src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.net.BindException;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Collections;
  30 import java.util.LinkedHashMap;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  35 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  36 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  37 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  38 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  39 import jalview.bin.Cache;
  40 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  41 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  42 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  44 import jalview.datamodel.SequenceI;
  45 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  46 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  47 import jalview.io.DataSourceType;
  48 import jalview.structure.AtomSpec;
  49 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  50 import jalview.structure.StructureCommand;
  51 import jalview.structure.StructureCommandI;
  52 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  53 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  54
  55 public abstract class JalviewChimeraBinding extends AAStructureBindingModel
  56 {
  57   public static final String CHIMERA_SESSION_EXTENSION = ".py";
  58
  59   public static final String CHIMERA_FEATURE_GROUP = "Chimera";
  60
  61   /*
  62    * Object through which we talk to Chimera
  63    */
  64   private ChimeraManager chimeraManager;
  65
  66   /*
  67    * Object which listens to Chimera notifications
  68    */
  69   private AbstractRequestHandler chimeraListener;
  70
  71   /*
  72    * Map of ChimeraModel objects keyed by PDB full local file name
  73    */
  74   protected Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = new LinkedHashMap<>();
  75
  76   String lastHighlightCommand;
  77
  78   /**
  79    * Returns a model of the structure positions described by the Chimera format atomspec
  80    * @param atomSpec
  81    * @return
  82    */
  83   protected  AtomSpec parseAtomSpec(String atomSpec)
  84   {
  85     return AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec);
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Open a PDB structure file in Chimera and set up mappings from Jalview.
  90    *
  91    * We check if the PDB model id is already loaded in Chimera, if so don't reopen
  92    * it. This is the case if Chimera has opened a saved session file.
  93    *
  94    * @param pe
  95    * @return
  96    */
  97   public boolean openFile(PDBEntry pe)
  98   {
  99     String file = pe.getFile();
 100     try
 101     {
 102       List<ChimeraModel> modelsToMap = new ArrayList<>();
 103       List<ChimeraModel> oldList = chimeraManager.getModelList();
 104       boolean alreadyOpen = false;
 105
 106       /*
 107        * If Chimera already has this model, don't reopen it, but do remap it.
 108        */
 109       for (ChimeraModel open : oldList)
 110       {
 111         if (open.getModelName().equals(pe.getId()))
 112         {
 113           alreadyOpen = true;
 114           modelsToMap.add(open);
 115         }
 116       }
 117
 118       /*
 119        * If Chimera doesn't yet have this model, ask it to open it, and retrieve
 120        * the model name(s) added by Chimera.
 121        */
 122       if (!alreadyOpen)
 123       {
 124         chimeraManager.openModel(file, pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL);
 125         addChimeraModel(pe, modelsToMap);
 126       }
 127
 128       chimeraMaps.put(file, modelsToMap);
 129
 130       if (getSsm() != null)
 131       {
 132         getSsm().addStructureViewerListener(this);
 133       }
 134       return true;
 135     } catch (Exception q)
 136     {
 137       log("Exception when trying to open model " + file + "\n"
 138               + q.toString());
 139       q.printStackTrace();
 140     }
 141     return false;
 142   }
 143
 144   /**
 145    * Adds the ChimeraModel corresponding to the given PDBEntry, based on model
 146    * name matching PDB id
 147    *
 148    * @param pe
 149    * @param modelsToMap
 150    */
 151   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
 152           List<ChimeraModel> modelsToMap)
 153   {
 154     /*
 155      * Chimera: query for actual models and find the one with
 156      * matching model name - already set in viewer.openModel()
 157      */
 158     List<ChimeraModel> newList = chimeraManager.getModelList();
 159     // JAL-1728 newList.removeAll(oldList) does not work
 160     for (ChimeraModel cm : newList)
 161     {
 162       if (cm.getModelName().equals(pe.getId()))
 163       {
 164         modelsToMap.add(cm);
 165       }
 166     }
 167   }
 168
 169   /**
 170    * Constructor
 171    *
 172    * @param ssm
 173    * @param pdbentry
 174    * @param sequenceIs
 175    * @param protocol
 176    */
 177   public JalviewChimeraBinding(StructureSelectionManager ssm,
 178           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 179           DataSourceType protocol)
 180   {
 181     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 182     boolean chimeraX = ViewerType.CHIMERAX.equals(getViewerType());
 183     chimeraManager = chimeraX ? new ChimeraXManager(new StructureManager(true)) : new ChimeraManager(new StructureManager(true));
 184     setStructureCommands(chimeraX ? new ChimeraXCommands() : new ChimeraCommands());
 185   }
 186
 187   @Override
 188   protected ViewerType getViewerType()
 189   {
 190     return ViewerType.CHIMERA;
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Start a dedicated HttpServer to listen for Chimera notifications, and tell it
 195    * to start listening
 196    */
 197   public void startChimeraListener()
 198   {
 199     try
 200     {
 201       chimeraListener = new ChimeraListener(this);
 202       startListening(chimeraListener.getUri());
 203     } catch (BindException e)
 204     {
 205       System.err.println(
 206               "Failed to start Chimera listener: " + e.getMessage());
 207     }
 208   }
 209
 210   /**
 211    * Close down the Jalview viewer and listener, and (optionally) the associated
 212    * Chimera window.
 213    */
 214   @Override
 215   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 216   {
 217     super.closeViewer(closeChimera);
 218     if (this.chimeraListener != null)
 219     {
 220       chimeraListener.shutdown();
 221       chimeraListener = null;
 222     }
 223
 224     /*
 225      * the following call is added to avoid a stack trace error in Chimera
 226      * after "stop really" is sent; Chimera > 1.14 will not need it; see also
 227      * http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/17597
 228      */
 229     if (closeChimera && (getViewerType() == ViewerType.CHIMERA))
 230     {
 231       chimeraManager.getChimeraProcess().destroy();
 232     }
 233
 234     chimeraManager.clearOnChimeraExit();
 235     chimeraManager = null;
 236   }
 237
 238   /**
 239    * Helper method to construct model spec in Chimera format:
 240    * <ul>
 241    * <li>#0 (#1 etc) for a PDB file with no sub-models</li>
 242    * <li>#0.1 (#1.1 etc) for a PDB file with sub-models</li>
 243    * <ul>
 244    * Note for now we only ever choose the first of multiple models. This
 245    * corresponds to the hard-coded Jmol equivalent (compare {1.1}). Refactor in
 246    * future if there is a need to select specific sub-models.
 247    *
 248    * @param pdbfnum
 249    * @return
 250    */
 251   protected String getModelSpec(int pdbfnum)
 252   {
 253     if (pdbfnum < 0 || pdbfnum >= getPdbCount())
 254     {
 255       return "#" + pdbfnum; // temp hack for ChimeraX
 256     }
 257
 258     /*
 259      * For now, the test for having sub-models is whether multiple Chimera
 260      * models are mapped for the PDB file; the models are returned as a response
 261      * to the Chimera command 'list models type molecule', see
 262      * ChimeraManager.getModelList().
 263      */
 264     List<ChimeraModel> maps = chimeraMaps.get(getStructureFiles()[pdbfnum]);
 265     boolean hasSubModels = maps != null && maps.size() > 1;
 266     return "#" + String.valueOf(pdbfnum) + (hasSubModels ? ".1" : "");
 267   }
 268
 269   /**
 270    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 271    * running. Returns true if Chimera is successfully launched, or already
 272    * running, else false.
 273    *
 274    * @return
 275    */
 276   public boolean launchChimera()
 277   {
 278     if (chimeraManager.isChimeraLaunched())
 279     {
 280       return true;
 281     }
 282
 283     boolean launched = chimeraManager.launchChimera(getChimeraPaths());
 284     if (launched)
 285     {
 286       startExternalViewerMonitor(chimeraManager.getChimeraProcess());
 287     }
 288     else
 289     {
 290       log("Failed to launch Chimera!");
 291     }
 292     return launched;
 293   }
 294
 295   /**
 296    * Returns a list of candidate paths to the Chimera program executable
 297    *
 298    * @return
 299    */
 300   protected List<String> getChimeraPaths()
 301   {
 302     return StructureManager.getChimeraPaths(false);
 303   }
 304
 305   /**
 306    * Answers true if the Chimera process is still running, false if ended or not
 307    * started.
 308    *
 309    * @return
 310    */
 311   @Override
 312   public boolean isViewerRunning()
 313   {
 314     return chimeraManager.isChimeraLaunched();
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Send a command to Chimera, and optionally log and return any responses.
 319    *
 320    * @param command
 321    * @param getResponse
 322    */
 323   @Override
 324   public List<String> executeCommand(final StructureCommandI command,
 325           boolean getResponse)
 326   {
 327     if (chimeraManager == null || command == null)
 328     {
 329       // ? thread running after viewer shut down
 330       return null;
 331     }
 332     List<String> reply = null;
 333     // trim command or it may never find a match in the replyLog!!
 334     String cmd = command.getCommand().trim();
 335     List<String> lastReply = chimeraManager
 336             .sendChimeraCommand(cmd, getResponse);
 337     if (getResponse)
 338     {
 339       reply = lastReply;
 340       if (Cache.log.isDebugEnabled()) {
 341         Cache.log.debug(
 342               "Response from command ('" + cmd + "') was:\n" + lastReply);
 343       }
 344     }
 345
 346     return reply;
 347   }
 348
 349   @Override
 350   public synchronized String[] getStructureFiles()
 351   {
 352     if (chimeraManager == null)
 353     {
 354       return new String[0];
 355     }
 356
 357     return chimeraMaps.keySet()
 358             .toArray(modelFileNames = new String[chimeraMaps.size()]);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Construct and send a command to highlight zero, one or more atoms. We do this
 363    * by sending an "rlabel" command to show the residue label at that position.
 364    */
 365   @Override
 366   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 367   {
 368     if (atoms == null || atoms.size() == 0)
 369     {
 370       return;
 371     }
 372
 373     boolean forChimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 374     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 375     boolean first = true;
 376     boolean found = false;
 377
 378     for (AtomSpec atom : atoms)
 379     {
 380       int pdbResNum = atom.getPdbResNum();
 381       String chain = atom.getChain();
 382       String pdbfile = atom.getPdbFile();
 383       List<ChimeraModel> cms = chimeraMaps.get(pdbfile);
 384       if (cms != null && !cms.isEmpty())
 385       {
 386         if (first)
 387         {
 388           cmd.append(forChimeraX ? "label #" : "rlabel #");
 389         }
 390         else
 391         {
 392           cmd.append(",");
 393         }
 394         first = false;
 395         if (forChimeraX)
 396         {
 397           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 398                   .append("/").append(chain).append(":").append(pdbResNum);
 399         }
 400         else
 401         {
 402           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 403                   .append(":").append(pdbResNum);
 404           if (!chain.equals(" ") && !forChimeraX)
 405           {
 406             cmd.append(".").append(chain);
 407           }
 408         }
 409         found = true;
 410       }
 411     }
 412     String command = cmd.toString();
 413
 414     /*
 415      * avoid repeated commands for the same residue
 416      */
 417     if (command.equals(lastHighlightCommand))
 418     {
 419       return;
 420     }
 421
 422     /*
 423      * unshow the label for the previous residue
 424      */
 425     if (lastHighlightCommand != null)
 426     {
 427       executeCommand(false,  null,  new StructureCommand("~" + lastHighlightCommand));
 428     }
 429     if (found)
 430     {
 431       executeCommand(false,  null,  new StructureCommand(command));
 432     }
 433     this.lastHighlightCommand = command;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * Query Chimera for its current selection, and highlight it on the alignment
 438    */
 439   public void highlightChimeraSelection()
 440   {
 441     /*
 442      * Ask Chimera for its current selection
 443      */
 444     StructureCommandI command = getCommandGenerator().getSelectedResidues();
 445
 446     Runnable action = new Runnable()
 447     {
 448       @Override
 449       public void run()
 450       {
 451         List<String> chimeraReply = executeCommand(command, true);
 452
 453         List<String> selectedResidues = new ArrayList<>();
 454         if (chimeraReply != null)
 455         {
 456           /*
 457            * expect 0, 1 or more lines of the format either
 458            * Chimera:
 459            * residue id #0:43.A type GLY
 460            * ChimeraX:
 461            * residue id /A:89 name THR index 88
 462            * We are only interested in the atomspec (third token of the reply)
 463            */
 464           for (String inputLine : chimeraReply)
 465           {
 466             String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 467             if (inputLineParts.length >= 5)
 468             {
 469               selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 470             }
 471           }
 472         }
 473
 474         /*
 475          * Parse model number, residue and chain for each selected position,
 476          * formatted as #0:123.A or #1.2:87.B (#model.submodel:residue.chain)
 477          */
 478         List<AtomSpec> atomSpecs = convertStructureResiduesToAlignment(
 479                 selectedResidues);
 480
 481         /*
 482          * Broadcast the selection (which may be empty, if the user just cleared all
 483          * selections)
 484          */
 485         getSsm().mouseOverStructure(atomSpecs);
 486
 487       }
 488     };
 489     new Thread(action).start();
 490   }
 491
 492   /**
 493    * Converts a list of Chimera(X) atomspecs to a list of AtomSpec representing the
 494    * corresponding residues (if any) in Jalview
 495    *
 496    * @param structureSelection
 497    * @return
 498    */
 499   protected List<AtomSpec> convertStructureResiduesToAlignment(
 500           List<String> structureSelection)
 501   {
 502     List<AtomSpec> atomSpecs = new ArrayList<>();
 503     for (String atomSpec : structureSelection)
 504     {
 505       try
 506       {
 507         AtomSpec spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 508         String pdbfilename = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 509         spec.setPdbFile(pdbfilename);
 510         atomSpecs.add(spec);
 511       } catch (IllegalArgumentException e)
 512       {
 513         Cache.log.error("Failed to parse atomspec: " + atomSpec);
 514       }
 515     }
 516     return atomSpecs;
 517   }
 518
 519   /**
 520    * @param modelId
 521    * @return
 522    */
 523   protected String getPdbFileForModel(int modelId)
 524   {
 525     /*
 526      * Work out the pdbfilename from the model number
 527      */
 528     String pdbfilename = modelFileNames[0];
 529     findfileloop: for (String pdbfile : this.chimeraMaps.keySet())
 530     {
 531       for (ChimeraModel cm : chimeraMaps.get(pdbfile))
 532       {
 533         if (cm.getModelNumber() == modelId)
 534         {
 535           pdbfilename = pdbfile;
 536           break findfileloop;
 537         }
 538       }
 539     }
 540     return pdbfilename;
 541   }
 542
 543   private void log(String message)
 544   {
 545     System.err.println("## Chimera log: " + message);
 546   }
 547
 548   /**
 549    * Constructs and send commands to Chimera to set attributes on residues for
 550    * features visible in Jalview.
 551    * <p>
 552    * The syntax is: setattr r &lt;attName&gt; &lt;attValue&gt; &lt;atomSpec&gt;
 553    * <p>
 554    * For example: setattr r jv_chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 555    *
 556    * @param avp
 557    * @return
 558    */
 559   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 560   {
 561     // TODO refactor as required to pull up to an interface
 562
 563     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureValues = buildFeaturesMap(
 564             avp);
 565     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 566             .setAttributes(featureValues);
 567     if (commands.size() > 10)
 568     {
 569       sendCommandsByFile(commands);
 570     }
 571     else
 572     {
 573       executeCommands(commands, false, null);
 574     }
 575     return commands.size();
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Write commands to a temporary file, and send a command to Chimera to open the
 580    * file as a commands script. For use when sending a large number of separate
 581    * commands would overload the REST interface mechanism.
 582    *
 583    * @param commands
 584    */
 585   protected void sendCommandsByFile(List<StructureCommandI> commands)
 586   {
 587     try
 588     {
 589       File tmp = File.createTempFile("chim", getCommandFileExtension());
 590       tmp.deleteOnExit();
 591       PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(tmp));
 592       for (StructureCommandI command : commands)
 593       {
 594         out.println(command.getCommand());
 595       }
 596       out.flush();
 597       out.close();
 598       String path = tmp.getAbsolutePath();
 599       StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 600               .openCommandFile(path);
 601       executeCommand(false, null, command);
 602     } catch (IOException e)
 603     {
 604       System.err.println("Sending commands to Chimera via file failed with "
 605               + e.getMessage());
 606     }
 607   }
 608
 609   /**
 610    * Returns the file extension required for a file of commands to be read by
 611    * the structure viewer
 612    * @return
 613    */
 614   protected String getCommandFileExtension()
 615   {
 616     return ".com";
 617   }
 618
 619   /**
 620    * Create features in Jalview for the given attribute name and structure
 621    * residues.
 622    *
 623    * <pre>
 624    * The residue list should be 0, 1 or more reply lines of the format:
 625    *     residue id #0:5.A isHelix -155.000836316 index 5
 626    * or
 627    *     residue id #0:6.A isHelix None
 628    * </pre>
 629    *
 630    * @param attName
 631    * @param residues
 632    * @return the number of features added
 633    */
 634   protected int createFeaturesForAttributes(String attName,
 635           List<String> residues)
 636   {
 637     int featuresAdded = 0;
 638     String featureGroup = getViewerFeatureGroup();
 639
 640     for (String residue : residues)
 641     {
 642       AtomSpec spec = null;
 643       String[] tokens = residue.split(" ");
 644       if (tokens.length < 5)
 645       {
 646         continue;
 647       }
 648       String atomSpec = tokens[2];
 649       String attValue = tokens[4];
 650
 651       /*
 652        * ignore 'None' (e.g. for phi) or 'False' (e.g. for isHelix)
 653        */
 654       if ("None".equalsIgnoreCase(attValue)
 655               || "False".equalsIgnoreCase(attValue))
 656       {
 657         continue;
 658       }
 659
 660       try
 661       {
 662         spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 663       } catch (IllegalArgumentException e)
 664       {
 665         Cache.log.error("Problem parsing atomspec " + atomSpec);
 666         continue;
 667       }
 668
 669       String chainId = spec.getChain();
 670       String description = attValue;
 671       float score = Float.NaN;
 672       try
 673       {
 674         score = Float.valueOf(attValue);
 675         description = chainId;
 676       } catch (NumberFormatException e)
 677       {
 678         // was not a float value
 679       }
 680
 681       String pdbFile = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 682       spec.setPdbFile(pdbFile);
 683
 684       List<AtomSpec> atoms = Collections.singletonList(spec);
 685
 686       /*
 687        * locate the mapped position in the alignment (if any)
 688        */
 689       SearchResultsI sr = getSsm()
 690               .findAlignmentPositionsForStructurePositions(atoms);
 691
 692       /*
 693        * expect one matched alignment position, or none
 694        * (if the structure position is not mapped)
 695        */
 696       for (SearchResultMatchI m : sr.getResults())
 697       {
 698         SequenceI seq = m.getSequence();
 699         int start = m.getStart();
 700         int end = m.getEnd();
 701         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(attName, description,
 702                 start, end, score, featureGroup);
 703         // todo: should SequenceFeature have an explicit property for chain?
 704         // note: repeating the action shouldn't duplicate features
 705         if (seq.addSequenceFeature(sf))
 706         {
 707           featuresAdded++;
 708         }
 709       }
 710     }
 711     return featuresAdded;
 712   }
 713
 714   /**
 715    * Answers the feature group name to apply to features created in Jalview from
 716    * Chimera attributes
 717    *
 718    * @return
 719    */
 720   protected String getViewerFeatureGroup()
 721   {
 722     // todo pull up to interface
 723     return CHIMERA_FEATURE_GROUP;
 724   }
 725
 726   @Override
 727   public String getModelIdForFile(String pdbFile)
 728   {
 729     List<ChimeraModel> foundModels = chimeraMaps.get(pdbFile);
 730     if (foundModels != null && !foundModels.isEmpty())
 731     {
 732       return String.valueOf(foundModels.get(0).getModelNumber());
 733     }
 734     return "";
 735   }
 736
 737   /**
 738    * Answers a (possibly empty) list of attribute names in Chimera[X], excluding
 739    * any which were added from Jalview
 740    *
 741    * @return
 742    */
 743   public List<String> getChimeraAttributes()
 744   {
 745     List<String> attributes = new ArrayList<>();
 746     StructureCommandI command = getCommandGenerator().listResidueAttributes();
 747     final List<String> reply = executeCommand(command, true);
 748     if (reply != null)
 749     {
 750       for (String inputLine : reply)
 751       {
 752         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 753         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 754         {
 755           String attName = lineParts[1];
 756           /*
 757            * exclude attributes added from Jalview
 758            */
 759           if (!attName.startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 760           {
 761             attributes.add(attName);
 762           }
 763         }
 764       }
 765     }
 766     return attributes;
 767   }
 768
 769   /**
 770    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.py)
 771    *
 772    * @return
 773    */
 774   @Override
 775   public String getSessionFileExtension()
 776   {
 777     return CHIMERA_SESSION_EXTENSION;
 778   }
 779
 780   @Override
 781   public String getHelpURL()
 782   {
 783     return "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 784   }
 785 }