src/jalview/gui/AlignExportOptions.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingsI;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.io.FileFormatI;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.awt.BorderLayout;
  29 import java.awt.FlowLayout;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.ActionListener;
  32 import java.awt.event.ItemEvent;
  33 import java.awt.event.ItemListener;
  34
  35 import javax.swing.JCheckBox;
  36 import javax.swing.JPanel;
  37
  38 /**
  39  * A dialog that allows the user to specify whether to include hidden columns or
  40  * sequences in an alignment export, and possibly features, annotations and
  41  * groups, if applicable to the output file format
  42  */
  43 @SuppressWarnings("serial")
  44 public class AlignExportOptions extends JPanel
  45 {
  46   protected JCheckBox chkHiddenSeqs = new JCheckBox();
  47
  48   protected JCheckBox chkHiddenCols = new JCheckBox();
  49
  50   protected JCheckBox chkExportAnnots = new JCheckBox();
  51
  52   protected JCheckBox chkExportFeats = new JCheckBox();
  53
  54   protected JCheckBox chkExportGrps = new JCheckBox();
  55
  56   protected AlignExportSettingsI settings;
  57
  58   private boolean isComplexAlignFile;
  59
  60   JvOptionPane dialog;
  61
  62   /**
  63    * A convenience method that answers true if this dialog should be shown -
  64    * that is, if the alignment has any hidden rows or columns, or if the file
  65    * format is one that can (optionally) represent annotations, features or
  66    * groups data - else false
  67    *
  68    * @param viewport
  69    * @param format
  70    * @return
  71    */
  72   public static boolean isNeeded(AlignViewportI viewport,
  73           FileFormatI format)
  74   {
  75     if (viewport.hasHiddenColumns() || viewport.hasHiddenRows()
  76             || format.isComplexAlignFile())
  77     {
  78       return true;
  79     }
  80     return false;
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Constructor that passes in an initial set of export options. User choices
  85    * in the dialog should update this object, and the <em>same</em> object
  86    * should be used in any action handler set by calling
  87    * <code>setResponseAction</code>.
  88    *
  89    * @param viewport
  90    * @param format
  91    * @param defaults
  92    */
  93   public AlignExportOptions(AlignViewportI viewport, FileFormatI format,
  94           AlignExportSettingsI defaults)
  95   {
  96     this.settings = defaults;
  97     this.isComplexAlignFile = format.isComplexAlignFile();
  98     init(viewport.hasHiddenRows(), viewport.hasHiddenColumns());
  99     dialog = JvOptionPane.newOptionDialog(Desktop.getDesktopPane());
 100   }
 101
 102   /**
 103    * Shows the dialog, and runs any registered response actions that correspond
 104    * to user choices
 105    */
 106   public void showDialog()
 107   {
 108     Object[] options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
 109         MessageManager.getString("action.cancel") };
 110     dialog.showInternalDialog(this,
 111             MessageManager.getString("label.export_settings"),
 112             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 113             options, MessageManager.getString("action.ok"));
 114   }
 115
 116   /**
 117    * Registers a Runnable action to be performed for a particular user response
 118    * in the dialog
 119    *
 120    * @param action
 121    */
 122   public void setResponseAction(Object response, Runnable action)
 123   {
 124     dialog.setResponseHandler(response, action);
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Selects/deselects all enabled and shown options on 'Check all' selected or
 129    * deselected
 130    *
 131    * @param isSelected
 132    */
 133   void checkAllAction(boolean isSelected)
 134   {
 135     boolean set = chkHiddenSeqs.isEnabled() && isSelected;
 136     chkHiddenSeqs.setSelected(set);
 137     settings.setExportHiddenSequences(set);
 138
 139     set = chkHiddenCols.isEnabled() && isSelected;
 140     chkHiddenCols.setSelected(set);
 141     settings.setExportHiddenColumns(set);
 142
 143     set = isComplexAlignFile && chkExportAnnots.isEnabled() && isSelected;
 144     chkExportAnnots.setSelected(set);
 145     settings.setExportAnnotations(set);
 146
 147     set = isComplexAlignFile && chkExportFeats.isEnabled() && isSelected;
 148     chkExportFeats.setSelected(set);
 149     settings.setExportFeatures(set);
 150
 151     set = isComplexAlignFile && chkExportGrps.isEnabled() && isSelected;
 152     chkExportGrps.setSelected(set);
 153     settings.setExportGroups(set);
 154   }
 155
 156   /**
 157    * Initialises the components of the display
 158    *
 159    * @param hasHiddenSeq
 160    * @param hasHiddenCols
 161    */
 162   private void init(boolean hasHiddenSeq, boolean hasHiddenCols)
 163   {
 164     chkHiddenSeqs.setText(
 165             MessageManager.getString("action.export_hidden_sequences"));
 166     chkHiddenSeqs.addActionListener(new ActionListener()
 167     {
 168       @Override
 169       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 170       {
 171         settings.setExportHiddenSequences(chkHiddenSeqs.isSelected());
 172       }
 173     });
 174
 175     chkHiddenCols.setText(
 176             MessageManager.getString("action.export_hidden_columns"));
 177     chkHiddenCols.addActionListener(new ActionListener()
 178     {
 179       @Override
 180       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 181       {
 182         settings.setExportHiddenColumns(chkHiddenCols.isSelected());
 183       }
 184     });
 185
 186     chkExportAnnots
 187             .setText(MessageManager.getString("action.export_annotations"));
 188     chkExportAnnots.addActionListener(new ActionListener()
 189     {
 190       @Override
 191       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 192       {
 193         settings.setExportAnnotations(chkExportAnnots.isSelected());
 194       }
 195     });
 196
 197     chkExportFeats
 198             .setText(MessageManager.getString("action.export_features"));
 199     chkExportFeats.addActionListener(new ActionListener()
 200     {
 201       @Override
 202       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 203       {
 204         settings.setExportFeatures(chkExportFeats.isSelected());
 205       }
 206     });
 207
 208     chkExportGrps.setText(MessageManager.getString("action.export_groups"));
 209     chkExportGrps.addActionListener(new ActionListener()
 210     {
 211       @Override
 212       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 213       {
 214         settings.setExportGroups(chkExportGrps.isSelected());
 215       }
 216     });
 217
 218     JCheckBox chkAll = new JCheckBox(
 219             MessageManager.getString("action.select_all"));
 220
 221     JPanel hiddenRegionConfPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 222     JPanel complexExportPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 223     this.setLayout(new BorderLayout());
 224
 225     chkAll.addItemListener(new ItemListener()
 226     {
 227       @Override
 228       public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 229       {
 230         checkAllAction(chkAll.isSelected());
 231       }
 232     });
 233
 234     hiddenRegionConfPanel.add(chkHiddenSeqs, BorderLayout.CENTER);
 235     hiddenRegionConfPanel.add(chkHiddenCols, BorderLayout.SOUTH);
 236     chkHiddenSeqs.setEnabled(hasHiddenSeq);
 237     chkHiddenCols.setEnabled(hasHiddenCols);
 238
 239     complexExportPanel.add(chkExportAnnots, BorderLayout.NORTH);
 240     complexExportPanel.add(chkExportFeats, BorderLayout.CENTER);
 241     complexExportPanel.add(chkExportGrps, BorderLayout.SOUTH);
 242
 243     JPanel actionPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.CENTER));
 244     actionPanel.add(chkAll);
 245
 246     JPanel optionsPanel = new JPanel();
 247     if (this.isComplexAlignFile)
 248     {
 249       optionsPanel.add(complexExportPanel);
 250     }
 251
 252     if (hasHiddenSeq || hasHiddenCols)
 253     {
 254       optionsPanel.add(hiddenRegionConfPanel);
 255     }
 256
 257     add(optionsPanel, BorderLayout.NORTH);
 258     add(actionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 259   }
 260 }