nexus = false;
  59 // Configuration config = new Configuration(
  60 // "_aptx_jalview_configuration_file", false, false, false);
  61 // try
  62 // {
  63 // final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType(
  64 // file, config.isValidatePhyloXmlAgainstSchema());
  65 //
  66 // if (p instanceof NHXParser)
  67 // {
  68 // nhx_or_nexus = true;
  69 // final NHXParser nhx = (NHXParser) p;
  70 // nhx.setReplaceUnderscores(false);
  71 // nhx.setIgnoreQuotes(false);
  72 // nhx.setTaxonomyExtraction(config.getTaxonomyExtraction());
  73 // }
  74 // else if (p instanceof NexusPhylogeniesParser)
  75 // {
  76 // nhx_or_nexus = true;
  77 // final NexusPhylogeniesParser nex = (NexusPhylogeniesParser) p;
  78 // nex.setReplaceUnderscores(config.isReplaceUnderscoresInNhParsing());
  79 // nex.setIgnoreQuotes(false);
  80 // }
  81 // else if (p instanceof PhyloXmlParser)
  82 // {
  83 //
  84 // }
  85 // Phylogeny[] phylogenies = PhylogenyMethods.readPhylogenies(p, file);
  86 // if (nhx_or_nexus
  87 // && config.isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing())
  88 // {
  89 // for (final Phylogeny phy : phylogenies)
  90 // {
  91 // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence(phy, "");
  92 //
  93 // }
  94 // }
  95 // }
  96 //
  97 // catch (IOException e)
  98 // {
  99 // // TODO Auto-generated catch block
 100 // e.printStackTrace();
 101 // }
 102 // }
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 108