src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 // package jalview.ext.forester.io;
   2 //
   3 // import jalview.ext.archaeopteryx.AptxInit;
   4 // import jalview.ext.archaeopteryx.JalviewBinding;
   5 // import jalview.ext.archaeopteryx.LoadedTreeAssociation;
   6 // import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeParserI;
   7 // import jalview.gui.Desktop;
   8 // import jalview.gui.JvOptionPane;
   9 // import jalview.util.MessageManager;
  10 // import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  11 //
  12 // import java.io.File;
  13 // import java.io.IOException;
  14 //
  15 // import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  16 // import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  17 // import org.forester.util.ForesterUtil;
  18 //
  19 // public class TreeParser implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
  20 // {
  21 // private final String filePath;
  22 //
  23 // private final File file;
  24 //
  25 // public TreeParser(final String treeFilePath)
  26 // {
  27 // final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  28 // if (possibleError != null)
  29 // {
  30 // JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  31 // MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  32 // JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  33 //
  34 // }
  35 // filePath = treeFilePath;
  36 // file = new File(filePath);
  37 //
  38 //
  39 // }
  40 //
  41 // public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  42 // {
  43 // final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  44 // if (possibleError != null)
  45 // {
  46 // JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  47 // MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  48 // JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  49 //
  50 // }
  51 // file = treeFile;
  52 // filePath = file.getCanonicalPath();
  53 // }
  54 //
  55 // @Override
  56 // public MainFrame loadTreeFile(AlignmentViewport viewport)
  57 // {
  58 // String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  59 // "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  60 // MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  61 //
  62 // LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  63 // viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  64 // aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  65 //
  66 // bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  67 //
  68 // new JalviewBinding(aptx, viewport, bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  69 // bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  70 //
  71 // AptxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  72 //
  73 // return aptx;
  74 //
  75 //
  76 // }
  77 // //
  78 // // void readPhylogeniesFromURL() {
  79 // // URL url = null;
  80 // // Phylogeny[] phys = null;
  81 // // final String message = "Please enter a complete URL, for example
  82 // // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
  83 // // final String url_string = JOptionPane
  84 // // .showInputDialog( this,
  85 // // message,
  86 // // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
  87 // // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
  88 // // boolean nhx_or_nexus = false;
  89 // // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
  90 // // try {
  91 // // url = new URL( url_string );
  92 // // PhylogenyParser parser = null;
  93 // // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
  94 // // parser = new TolParser();
  95 // // }
  96 // // else {
  97 // // parser = ParserUtils
  98 // // .createParserDependingOnUrlContents( url,
  99 // // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 100 // // }
 101 // // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 102 // // nhx_or_nexus = true;
 103 // // }
 104 // // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 105 // // nhx_or_nexus = true;
 106 // // }
 107 // // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 108 // // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 109 // // }
 110 // // else {
 111 // // _mainpanel.setWaitCursor();
 112 // // }
 113 // // final PhylogenyFactory factory =
 114 // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 115 // // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 116 // // }
 117 // // catch ( final MalformedURLException e ) {
 118 // // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 119 // // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 120 // // "Malformed URL",
 121 // // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 122 // // }
 123 // // catch ( final IOException e ) {
 124 // // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 125 // // "Could not read from " + url + "\n"
 126 // // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 127 // // "Failed to read URL",
 128 // // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 129 // // }
 130 // // catch ( final Exception e ) {
 131 // // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 132 // // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 133 // // "Unexpected Exception",
 134 // // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 135 // // }
 136 // // finally {
 137 // // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 138 // // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 139 // // }
 140 // // else {
 141 // // _mainpanel.setArrowCursor();
 142 // // }
 143 // // }
 144 // // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 145 // // if ( nhx_or_nexus &&
 146 // // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 147 // // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 148 // // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 149 // // }
 150 // // }
 151 // // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 152 // // new File( url.getFile() ).getName(),
 153 // // new File( url.getFile() ).toString(),
 154 // // getConfiguration(),
 155 // // getMainPanel() );
 156 // // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 157 // // }
 158 // // }
 159 // // activateSaveAllIfNeeded();
 160 // // System.gc();
 161 // // }
 162 //
 163 // }
 164 //
 165 //
 166 //
 167 //
 168 //
 169 //