src/jalview/ext/pymol/PymolCommands.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.pymol;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.Arrays;
  26 import java.util.List;
  27 import java.util.Map;
  28
  29 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  30 import jalview.structure.StructureCommand;
  31 import jalview.structure.StructureCommandI;
  32 import jalview.structure.StructureCommandsBase;
  33
  34 /**
  35  * A class that generates commands to send to PyMol over its XML-RPC interface.
  36  * <p>
  37  * Note that because the xml-rpc interface can only accept one command at a
  38  * time, we can't concatenate commands, and must instead form and send them
  39  * individually.
  40  *
  41  * @see https://pymolwiki.org/index.php/Category:Commands
  42  * @see https://pymolwiki.org/index.php/RPC
  43  */
  44 public class PymolCommands extends StructureCommandsBase
  45 {
  46   // https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?id=command:zoom
  47   // not currently documented on
  48   // https://pymolwiki.org/index.php/Category:Commands
  49   private static final StructureCommand FOCUS_VIEW = new StructureCommand(
  50           "zoom");
  51
  52   // https://pymolwiki.org/index.php/Quit
  53   private static final StructureCommand CLOSE_PYMOL = new StructureCommand(
  54           "quit");
  55
  56   // not currently documented on
  57   // https://pymolwiki.org/index.php/Category:Commands
  58   private static final StructureCommand COLOUR_BY_CHAIN = new StructureCommand(
  59           "spectrum", "chain");
  60
  61   private static final List<StructureCommandI> COLOR_BY_CHARGE = Arrays
  62           .asList(new StructureCommand("color", "white", "*"),
  63                   new StructureCommand("color", "red", "resn ASP resn GLU"),
  64                   new StructureCommand("color", "blue",
  65                           "resn LYS resn ARG"),
  66                   new StructureCommand("color", "yellow", "resn CYS"));
  67
  68   private static final List<StructureCommandI> SHOW_BACKBONE = Arrays
  69           .asList(new StructureCommand("hide", "everything"),
  70                   new StructureCommand("show", "ribbon"));
  71
  72   @Override
  73   public StructureCommandI colourByChain()
  74   {
  75     return COLOUR_BY_CHAIN;
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public List<StructureCommandI> colourByCharge()
  80   {
  81     return COLOR_BY_CHARGE;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public StructureCommandI setBackgroundColour(Color col)
  86   {
  87     // https://pymolwiki.org/index.php/Bg_Color
  88     return new StructureCommand("bg_color", getColourString(col));
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Returns a colour formatted suitable for use in viewer command syntax. For
  93    * example, red is {@code "0xff0000"}.
  94    *
  95    * @param c
  96    * @return
  97    */
  98   protected String getColourString(Color c)
  99   {
 100     return String.format("0x%02x%02x%02x", c.getRed(), c.getGreen(),
 101             c.getBlue());
 102   }
 103
 104   @Override
 105   public StructureCommandI focusView()
 106   {
 107     return FOCUS_VIEW;
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public List<StructureCommandI> showChains(List<String> toShow)
 112   {
 113     // https://pymolwiki.org/index.php/Show
 114     List<StructureCommandI> commands = new ArrayList<>();
 115     commands.add(new StructureCommand("hide", "everything"));
 116     commands.add(new StructureCommand("show", "lines"));
 117     StringBuilder chains = new StringBuilder();
 118     for (String chain : toShow)
 119     {
 120       chains.append(" chain ").append(chain);
 121     }
 122     commands.add(
 123             new StructureCommand("show", "cartoon", chains.toString()));
 124     return commands;
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public List<StructureCommandI> superposeStructures(AtomSpecModel refAtoms,
 129           AtomSpecModel atomSpec, AtomSpecType specType)
 130   {
 131
 132     // https://pymolwiki.org/index.php/Super
 133     List<StructureCommandI> commands = new ArrayList<>();
 134     String refAtomsAlphaOnly = "(" + getAtomSpec(refAtoms, specType)
 135             + " and (altloc '' or altloc 'a'))";
 136     String atomSpec2AlphaOnly = "(" + getAtomSpec(atomSpec, specType)
 137             + " and (altloc '' or altloc 'a'))";
 138     // pair_fit mobile -> reference
 139     // crashes when undo is enabled on 2.5.2 (incentive)
 140     commands.add(new StructureCommand("undo_disable"));
 141     commands.add(new StructureCommand("pair_fit", atomSpec2AlphaOnly,
 142             refAtomsAlphaOnly));
 143     commands.add(new StructureCommand("undo_enable"));
 144
 145     /*
 146      * and show superposed residues as cartoon
 147      */
 148     String refAtomsAll = getAtomSpec(refAtoms, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY);
 149     String atomSpec2All = getAtomSpec(atomSpec, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY);
 150     commands.add(new StructureCommand("show", "cartoon",
 151             refAtomsAll + " " + atomSpec2All));
 152
 153     return commands;
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public StructureCommandI openCommandFile(String path)
 158   {
 159     // https://pymolwiki.org/index.php/Run
 160     return new StructureCommand("run", path); // should be .pml
 161   }
 162
 163   @Override
 164   public StructureCommandI saveSession(String filepath)
 165   {
 166     // https://pymolwiki.org/index.php/Save#EXAMPLES
 167     return new StructureCommand("save", filepath); // should be .pse
 168   }
 169
 170   /**
 171    * Returns a selection string in PyMOL 'selection macro' format:
 172    *
 173    * <pre>
 174    * modelId// chain/residues/
 175    * </pre>
 176    *
 177    * If more than one chain, makes a selection expression for each, and they are
 178    * separated by spaces.
 179    *
 180    * @see https://pymolwiki.org/index.php/Selection_Macros
 181    */
 182   @Override
 183   public String getAtomSpec(AtomSpecModel model, AtomSpecType specType)
 184   {
 185     StringBuilder sb = new StringBuilder(64);
 186     boolean first = true;
 187     for (String modelId : model.getModels())
 188     {
 189       for (String chain : model.getChains(modelId))
 190       {
 191         if (!first)
 192         {
 193           sb.append(" ");
 194         }
 195         first = false;
 196         List<int[]> rangeList = model.getRanges(modelId, chain);
 197         chain = chain.trim();
 198         sb.append(modelId).append("//").append(chain).append("/");
 199         boolean firstRange = true;
 200         for (int[] range : rangeList)
 201         {
 202           if (!firstRange)
 203           {
 204             sb.append("+");
 205           }
 206           firstRange = false;
 207           sb.append(String.valueOf(range[0]));
 208           if (range[0] != range[1])
 209           {
 210             sb.append("-").append(String.valueOf(range[1]));
 211           }
 212         }
 213         sb.append("/");
 214         if (specType == AtomSpecType.ALPHA)
 215         {
 216           sb.append("CA");
 217         }
 218         if (specType == AtomSpecType.PHOSPHATE)
 219         {
 220           sb.append("P");
 221         }
 222       }
 223     }
 224     return sb.toString();
 225   }
 226
 227   @Override
 228   public List<StructureCommandI> showBackbone()
 229   {
 230     return SHOW_BACKBONE;
 231   }
 232
 233   @Override
 234   protected StructureCommandI colourResidues(String atomSpec, Color colour)
 235   {
 236     // https://pymolwiki.org/index.php/Color
 237     return new StructureCommand("color", getColourString(colour), atomSpec);
 238   }
 239
 240   @Override
 241   protected String getResidueSpec(String residue)
 242   {
 243     // https://pymolwiki.org/index.php/Selection_Algebra
 244     return "resn " + residue;
 245   }
 246
 247   @Override
 248   public StructureCommandI loadFile(String file)
 249   {
 250     return new StructureCommand("load", file);
 251   }
 252
 253   /**
 254    * Overrides the default implementation (which generates concatenated
 255    * commands) to generate one per colour (because the XML-RPC interface to
 256    * PyMOL only accepts one command at a time)
 257    *
 258    * @param colourMap
 259    * @return
 260    */
 261   @Override
 262   public List<StructureCommandI> colourBySequence(
 263           Map<Object, AtomSpecModel> colourMap)
 264   {
 265     List<StructureCommandI> commands = new ArrayList<>();
 266     for (Object key : colourMap.keySet())
 267     {
 268       Color colour = (Color) key;
 269       final AtomSpecModel colourData = colourMap.get(colour);
 270       commands.add(getColourCommand(colourData, colour));
 271     }
 272
 273     return commands;
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Returns a viewer command to set the given atom property value on atoms
 278    * specified by the AtomSpecModel, for example
 279    *
 280    * <pre>
 281    * iterate 4zho//B/12-34,48-55/CA,jv_chain='primary'
 282    * </pre>
 283    *
 284    * @param attributeName
 285    * @param attributeValue
 286    * @param atomSpecModel
 287    * @return
 288    */
 289   protected StructureCommandI setAttribute(String attributeName,
 290           String attributeValue, AtomSpecModel atomSpecModel)
 291   {
 292     StringBuilder sb = new StringBuilder(128);
 293     sb.append("p.").append(attributeName).append("='")
 294             .append(attributeValue).append("'");
 295     String atomSpec = getAtomSpec(atomSpecModel, AtomSpecType.RESIDUE_ONLY);
 296     return new StructureCommand("iterate", atomSpec, sb.toString());
 297   }
 298
 299   /**
 300    * Traverse the map of features/values/models/chains/positions to construct a
 301    * list of 'set property' commands (one per distinct feature type and value).
 302    * The values are stored in the 'p' dictionary of user-defined properties of
 303    * each atom.
 304    * <p>
 305    * The format of each command is
 306    *
 307    * <pre>
 308    * <blockquote> iterate atomspec, p.featureName='value'
 309    * e.g. iterate 4zho//A/23,28-29/CA, p.jv_Metal='Fe'
 310    * </blockquote>
 311    * </pre>
 312    *
 313    * @param featureMap
 314    * @return
 315    */
 316   @Override
 317   public List<StructureCommandI> setAttributes(
 318           Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureMap)
 319   {
 320     List<StructureCommandI> commands = new ArrayList<>();
 321     for (String featureType : featureMap.keySet())
 322     {
 323       String attributeName = makeAttributeName(featureType);
 324
 325       /*
 326        * todo: clear down existing attributes for this feature?
 327        */
 328       // commands.add(new StructureCommand("iterate", "all",
 329       // "p."+attributeName+"='None'"); //?
 330
 331       Map<Object, AtomSpecModel> values = featureMap.get(featureType);
 332       for (Object value : values.keySet())
 333       {
 334         /*
 335          * for each distinct value recorded for this feature type,
 336          * add a command to set the attribute on the mapped residues
 337          * Put values in single quotes, encoding any embedded single quotes
 338          */
 339         AtomSpecModel atomSpecModel = values.get(value);
 340         String featureValue = value.toString();
 341         featureValue = featureValue.replaceAll("\\'", "&#39;");
 342         StructureCommandI cmd = setAttribute(attributeName, featureValue,
 343                 atomSpecModel);
 344         commands.add(cmd);
 345       }
 346     }
 347
 348     return commands;
 349   }
 350
 351   @Override
 352   public StructureCommandI openSession(String filepath)
 353   {
 354     // https://pymolwiki.org/index.php/Load
 355     // this version of the command has no dependency on file extension
 356     return new StructureCommand("load", filepath, "", "0", "pse");
 357   }
 358
 359   @Override
 360   public StructureCommandI closeViewer()
 361   {
 362     // https://pymolwiki.org/index.php/Quit
 363     return CLOSE_PYMOL;
 364   }
 365
 366   @Override
 367   public List<StructureCommandI> centerViewOn(List<AtomSpecModel> residues)
 368   {
 369     // TODO Auto-generated method stub
 370     return null;
 371   }
 372
 373 }