src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.ArchaeopteryxInit;
   4 import jalview.gui.Desktop;
   5 import jalview.gui.JvOptionPane;
   6 import jalview.util.MessageManager;
   7
   8 import java.io.File;
   9 import java.io.IOException;
  10
  11 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  12 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  13 import org.forester.util.ForesterUtil;
  14
  15 public class TreeParser implements TreeParserI<MainFrame>
  16 {
  17   private final String filePath;
  18
  19   private final File file;
  20
  21   public TreeParser(final String treeFilePath)
  22   {
  23     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  24     if (possibleError != null)
  25     {
  26       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  27               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  28               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  29
  30     }
  31     filePath = treeFilePath;
  32     file = new File(filePath);
  33
  34
  35   }
  36
  37   public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  38   {
  39     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  40     if (possibleError != null)
  41     {
  42       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  43               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  44               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  45
  46     }
  47     file = treeFile;
  48     filePath = file.getCanonicalPath();
  49   }
  50
  51   @Override
  52   public MainFrame loadTree()
  53   {
  54     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  55         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  56     MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  57     ArchaeopteryxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  58     return aptx;
  59
  60
  61   }
  62
  63 }
  64
  65 /**
  66  * Mostly refactored from Archaeopteryx.main() and
  67  * MainFrameApplication.readPhylogeniesFromFile()
  68  */
  69 // boolean nhx_or_nexus = false;
  70 // Configuration config = new Configuration(
  71 // "_aptx_jalview_configuration_file", false, false, false);
  72 // try
  73 // {
  74 // final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType(
  75 // file, config.isValidatePhyloXmlAgainstSchema());
  76 //
  77 // if (p instanceof NHXParser)
  78 // {
  79 // nhx_or_nexus = true;
  80 // final NHXParser nhx = (NHXParser) p;
  81 // nhx.setReplaceUnderscores(false);
  82 // nhx.setIgnoreQuotes(false);
  83 // nhx.setTaxonomyExtraction(config.getTaxonomyExtraction());
  84 // }
  85 // else if (p instanceof NexusPhylogeniesParser)
  86 // {
  87 // nhx_or_nexus = true;
  88 // final NexusPhylogeniesParser nex = (NexusPhylogeniesParser) p;
  89 // nex.setReplaceUnderscores(config.isReplaceUnderscoresInNhParsing());
  90 // nex.setIgnoreQuotes(false);
  91 // }
  92 // else if (p instanceof PhyloXmlParser)
  93 // {
  94 //
  95 // }
  96 // Phylogeny[] phylogenies = PhylogenyMethods.readPhylogenies(p, file);
  97 // if (nhx_or_nexus
  98 // && config.isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing())
  99 // {
 100 // for (final Phylogeny phy : phylogenies)
 101 // {
 102 // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence(phy, "");
 103 //
 104 // }
 105 // }
 106 // }
 107 //
 108 // catch (IOException e)
 109 // {
 110 // // TODO Auto-generated catch block
 111 // e.printStackTrace();
 112 // }
 113 // }
 114
 115
 116
 117
 118
 119