src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.ArchaeopteryxInit;
   4 import jalview.gui.Desktop;
   5 import jalview.gui.JvOptionPane;
   6 import jalview.util.MessageManager;
   7
   8 import java.io.File;
   9 import java.io.IOException;
  10
  11 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  12 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  13 import org.forester.util.ForesterUtil;
  14
  15 public class TreeParser
  16 {
  17   private final String filePath;
  18
  19   private final File file;
  20
  21   public TreeParser(final String treeFilePath)
  22   {
  23     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  24     if (possibleError != null)
  25     {
  26       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  27               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  28               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  29
  30     }
  31     filePath = treeFilePath;
  32     file = new File(filePath);
  33
  34
  35   }
  36
  37   public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  38   {
  39     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  40     if (possibleError != null)
  41     {
  42       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  43               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  44               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  45
  46     }
  47     file = treeFile;
  48     filePath = file.getCanonicalPath();
  49   }
  50
  51   public MainFrame loadTree()
  52   {
  53     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  54         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  55     MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  56     ArchaeopteryxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  57     return aptx;
  58
  59
  60   }
  61 }
  62
  63 /**
  64  * Mostly refactored from Archaeopteryx.main() and
  65  * MainFrameApplication.readPhylogeniesFromFile()
  66  */
  67 // boolean nhx_or_nexus = false;
  68 // Configuration config = new Configuration(
  69 // "_aptx_jalview_configuration_file", false, false, false);
  70 // try
  71 // {
  72 // final PhylogenyParser p = ParserUtils.createParserDependingOnFileType(
  73 // file, config.isValidatePhyloXmlAgainstSchema());
  74 //
  75 // if (p instanceof NHXParser)
  76 // {
  77 // nhx_or_nexus = true;
  78 // final NHXParser nhx = (NHXParser) p;
  79 // nhx.setReplaceUnderscores(false);
  80 // nhx.setIgnoreQuotes(false);
  81 // nhx.setTaxonomyExtraction(config.getTaxonomyExtraction());
  82 // }
  83 // else if (p instanceof NexusPhylogeniesParser)
  84 // {
  85 // nhx_or_nexus = true;
  86 // final NexusPhylogeniesParser nex = (NexusPhylogeniesParser) p;
  87 // nex.setReplaceUnderscores(config.isReplaceUnderscoresInNhParsing());
  88 // nex.setIgnoreQuotes(false);
  89 // }
  90 // else if (p instanceof PhyloXmlParser)
  91 // {
  92 //
  93 // }
  94 // Phylogeny[] phylogenies = PhylogenyMethods.readPhylogenies(p, file);
  95 // if (nhx_or_nexus
  96 // && config.isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing())
  97 // {
  98 // for (final Phylogeny phy : phylogenies)
  99 // {
 100 // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence(phy, "");
 101 //
 102 // }
 103 // }
 104 // }
 105 //
 106 // catch (IOException e)
 107 // {
 108 // // TODO Auto-generated catch block
 109 // e.printStackTrace();
 110 // }
 111 // }
 112
 113
 114
 115
 116
 117