src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.AptxInit;
   4 import jalview.gui.AlignViewport;
   5 //import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeParserI;
   6 import jalview.gui.Desktop;
   7 import jalview.gui.JvOptionPane;
   8 import jalview.io.NewickFile;
   9 import jalview.util.MessageManager;
  10
  11 import java.io.File;
  12 import java.io.IOException;
  13
  14 public class TreeParser // implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
  15 {
  16   private final String filePath;
  17
  18   private final File file;
  19
  20   public TreeParser(final String treeFilePath)
  21   {
  22
  23     filePath = treeFilePath;
  24     file = new File(filePath);
  25
  26   }
  27
  28   public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  29   {
  30     file = treeFile;
  31     filePath = file.getCanonicalPath();
  32   }
  33
  34   public void loadTree(AlignViewport viewport)
  35   {
  36
  37     NewickFile fin = null; // old tree
  38       try
  39       {
  40         AptxInit.createInstancesFromFile(filePath, viewport);
  41
  42       // fin = new NewickFile(filePath, DataSourceType.FILE);
  43       // viewport.setCurrentTree(viewport.getAlignPanel().alignFrame
  44       // .showNewickTree(fin, filePath).getTree());
  45
  46       } catch (Exception ex)
  47       {
  48         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, ex.getMessage(),
  49                 MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  50                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  51         ex.printStackTrace();
  52       }
  53     // if (fin != null && fin.hasWarningMessage())
  54     // {
  55     // JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
  56     // fin.getWarningMessage(),
  57     // MessageManager
  58     // .getString("label.possible_problem_with_tree_file"),
  59     // JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  60     // }
  61     }
  62   }
  63
  64
  65 //
  66 // @Override
  67 // public MainFrame loadTreeFile(AlignmentViewport viewport)
  68 // {
  69 // String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  70 // "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  71 // MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  72 //
  73 // LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  74 // viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  75 // aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  76 //
  77 // bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  78 //
  79 // new JalviewBinding(aptx, viewport, bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  80 // bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  81 //
  82 // AptxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  83 //
  84 // return aptx;
  85 //
  86 //
  87 // }
  88 // //
  89 // void readPhylogeniesFromURL() {
  90 // URL url = null;
  91 // Phylogeny[] phys = null;
  92 // final String message = "Please enter a complete URL, for example
  93 // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
  94 // final String url_string = JOptionPane
  95 // .showInputDialog( this,
  96 // message,
  97 // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
  98 // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
  99 // boolean nhx_or_nexus = false;
 100 // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
 101 // try {
 102 // url = new URL( url_string );
 103 // PhylogenyParser parser = null;
 104 // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 105 // parser = new TolParser();
 106 // }
 107 // else {
 108 // parser = ParserUtils
 109 // .createParserDependingOnUrlContents( url,
 110 // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 111 // }
 112 // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 113 // nhx_or_nexus = true;
 114 // }
 115 // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 116 // nhx_or_nexus = true;
 117 // }
 118 // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 119 // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 120 // }
 121 // else {
 122 // _mainpanel.setWaitCursor();
 123 // }
 124 // final PhylogenyFactory factory =
 125 // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 126 // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 127 // }
 128 // catch ( final MalformedURLException e ) {
 129 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 130 // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 131 // "Malformed URL",
 132 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 133 // }
 134 // catch ( final IOException e ) {
 135 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 136 // "Could not read from " + url + "\n"
 137 // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 138 // "Failed to read URL",
 139 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 140 // }
 141 // catch ( final Exception e ) {
 142 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 143 // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 144 // "Unexpected Exception",
 145 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 146 // }
 147 // finally {
 148 // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 149 // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 150 // }
 151 // else {
 152 // _mainpanel.setArrowCursor();
 153 // }
 154 // }
 155 // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 156 // if ( nhx_or_nexus &&
 157 // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 158 // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 159 // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 160 // }
 161 // }
 162 // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 163 // new File( url.getFile() ).getName(),
 164 // new File( url.getFile() ).toString(),
 165 // getConfiguration(),
 166 // getMainPanel() );
 167 // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 168 // }
 169 // }
 170 // activateSaveAllIfNeeded();
 171 // System.gc();
 172 // }
 173 //
 174 // }
 175 //
 176 //
 177 //
 178 //
 179 //
 180 //