src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.net.BindException;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Collections;
  30 import java.util.Iterator;
  31 import java.util.LinkedHashMap;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34
  35 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  36 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  37 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  38 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  39 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  40 import jalview.bin.Cache;
  41 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  42 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  43 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  44 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  45 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  48 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  49 import jalview.io.DataSourceType;
  50 import jalview.structure.AtomSpec;
  51 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  52 import jalview.structure.StructureCommand;
  53 import jalview.structure.StructureCommandI;
  54 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  55 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  56
  57 public abstract class JalviewChimeraBinding extends AAStructureBindingModel
  58 {
  59   public static final String CHIMERA_SESSION_EXTENSION = ".py";
  60
  61   public static final String CHIMERA_FEATURE_GROUP = "Chimera";
  62
  63   /*
  64    * Object through which we talk to Chimera
  65    */
  66   private ChimeraManager chimeraManager;
  67
  68   /*
  69    * Object which listens to Chimera notifications
  70    */
  71   private AbstractRequestHandler chimeraListener;
  72
  73   /*
  74    * Map of ChimeraModel objects keyed by PDB full local file name
  75    */
  76   protected Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = new LinkedHashMap<>();
  77
  78   String lastHighlightCommand;
  79
  80   /**
  81    * Open a PDB structure file in Chimera and set up mappings from Jalview.
  82    *
  83    * We check if the PDB model id is already loaded in Chimera, if so don't reopen
  84    * it. This is the case if Chimera has opened a saved session file.
  85    *
  86    * @param pe
  87    * @return
  88    */
  89   public boolean openFile(PDBEntry pe)
  90   {
  91     String file = pe.getFile();
  92     try
  93     {
  94       List<ChimeraModel> modelsToMap = new ArrayList<>();
  95       List<ChimeraModel> oldList = chimeraManager.getModelList();
  96       boolean alreadyOpen = false;
  97
  98       /*
  99        * If Chimera already has this model, don't reopen it, but do remap it.
 100        */
 101       for (ChimeraModel open : oldList)
 102       {
 103         if (open.getModelName().equals(pe.getId()))
 104         {
 105           alreadyOpen = true;
 106           modelsToMap.add(open);
 107         }
 108       }
 109
 110       /*
 111        * If Chimera doesn't yet have this model, ask it to open it, and retrieve
 112        * the model name(s) added by Chimera.
 113        */
 114       if (!alreadyOpen)
 115       {
 116         chimeraManager.openModel(file, pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL);
 117         addChimeraModel(pe, modelsToMap);
 118       }
 119
 120       chimeraMaps.put(file, modelsToMap);
 121
 122       if (getSsm() != null)
 123       {
 124         getSsm().addStructureViewerListener(this);
 125       }
 126       return true;
 127     } catch (Exception q)
 128     {
 129       log("Exception when trying to open model " + file + "\n"
 130               + q.toString());
 131       q.printStackTrace();
 132     }
 133     return false;
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Adds the ChimeraModel corresponding to the given PDBEntry, based on model
 138    * name matching PDB id
 139    *
 140    * @param pe
 141    * @param modelsToMap
 142    */
 143   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
 144           List<ChimeraModel> modelsToMap)
 145   {
 146     /*
 147      * Chimera: query for actual models and find the one with
 148      * matching model name - already set in viewer.openModel()
 149      */
 150     List<ChimeraModel> newList = chimeraManager.getModelList();
 151     // JAL-1728 newList.removeAll(oldList) does not work
 152     for (ChimeraModel cm : newList)
 153     {
 154       if (cm.getModelName().equals(pe.getId()))
 155       {
 156         modelsToMap.add(cm);
 157       }
 158     }
 159   }
 160
 161   /**
 162    * Constructor
 163    *
 164    * @param ssm
 165    * @param pdbentry
 166    * @param sequenceIs
 167    * @param protocol
 168    */
 169   public JalviewChimeraBinding(StructureSelectionManager ssm,
 170           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 171           DataSourceType protocol)
 172   {
 173     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 174     chimeraManager = new ChimeraManager(new StructureManager(true));
 175     chimeraManager.setChimeraX(ViewerType.CHIMERAX.equals(getViewerType()));
 176     setStructureCommands(new ChimeraCommands());
 177   }
 178
 179   @Override
 180   protected ViewerType getViewerType()
 181   {
 182     return ViewerType.CHIMERA;
 183   }
 184
 185   /**
 186    * Start a dedicated HttpServer to listen for Chimera notifications, and tell it
 187    * to start listening
 188    */
 189   public void startChimeraListener()
 190   {
 191     try
 192     {
 193       chimeraListener = new ChimeraListener(this);
 194       chimeraManager.startListening(chimeraListener.getUri());
 195     } catch (BindException e)
 196     {
 197       System.err.println(
 198               "Failed to start Chimera listener: " + e.getMessage());
 199     }
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Close down the Jalview viewer and listener, and (optionally) the associated
 204    * Chimera window.
 205    */
 206   @Override
 207   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 208   {
 209     super.closeViewer(closeChimera);
 210     if (this.chimeraListener != null)
 211     {
 212       chimeraListener.shutdown();
 213       chimeraListener = null;
 214     }
 215     chimeraManager.clearOnChimeraExit();
 216     chimeraManager = null;
 217   }
 218
 219   /**
 220    * Helper method to construct model spec in Chimera format:
 221    * <ul>
 222    * <li>#0 (#1 etc) for a PDB file with no sub-models</li>
 223    * <li>#0.1 (#1.1 etc) for a PDB file with sub-models</li>
 224    * <ul>
 225    * Note for now we only ever choose the first of multiple models. This
 226    * corresponds to the hard-coded Jmol equivalent (compare {1.1}). Refactor in
 227    * future if there is a need to select specific sub-models.
 228    *
 229    * @param pdbfnum
 230    * @return
 231    */
 232   protected String getModelSpec(int pdbfnum)
 233   {
 234     if (pdbfnum < 0 || pdbfnum >= getPdbCount())
 235     {
 236       return "#" + pdbfnum; // temp hack for ChimeraX
 237     }
 238
 239     /*
 240      * For now, the test for having sub-models is whether multiple Chimera
 241      * models are mapped for the PDB file; the models are returned as a response
 242      * to the Chimera command 'list models type molecule', see
 243      * ChimeraManager.getModelList().
 244      */
 245     List<ChimeraModel> maps = chimeraMaps.get(getStructureFiles()[pdbfnum]);
 246     boolean hasSubModels = maps != null && maps.size() > 1;
 247     return "#" + String.valueOf(pdbfnum) + (hasSubModels ? ".1" : "");
 248   }
 249
 250   /**
 251    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 252    * running. Returns true if Chimera is successfully launched, or already
 253    * running, else false.
 254    *
 255    * @return
 256    */
 257   public boolean launchChimera()
 258   {
 259     if (chimeraManager.isChimeraLaunched())
 260     {
 261       return true;
 262     }
 263
 264     boolean launched = chimeraManager.launchChimera(getChimeraPaths());
 265     if (launched)
 266     {
 267       startExternalViewerMonitor(chimeraManager.getChimeraProcess());
 268     }
 269     else
 270     {
 271       log("Failed to launch Chimera!");
 272     }
 273     return launched;
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Returns a list of candidate paths to the Chimera program executable
 278    *
 279    * @return
 280    */
 281   protected List<String> getChimeraPaths()
 282   {
 283     return StructureManager.getChimeraPaths(false);
 284   }
 285
 286   /**
 287    * Answers true if the Chimera process is still running, false if ended or not
 288    * started.
 289    *
 290    * @return
 291    */
 292   @Override
 293   public boolean isViewerRunning()
 294   {
 295     return chimeraManager.isChimeraLaunched();
 296   }
 297
 298   /**
 299    * Send a command to Chimera, and optionally log and return any responses.
 300    *
 301    * @param command
 302    * @param getResponse
 303    */
 304   @Override
 305   public List<String> executeCommand(final StructureCommandI command,
 306           boolean getResponse)
 307   {
 308     if (chimeraManager == null || command == null)
 309     {
 310       // ? thread running after viewer shut down
 311       return null;
 312     }
 313     List<String> reply = null;
 314     // trim command or it may never find a match in the replyLog!!
 315     String cmd = command.getCommand().trim();
 316     List<String> lastReply = chimeraManager
 317             .sendChimeraCommand(cmd, getResponse);
 318     if (getResponse)
 319     {
 320       reply = lastReply;
 321       Cache.log.debug(
 322               "Response from command ('" + cmd + "') was:\n" + lastReply);
 323     }
 324
 325     return reply;
 326   }
 327
 328   @Override
 329   public synchronized String[] getStructureFiles()
 330   {
 331     if (chimeraManager == null)
 332     {
 333       return new String[0];
 334     }
 335
 336     return chimeraMaps.keySet()
 337             .toArray(modelFileNames = new String[chimeraMaps.size()]);
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Construct and send a command to highlight zero, one or more atoms. We do this
 342    * by sending an "rlabel" command to show the residue label at that position.
 343    */
 344   @Override
 345   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 346   {
 347     if (atoms == null || atoms.size() == 0)
 348     {
 349       return;
 350     }
 351
 352     boolean forChimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 353     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 354     boolean first = true;
 355     boolean found = false;
 356
 357     for (AtomSpec atom : atoms)
 358     {
 359       int pdbResNum = atom.getPdbResNum();
 360       String chain = atom.getChain();
 361       String pdbfile = atom.getPdbFile();
 362       List<ChimeraModel> cms = chimeraMaps.get(pdbfile);
 363       if (cms != null && !cms.isEmpty())
 364       {
 365         if (first)
 366         {
 367           cmd.append(forChimeraX ? "label #" : "rlabel #");
 368         }
 369         else
 370         {
 371           cmd.append(",");
 372         }
 373         first = false;
 374         if (forChimeraX)
 375         {
 376           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 377                   .append("/").append(chain).append(":").append(pdbResNum);
 378         }
 379         else
 380         {
 381           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 382                   .append(":").append(pdbResNum);
 383           if (!chain.equals(" ") && !forChimeraX)
 384           {
 385             cmd.append(".").append(chain);
 386           }
 387         }
 388         found = true;
 389       }
 390     }
 391     String command = cmd.toString();
 392
 393     /*
 394      * avoid repeated commands for the same residue
 395      */
 396     if (command.equals(lastHighlightCommand))
 397     {
 398       return;
 399     }
 400
 401     /*
 402      * unshow the label for the previous residue
 403      */
 404     if (lastHighlightCommand != null)
 405     {
 406       chimeraManager.sendChimeraCommand("~" + lastHighlightCommand, false);
 407     }
 408     if (found)
 409     {
 410       chimeraManager.sendChimeraCommand(command, false);
 411     }
 412     this.lastHighlightCommand = command;
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Query Chimera for its current selection, and highlight it on the alignment
 417    */
 418   public void highlightChimeraSelection()
 419   {
 420     /*
 421      * Ask Chimera for its current selection
 422      */
 423     List<String> selection = chimeraManager.getSelectedResidueSpecs();
 424
 425     /*
 426      * Parse model number, residue and chain for each selected position,
 427      * formatted as #0:123.A or #1.2:87.B (#model.submodel:residue.chain)
 428      */
 429     List<AtomSpec> atomSpecs = convertStructureResiduesToAlignment(
 430             selection);
 431
 432     /*
 433      * Broadcast the selection (which may be empty, if the user just cleared all
 434      * selections)
 435      */
 436     getSsm().mouseOverStructure(atomSpecs);
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Converts a list of Chimera atomspecs to a list of AtomSpec representing the
 441    * corresponding residues (if any) in Jalview
 442    *
 443    * @param structureSelection
 444    * @return
 445    */
 446   protected List<AtomSpec> convertStructureResiduesToAlignment(
 447           List<String> structureSelection)
 448   {
 449     boolean chimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 450     List<AtomSpec> atomSpecs = new ArrayList<>();
 451     for (String atomSpec : structureSelection)
 452     {
 453       try
 454       {
 455         AtomSpec spec = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec, chimeraX);
 456         String pdbfilename = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 457         spec.setPdbFile(pdbfilename);
 458         atomSpecs.add(spec);
 459       } catch (IllegalArgumentException e)
 460       {
 461         Cache.log.error("Failed to parse atomspec: " + atomSpec);
 462       }
 463     }
 464     return atomSpecs;
 465   }
 466
 467   /**
 468    * @param modelId
 469    * @return
 470    */
 471   protected String getPdbFileForModel(int modelId)
 472   {
 473     /*
 474      * Work out the pdbfilename from the model number
 475      */
 476     String pdbfilename = modelFileNames[0];
 477     findfileloop: for (String pdbfile : this.chimeraMaps.keySet())
 478     {
 479       for (ChimeraModel cm : chimeraMaps.get(pdbfile))
 480       {
 481         if (cm.getModelNumber() == modelId)
 482         {
 483           pdbfilename = pdbfile;
 484           break findfileloop;
 485         }
 486       }
 487     }
 488     return pdbfilename;
 489   }
 490
 491   private void log(String message)
 492   {
 493     System.err.println("## Chimera log: " + message);
 494   }
 495
 496   /**
 497    * Send a 'show' command for all atoms in the currently selected columns
 498    *
 499    * TODO: pull up to abstract structure viewer interface
 500    *
 501    * @param vp
 502    */
 503   public void highlightSelection(AlignmentViewPanel vp)
 504   {
 505     List<Integer> cols = vp.getAlignViewport().getColumnSelection()
 506             .getSelected();
 507     AlignmentI alignment = vp.getAlignment();
 508     StructureSelectionManager sm = getSsm();
 509     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 510     {
 511       /*
 512        * convert selected columns into sequence positions
 513        */
 514       int[] positions = new int[cols.size()];
 515       int i = 0;
 516       for (Integer col : cols)
 517       {
 518         positions[i++] = seq.findPosition(col);
 519       }
 520       sm.highlightStructure(this, seq, positions);
 521     }
 522   }
 523
 524   /**
 525    * Constructs and send commands to Chimera to set attributes on residues for
 526    * features visible in Jalview.
 527    * <p>
 528    * The syntax is: setattr r &lt;attName&gt; &lt;attValue&gt; &lt;atomSpec&gt;
 529    * <p>
 530    * For example: setattr r jv_chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 531    *
 532    * @param avp
 533    * @return
 534    */
 535   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 536   {
 537     // TODO refactor as required to pull up to an interface
 538
 539     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureValues = buildFeaturesMap(
 540             avp);
 541     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 542             .setAttributes(featureValues);
 543     if (commands.size() > 10)
 544     {
 545       sendCommandsByFile(commands);
 546     }
 547     else
 548     {
 549       for (StructureCommandI command : commands)
 550       {
 551         sendAsynchronousCommand(command, null);
 552       }
 553     }
 554     return commands.size();
 555   }
 556
 557   /**
 558    * Write commands to a temporary file, and send a command to Chimera to open the
 559    * file as a commands script. For use when sending a large number of separate
 560    * commands would overload the REST interface mechanism.
 561    *
 562    * @param commands
 563    */
 564   protected void sendCommandsByFile(List<StructureCommandI> commands)
 565   {
 566     try
 567     {
 568       File tmp = File.createTempFile("chim", getCommandFileExtension());
 569       tmp.deleteOnExit();
 570       PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(tmp));
 571       for (StructureCommandI command : commands)
 572       {
 573         out.println(command.getCommand());
 574       }
 575       out.flush();
 576       out.close();
 577       String path = tmp.getAbsolutePath();
 578       StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 579               .openCommandFile(path);
 580       sendAsynchronousCommand(command, null);
 581     } catch (IOException e)
 582     {
 583       System.err.println("Sending commands to Chimera via file failed with "
 584               + e.getMessage());
 585     }
 586   }
 587
 588   /**
 589    * Returns the file extension required for a file of commands to be read by
 590    * the structure viewer
 591    * @return
 592    */
 593   protected String getCommandFileExtension()
 594   {
 595     return ".com";
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Get Chimera residues which have the named attribute, find the mapped
 600    * positions in the Jalview sequence(s), and set as sequence features
 601    *
 602    * @param attName
 603    * @param alignmentPanel
 604    */
 605   public void copyStructureAttributesToFeatures(String attName,
 606           AlignmentViewPanel alignmentPanel)
 607   {
 608     // todo pull up to AAStructureBindingModel (and interface?)
 609
 610     /*
 611      * ask Chimera to list residues with the attribute, reporting its value
 612      */
 613     // this alternative command
 614     // list residues spec ':*/attName' attr attName
 615     // doesn't report 'None' values (which is good), but
 616     // fails for 'average.bfactor' (which is bad):
 617
 618     String cmd = "list residues attr '" + attName + "'";
 619     List<String> residues = executeCommand(new StructureCommand(cmd), true);
 620
 621     boolean featureAdded = createFeaturesForAttributes(attName, residues);
 622     if (featureAdded)
 623     {
 624       alignmentPanel.getFeatureRenderer().featuresAdded();
 625     }
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Create features in Jalview for the given attribute name and structure
 630    * residues.
 631    *
 632    * <pre>
 633    * The residue list should be 0, 1 or more reply lines of the format:
 634    *     residue id #0:5.A isHelix -155.000836316 index 5
 635    * or
 636    *     residue id #0:6.A isHelix None
 637    * </pre>
 638    *
 639    * @param attName
 640    * @param residues
 641    * @return
 642    */
 643   protected boolean createFeaturesForAttributes(String attName,
 644           List<String> residues)
 645   {
 646     boolean featureAdded = false;
 647     String featureGroup = getViewerFeatureGroup();
 648     boolean chimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 649
 650     for (String residue : residues)
 651     {
 652       AtomSpec spec = null;
 653       String[] tokens = residue.split(" ");
 654       if (tokens.length < 5)
 655       {
 656         continue;
 657       }
 658       String atomSpec = tokens[2];
 659       String attValue = tokens[4];
 660
 661       /*
 662        * ignore 'None' (e.g. for phi) or 'False' (e.g. for isHelix)
 663        */
 664       if ("None".equalsIgnoreCase(attValue)
 665               || "False".equalsIgnoreCase(attValue))
 666       {
 667         continue;
 668       }
 669
 670       try
 671       {
 672         spec = AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec, chimeraX);
 673       } catch (IllegalArgumentException e)
 674       {
 675         System.err.println("Problem parsing atomspec " + atomSpec);
 676         continue;
 677       }
 678
 679       String chainId = spec.getChain();
 680       String description = attValue;
 681       float score = Float.NaN;
 682       try
 683       {
 684         score = Float.valueOf(attValue);
 685         description = chainId;
 686       } catch (NumberFormatException e)
 687       {
 688         // was not a float value
 689       }
 690
 691       String pdbFile = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 692       spec.setPdbFile(pdbFile);
 693
 694       List<AtomSpec> atoms = Collections.singletonList(spec);
 695
 696       /*
 697        * locate the mapped position in the alignment (if any)
 698        */
 699       SearchResultsI sr = getSsm()
 700               .findAlignmentPositionsForStructurePositions(atoms);
 701
 702       /*
 703        * expect one matched alignment position, or none
 704        * (if the structure position is not mapped)
 705        */
 706       for (SearchResultMatchI m : sr.getResults())
 707       {
 708         SequenceI seq = m.getSequence();
 709         int start = m.getStart();
 710         int end = m.getEnd();
 711         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(attName, description,
 712                 start, end, score, featureGroup);
 713         // todo: should SequenceFeature have an explicit property for chain?
 714         // note: repeating the action shouldn't duplicate features
 715         featureAdded |= seq.addSequenceFeature(sf);
 716       }
 717     }
 718     return featureAdded;
 719   }
 720
 721   /**
 722    * Answers the feature group name to apply to features created in Jalview from
 723    * Chimera attributes
 724    *
 725    * @return
 726    */
 727   protected String getViewerFeatureGroup()
 728   {
 729     // todo pull up to interface
 730     return CHIMERA_FEATURE_GROUP;
 731   }
 732
 733   @Override
 734   public String getModelIdForFile(String pdbFile)
 735   {
 736     List<ChimeraModel> foundModels = chimeraMaps.get(pdbFile);
 737     if (foundModels != null && !foundModels.isEmpty())
 738     {
 739       return String.valueOf(foundModels.get(0).getModelNumber());
 740     }
 741     return "";
 742   }
 743
 744   /**
 745    * Answers a (possibly empty) list of attribute names in Chimera[X], excluding
 746    * any which were added from Jalview
 747    *
 748    * @return
 749    */
 750   public List<String> getChimeraAttributes()
 751   {
 752     List<String> atts = chimeraManager.getAttrList();
 753     Iterator<String> it = atts.iterator();
 754     while (it.hasNext())
 755     {
 756       if (it.next().startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 757       {
 758         /*
 759          * attribute added from Jalview - exclude it
 760          */
 761         it.remove();
 762       }
 763     }
 764     return atts;
 765   }
 766
 767   /**
 768    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.py)
 769    *
 770    * @return
 771    */
 772   @Override
 773   public String getSessionFileExtension()
 774   {
 775     return CHIMERA_SESSION_EXTENSION;
 776   }
 777
 778   @Override
 779   public String getHelpURL()
 780   {
 781     return "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 782   }
 783 }