src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.AptxInit;
   4 import jalview.gui.AlignViewport;
   5 //import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeParserI;
   6 import jalview.gui.Desktop;
   7 import jalview.gui.JvOptionPane;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.NewickFile;
  10 import jalview.util.MessageManager;
  11
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14
  15 public class TreeParser // implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
  16 {
  17   private final String filePath;
  18
  19   private final File file;
  20
  21   public TreeParser(final String treeFilePath)
  22   {
  23
  24     filePath = treeFilePath;
  25     file = new File(filePath);
  26
  27   }
  28
  29   public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  30   {
  31     file = treeFile;
  32     filePath = file.getCanonicalPath();
  33   }
  34
  35   public void loadTree(AlignViewport viewport)
  36   {
  37
  38     NewickFile fin = null; // old tree
  39       try
  40       {
  41         AptxInit.createInstancesFromFile(filePath, viewport);
  42
  43         fin = new NewickFile(filePath, DataSourceType.FILE);
  44         viewport.setCurrentTree(viewport.getAlignPanel().alignFrame
  45                 .showNewickTree(fin, filePath).getTree());
  46
  47       } catch (Exception ex)
  48       {
  49         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, ex.getMessage(),
  50                 MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  51                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  52         ex.printStackTrace();
  53       }
  54       if (fin != null && fin.hasWarningMessage())
  55       {
  56         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
  57                 fin.getWarningMessage(),
  58                 MessageManager
  59                         .getString("label.possible_problem_with_tree_file"),
  60                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  61       }
  62     }
  63   }
  64
  65
  66 //
  67 // @Override
  68 // public MainFrame loadTreeFile(AlignmentViewport viewport)
  69 // {
  70 // String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  71 // "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  72 // MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  73 //
  74 // LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  75 // viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  76 // aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  77 //
  78 // bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  79 //
  80 // new JalviewBinding(aptx, viewport, bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  81 // bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  82 //
  83 // AptxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  84 //
  85 // return aptx;
  86 //
  87 //
  88 // }
  89 // //
  90 // void readPhylogeniesFromURL() {
  91 // URL url = null;
  92 // Phylogeny[] phys = null;
  93 // final String message = "Please enter a complete URL, for example
  94 // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
  95 // final String url_string = JOptionPane
  96 // .showInputDialog( this,
  97 // message,
  98 // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
  99 // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
 100 // boolean nhx_or_nexus = false;
 101 // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
 102 // try {
 103 // url = new URL( url_string );
 104 // PhylogenyParser parser = null;
 105 // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 106 // parser = new TolParser();
 107 // }
 108 // else {
 109 // parser = ParserUtils
 110 // .createParserDependingOnUrlContents( url,
 111 // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 112 // }
 113 // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 114 // nhx_or_nexus = true;
 115 // }
 116 // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 117 // nhx_or_nexus = true;
 118 // }
 119 // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 120 // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 121 // }
 122 // else {
 123 // _mainpanel.setWaitCursor();
 124 // }
 125 // final PhylogenyFactory factory =
 126 // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 127 // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 128 // }
 129 // catch ( final MalformedURLException e ) {
 130 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 131 // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 132 // "Malformed URL",
 133 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 134 // }
 135 // catch ( final IOException e ) {
 136 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 137 // "Could not read from " + url + "\n"
 138 // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 139 // "Failed to read URL",
 140 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 141 // }
 142 // catch ( final Exception e ) {
 143 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 144 // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 145 // "Unexpected Exception",
 146 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 147 // }
 148 // finally {
 149 // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 150 // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 151 // }
 152 // else {
 153 // _mainpanel.setArrowCursor();
 154 // }
 155 // }
 156 // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 157 // if ( nhx_or_nexus &&
 158 // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 159 // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 160 // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 161 // }
 162 // }
 163 // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 164 // new File( url.getFile() ).getName(),
 165 // new File( url.getFile() ).toString(),
 166 // getConfiguration(),
 167 // getMainPanel() );
 168 // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 169 // }
 170 // }
 171 // activateSaveAllIfNeeded();
 172 // System.gc();
 173 // }
 174 //
 175 // }
 176 //
 177 //
 178 //
 179 //
 180 //
 181 //