src/jalview/gbtest/TestListener.java

   1 package jalview.gbtest;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.io.PrintWriter;
   5 import java.net.BindException;
   6 import java.net.URI;
   7 import java.util.HashMap;
   8
   9 import javax.servlet.http.HttpServletRequest;
  10 import javax.servlet.http.HttpServletResponse;
  11
  12 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
  13 import jalview.bin.Cache;
  14 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  15 import jalview.datamodel.SearchResults;
  16 import jalview.datamodel.SequenceI;
  17 import jalview.gui.AlignFrame;
  18 import jalview.gui.Desktop;
  19 import jalview.gui.SeqPanel;
  20 import jalview.gui.SequenceFetcher;
  21 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  22 import jalview.structure.SelectionSource;
  23 import jalview.structure.VamsasSource;
  24 import jalview.util.DBRefUtils;
  25
  26 public class TestListener extends AbstractRequestHandler
  27         implements SelectionSource, VamsasSource
  28 {
  29
  30   private String MY_PATH = "TEST";
  31
  32   private static String viewgene = "viewgene";
  33
  34   private static String highlight = "highlight";
  35
  36   private HashMap<String, Thread> threadMap = new HashMap<>();
  37
  38   private HashMap<String, AlignFrame> alignFrames = new HashMap<>();
  39
  40   /**
  41    * Constructor that registers this as an Http request handler on path
  42    * /chimeraN, where N is incremented for each instance. Call getUri to get the
  43    * resulting URI for this handler.
  44    *
  45    * @param chimeraBinding
  46    * @throws BindException
  47    *           if no free port can be assigned
  48    */
  49   public TestListener() throws BindException
  50   {
  51     setPath(MY_PATH);
  52     registerHandler();
  53   }
  54
  55   @Override
  56   protected void processRequest(HttpServletRequest request,
  57           HttpServletResponse response) throws IOException
  58   {
  59     dumpRequest(request);
  60
  61     try // debugging try -- remove later!
  62     {
  63       URI reqUri = URI.create(request.getRequestURI());
  64
  65       Cache.warn("*** request.getRequestURI()=" + request.getRequestURI());
  66       Cache.warn("*** reqUri=" + reqUri.toASCIIString());
  67       Cache.warn(
  68               "*** request.getContextPath()=" + request.getContextPath());
  69       Cache.warn("*** request.getPathInfo()=" + request.getPathInfo());
  70
  71       String pathInfo = request.getPathInfo();
  72       Cache.warn("*** pathInfo=" + pathInfo);
  73       if (pathInfo.startsWith("/" + viewgene + "/"))
  74       {
  75
  76         String temp = pathInfo.substring(viewgene.length() + 2);
  77         String ensemblId = temp.indexOf("/") > -1
  78                 ? temp.substring(0, temp.indexOf("/"))
  79                 : temp;
  80         Cache.warn("*** temp=" + temp);
  81         Cache.warn("*** ensemblId=" + ensemblId);
  82
  83         // Check whether this ensembl search has already been started
  84         // and hasn't finished.
  85         StringBuilder idSB = new StringBuilder();
  86         // Commenting out HttpSession -- there's no SessionManager (causes
  87         // Exception)
  88         // HttpSession session = request.getSession(true);
  89         // idSB.append(session == null ? "NOSESSION" : session.getId());
  90         idSB.append(MY_PATH);
  91         idSB.append("::");
  92         // idSB.append(viewgene);
  93         // idSB.append("::");
  94         idSB.append(ensemblId);
  95
  96         String id = request.getParameter("id") == null ? idSB.toString()
  97                 : request.getParameter("id");
  98
  99         Thread worker = threadMap.get(id);
 100         if (worker == null)
 101         {
 102           String db = DBRefUtils.getCanonicalName("ensembl");
 103           Desktop desktop = Desktop.instance;
 104           SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(desktop, db, ensemblId);
 105           sf.closeDialog(true);
 106           sf.saveAlignFrame(id, alignFrames);
 107           worker = sf.ok_actionPerformed(true);
 108           threadMap.put(id, worker);
 109         }
 110         AlignFrame af = alignFrames.get(id);
 111         PrintWriter pw = response.getWriter();
 112         pw.println("id=" + id);
 113         pw.println("state=" + worker.getState().toString());
 114         pw.println("alignframe=" + (af == null ? null : af.getTitle()));
 115         if (af != null)
 116         {
 117
 118         }
 119       }
 120       else if (pathInfo.startsWith("/" + highlight + "/"))
 121       {
 122         String temp = pathInfo.substring(highlight.length() + 2);
 123         String id = temp.indexOf("/") > -1
 124                 ? temp.substring(0, temp.indexOf("/"))
 125                 : temp;
 126         AlignFrame af = alignFrames.get(id);
 127         Cache.warn("*** temp=" + temp);
 128         Cache.warn("*** id=" + id);
 129         PrintWriter pw = response.getWriter();
 130         pw.println("id=" + id);
 131         pw.println("state=" + threadMap.get(id).getState().toString());
 132         pw.println("alignframe=" + (af == null ? null : af.getTitle()));
 133         if (af == null)
 134         {
 135           pw.println("error=alignframe not ready");
 136           return;
 137         }
 138         String startS = request.getParameter("start");
 139         String endS = request.getParameter("end");
 140         int start = 0;
 141         int end = -1;
 142         if (startS != null || endS != null)
 143         {
 144           try
 145           {
 146             start = Integer.parseInt(startS);
 147             end = Integer.parseInt(endS);
 148           } catch (NumberFormatException e)
 149           {
 150             Cache.warn(Cache.getStackTraceString(e));
 151             pw.println("error=couldn't parse start and end");
 152             return;
 153           }
 154         }
 155         pw.println("start=" + start);
 156         pw.println("end=" + end);
 157
 158         SeqPanel seqPanel = af.alignPanel.getSeqPanel();
 159         SequenceI[] seqs = af.getViewport().getSequenceSelection();
 160         SequenceI seq = seqs.length > 0 ? seqs[0] : null;
 161         SearchResults sr = new SearchResults();
 162         sr.addResult(seq, start, end);
 163         seqPanel.highlightSequence(sr);
 164       }
 165       else if (pathInfo.startsWith("/ensembl/"))
 166       {
 167         String temp = pathInfo.substring("/ensembl/".length());
 168         String id = temp.indexOf("/") > -1
 169                 ? temp.substring(0, temp.indexOf("/"))
 170                 : temp;
 171         // id is an ensembl gene ID - we look through our alignFrames to find a sequence
 172         SequenceI ensDatasetSeq = null;
 173         AlignFrame af=null;
 174         // ideally Desktop.getDataSets() to find all datasets with this one..
 175         for (AlignFrame _af: alignFrames.values())
 176         {
 177           AlignmentI ds = _af.getCurrentView().getAlignment().getDataset();
 178           if ((ensDatasetSeq = ds.findName(id)) !=null) {
 179             af = _af;
 180             break;
 181           }
 182         }
 183         if (ensDatasetSeq!=null)
 184         {
 185         Cache.warn("*** temp=" + temp);
 186         Cache.warn("*** id=" + id);
 187         PrintWriter pw = response.getWriter();
 188         pw.println("id=" + id);
 189         pw.println("alignframe=" + (af == null ? null : af.getTitle()));
 190         if (af == null)
 191         {
 192           pw.println("error=alignframe not ready");
 193           return;
 194         }
 195         String startS = request.getParameter("start");
 196         String endS = request.getParameter("end");
 197         int start = 0;
 198         int end = -1;
 199         if (startS != null || endS != null)
 200         {
 201           try
 202           {
 203             if (startS!=null) {
 204               start = Integer.parseInt(startS);
 205             }
 206             if (endS!=null)
 207             {
 208               end = Integer.parseInt(endS);
 209             }
 210           } catch (NumberFormatException e)
 211           {
 212             Cache.warn(Cache.getStackTraceString(e));
 213             pw.println("error=couldn't parse start and end");
 214             return;
 215           }
 216         }
 217         pw.println("start=" + start);
 218         pw.println("end=" + end);
 219         // highlight start for now
 220         af.getCurrentView().getStructureSelectionManager().mouseOverSequence(ensDatasetSeq, start, -1, this);
 221         }
 222       }
 223     } catch (Exception e)
 224     {
 225       Cache.warn(Cache.getStackTraceString(e));
 226     }
 227
 228   }
 229
 230   /**
 231    * Returns a display name for this service
 232    */
 233   @Override
 234   public String getName()
 235   {
 236     return "TestListener";
 237   }
 238
 239 }