src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.AptxInit;
   4 import jalview.ext.archaeopteryx.JalviewBinding;
   5 import jalview.ext.archaeopteryx.LoadedTreeAssociation;
   6 import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeParserI;
   7 import jalview.gui.Desktop;
   8 import jalview.gui.JvOptionPane;
   9 import jalview.util.MessageManager;
  10 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  11
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14
  15 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  16 import org.forester.archaeopteryx.MainFrame;
  17 import org.forester.util.ForesterUtil;
  18
  19 public class TreeParser implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
  20 {
  21   private final String filePath;
  22
  23   private final File file;
  24
  25   public TreeParser(final String treeFilePath)
  26   {
  27     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  28     if (possibleError != null)
  29     {
  30       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  31               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  32               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  33
  34     }
  35     filePath = treeFilePath;
  36     file = new File(filePath);
  37
  38
  39   }
  40
  41   public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  42   {
  43     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  44     if (possibleError != null)
  45     {
  46       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  47               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  48               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  49
  50     }
  51     file = treeFile;
  52     filePath = file.getCanonicalPath();
  53   }
  54
  55   @Override
  56   public MainFrame loadTreeFile(AlignmentViewport viewport)
  57   {
  58     String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  59         "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  60     MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  61
  62     LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  63             viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  64             aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  65
  66     bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  67
  68     new JalviewBinding(aptx, viewport, bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  69             bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  70
  71     AptxInit.bindFrameToJalview(aptx);
  72
  73     return aptx;
  74
  75
  76   }
  77   //
  78   // void readPhylogeniesFromURL() {
  79   // URL url = null;
  80   // Phylogeny[] phys = null;
  81   // final String message = "Please enter a complete URL, for example
  82   // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
  83   // final String url_string = JOptionPane
  84   // .showInputDialog( this,
  85   // message,
  86   // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
  87   // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
  88   // boolean nhx_or_nexus = false;
  89   // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
  90   // try {
  91   // url = new URL( url_string );
  92   // PhylogenyParser parser = null;
  93   // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
  94   // parser = new TolParser();
  95   // }
  96   // else {
  97   // parser = ParserUtils
  98   // .createParserDependingOnUrlContents( url,
  99   // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 100   // }
 101   // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 102   // nhx_or_nexus = true;
 103   // }
 104   // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 105   // nhx_or_nexus = true;
 106   // }
 107   // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 108   // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 109   // }
 110   // else {
 111   // _mainpanel.setWaitCursor();
 112   // }
 113   // final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 114   // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 115   // }
 116   // catch ( final MalformedURLException e ) {
 117   // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 118   // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 119   // "Malformed URL",
 120   // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 121   // }
 122   // catch ( final IOException e ) {
 123   // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 124   // "Could not read from " + url + "\n"
 125   // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 126   // "Failed to read URL",
 127   // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 128   // }
 129   // catch ( final Exception e ) {
 130   // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 131   // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 132   // "Unexpected Exception",
 133   // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 134   // }
 135   // finally {
 136   // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 137   // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 138   // }
 139   // else {
 140   // _mainpanel.setArrowCursor();
 141   // }
 142   // }
 143   // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 144   // if ( nhx_or_nexus &&
 145   // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 146   // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 147   // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 148   // }
 149   // }
 150   // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 151   // new File( url.getFile() ).getName(),
 152   // new File( url.getFile() ).toString(),
 153   // getConfiguration(),
 154   // getMainPanel() );
 155   // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 156   // }
 157   // }
 158   // activateSaveAllIfNeeded();
 159   // System.gc();
 160   // }
 161
 162 }
 163
 164
 165
 166
 167
 168