src/jalview/ext/varna/RnaModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.varna;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  27
  28 /**
  29  * Data bean wrapping the data items that define one RNA view
  30  */
  31 public class RnaModel
  32 {
  33   public final String title;
  34
  35   public final AlignmentAnnotation ann;
  36
  37   public final SequenceI seq;
  38
  39   public final boolean gapped;
  40
  41   public final RNA rna;
  42
  43   public RnaModel(String t, AlignmentAnnotation aa, SequenceI s, RNA r,
  44           boolean g)
  45   {
  46     title = t;
  47     ann = aa;
  48     seq = s;
  49     rna = r;
  50     gapped = g;
  51   }
  52 }