src/jalview/ext/paradise/Annotate3D.java

   1 package jalview.ext.paradise;
   2
   3 import jalview.ws.HttpClientUtils;
   4
   5 import java.io.IOException;
   6 import java.io.InputStreamReader;
   7 import java.io.Reader;
   8 import java.io.StringReader;
   9 import java.net.URL;
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.Collection;
  12 import java.util.Iterator;
  13 import java.util.List;
  14
  15 import org.apache.http.NameValuePair;
  16 import org.apache.http.message.BasicNameValuePair;
  17 import org.json.simple.JSONArray;
  18 import org.json.simple.JSONObject;
  19 import org.json.simple.JSONStreamAware;
  20 import org.json.simple.parser.ContentHandler;
  21 import org.json.simple.parser.ParseException;
  22
  23 /**
  24  * simple methods for calling the various paradise RNA tools
  25  *
  26  * @author jimp
  27  *
  28  *         History: v1.0 revised from original due to refactoring of
  29  *         paradise-ubmc.u-strasbg.fr/webservices/annotate3d to
  30  *         http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d?tool=rnaview
  31  */
  32 public class Annotate3D
  33 {
  34   private static String twoDtoolsURL = "http://arn-ibmc.in2p3.fr/api/compute/2d";
  35   private static ContentHandler createContentHandler()
  36   {
  37     ContentHandler ch = new ContentHandler() {
  38
  39       @Override
  40       public void startJSON() throws ParseException, IOException
  41       {
  42         // TODO Auto-generated method stub
  43
  44       }
  45
  46       @Override
  47       public void endJSON() throws ParseException, IOException
  48       {
  49         // TODO Auto-generated method stub
  50
  51       }
  52
  53       @Override
  54       public boolean startObject() throws ParseException, IOException
  55       {
  56         // TODO Auto-generated method stub
  57         return false;
  58       }
  59
  60       @Override
  61       public boolean endObject() throws ParseException, IOException
  62       {
  63         // TODO Auto-generated method stub
  64         return false;
  65       }
  66
  67       @Override
  68       public boolean startObjectEntry(String key) throws ParseException,
  69               IOException
  70       {
  71         // TODO Auto-generated method stub
  72         return false;
  73       }
  74
  75       @Override
  76       public boolean endObjectEntry() throws ParseException, IOException
  77       {
  78         // TODO Auto-generated method stub
  79         return false;
  80       }
  81
  82       @Override
  83       public boolean startArray() throws ParseException, IOException
  84       {
  85         // TODO Auto-generated method stub
  86         return false;
  87       }
  88
  89       @Override
  90       public boolean endArray() throws ParseException, IOException
  91       {
  92         // TODO Auto-generated method stub
  93         return false;
  94       }
  95
  96       @Override
  97       public boolean primitive(Object value) throws ParseException,
  98               IOException
  99       {
 100         // TODO Auto-generated method stub
 101         return false;
 102       }
 103
 104     };
 105     return ch;
 106   }
 107   public static Iterator<Reader> getRNAMLForPDBFileAsString(String pdbfile)
 108           throws Exception
 109   {
 110     List<NameValuePair> vals = new ArrayList<NameValuePair>();
 111     vals.add(new BasicNameValuePair("tool", "rnaview"));
 112     vals.add(new BasicNameValuePair("data", pdbfile));
 113     vals.add(new BasicNameValuePair("output", "rnaml"));
 114     // return processJsonResponseFor(HttpClientUtils.doHttpUrlPost(twoDtoolsURL, vals));
 115     ArrayList<Reader> readers = new ArrayList<Reader>();
 116     readers.add(HttpClientUtils.doHttpUrlPost(twoDtoolsURL, vals));
 117     return readers.iterator();
 118
 119   }
 120   public static Iterator<Reader> processJsonResponseFor(Reader respons) throws Exception
 121   {
 122     org.json.simple.parser.JSONParser jp = new org.json.simple.parser.JSONParser();
 123     try {
 124       final JSONArray responses = (JSONArray) jp.parse(respons);
 125       final Iterator rvals = responses.iterator();
 126       return new Iterator<Reader>()
 127         {
 128           @Override
 129           public boolean hasNext()
 130           {
 131             return rvals.hasNext();
 132           }
 133           @Override
 134           public Reader next()
 135           {
 136             JSONObject val=(JSONObject) rvals.next();
 137
 138             Object sval = null;
 139             try {
 140               sval = val.get("2D");
 141             } catch (Exception x) {x.printStackTrace();};
 142             if (sval==null)
 143             {
 144               System.err.println("DEVELOPER WARNING: Annotate3d didn't return a '2D' tag in its response. Consider checking output of server. Response was :"+val.toString());
 145
 146               sval = "";
 147             }
 148             return new StringReader((sval instanceof JSONObject) ? ((JSONObject)sval).toString():sval.toString());
 149
 150           }@Override
 151           public void remove()
 152           {
 153             throw new Error("Remove: Not implemented");
 154
 155           }@Override
 156           protected Object clone() throws CloneNotSupportedException
 157           {
 158             throw new CloneNotSupportedException("Clone: Not implemented");
 159           }@Override
 160           public boolean equals(Object obj)
 161           {
 162             return super.equals(obj);
 163           }@Override
 164           protected void finalize() throws Throwable
 165           {
 166             while (rvals.hasNext())
 167             {
 168               rvals.next();
 169             }
 170             super.finalize();
 171           }
 172         };
 173     } catch (Exception foo)
 174     {
 175       throw new Exception("Couldn't parse response from Annotate3d server.",foo);
 176     }
 177
 178
 179   }
 180
 181   public static Iterator<Reader> getRNAMLForPDBId(String pdbid) throws Exception
 182   {
 183     List<NameValuePair> vals = new ArrayList<NameValuePair>();
 184     vals.add(new BasicNameValuePair("tool", "rnaview"));
 185     vals.add(new BasicNameValuePair("pdbid", pdbid));
 186     vals.add(new BasicNameValuePair("output", "rnaml"));
 187     java.net.URL geturl = new URL(twoDtoolsURL+"?tool=rnaview&pdbid="+pdbid+"&output=rnaml");
 188     //return processJsonResponseFor(new InputStreamReader(geturl.openStream()));
 189     ArrayList<Reader> readers = new ArrayList<Reader>();
 190     readers.add(new InputStreamReader(geturl.openStream()));
 191     return readers.iterator();
 192   }
 193
 194 }