src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.jmol;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.api.SequenceRenderer;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.StructureFile;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.structure.AtomSpec;
  36 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  39
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Container;
  42 import java.awt.event.ComponentEvent;
  43 import java.awt.event.ComponentListener;
  44 import java.io.File;
  45 import java.net.URL;
  46 import java.security.AccessControlException;
  47 import java.util.Hashtable;
  48 import java.util.List;
  49 import java.util.Map;
  50 import java.util.Vector;
  51
  52 import javajs.awt.Dimension;
  53
  54 import org.jmol.adapter.smarter.SmarterJmolAdapter;
  55 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  56 import org.jmol.api.JmolSelectionListener;
  57 import org.jmol.api.JmolStatusListener;
  58 import org.jmol.api.JmolViewer;
  59 import org.jmol.c.CBK;
  60 import org.jmol.script.T;
  61 import org.jmol.viewer.JC;
  62 import org.jmol.viewer.Viewer;
  63
  64 public abstract class JalviewJmolBinding extends AAStructureBindingModel
  65         implements JmolStatusListener, JmolSelectionListener,
  66         ComponentListener
  67 {
  68   boolean allChainsSelected = false;
  69
  70   /*
  71    * when true, try to search the associated datamodel for sequences that are
  72    * associated with any unknown structures in the Jmol view.
  73    */
  74   private boolean associateNewStructs = false;
  75
  76   Vector<String> atomsPicked = new Vector<String>();
  77
  78   public Vector<String> chainNames;
  79
  80   Hashtable<String, String> chainFile;
  81
  82   public String fileLoadingError;
  83
  84   /*
  85    * the default or current model displayed if the model cannot be identified
  86    * from the selection message
  87    */
  88   int frameNo = 0;
  89
  90   // protected JmolGenericPopup jmolpopup; // not used - remove?
  91
  92   String lastCommand;
  93
  94   String lastMessage;
  95
  96   boolean loadedInline;
  97
  98   /**
  99    * current set of model filenames loaded in the Jmol instance
 100    */
 101   String[] modelFileNames = null;
 102
 103   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
 104
 105   public Viewer viewer;
 106
 107   public JalviewJmolBinding(StructureSelectionManager ssm,
 108           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains,
 109           String protocol)
 110   {
 111     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
 112     /*
 113      * viewer = JmolViewer.allocateViewer(renderPanel, new SmarterJmolAdapter(),
 114      * "jalviewJmol", ap.av.applet .getDocumentBase(),
 115      * ap.av.applet.getCodeBase(), "", this);
 116      *
 117      * jmolpopup = JmolPopup.newJmolPopup(viewer, true, "Jmol", true);
 118      */
 119   }
 120
 121   public JalviewJmolBinding(StructureSelectionManager ssm,
 122           SequenceI[][] seqs, Viewer theViewer)
 123   {
 124     super(ssm, seqs);
 125
 126     viewer = theViewer;
 127     viewer.setJmolStatusListener(this);
 128     viewer.addSelectionListener(this);
 129   }
 130
 131   /**
 132    * construct a title string for the viewer window based on the data jalview
 133    * knows about
 134    *
 135    * @return
 136    */
 137   public String getViewerTitle()
 138   {
 139     return getViewerTitle("Jmol", true);
 140   }
 141
 142   /**
 143    * prepare the view for a given set of models/chains. chainList contains
 144    * strings of the form 'pdbfilename:Chaincode'
 145    *
 146    * @param chainList
 147    *          list of chains to make visible
 148    */
 149   public void centerViewer(Vector<String> chainList)
 150   {
 151     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 152     int mlength, p;
 153     for (String lbl : chainList)
 154     {
 155       mlength = 0;
 156       do
 157       {
 158         p = mlength;
 159         mlength = lbl.indexOf(":", p);
 160       } while (p < mlength && mlength < (lbl.length() - 2));
 161       // TODO: lookup each pdb id and recover proper model number for it.
 162       cmd.append(":" + lbl.substring(mlength + 1) + " /"
 163               + (1 + getModelNum(chainFile.get(lbl))) + " or ");
 164     }
 165     if (cmd.length() > 0)
 166     {
 167       cmd.setLength(cmd.length() - 4);
 168     }
 169     evalStateCommand("select *;restrict " + cmd + ";cartoon;center " + cmd);
 170   }
 171
 172   public void closeViewer()
 173   {
 174     viewer.acm.setModeMouse(JC.MOUSE_NONE);
 175     // remove listeners for all structures in viewer
 176     getSsm().removeStructureViewerListener(this, this.getPdbFile());
 177     // and shut down jmol
 178     viewer.evalStringQuiet("zap");
 179     viewer.setJmolStatusListener(null);
 180     lastCommand = null;
 181     viewer = null;
 182     releaseUIResources();
 183   }
 184
 185   public void colourByChain()
 186   {
 187     colourBySequence = false;
 188     // TODO: colour by chain should colour each chain distinctly across all
 189     // visible models
 190     // TODO: http://issues.jalview.org/browse/JAL-628
 191     evalStateCommand("select *;color chain");
 192   }
 193
 194   public void colourByCharge()
 195   {
 196     colourBySequence = false;
 197     evalStateCommand("select *;color white;select ASP,GLU;color red;"
 198             + "select LYS,ARG;color blue;select CYS;color yellow");
 199   }
 200
 201   /**
 202    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 203    * according to their corresponding positions.
 204    */
 205   public void superposeStructures(AlignmentI alignment)
 206   {
 207     superposeStructures(alignment, -1, null);
 208   }
 209
 210   /**
 211    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 212    * according to their corresponding positions. ded)
 213    *
 214    * @param refStructure
 215    *          - select which pdb file to use as reference (default is -1 - the
 216    *          first structure in the alignment)
 217    */
 218   public void superposeStructures(AlignmentI alignment, int refStructure)
 219   {
 220     superposeStructures(alignment, refStructure, null);
 221   }
 222
 223   /**
 224    * superpose the structures associated with sequences in the alignment
 225    * according to their corresponding positions. ded)
 226    *
 227    * @param refStructure
 228    *          - select which pdb file to use as reference (default is -1 - the
 229    *          first structure in the alignment)
 230    * @param hiddenCols
 231    *          TODO
 232    */
 233   public void superposeStructures(AlignmentI alignment, int refStructure,
 234           ColumnSelection hiddenCols)
 235   {
 236     superposeStructures(new AlignmentI[] { alignment },
 237             new int[] { refStructure },
 238             new ColumnSelection[] { hiddenCols });
 239   }
 240
 241   /**
 242    * Construct and send a command to align structures against a reference
 243    * structure, based on one or more sequence alignments
 244    *
 245    * @param _alignment
 246    *          an array of alignments to process
 247    * @param _refStructure
 248    *          an array of corresponding reference structures (index into pdb
 249    *          file array); if a negative value is passed, the first PDB file
 250    *          mapped to an alignment sequence is used as the reference for
 251    *          superposition
 252    * @param _hiddenCols
 253    *          an array of corresponding hidden columns for each alignment
 254    */
 255   public void superposeStructures(AlignmentI[] _alignment,
 256           int[] _refStructure, ColumnSelection[] _hiddenCols)
 257   {
 258     while (viewer.isScriptExecuting())
 259     {
 260       try
 261       {
 262         Thread.sleep(10);
 263       } catch (InterruptedException i)
 264       {
 265       }
 266       ;
 267     }
 268     String[] files = getPdbFile();
 269     if (!waitForFileLoad(files))
 270     {
 271       return;
 272     }
 273
 274     StringBuilder selectioncom = new StringBuilder(256);
 275     // In principle - nSeconds specifies the speed of animation for each
 276     // superposition - but is seems to behave weirdly, so we don't specify it.
 277     String nSeconds = " ";
 278     if (files.length > 10)
 279     {
 280       nSeconds = " 0.005 ";
 281     }
 282     else
 283     {
 284       nSeconds = " " + (2.0 / files.length) + " ";
 285       // if (nSeconds).substring(0,5)+" ";
 286     }
 287     // see JAL-1345 - should really automatically turn off the animation for
 288     // large numbers of structures, but Jmol doesn't seem to allow that.
 289     // nSeconds = " ";
 290     // union of all aligned positions are collected together.
 291     for (int a = 0; a < _alignment.length; a++)
 292     {
 293       int refStructure = _refStructure[a];
 294       AlignmentI alignment = _alignment[a];
 295       ColumnSelection hiddenCols = _hiddenCols[a];
 296       if (a > 0
 297               && selectioncom.length() > 0
 298               && !selectioncom.substring(selectioncom.length() - 1).equals(
 299                       "|"))
 300       {
 301         selectioncom.append("|");
 302       }
 303       // process this alignment
 304       if (refStructure >= files.length)
 305       {
 306         System.err.println("Invalid reference structure value "
 307                 + refStructure);
 308         refStructure = -1;
 309       }
 310
 311       /*
 312        * 'matched' array will hold 'true' for visible alignment columns where
 313        * all sequences have a residue with a mapping to the PDB structure
 314        */
 315       boolean matched[] = new boolean[alignment.getWidth()];
 316       for (int m = 0; m < matched.length; m++)
 317       {
 318         matched[m] = (hiddenCols != null) ? hiddenCols.isVisible(m) : true;
 319       }
 320
 321       SuperposeData[] structures = new SuperposeData[files.length];
 322       for (int f = 0; f < files.length; f++)
 323       {
 324         structures[f] = new SuperposeData(alignment.getWidth());
 325       }
 326
 327       /*
 328        * Calculate the superposable alignment columns ('matched'), and the
 329        * corresponding structure residue positions (structures.pdbResNo)
 330        */
 331       int candidateRefStructure = findSuperposableResidues(alignment,
 332               matched, structures);
 333       if (refStructure < 0)
 334       {
 335         /*
 336          * If no reference structure was specified, pick the first one that has
 337          * a mapping in the alignment
 338          */
 339         refStructure = candidateRefStructure;
 340       }
 341
 342       String[] selcom = new String[files.length];
 343       int nmatched = 0;
 344       for (boolean b : matched)
 345       {
 346         if (b)
 347         {
 348           nmatched++;
 349         }
 350       }
 351       if (nmatched < 4)
 352       {
 353         // TODO: bail out here because superposition illdefined?
 354       }
 355
 356       /*
 357        * generate select statements to select regions to superimpose structures
 358        */
 359       {
 360         for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 361         {
 362           String chainCd = ":" + structures[pdbfnum].chain;
 363           int lpos = -1;
 364           boolean run = false;
 365           StringBuilder molsel = new StringBuilder();
 366           molsel.append("{");
 367           for (int r = 0; r < matched.length; r++)
 368           {
 369             if (matched[r])
 370             {
 371               int pdbResNo = structures[pdbfnum].pdbResNo[r];
 372               if (lpos != pdbResNo - 1)
 373               {
 374                 // discontinuity
 375                 if (lpos != -1)
 376                 {
 377                   molsel.append(lpos);
 378                   molsel.append(chainCd);
 379                   molsel.append("|");
 380                 }
 381                 run = false;
 382               }
 383               else
 384               {
 385                 // continuous run - and lpos >-1
 386                 if (!run)
 387                 {
 388                   // at the beginning, so add dash
 389                   molsel.append(lpos);
 390                   molsel.append("-");
 391                 }
 392                 run = true;
 393               }
 394               lpos = pdbResNo;
 395             }
 396           }
 397           /*
 398            * add final selection phrase
 399            */
 400           if (lpos != -1)
 401           {
 402             molsel.append(lpos);
 403             molsel.append(chainCd);
 404             molsel.append("}");
 405           }
 406           if (molsel.length() > 1)
 407           {
 408             selcom[pdbfnum] = molsel.toString();
 409             selectioncom.append("((");
 410             selectioncom.append(selcom[pdbfnum].substring(1,
 411                     selcom[pdbfnum].length() - 1));
 412             selectioncom.append(" )& ");
 413             selectioncom.append(pdbfnum + 1);
 414             selectioncom.append(".1)");
 415             if (pdbfnum < files.length - 1)
 416             {
 417               selectioncom.append("|");
 418             }
 419           }
 420           else
 421           {
 422             selcom[pdbfnum] = null;
 423           }
 424         }
 425       }
 426       StringBuilder command = new StringBuilder(256);
 427       for (int pdbfnum = 0; pdbfnum < files.length; pdbfnum++)
 428       {
 429         if (pdbfnum == refStructure || selcom[pdbfnum] == null
 430                 || selcom[refStructure] == null)
 431         {
 432           continue;
 433         }
 434         command.append("echo ");
 435         command.append("\"Superposing (");
 436         command.append(structures[pdbfnum].pdbId);
 437         command.append(") against reference (");
 438         command.append(structures[refStructure].pdbId);
 439         command.append(")\";\ncompare " + nSeconds);
 440         command.append("{");
 441         command.append(Integer.toString(1 + pdbfnum));
 442         command.append(".1} {");
 443         command.append(Integer.toString(1 + refStructure));
 444         // conformation=1 excludes alternate locations for CA (JAL-1757)
 445         command.append(".1} SUBSET {(*.CA | *.P) and conformation=1} ATOMS ");
 446
 447         // for (int s = 0; s < 2; s++)
 448         // {
 449         // command.append(selcom[(s == 0 ? pdbfnum : refStructure)]);
 450         // }
 451         command.append(selcom[pdbfnum]);
 452         command.append(selcom[refStructure]);
 453         command.append(" ROTATE TRANSLATE;\n");
 454       }
 455       if (selectioncom.length() > 0)
 456       {
 457         System.out.println("Select regions:\n" + selectioncom.toString());
 458         evalStateCommand("select *; cartoons off; backbone; select ("
 459                 + selectioncom.toString() + "); cartoons; ");
 460         // selcom.append("; ribbons; ");
 461         String cmdString = command.toString();
 462         System.out.println("Superimpose command(s):\n" + cmdString);
 463
 464         evalStateCommand(cmdString);
 465       }
 466     }
 467     if (selectioncom.length() > 0)
 468     {// finally, mark all regions that were superposed.
 469       if (selectioncom.substring(selectioncom.length() - 1).equals("|"))
 470       {
 471         selectioncom.setLength(selectioncom.length() - 1);
 472       }
 473       System.out.println("Select regions:\n" + selectioncom.toString());
 474       evalStateCommand("select *; cartoons off; backbone; select ("
 475               + selectioncom.toString() + "); cartoons; ");
 476       // evalStateCommand("select *; backbone; select "+selcom.toString()+"; cartoons; center "+selcom.toString());
 477     }
 478   }
 479
 480   public void evalStateCommand(String command)
 481   {
 482     jmolHistory(false);
 483     if (lastCommand == null || !lastCommand.equals(command))
 484     {
 485       viewer.evalStringQuiet(command + "\n");
 486     }
 487     jmolHistory(true);
 488     lastCommand = command;
 489   }
 490
 491   /**
 492    * colour any structures associated with sequences in the given alignment
 493    * using the getFeatureRenderer() and getSequenceRenderer() renderers but only
 494    * if colourBySequence is enabled.
 495    */
 496   public void colourBySequence(AlignmentViewPanel alignmentv)
 497   {
 498     boolean showFeatures = alignmentv.getAlignViewport()
 499             .isShowSequenceFeatures();
 500     if (!colourBySequence || !isLoadingFinished())
 501     {
 502       return;
 503     }
 504     if (getSsm() == null)
 505     {
 506       return;
 507     }
 508     String[] files = getPdbFile();
 509
 510     SequenceRenderer sr = getSequenceRenderer(alignmentv);
 511
 512     FeatureRenderer fr = null;
 513     if (showFeatures)
 514     {
 515       fr = getFeatureRenderer(alignmentv);
 516     }
 517     AlignmentI alignment = alignmentv.getAlignment();
 518
 519     for (jalview.structure.StructureMappingcommandSet cpdbbyseq : getColourBySequenceCommands(
 520             files, sr, fr, alignment))
 521     {
 522       for (String cbyseq : cpdbbyseq.commands)
 523       {
 524         executeWhenReady(cbyseq);
 525       }
 526     }
 527   }
 528
 529   /**
 530    * @param files
 531    * @param sr
 532    * @param fr
 533    * @param alignment
 534    * @return
 535    */
 536   protected StructureMappingcommandSet[] getColourBySequenceCommands(
 537           String[] files, SequenceRenderer sr, FeatureRenderer fr,
 538           AlignmentI alignment)
 539   {
 540     return JmolCommands.getColourBySequenceCommand(getSsm(), files,
 541             getSequence(), sr, fr, alignment);
 542   }
 543
 544   /**
 545    * @param command
 546    */
 547   protected void executeWhenReady(String command)
 548   {
 549     evalStateCommand(command);
 550   }
 551
 552   public void createImage(String file, String type, int quality)
 553   {
 554     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 555   }
 556
 557   @Override
 558   public String createImage(String fileName, String type,
 559           Object textOrBytes, int quality)
 560   {
 561     System.out.println("JMOL CREATE IMAGE");
 562     return null;
 563   }
 564
 565   @Override
 566   public String eval(String strEval)
 567   {
 568     // System.out.println(strEval);
 569     // "# 'eval' is implemented only for the applet.";
 570     return null;
 571   }
 572
 573   // End StructureListener
 574   // //////////////////////////
 575
 576   @Override
 577   public float[][] functionXY(String functionName, int x, int y)
 578   {
 579     return null;
 580   }
 581
 582   @Override
 583   public float[][][] functionXYZ(String functionName, int nx, int ny, int nz)
 584   {
 585     // TODO Auto-generated method stub
 586     return null;
 587   }
 588
 589   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 590           String pdbfile)
 591   {
 592     if (getModelNum(pdbfile) < 0)
 593     {
 594       return null;
 595     }
 596     // TODO: verify atomIndex is selecting correct model.
 597     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex)); Jmol 12.2.4
 598     int colour = viewer.ms.at[atomIndex].atomPropertyInt(T.color);
 599     return new Color(colour);
 600   }
 601
 602   /**
 603    * returns the current featureRenderer that should be used to colour the
 604    * structures
 605    *
 606    * @param alignment
 607    *
 608    * @return
 609    */
 610   public abstract FeatureRenderer getFeatureRenderer(
 611           AlignmentViewPanel alignment);
 612
 613   /**
 614    * instruct the Jalview binding to update the pdbentries vector if necessary
 615    * prior to matching the jmol view's contents to the list of structure files
 616    * Jalview knows about.
 617    */
 618   public abstract void refreshPdbEntries();
 619
 620   private int getModelNum(String modelFileName)
 621   {
 622     String[] mfn = getPdbFile();
 623     if (mfn == null)
 624     {
 625       return -1;
 626     }
 627     for (int i = 0; i < mfn.length; i++)
 628     {
 629       if (mfn[i].equalsIgnoreCase(modelFileName))
 630       {
 631         return i;
 632       }
 633     }
 634     return -1;
 635   }
 636
 637   /**
 638    * map between index of model filename returned from getPdbFile and the first
 639    * index of models from this file in the viewer. Note - this is not trimmed -
 640    * use getPdbFile to get number of unique models.
 641    */
 642   private int _modelFileNameMap[];
 643
 644   // ////////////////////////////////
 645   // /StructureListener
 646   @Override
 647   public synchronized String[] getPdbFile()
 648   {
 649     if (viewer == null)
 650     {
 651       return new String[0];
 652     }
 653     if (modelFileNames == null)
 654     {
 655       String mset[] = new String[viewer.ms.mc];
 656       _modelFileNameMap = new int[mset.length];
 657       String m = viewer.ms.getModelFileName(0);
 658       if (m != null)
 659       {
 660         mset[0] = m;
 661         try
 662         {
 663           mset[0] = new File(m).getAbsolutePath();
 664         } catch (AccessControlException x)
 665         {
 666           // usually not allowed to do this in applet
 667           System.err
 668                   .println("jmolBinding: Using local file string from Jmol: "
 669                           + m);
 670         }
 671         if (mset[0].indexOf("/file:") != -1)
 672         {
 673           // applet path with docroot - discard as format won't match pdbfile
 674           mset[0] = m;
 675         }
 676         _modelFileNameMap[0] = 0; // filename index for first model is always 0.
 677       }
 678       int j = 1;
 679       for (int i = 1; i < mset.length; i++)
 680       {
 681         m = viewer.ms.getModelFileName(i);
 682         mset[j] = m;
 683         if (m != null)
 684         {
 685           try
 686           {
 687             mset[j] = new File(m).getAbsolutePath();
 688           } catch (AccessControlException x)
 689           {
 690             // usually not allowed to do this in applet, so keep raw handle
 691             // System.err.println("jmolBinding: Using local file string from Jmol: "+m);
 692           }
 693         }
 694         _modelFileNameMap[j] = i; // record the model index for the filename
 695         // skip any additional models in the same file (NMR structures)
 696         if ((mset[j] == null ? mset[j] != mset[j - 1]
 697                 : (mset[j - 1] == null || !mset[j].equals(mset[j - 1]))))
 698         {
 699           j++;
 700         }
 701       }
 702       modelFileNames = new String[j];
 703       System.arraycopy(mset, 0, modelFileNames, 0, j);
 704     }
 705     return modelFileNames;
 706   }
 707
 708   /**
 709    * map from string to applet
 710    */
 711   @Override
 712   public Map<String, Object> getRegistryInfo()
 713   {
 714     // TODO Auto-generated method stub
 715     return null;
 716   }
 717
 718   /**
 719    * returns the current sequenceRenderer that should be used to colour the
 720    * structures
 721    *
 722    * @param alignment
 723    *
 724    * @return
 725    */
 726   public abstract SequenceRenderer getSequenceRenderer(
 727           AlignmentViewPanel alignment);
 728
 729   // ///////////////////////////////
 730   // JmolStatusListener
 731
 732   public void handlePopupMenu(int x, int y)
 733   {
 734     // jmolpopup.show(x, y);
 735     // jmolpopup.jpiShow(x, y);
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Highlight zero, one or more atoms on the structure
 740    */
 741   @Override
 742   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 743   {
 744     if (atoms != null)
 745     {
 746       if (resetLastRes.length() > 0)
 747       {
 748         viewer.evalStringQuiet(resetLastRes.toString());
 749         resetLastRes.setLength(0);
 750       }
 751       for (AtomSpec atom : atoms)
 752       {
 753         highlightAtom(atom.getAtomIndex(), atom.getPdbResNum(),
 754                 atom.getChain(), atom.getPdbFile());
 755       }
 756     }
 757   }
 758
 759   // jmol/ssm only
 760   public void highlightAtom(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
 761           String pdbfile)
 762   {
 763     if (modelFileNames == null)
 764     {
 765       return;
 766     }
 767
 768     // look up file model number for this pdbfile
 769     int mdlNum = 0;
 770     // may need to adjust for URLencoding here - we don't worry about that yet.
 771     while (mdlNum < modelFileNames.length
 772             && !pdbfile.equals(modelFileNames[mdlNum]))
 773     {
 774       mdlNum++;
 775     }
 776     if (mdlNum == modelFileNames.length)
 777     {
 778       return;
 779     }
 780
 781     jmolHistory(false);
 782
 783     StringBuilder cmd = new StringBuilder(64);
 784     cmd.append("select " + pdbResNum); // +modelNum
 785
 786     resetLastRes.append("select " + pdbResNum); // +modelNum
 787
 788     cmd.append(":");
 789     resetLastRes.append(":");
 790     if (!chain.equals(" "))
 791     {
 792       cmd.append(chain);
 793       resetLastRes.append(chain);
 794     }
 795     {
 796       cmd.append(" /" + (mdlNum + 1));
 797       resetLastRes.append("/" + (mdlNum + 1));
 798     }
 799     cmd.append(";wireframe 100;" + cmd.toString() + " and not hetero;");
 800
 801     resetLastRes.append(";wireframe 0;" + resetLastRes.toString()
 802             + " and not hetero; spacefill 0;");
 803
 804     cmd.append("spacefill 200;select none");
 805
 806     viewer.evalStringQuiet(cmd.toString());
 807     jmolHistory(true);
 808
 809   }
 810
 811   boolean debug = true;
 812
 813   private void jmolHistory(boolean enable)
 814   {
 815     viewer.evalStringQuiet("History " + ((debug || enable) ? "on" : "off"));
 816   }
 817
 818   public void loadInline(String string)
 819   {
 820     loadedInline = true;
 821     // TODO: re JAL-623
 822     // viewer.loadInline(strModel, isAppend);
 823     // could do this:
 824     // construct fake fullPathName and fileName so we can identify the file
 825     // later.
 826     // Then, construct pass a reader for the string to Jmol.
 827     // ((org.jmol.Viewer.Viewer) viewer).loadModelFromFile(fullPathName,
 828     // fileName, null, reader, false, null, null, 0);
 829     viewer.openStringInline(string);
 830   }
 831
 832   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 833   {
 834     int pdbResNum;
 835     int alocsep = strInfo.indexOf("^");
 836     int mdlSep = strInfo.indexOf("/");
 837     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":"), chainSeparator1 = -1;
 838
 839     if (chainSeparator == -1)
 840     {
 841       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 842       if (mdlSep > -1 && mdlSep < chainSeparator)
 843       {
 844         chainSeparator1 = chainSeparator;
 845         chainSeparator = mdlSep;
 846       }
 847     }
 848     // handle insertion codes
 849     if (alocsep != -1)
 850     {
 851       pdbResNum = Integer.parseInt(strInfo.substring(
 852               strInfo.indexOf("]") + 1, alocsep));
 853
 854     }
 855     else
 856     {
 857       pdbResNum = Integer.parseInt(strInfo.substring(
 858               strInfo.indexOf("]") + 1, chainSeparator));
 859     }
 860     String chainId;
 861
 862     if (strInfo.indexOf(":") > -1)
 863     {
 864       chainId = strInfo.substring(strInfo.indexOf(":") + 1,
 865               strInfo.indexOf("."));
 866     }
 867     else
 868     {
 869       chainId = " ";
 870     }
 871
 872     String pdbfilename = modelFileNames[frameNo]; // default is first or current
 873     // model
 874     if (mdlSep > -1)
 875     {
 876       if (chainSeparator1 == -1)
 877       {
 878         chainSeparator1 = strInfo.indexOf(".", mdlSep);
 879       }
 880       String mdlId = (chainSeparator1 > -1) ? strInfo.substring(mdlSep + 1,
 881               chainSeparator1) : strInfo.substring(mdlSep + 1);
 882       try
 883       {
 884         // recover PDB filename for the model hovered over.
 885         int _mp = _modelFileNameMap.length - 1, mnumber = new Integer(mdlId)
 886                 .intValue() - 1;
 887         while (mnumber < _modelFileNameMap[_mp])
 888         {
 889           _mp--;
 890         }
 891         pdbfilename = modelFileNames[_mp];
 892         if (pdbfilename == null)
 893         {
 894           pdbfilename = new File(viewer.ms.getModelFileName(mnumber))
 895                   .getAbsolutePath();
 896         }
 897
 898       } catch (Exception e)
 899       {
 900       }
 901       ;
 902     }
 903     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(strInfo))
 904     {
 905       getSsm().mouseOverStructure(pdbResNum, chainId, pdbfilename);
 906     }
 907
 908     lastMessage = strInfo;
 909   }
 910
 911   public void notifyAtomHovered(int atomIndex, String strInfo, String data)
 912   {
 913     if (data != null)
 914     {
 915       System.err.println("Ignoring additional hover info: " + data
 916               + " (other info: '" + strInfo + "' pos " + atomIndex + ")");
 917     }
 918     mouseOverStructure(atomIndex, strInfo);
 919   }
 920
 921   /*
 922    * { if (history != null && strStatus != null &&
 923    * !strStatus.equals("Script completed")) { history.append("\n" + strStatus);
 924    * } }
 925    */
 926
 927   public void notifyAtomPicked(int atomIndex, String strInfo, String strData)
 928   {
 929     /**
 930      * this implements the toggle label behaviour copied from the original
 931      * structure viewer, MCView
 932      */
 933     if (strData != null)
 934     {
 935       System.err.println("Ignoring additional pick data string " + strData);
 936     }
 937     int chainSeparator = strInfo.indexOf(":");
 938     int p = 0;
 939     if (chainSeparator == -1)
 940     {
 941       chainSeparator = strInfo.indexOf(".");
 942     }
 943
 944     String picked = strInfo.substring(strInfo.indexOf("]") + 1,
 945             chainSeparator);
 946     String mdlString = "";
 947     if ((p = strInfo.indexOf(":")) > -1)
 948     {
 949       picked += strInfo.substring(p, strInfo.indexOf("."));
 950     }
 951
 952     if ((p = strInfo.indexOf("/")) > -1)
 953     {
 954       mdlString += strInfo.substring(p, strInfo.indexOf(" #"));
 955     }
 956     picked = "((" + picked + ".CA" + mdlString + ")|(" + picked + ".P"
 957             + mdlString + "))";
 958     jmolHistory(false);
 959
 960     if (!atomsPicked.contains(picked))
 961     {
 962       viewer.evalStringQuiet("select " + picked + ";label %n %r:%c");
 963       atomsPicked.addElement(picked);
 964     }
 965     else
 966     {
 967       viewer.evalString("select " + picked + ";label off");
 968       atomsPicked.removeElement(picked);
 969     }
 970     jmolHistory(true);
 971     // TODO: in application this happens
 972     //
 973     // if (scriptWindow != null)
 974     // {
 975     // scriptWindow.sendConsoleMessage(strInfo);
 976     // scriptWindow.sendConsoleMessage("\n");
 977     // }
 978
 979   }
 980
 981   @Override
 982   public void notifyCallback(CBK type, Object[] data)
 983   {
 984     try
 985     {
 986       switch (type)
 987       {
 988       case LOADSTRUCT:
 989         notifyFileLoaded((String) data[1], (String) data[2],
 990                 (String) data[3], (String) data[4],
 991                 ((Integer) data[5]).intValue());
 992
 993         break;
 994       case PICK:
 995         notifyAtomPicked(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1],
 996                 (String) data[0]);
 997         // also highlight in alignment
 998       case HOVER:
 999         notifyAtomHovered(((Integer) data[2]).intValue(), (String) data[1],
1000                 (String) data[0]);
1001         break;
1002       case SCRIPT:
1003         notifyScriptTermination((String) data[2],
1004                 ((Integer) data[3]).intValue());
1005         break;
1006       case ECHO:
1007         sendConsoleEcho((String) data[1]);
1008         break;
1009       case MESSAGE:
1010         sendConsoleMessage((data == null) ? ((String) null)
1011                 : (String) data[1]);
1012         break;
1013       case ERROR:
1014         // System.err.println("Ignoring error callback.");
1015         break;
1016       case SYNC:
1017       case RESIZE:
1018         refreshGUI();
1019         break;
1020       case MEASURE:
1021
1022       case CLICK:
1023       default:
1024         System.err.println("Unhandled callback " + type + " "
1025                 + data[1].toString());
1026         break;
1027       }
1028     } catch (Exception e)
1029     {
1030       System.err.println("Squashed Jmol callback handler error:");
1031       e.printStackTrace();
1032     }
1033   }
1034
1035   @Override
1036   public boolean notifyEnabled(CBK callbackPick)
1037   {
1038     switch (callbackPick)
1039     {
1040     case ECHO:
1041     case LOADSTRUCT:
1042     case MEASURE:
1043     case MESSAGE:
1044     case PICK:
1045     case SCRIPT:
1046     case HOVER:
1047     case ERROR:
1048       return true;
1049     default:
1050       return false;
1051     }
1052   }
1053
1054   // incremented every time a load notification is successfully handled -
1055   // lightweight mechanism for other threads to detect when they can start
1056   // referrring to new structures.
1057   private long loadNotifiesHandled = 0;
1058
1059   public long getLoadNotifiesHandled()
1060   {
1061     return loadNotifiesHandled;
1062   }
1063
1064   public void notifyFileLoaded(String fullPathName, String fileName2,
1065           String modelName, String errorMsg, int modelParts)
1066   {
1067     if (errorMsg != null)
1068     {
1069       fileLoadingError = errorMsg;
1070       refreshGUI();
1071       return;
1072     }
1073     // TODO: deal sensibly with models loaded inLine:
1074     // modelName will be null, as will fullPathName.
1075
1076     // the rest of this routine ignores the arguments, and simply interrogates
1077     // the Jmol view to find out what structures it contains, and adds them to
1078     // the structure selection manager.
1079     fileLoadingError = null;
1080     String[] oldmodels = modelFileNames;
1081     modelFileNames = null;
1082     chainNames = new Vector<String>();
1083     chainFile = new Hashtable<String, String>();
1084     boolean notifyLoaded = false;
1085     String[] modelfilenames = getPdbFile();
1086     // first check if we've lost any structures
1087     if (oldmodels != null && oldmodels.length > 0)
1088     {
1089       int oldm = 0;
1090       for (int i = 0; i < oldmodels.length; i++)
1091       {
1092         for (int n = 0; n < modelfilenames.length; n++)
1093         {
1094           if (modelfilenames[n] == oldmodels[i])
1095           {
1096             oldmodels[i] = null;
1097             break;
1098           }
1099         }
1100         if (oldmodels[i] != null)
1101         {
1102           oldm++;
1103         }
1104       }
1105       if (oldm > 0)
1106       {
1107         String[] oldmfn = new String[oldm];
1108         oldm = 0;
1109         for (int i = 0; i < oldmodels.length; i++)
1110         {
1111           if (oldmodels[i] != null)
1112           {
1113             oldmfn[oldm++] = oldmodels[i];
1114           }
1115         }
1116         // deregister the Jmol instance for these structures - we'll add
1117         // ourselves again at the end for the current structure set.
1118         getSsm().removeStructureViewerListener(this, oldmfn);
1119       }
1120     }
1121     refreshPdbEntries();
1122     for (int modelnum = 0; modelnum < modelfilenames.length; modelnum++)
1123     {
1124       String fileName = modelfilenames[modelnum];
1125       boolean foundEntry = false;
1126       StructureFile pdb = null;
1127       String pdbfile = null;
1128       // model was probably loaded inline - so check the pdb file hashcode
1129       if (loadedInline)
1130       {
1131         // calculate essential attributes for the pdb data imported inline.
1132         // prolly need to resolve modelnumber properly - for now just use our
1133         // 'best guess'
1134         pdbfile = viewer.getData("" + (1 + _modelFileNameMap[modelnum])
1135                 + ".0", "PDB");
1136       }
1137       // search pdbentries and sequences to find correct pdbentry for this
1138       // model
1139       for (int pe = 0; pe < getPdbCount(); pe++)
1140       {
1141         boolean matches = false;
1142         if (fileName == null)
1143         {
1144           if (false)
1145           // see JAL-623 - need method of matching pasted data up
1146           {
1147             pdb = getSsm().setMapping(getSequence()[pe], getChains()[pe],
1148                     pdbfile, AppletFormatAdapter.PASTE,
1149                     getIProgressIndicator());
1150             getPdbEntry(modelnum).setFile("INLINE" + pdb.getId());
1151             matches = true;
1152             foundEntry = true;
1153           }
1154         }
1155         else
1156         {
1157           File fl = new File(getPdbEntry(pe).getFile());
1158           matches = fl.equals(new File(fileName));
1159           if (matches)
1160           {
1161             foundEntry = true;
1162             // TODO: Jmol can in principle retrieve from CLASSLOADER but
1163             // this
1164             // needs
1165             // to be tested. See mantis bug
1166             // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36605
1167             String protocol = AppletFormatAdapter.URL;
1168             try
1169             {
1170               if (fl.exists())
1171               {
1172                 protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
1173               }
1174             } catch (Exception e)
1175             {
1176             } catch (Error e)
1177             {
1178             }
1179             // Explicitly map to the filename used by Jmol ;
1180             pdb = getSsm().setMapping(getSequence()[pe], getChains()[pe],
1181                     fileName, protocol, getIProgressIndicator());
1182             // pdbentry[pe].getFile(), protocol);
1183
1184           }
1185         }
1186         if (matches)
1187         {
1188           // add an entry for every chain in the model
1189           for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
1190           {
1191             String chid = new String(pdb.getId() + ":"
1192                     + pdb.getChains().elementAt(i).id);
1193             chainFile.put(chid, fileName);
1194             chainNames.addElement(chid);
1195           }
1196           notifyLoaded = true;
1197         }
1198       }
1199
1200       if (!foundEntry && associateNewStructs)
1201       {
1202         // this is a foreign pdb file that jalview doesn't know about - add
1203         // it to the dataset and try to find a home - either on a matching
1204         // sequence or as a new sequence.
1205         String pdbcontent = viewer.getData("/" + (modelnum + 1) + ".1",
1206                 "PDB");
1207         // parse pdb file into a chain, etc.
1208         // locate best match for pdb in associated views and add mapping to
1209         // ssm
1210         // if properly registered then
1211         notifyLoaded = true;
1212
1213       }
1214     }
1215     // FILE LOADED OK
1216     // so finally, update the jmol bits and pieces
1217     // if (jmolpopup != null)
1218     // {
1219     // // potential for deadlock here:
1220     // // jmolpopup.updateComputedMenus();
1221     // }
1222     if (!isLoadingFromArchive())
1223     {
1224       viewer.evalStringQuiet("model *; select backbone;restrict;cartoon;wireframe off;spacefill off");
1225     }
1226     // register ourselves as a listener and notify the gui that it needs to
1227     // update itself.
1228     getSsm().addStructureViewerListener(this);
1229     if (notifyLoaded)
1230     {
1231       FeatureRenderer fr = getFeatureRenderer(null);
1232       if (fr != null)
1233       {
1234         fr.featuresAdded();
1235       }
1236       refreshGUI();
1237       loadNotifiesHandled++;
1238     }
1239     setLoadingFromArchive(false);
1240   }
1241
1242   protected abstract IProgressIndicator getIProgressIndicator();
1243
1244   public void notifyNewPickingModeMeasurement(int iatom, String strMeasure)
1245   {
1246     notifyAtomPicked(iatom, strMeasure, null);
1247   }
1248
1249   public abstract void notifyScriptTermination(String strStatus,
1250           int msWalltime);
1251
1252   /**
1253    * display a message echoed from the jmol viewer
1254    *
1255    * @param strEcho
1256    */
1257   public abstract void sendConsoleEcho(String strEcho); /*
1258                                                          * { showConsole(true);
1259                                                          *
1260                                                          * history.append("\n" +
1261                                                          * strEcho); }
1262                                                          */
1263
1264   // /End JmolStatusListener
1265   // /////////////////////////////
1266
1267   /**
1268    * @param strStatus
1269    *          status message - usually the response received after a script
1270    *          executed
1271    */
1272   public abstract void sendConsoleMessage(String strStatus);
1273
1274   @Override
1275   public void setCallbackFunction(String callbackType,
1276           String callbackFunction)
1277   {
1278     System.err.println("Ignoring set-callback request to associate "
1279             + callbackType + " with function " + callbackFunction);
1280
1281   }
1282
1283   public void setJalviewColourScheme(ColourSchemeI cs)
1284   {
1285     colourBySequence = false;
1286
1287     if (cs == null)
1288     {
1289       return;
1290     }
1291
1292     jmolHistory(false);
1293     StringBuilder command = new StringBuilder(128);
1294     command.append("select *;color white;");
1295     List<String> residueSet = ResidueProperties.getResidues(isNucleotide(),
1296             false);
1297     for (String res : residueSet)
1298     {
1299       Color col = cs.findColour(res.charAt(0));
1300       command.append("select " + res + ";color[" + col.getRed() + ","
1301               + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
1302     }
1303
1304     evalStateCommand(command.toString());
1305     jmolHistory(true);
1306   }
1307
1308   public void showHelp()
1309   {
1310     showUrl("http://jmol.sourceforge.net/docs/JmolUserGuide/", "jmolHelp");
1311   }
1312
1313   /**
1314    * open the URL somehow
1315    *
1316    * @param target
1317    */
1318   public abstract void showUrl(String url, String target);
1319
1320   /**
1321    * called when the binding thinks the UI needs to be refreshed after a Jmol
1322    * state change. this could be because structures were loaded, or because an
1323    * error has occured.
1324    */
1325   public abstract void refreshGUI();
1326
1327   /**
1328    * called to show or hide the associated console window container.
1329    *
1330    * @param show
1331    */
1332   public abstract void showConsole(boolean show);
1333
1334   /**
1335    * @param renderPanel
1336    * @param jmolfileio
1337    *          - when true will initialise jmol's file IO system (should be false
1338    *          in applet context)
1339    * @param htmlName
1340    * @param documentBase
1341    * @param codeBase
1342    * @param commandOptions
1343    */
1344   public void allocateViewer(Container renderPanel, boolean jmolfileio,
1345           String htmlName, URL documentBase, URL codeBase,
1346           String commandOptions)
1347   {
1348     allocateViewer(renderPanel, jmolfileio, htmlName, documentBase,
1349             codeBase, commandOptions, null, null);
1350   }
1351
1352   /**
1353    *
1354    * @param renderPanel
1355    * @param jmolfileio
1356    *          - when true will initialise jmol's file IO system (should be false
1357    *          in applet context)
1358    * @param htmlName
1359    * @param documentBase
1360    * @param codeBase
1361    * @param commandOptions
1362    * @param consolePanel
1363    *          - panel to contain Jmol console
1364    * @param buttonsToShow
1365    *          - buttons to show on the console, in ordr
1366    */
1367   public void allocateViewer(Container renderPanel, boolean jmolfileio,
1368           String htmlName, URL documentBase, URL codeBase,
1369           String commandOptions, final Container consolePanel,
1370           String buttonsToShow)
1371   {
1372     if (commandOptions == null)
1373     {
1374       commandOptions = "";
1375     }
1376     viewer = (Viewer) JmolViewer.allocateViewer(renderPanel,
1377             (jmolfileio ? new SmarterJmolAdapter() : null), htmlName
1378                     + ((Object) this).toString(), documentBase, codeBase,
1379             commandOptions, this);
1380
1381     viewer.setJmolStatusListener(this); // extends JmolCallbackListener
1382
1383     console = createJmolConsole(consolePanel, buttonsToShow);
1384     if (consolePanel != null)
1385     {
1386       consolePanel.addComponentListener(this);
1387
1388     }
1389
1390   }
1391
1392   protected abstract JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
1393           Container consolePanel, String buttonsToShow);
1394
1395   protected org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface console = null;
1396
1397   public void setBackgroundColour(java.awt.Color col)
1398   {
1399     jmolHistory(false);
1400     viewer.evalStringQuiet("background [" + col.getRed() + ","
1401             + col.getGreen() + "," + col.getBlue() + "];");
1402     jmolHistory(true);
1403   }
1404
1405   @Override
1406   public Dimension resizeInnerPanel(String data)
1407   {
1408     // Jalview doesn't honour resize panel requests
1409     return null;
1410   }
1411
1412   /**
1413    *
1414    */
1415   protected void closeConsole()
1416   {
1417     if (console != null)
1418     {
1419       try
1420       {
1421         console.setVisible(false);
1422       } catch (Error e)
1423       {
1424       } catch (Exception x)
1425       {
1426       }
1427       ;
1428       console = null;
1429     }
1430   }
1431
1432   /**
1433    * ComponentListener method
1434    */
1435   @Override
1436   public void componentMoved(ComponentEvent e)
1437   {
1438   }
1439
1440   /**
1441    * ComponentListener method
1442    */
1443   @Override
1444   public void componentResized(ComponentEvent e)
1445   {
1446   }
1447
1448   /**
1449    * ComponentListener method
1450    */
1451   @Override
1452   public void componentShown(ComponentEvent e)
1453   {
1454     showConsole(true);
1455   }
1456
1457   /**
1458    * ComponentListener method
1459    */
1460   @Override
1461   public void componentHidden(ComponentEvent e)
1462   {
1463     showConsole(false);
1464   }
1465 }