src/jalview/ext/so/SequenceOntology.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.so;
  22
  23 import java.io.BufferedInputStream;
  24 import java.io.BufferedReader;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.InputStream;
  27 import java.io.InputStreamReader;
  28 import java.text.ParseException;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Collections;
  31 import java.util.HashMap;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34 import java.util.NoSuchElementException;
  35 import java.util.zip.ZipEntry;
  36 import java.util.zip.ZipInputStream;
  37
  38 import org.biojava.nbio.ontology.Ontology;
  39 import org.biojava.nbio.ontology.Term;
  40 import org.biojava.nbio.ontology.Term.Impl;
  41 import org.biojava.nbio.ontology.Triple;
  42 import org.biojava.nbio.ontology.io.OboParser;
  43 import org.biojava.nbio.ontology.utils.Annotation;
  44
  45 import jalview.bin.Console;
  46 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  47
  48 /**
  49  * A wrapper class that parses the Sequence Ontology and exposes useful access
  50  * methods. This version uses the BioJava parser.
  51  */
  52 public class SequenceOntology implements SequenceOntologyI
  53 {
  54   /*
  55    * the parsed Ontology data as modelled by BioJava
  56    */
  57   private Ontology ontology;
  58
  59   /*
  60    * the ontology term for the isA relationship
  61    */
  62   private Term isA;
  63
  64   /*
  65    * lookup of terms by user readable name (NB not guaranteed unique)
  66    */
  67   private Map<String, Term> termsByDescription;
  68
  69   /*
  70    * Map where key is a Term and value is a (possibly empty) list of
  71    * all Terms to which the key has an 'isA' relationship, either
  72    * directly or indirectly (A isA B isA C)
  73    */
  74   private Map<Term, List<Term>> termIsA;
  75
  76   private List<String> termsFound;
  77
  78   private List<String> termsNotFound;
  79
  80   /**
  81    * Package private constructor to enforce use of singleton. Parses and caches
  82    * the SO OBO data file.
  83    */
  84   public SequenceOntology()
  85   {
  86     termsFound = new ArrayList<String>();
  87     termsNotFound = new ArrayList<String>();
  88     termsByDescription = new HashMap<String, Term>();
  89     termIsA = new HashMap<Term, List<Term>>();
  90
  91     loadOntologyZipFile("so-xp-simple.obo");
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Loads the given ontology file from a zip file with ".zip" appended
  96    *
  97    * @param ontologyFile
  98    */
  99   protected void loadOntologyZipFile(String ontologyFile)
 100   {
 101     long now = System.currentTimeMillis();
 102     ZipInputStream zipStream = null;
 103     try
 104     {
 105       String zipFile = ontologyFile + ".zip";
 106       InputStream inStream = this.getClass()
 107               .getResourceAsStream("/" + zipFile);
 108       zipStream = new ZipInputStream(new BufferedInputStream(inStream));
 109       ZipEntry entry;
 110       while ((entry = zipStream.getNextEntry()) != null)
 111       {
 112         if (entry.getName().equals(ontologyFile))
 113         {
 114           loadOboFile(zipStream);
 115         }
 116       }
 117       long elapsed = System.currentTimeMillis() - now;
 118       Console.info("Loaded Sequence Ontology from " + zipFile + " ("
 119               + elapsed + "ms)");
 120     } catch (Exception e)
 121     {
 122       e.printStackTrace();
 123     } finally
 124     {
 125       closeStream(zipStream);
 126     }
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Closes the input stream, swallowing all exceptions
 131    *
 132    * @param is
 133    */
 134   protected void closeStream(InputStream is)
 135   {
 136     if (is != null)
 137     {
 138       try
 139       {
 140         is.close();
 141       } catch (IOException e)
 142       {
 143         // ignore
 144       }
 145     }
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Reads, parses and stores the OBO file data
 150    *
 151    * @param is
 152    * @throws ParseException
 153    * @throws IOException
 154    */
 155   protected void loadOboFile(InputStream is)
 156           throws ParseException, IOException
 157   {
 158     BufferedReader oboFile = new BufferedReader(new InputStreamReader(is));
 159     OboParser parser = new OboParser();
 160     ontology = parser.parseOBO(oboFile, "SO", "the SO ontology");
 161     isA = ontology.getTerm("is_a");
 162     storeTermNames();
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Stores a lookup table of terms by description. Note that description is not
 167    * guaranteed unique. Where duplicate descriptions are found, try to discard
 168    * the term that is flagged as obsolete. However we do store obsolete terms
 169    * where there is no duplication of description.
 170    */
 171   protected void storeTermNames()
 172   {
 173     for (Term term : ontology.getTerms())
 174     {
 175       if (term instanceof Impl)
 176       {
 177         String description = term.getDescription();
 178         if (description != null)
 179         {
 180           Term replaced = termsByDescription.get(description);
 181           if (replaced != null)
 182           {
 183             boolean newTermIsObsolete = isObsolete(term);
 184             boolean oldTermIsObsolete = isObsolete(replaced);
 185             if (newTermIsObsolete && !oldTermIsObsolete)
 186             {
 187               Console.debug("Ignoring " + term.getName()
 188                       + " as obsolete and duplicated by "
 189                       + replaced.getName());
 190               term = replaced;
 191             }
 192             else if (!newTermIsObsolete && oldTermIsObsolete)
 193             {
 194               Console.debug("Ignoring " + replaced.getName()
 195                       + " as obsolete and duplicated by " + term.getName());
 196             }
 197             else
 198             {
 199               Console.debug("Warning: " + term.getName() + " has replaced "
 200                       + replaced.getName() + " for lookup of '"
 201                       + description + "'");
 202             }
 203           }
 204           termsByDescription.put(description, term);
 205         }
 206       }
 207     }
 208   }
 209
 210   /**
 211    * Answers true if the term has property "is_obsolete" with value true, else
 212    * false
 213    *
 214    * @param term
 215    * @return
 216    */
 217   public static boolean isObsolete(Term term)
 218   {
 219     Annotation ann = term.getAnnotation();
 220     if (ann != null)
 221     {
 222       try
 223       {
 224         if (Boolean.TRUE.equals(ann.getProperty("is_obsolete")))
 225         {
 226           return true;
 227         }
 228       } catch (NoSuchElementException e)
 229       {
 230         // fall through to false
 231       }
 232     }
 233     return false;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Test whether the given Sequence Ontology term is nucleotide_match (either
 238    * directly or via is_a relationship)
 239    *
 240    * @param soTerm
 241    *          SO name or description
 242    * @return
 243    */
 244   public boolean isNucleotideMatch(String soTerm)
 245   {
 246     return isA(soTerm, NUCLEOTIDE_MATCH);
 247   }
 248
 249   /**
 250    * Test whether the given Sequence Ontology term is protein_match (either
 251    * directly or via is_a relationship)
 252    *
 253    * @param soTerm
 254    *          SO name or description
 255    * @return
 256    */
 257   public boolean isProteinMatch(String soTerm)
 258   {
 259     return isA(soTerm, PROTEIN_MATCH);
 260   }
 261
 262   /**
 263    * Test whether the given Sequence Ontology term is polypeptide (either
 264    * directly or via is_a relationship)
 265    *
 266    * @param soTerm
 267    *          SO name or description
 268    * @return
 269    */
 270   public boolean isPolypeptide(String soTerm)
 271   {
 272     return isA(soTerm, POLYPEPTIDE);
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Returns true if the given term has a (direct or indirect) 'isA'
 277    * relationship with the parent
 278    *
 279    * @param child
 280    * @param parent
 281    * @return
 282    */
 283   @Override
 284   public boolean isA(String child, String parent)
 285   {
 286     if (child == null || parent == null)
 287     {
 288       return false;
 289     }
 290     /*
 291      * optimise trivial checks like isA("CDS", "CDS")
 292      */
 293     if (child.equals(parent))
 294     {
 295       termFound(child);
 296       return true;
 297     }
 298
 299     Term childTerm = getTerm(child);
 300     if (childTerm != null)
 301     {
 302       termFound(child);
 303     }
 304     else
 305     {
 306       termNotFound(child);
 307     }
 308     Term parentTerm = getTerm(parent);
 309
 310     return termIsA(childTerm, parentTerm);
 311   }
 312
 313   /**
 314    * Records a valid term queried for, for reporting purposes
 315    *
 316    * @param term
 317    */
 318   private void termFound(String term)
 319   {
 320     synchronized (termsFound)
 321     {
 322       if (!termsFound.contains(term))
 323       {
 324         termsFound.add(term);
 325       }
 326     }
 327   }
 328
 329   /**
 330    * Records an invalid term queried for, for reporting purposes
 331    *
 332    * @param term
 333    */
 334   private void termNotFound(String term)
 335   {
 336     synchronized (termsNotFound)
 337     {
 338       if (!termsNotFound.contains(term))
 339       {
 340         Console.error("SO term " + term + " invalid");
 341         termsNotFound.add(term);
 342       }
 343     }
 344   }
 345
 346   /**
 347    * Returns true if the childTerm 'isA' parentTerm (directly or indirectly).
 348    *
 349    * @param childTerm
 350    * @param parentTerm
 351    * @return
 352    */
 353   protected synchronized boolean termIsA(Term childTerm, Term parentTerm)
 354   {
 355     /*
 356      * null term could arise from a misspelled SO description
 357      */
 358     if (childTerm == null || parentTerm == null)
 359     {
 360       return false;
 361     }
 362
 363     /*
 364      * recursive search endpoint:
 365      */
 366     if (childTerm == parentTerm)
 367     {
 368       return true;
 369     }
 370
 371     /*
 372      * lazy initialisation - find all of a term's parents (recursively)
 373      * the first time this is called, and save them in a map.
 374      */
 375     if (!termIsA.containsKey(childTerm))
 376     {
 377       findParents(childTerm);
 378     }
 379
 380     List<Term> parents = termIsA.get(childTerm);
 381     for (Term parent : parents)
 382     {
 383       if (termIsA(parent, parentTerm))
 384       {
 385         /*
 386          * add (great-)grandparents to parents list as they are discovered,
 387          * for faster lookup next time
 388          */
 389         if (!parents.contains(parentTerm))
 390         {
 391           parents.add(parentTerm);
 392         }
 393         return true;
 394       }
 395     }
 396
 397     return false;
 398   }
 399
 400   /**
 401    * Finds all the 'isA' parents of the childTerm and stores them as a (possibly
 402    * empty) list.
 403    *
 404    * @param childTerm
 405    */
 406   protected synchronized void findParents(Term childTerm)
 407   {
 408     List<Term> result = new ArrayList<Term>();
 409     for (Triple triple : ontology.getTriples(childTerm, null, isA))
 410     {
 411       Term parent = triple.getObject();
 412       result.add(parent);
 413
 414       /*
 415        * and search for the parent's parents recursively
 416        */
 417       findParents(parent);
 418     }
 419     termIsA.put(childTerm, result);
 420   }
 421
 422   /**
 423    * Returns the Term for a given name (e.g. "SO:0000735") or description (e.g.
 424    * "sequence_location"), or null if not found.
 425    *
 426    * @param child
 427    * @return
 428    */
 429   protected Term getTerm(String nameOrDescription)
 430   {
 431     Term t = termsByDescription.get(nameOrDescription);
 432     if (t == null)
 433     {
 434       try
 435       {
 436         t = ontology.getTerm(nameOrDescription);
 437       } catch (NoSuchElementException e)
 438       {
 439         // not found
 440       }
 441     }
 442     return t;
 443   }
 444
 445   public boolean isSequenceVariant(String soTerm)
 446   {
 447     return isA(soTerm, SEQUENCE_VARIANT);
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Sorts (case-insensitive) and returns the list of valid terms queried for
 452    */
 453   @Override
 454   public List<String> termsFound()
 455   {
 456     synchronized (termsFound)
 457     {
 458       Collections.sort(termsFound, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 459       return termsFound;
 460     }
 461   }
 462
 463   /**
 464    * Sorts (case-insensitive) and returns the list of invalid terms queried for
 465    */
 466   @Override
 467   public List<String> termsNotFound()
 468   {
 469     synchronized (termsNotFound)
 470     {
 471       Collections.sort(termsNotFound, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 472       return termsNotFound;
 473     }
 474   }
 475 }