JAL-2465 bugfix and rerefactor renamed getPdbFile() method to getStructureFile()
[jalview.git] / src / jalview / ext / varna / RnaModel.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.ext.varna;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
24 import jalview.datamodel.SequenceI;
25
26 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
27
28 /**
29  * Data bean wrapping the data items that define one RNA view
30  */
31 public class RnaModel
32 {
33   public final String title;
34
35   public final AlignmentAnnotation ann;
36
37   public final SequenceI seq;
38
39   public final boolean gapped;
40
41   public final RNA rna;
42
43   public RnaModel(String t, AlignmentAnnotation aa, SequenceI s, RNA r,
44           boolean g)
45   {
46     title = t;
47     ann = aa;
48     seq = s;
49     rna = r;
50     gapped = g;
51   }
52 }