src/jalview/gui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Softwarechang\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.datatransfer.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.print.*;\r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 \r
  31 import jalview.analysis.*;\r
  32 import jalview.datamodel.*;\r
  33 import jalview.io.*;\r
  34 import jalview.jbgui.*;\r
  35 import jalview.schemes.*;\r
  36 import jalview.ws.*;\r
  37 import java.awt.dnd.*;\r
  38 \r
  39 \r
  40 /**\r
  41  * DOCUMENT ME!\r
  42  *\r
  43  * @author $author$\r
  44  * @version $Revision$\r
  45  */\r
  46 public class AlignFrame\r
  47     extends GAlignFrame implements ClipboardOwner, DropTargetListener\r
  48 {\r
  49   /** DOCUMENT ME!! */\r
  50   public static final int NEW_WINDOW_WIDTH = 700;\r
  51 \r
  52   /** DOCUMENT ME!! */\r
  53   public static final int NEW_WINDOW_HEIGHT = 500;\r
  54   AlignmentPanel alignPanel;\r
  55   AlignViewport viewport;\r
  56 \r
  57   Vector viewports = new Vector();\r
  58   Vector alignPanels = new Vector();\r
  59 \r
  60   /** DOCUMENT ME!! */\r
  61   public String currentFileFormat = null;\r
  62   Stack historyList = new Stack();\r
  63   Stack redoList = new Stack();\r
  64   private int treeCount = 0;\r
  65 \r
  66 \r
  67   /**\r
  68    * Creates a new AlignFrame object.\r
  69    *\r
  70    * @param al DOCUMENT ME!\r
  71    */\r
  72   public AlignFrame(AlignmentI al)\r
  73   {\r
  74     viewport = new AlignViewport(al);\r
  75     viewports.add(viewport);\r
  76 \r
  77     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(this, this));\r
  78 \r
  79     if(viewport.vconsensus==null)\r
  80     {\r
  81       //Out of memory calculating consensus.\r
  82       BLOSUM62Colour.setEnabled(false);\r
  83       PIDColour.setEnabled(false);\r
  84       conservationMenuItem.setEnabled(false);\r
  85       modifyConservation.setEnabled(false);\r
  86       abovePIDThreshold.setEnabled(false);\r
  87       modifyPID.setEnabled(false);\r
  88     }\r
  89 \r
  90     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  91     alignPanels.add(alignPanel);\r
  92 \r
  93     String sortby = jalview.bin.Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT", "No sort");\r
  94 \r
  95     if(sortby.equals("Id"))\r
  96       sortIDMenuItem_actionPerformed(null);\r
  97     else if(sortby.equals("Pairwise Identity"))\r
  98       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(null);\r
  99 \r
 100    // remove(tabbedPane);\r
 101     getContentPane().add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 102 \r
 103 \r
 104 \r
 105   //  tabbedPane.add(al.isNucleotide() ? "DNA":"Protein", alignPanel);\r
 106 \r
 107     ///Dataset tab\r
 108     /////////////////////////\r
 109     if(al.getDataset()==null)\r
 110     {\r
 111       al.setDataset(null);\r
 112     }\r
 113    // AlignViewport ds = new AlignViewport(al.getDataset(), true);\r
 114    // AlignmentPanel dap = new AlignmentPanel(this, ds);\r
 115   //  tabbedPane.add("Dataset", dap);\r
 116   //  viewports.add(ds);\r
 117   //  alignPanels.add(dap);\r
 118     /////////////////////////\r
 119 \r
 120 \r
 121     viewport.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
 122     {\r
 123      public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 124      {\r
 125        if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 126        {\r
 127          alignmentChanged();\r
 128        }\r
 129      }\r
 130    });\r
 131 \r
 132 \r
 133   if (Desktop.desktop != null)\r
 134   {\r
 135     addServiceListeners();\r
 136     setGUINucleotide(al.isNucleotide());\r
 137   }\r
 138   }\r
 139 \r
 140   /* Set up intrinsic listeners for dynamically generated GUI bits. */\r
 141   private void addServiceListeners()\r
 142   {\r
 143     final java.beans.PropertyChangeListener thisListener;\r
 144     // Do this once to get current state\r
 145     BuildWebServiceMenu();\r
 146     Desktop.discoverer.addPropertyChangeListener(\r
 147         thisListener = new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 148     {\r
 149       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 150       {\r
 151         // System.out.println("Discoverer property change.");\r
 152         if (evt.getPropertyName().equals("services"))\r
 153         {\r
 154           // System.out.println("Rebuilding web service menu");\r
 155           BuildWebServiceMenu();\r
 156         }\r
 157       }\r
 158     });\r
 159     addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 160                              InternalFrameAdapter()\r
 161     {\r
 162       public void internalFrameClosed(\r
 163           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 164       {\r
 165         // System.out.println("deregistering discoverer listener");\r
 166         Desktop.discoverer.removePropertyChangeListener(thisListener);\r
 167         closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 168       }\r
 169       ;\r
 170     });\r
 171 \r
 172   }\r
 173 \r
 174   public void setGUINucleotide(boolean nucleotide)\r
 175   {\r
 176     showTranslation.setVisible( nucleotide );\r
 177     //sequenceFeatures.setVisible(!nucleotide );\r
 178     //featureSettings.setVisible( !nucleotide );\r
 179     conservationMenuItem.setVisible( !nucleotide );\r
 180     modifyConservation.setVisible(   !nucleotide );\r
 181 \r
 182     //Remember AlignFrame always starts as protein\r
 183     if(!nucleotide)\r
 184     {\r
 185       calculateMenu.remove(calculateMenu.getItemCount()-2);\r
 186     }\r
 187   }\r
 188 \r
 189 \r
 190   /*\r
 191    Added so Castor Mapping file can obtain Jalview Version\r
 192   */\r
 193   public String getVersion()\r
 194   {\r
 195     return  jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION");\r
 196   }\r
 197 \r
 198 \r
 199   public void fetchSequence_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 200   {\r
 201     new SequenceFetcher(this);\r
 202   }\r
 203   /**\r
 204    * DOCUMENT ME!\r
 205    *\r
 206    * @param e DOCUMENT ME!\r
 207    */\r
 208   public void saveAlignmentMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 209   {\r
 210     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 211         getProperty(\r
 212             "LAST_DIRECTORY"),\r
 213         new String[]\r
 214         {\r
 215         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 216         "jar"\r
 217     },\r
 218         new String[]\r
 219         {\r
 220         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 221     }, currentFileFormat);\r
 222 \r
 223     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);\r
 224     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 225     chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");\r
 226     chooser.setToolTipText("Save");\r
 227 \r
 228     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 229 \r
 230     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 231     {\r
 232         currentFileFormat = chooser.getSelectedFormat();\r
 233 \r
 234         if (currentFileFormat == null)\r
 235         {\r
 236           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 237                                                 "You must select a file format before saving!",\r
 238                                                 "File format not specified",\r
 239                                                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 240           value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 241           return;\r
 242         }\r
 243 \r
 244       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 245                                     currentFileFormat);\r
 246 \r
 247       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 248       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 249 \r
 250       saveAlignment(choice, currentFileFormat);\r
 251     }\r
 252   }\r
 253 \r
 254   public boolean saveAlignment(String file, String format)\r
 255   {\r
 256     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 257     {\r
 258       String shortName = title;\r
 259 \r
 260       if (shortName.indexOf(java.io.File.separatorChar) > -1)\r
 261       {\r
 262         shortName = shortName.substring(shortName.lastIndexOf(\r
 263             java.io.File.separatorChar) + 1);\r
 264       }\r
 265 \r
 266       Jalview2XML.SaveAlignment(this, file, shortName);\r
 267 \r
 268       // USE Jalview2XML to save this file\r
 269       return true;\r
 270     }\r
 271     else\r
 272     {\r
 273       String output = new FormatAdapter().formatSequences(format,\r
 274           viewport.getAlignment().\r
 275           getSequences());\r
 276       if (output == null)\r
 277       {\r
 278         return false;\r
 279       }\r
 280 \r
 281       try\r
 282       {\r
 283         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 284             new java.io.FileWriter(file));\r
 285 \r
 286         out.print(output);\r
 287         out.close();\r
 288         return true;\r
 289       }\r
 290       catch (Exception ex)\r
 291       {\r
 292         ex.printStackTrace();\r
 293       }\r
 294     }\r
 295     return false;\r
 296   }\r
 297 \r
 298   /**\r
 299    * DOCUMENT ME!\r
 300    *\r
 301    * @param e DOCUMENT ME!\r
 302    */\r
 303   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 304   {\r
 305     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 306     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 307                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
 308                              500);\r
 309     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 310                                               viewport.getAlignment().\r
 311                                               getSequences()));\r
 312   }\r
 313 \r
 314   /**\r
 315    * DOCUMENT ME!\r
 316    *\r
 317    * @param e DOCUMENT ME!\r
 318    */\r
 319   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 320   {\r
 321     new HTMLOutput(viewport,\r
 322                    alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getSequenceRenderer(),\r
 323         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());\r
 324   }\r
 325 \r
 326   public void createImageMap(File file, String image)\r
 327   {\r
 328     alignPanel.makePNGImageMap(file, image);\r
 329   }\r
 330 \r
 331   /**\r
 332    * DOCUMENT ME!\r
 333    *\r
 334    * @param e DOCUMENT ME!\r
 335    */\r
 336   public void createPNG(File f)\r
 337   {\r
 338     alignPanel.makePNG(f);\r
 339   }\r
 340 \r
 341   /**\r
 342    * DOCUMENT ME!\r
 343    *\r
 344    * @param e DOCUMENT ME!\r
 345    */\r
 346   public void createEPS(File f)\r
 347   {\r
 348     alignPanel.makeEPS(f);\r
 349   }\r
 350 \r
 351   /**\r
 352    * DOCUMENT ME!\r
 353    *\r
 354    * @param e DOCUMENT ME!\r
 355    */\r
 356   public void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 357   {\r
 358     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 359     PrintThread thread = new PrintThread();\r
 360     thread.start();\r
 361   }\r
 362 \r
 363   public void associatedData_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 364   {\r
 365     // Pick the tree file\r
 366     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 367         getProperty(\r
 368             "LAST_DIRECTORY"));\r
 369     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 370     chooser.setDialogTitle("Load Jalview Annotations or Features File");\r
 371     chooser.setToolTipText("Load Jalview Annotations / Features file");\r
 372 \r
 373     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
 374 \r
 375     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 376     {\r
 377       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 378       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 379       loadJalviewDataFile(choice);\r
 380     }\r
 381 \r
 382   }\r
 383 \r
 384   /**\r
 385    * DOCUMENT ME!\r
 386    *\r
 387    * @param e DOCUMENT ME!\r
 388    */\r
 389   public void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 390   {\r
 391     try\r
 392     {\r
 393       PaintRefresher.components.remove(viewport.alignment);\r
 394       this.setClosed(true);\r
 395     }\r
 396     catch (Exception ex)\r
 397     {\r
 398     }\r
 399   }\r
 400 \r
 401   /**\r
 402    * DOCUMENT ME!\r
 403    */\r
 404   void updateEditMenuBar()\r
 405   {\r
 406     if (historyList.size() > 0)\r
 407     {\r
 408       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
 409 \r
 410       HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.peek();\r
 411       undoMenuItem.setText("Undo " + hi.getDescription());\r
 412     }\r
 413     else\r
 414     {\r
 415       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 416       undoMenuItem.setText("Undo");\r
 417     }\r
 418 \r
 419     if (redoList.size() > 0)\r
 420     {\r
 421       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
 422 \r
 423       HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.peek();\r
 424       redoMenuItem.setText("Redo " + hi.getDescription());\r
 425     }\r
 426     else\r
 427     {\r
 428       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 429       redoMenuItem.setText("Redo");\r
 430     }\r
 431   }\r
 432 \r
 433   /**\r
 434    * DOCUMENT ME!\r
 435    *\r
 436    * @param hi DOCUMENT ME!\r
 437    */\r
 438   public void addHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 439   {\r
 440     historyList.push(hi);\r
 441     updateEditMenuBar();\r
 442   }\r
 443 \r
 444   /**\r
 445    * DOCUMENT ME!\r
 446    *\r
 447    * @param e DOCUMENT ME!\r
 448    */\r
 449   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 450   {\r
 451     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 452     redoList.push(new HistoryItem(hi.getDescription(), viewport.alignment,\r
 453                                   HistoryItem.HIDE));\r
 454     restoreHistoryItem(hi);\r
 455     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 456   }\r
 457 \r
 458   /**\r
 459    * DOCUMENT ME!\r
 460    *\r
 461    * @param e DOCUMENT ME!\r
 462    */\r
 463   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 464   {\r
 465     HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.pop();\r
 466     restoreHistoryItem(hi);\r
 467     updateEditMenuBar();\r
 468     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 469   }\r
 470 \r
 471   // used by undo and redo\r
 472   void restoreHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 473   {\r
 474 \r
 475     hi.restore();\r
 476 \r
 477     updateEditMenuBar();\r
 478 \r
 479     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 480                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
 481   }\r
 482 \r
 483   /**\r
 484    * DOCUMENT ME!\r
 485    *\r
 486    * @param up DOCUMENT ME!\r
 487    */\r
 488   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
 489   {\r
 490     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 491 \r
 492     if (sg == null)\r
 493     {\r
 494       return;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     if (up)\r
 498     {\r
 499       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
 500       {\r
 501         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 502 \r
 503         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 504         {\r
 505           continue;\r
 506         }\r
 507 \r
 508         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
 509 \r
 510         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 511         {\r
 512           continue;\r
 513         }\r
 514 \r
 515         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 516         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
 517       }\r
 518     }\r
 519     else\r
 520     {\r
 521       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
 522       {\r
 523         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 524 \r
 525         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 526         {\r
 527           continue;\r
 528         }\r
 529 \r
 530         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
 531 \r
 532         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 533         {\r
 534           continue;\r
 535         }\r
 536 \r
 537         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 538         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
 539       }\r
 540     }\r
 541 \r
 542     alignPanel.repaint();\r
 543   }\r
 544 \r
 545   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)\r
 546   {\r
 547     Desktop.jalviewClipboard = null;\r
 548   }\r
 549 \r
 550 \r
 551   /**\r
 552    * DOCUMENT ME!\r
 553    *\r
 554    * @param e DOCUMENT ME!\r
 555    */\r
 556   protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 557   {\r
 558     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 559     {\r
 560       return;\r
 561     }\r
 562 \r
 563     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 564 \r
 565     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 566 \r
 567     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
 568     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sg.getSize()];\r
 569 \r
 570     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 571     {\r
 572       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 573       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
 574       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
 575     }\r
 576 \r
 577     int index = 0, startRes, endRes;\r
 578     char ch;\r
 579 \r
 580     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 581     {\r
 582       SequenceI seq = null;\r
 583 \r
 584       while (seq == null)\r
 585       {\r
 586         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
 587         {\r
 588           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
 589           index++;\r
 590 \r
 591           break;\r
 592         }\r
 593         else\r
 594         {\r
 595           index++;\r
 596         }\r
 597       }\r
 598 \r
 599       //FIND START RES\r
 600       //Returns residue following index if gap\r
 601       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
 602 \r
 603       //FIND END RES\r
 604       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
 605       endRes = 0;\r
 606 \r
 607       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
 608       {\r
 609         ch = seq.getCharAt(j);\r
 610         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 611         {\r
 612           endRes++;\r
 613         }\r
 614       }\r
 615 \r
 616       if (endRes > 0)\r
 617       {\r
 618         endRes += seq.getStart() - 1;\r
 619       }\r
 620 \r
 621       seqs[i] = new Sequence(seq.getName(),\r
 622                              seq.getSequence(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1),\r
 623                              startRes,\r
 624                              endRes);\r
 625       seqs[i].setDescription(seq.getDescription());\r
 626       seqs[i].setDBRef(seq.getDBRef());\r
 627       seqs[i].setSequenceFeatures(seq.getSequenceFeatures());\r
 628       seqs[i].setDatasetSequence(seq.getDatasetSequence());\r
 629 \r
 630     }\r
 631 \r
 632     FastaFile ff = new FastaFile();\r
 633     ff.addJVSuffix( viewport.showJVSuffix );\r
 634     c.setContents(new StringSelection( ff.print(seqs)), this);\r
 635     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]{seqs,  viewport.alignment.getDataset()};\r
 636   }\r
 637 \r
 638   /**\r
 639    * DOCUMENT ME!\r
 640    *\r
 641    * @param e DOCUMENT ME!\r
 642    */\r
 643   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 644   {\r
 645     paste(true);\r
 646   }\r
 647 \r
 648   /**\r
 649    * DOCUMENT ME!\r
 650    *\r
 651    * @param e DOCUMENT ME!\r
 652    */\r
 653   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 654   {\r
 655     addHistoryItem(new HistoryItem("Paste Sequences", viewport.alignment,\r
 656                                    HistoryItem.PASTE));\r
 657     paste(false);\r
 658   }\r
 659 \r
 660   /**\r
 661    * DOCUMENT ME!\r
 662    *\r
 663    * @param newAlignment DOCUMENT ME!\r
 664    */\r
 665   void paste(boolean newAlignment)\r
 666   {\r
 667     try\r
 668     {\r
 669       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 670       Transferable contents = c.getContents(this);\r
 671 \r
 672       if (contents == null)\r
 673       {\r
 674         return;\r
 675       }\r
 676 \r
 677       String str = (String) contents.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);\r
 678       if(str.length()<1)\r
 679         return;\r
 680 \r
 681       String format = new IdentifyFile().Identify(str, "Paste");\r
 682       SequenceI[] sequences;\r
 683 \r
 684      if(Desktop.jalviewClipboard!=null)\r
 685      {\r
 686        // The clipboard was filled from within Jalview, we must use the sequences\r
 687        // And dataset from the copied alignment\r
 688        sequences = (SequenceI[])Desktop.jalviewClipboard[0];\r
 689      }\r
 690      else\r
 691      {\r
 692        sequences = new FormatAdapter().readFile(str, "Paste", format);\r
 693      }\r
 694 \r
 695       if (newAlignment)\r
 696       {\r
 697 \r
 698         Alignment alignment = new Alignment(sequences);\r
 699 \r
 700         if(Desktop.jalviewClipboard!=null)\r
 701            alignment.setDataset( (Alignment)Desktop.jalviewClipboard[1] );\r
 702         else\r
 703            alignment.setDataset( null );\r
 704 \r
 705 \r
 706         AlignFrame af = new AlignFrame(alignment);\r
 707         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
 708 \r
 709         //>>>This is a fix for the moment, until a better solution is found!!<<<\r
 710         FeatureRenderer fr = af.alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();\r
 711         fr.featureColours = alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours;\r
 712 \r
 713         if (title.startsWith("Copied sequences"))\r
 714         {\r
 715           newtitle = title;\r
 716         }\r
 717         else\r
 718         {\r
 719           newtitle = newtitle.concat("- from " + title);\r
 720         }\r
 721 \r
 722         Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 723                                  NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 724       }\r
 725       else\r
 726       {\r
 727         //!newAlignment\r
 728         for (int i = 0; i < sequences.length; i++)\r
 729         {\r
 730           Sequence newseq = new Sequence(sequences[i].getName(),\r
 731               sequences[i].getSequence(), sequences[i].getStart(),\r
 732               sequences[i].getEnd());\r
 733           viewport.alignment.addSequence(newseq);\r
 734           if(sequences[i].getDatasetSequence()==null)\r
 735           {\r
 736              ////////////////////////////\r
 737             //Datset needs extension;\r
 738             /////////////////////////////\r
 739             Sequence ds = new Sequence(sequences[i].getName(),\r
 740                                        AlignSeq.extractGaps("-. ", sequences[i].getSequence()),\r
 741                                        sequences[i].getStart(),\r
 742                                        sequences[i].getEnd());\r
 743             newseq.setDatasetSequence(ds);\r
 744             viewport.alignment.getDataset().addSequence(ds);\r
 745           }\r
 746           else\r
 747           {\r
 748             newseq.setDatasetSequence(sequences[i].getDatasetSequence());\r
 749             if(sequences[i].getDatasetSequence().getAnnotation()!=null)\r
 750             {\r
 751               for(int aa=0; aa<sequences[i].getDatasetSequence().getAnnotation().length; aa++)\r
 752               {\r
 753                 viewport.alignment.addAnnotation(sequences[i].getDatasetSequence().getAnnotation()[aa]);\r
 754               }\r
 755             }\r
 756           }\r
 757         }\r
 758         viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
 759         viewport.alignment.getWidth();\r
 760         viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 761       }\r
 762     }\r
 763     catch (Exception ex)\r
 764     {\r
 765       ex.printStackTrace();\r
 766         System.out.println("Exception whilst pasting: "+ex);\r
 767         // could be anything being pasted in here\r
 768     }\r
 769 \r
 770 \r
 771   }\r
 772 \r
 773   /**\r
 774    * DOCUMENT ME!\r
 775    *\r
 776    * @param e DOCUMENT ME!\r
 777    */\r
 778   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 779   {\r
 780     copy_actionPerformed(null);\r
 781     delete_actionPerformed(null);\r
 782   }\r
 783 \r
 784   /**\r
 785    * DOCUMENT ME!\r
 786    *\r
 787    * @param e DOCUMENT ME!\r
 788    */\r
 789   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 790   {\r
 791 \r
 792     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 793     {\r
 794       return;\r
 795     }\r
 796 \r
 797 \r
 798     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 799 \r
 800 \r
 801 \r
 802     //Jalview no longer allows deletion of residues.\r
 803     //Check here whether any residues are in selection area\r
 804     if( sg.getEndRes()-sg.getStartRes() < viewport.alignment.getWidth()-1)\r
 805     {\r
 806       for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 807       {\r
 808         SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 809         int j = sg.getStartRes();\r
 810         do\r
 811         {\r
 812           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
 813           {\r
 814             JOptionPane.showInternalMessageDialog(\r
 815                 Desktop.desktop, "Cannot delete residues from alignment!\n"\r
 816                 + "Try hiding columns instead.",\r
 817                 "Deletion of residues not permitted",\r
 818                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 819 \r
 820             return;\r
 821           }\r
 822           j++;\r
 823         }while(j<=sg.getEndRes());\r
 824       }\r
 825     }\r
 826 \r
 827 \r
 828     addHistoryItem(new HistoryItem("Delete Sequences", viewport.alignment,\r
 829                                    HistoryItem.HIDE));\r
 830 \r
 831 \r
 832     for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 833     {\r
 834       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 835       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
 836 \r
 837       seq.deleteChars(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 838 \r
 839       // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
 840       if (sg.sequences.size() == viewport.alignment.getHeight())\r
 841       {\r
 842         viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
 843             sg.getEndRes() + 1);\r
 844       }\r
 845 \r
 846       if (seq.getSequence().length() < 1)\r
 847       {\r
 848         viewport.getAlignment().deleteSequence(seq);\r
 849       }\r
 850       else\r
 851       {\r
 852         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, index);\r
 853       }\r
 854     }\r
 855 \r
 856     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 857     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 858 \r
 859     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 860                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
 861 \r
 862 \r
 863 \r
 864     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 865     {\r
 866       try\r
 867       {\r
 868         this.setClosed(true);\r
 869       }\r
 870       catch (Exception ex)\r
 871       {\r
 872       }\r
 873     }\r
 874   }\r
 875 \r
 876   /**\r
 877    * DOCUMENT ME!\r
 878    *\r
 879    * @param e DOCUMENT ME!\r
 880    */\r
 881   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 882   {\r
 883     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
 884     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 885     alignPanel.repaint();\r
 886   }\r
 887 \r
 888   /**\r
 889    * DOCUMENT ME!\r
 890    *\r
 891    * @param e DOCUMENT ME!\r
 892    */\r
 893   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 894   {\r
 895     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 896 \r
 897     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 898          i++)\r
 899     {\r
 900       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 901     }\r
 902 \r
 903     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
 904     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 905     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 906   }\r
 907 \r
 908   /**\r
 909    * DOCUMENT ME!\r
 910    *\r
 911    * @param e DOCUMENT ME!\r
 912    */\r
 913   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 914   {\r
 915     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 916     viewport.getColumnSelection().clear();\r
 917     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 918     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
 919     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
 920     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 921   }\r
 922 \r
 923   /**\r
 924    * DOCUMENT ME!\r
 925    *\r
 926    * @param e DOCUMENT ME!\r
 927    */\r
 928   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 929   {\r
 930     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 931 \r
 932     if (sg == null)\r
 933     {\r
 934       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 935 \r
 936       return;\r
 937     }\r
 938 \r
 939     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 940          i++)\r
 941     {\r
 942       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 943     }\r
 944 \r
 945     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 946   }\r
 947 \r
 948   /**\r
 949    * DOCUMENT ME!\r
 950    *\r
 951    * @param e DOCUMENT ME!\r
 952    */\r
 953   public void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 954   {\r
 955     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 956 \r
 957     if (colSel.size() > 0)\r
 958     {\r
 959       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Left", viewport.alignment,\r
 960                                      HistoryItem.HIDE));\r
 961 \r
 962       int min = colSel.getMin();\r
 963       viewport.getAlignment().trimLeft(min);\r
 964       colSel.compensateForEdit(0, min);\r
 965 \r
 966       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 967       {\r
 968         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveLeft(min);\r
 969       }\r
 970 \r
 971       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 972 \r
 973       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 974       {\r
 975         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 976 \r
 977         if (!sg.adjustForRemoveLeft(min))\r
 978         {\r
 979           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 980         }\r
 981       }\r
 982 \r
 983       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 984     }\r
 985   }\r
 986 \r
 987   /**\r
 988    * DOCUMENT ME!\r
 989    *\r
 990    * @param e DOCUMENT ME!\r
 991    */\r
 992   public void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 993   {\r
 994     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 995 \r
 996     if (colSel.size() > 0)\r
 997     {\r
 998       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Right", viewport.alignment,\r
 999                                      HistoryItem.HIDE));\r
1000 \r
1001       int max = colSel.getMax();\r
1002       viewport.getAlignment().trimRight(max);\r
1003 \r
1004       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1005       {\r
1006         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveRight(max);\r
1007       }\r
1008 \r
1009       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1010 \r
1011       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1012       {\r
1013         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
1014 \r
1015         if (!sg.adjustForRemoveRight(max))\r
1016         {\r
1017           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1018         }\r
1019       }\r
1020 \r
1021       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1022     }\r
1023   }\r
1024 \r
1025   /**\r
1026    * DOCUMENT ME!\r
1027    *\r
1028    * @param e DOCUMENT ME!\r
1029    */\r
1030   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1031   {\r
1032     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gapped Columns",\r
1033                                    viewport.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
1034 \r
1035     //This is to maintain viewport position on first residue\r
1036     //of first sequence\r
1037     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1038     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1039 \r
1040     viewport.getAlignment().removeGaps();\r
1041 \r
1042     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
1043 \r
1044    viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1045   }\r
1046 \r
1047   /**\r
1048    * DOCUMENT ME!\r
1049    *\r
1050    * @param e DOCUMENT ME!\r
1051    */\r
1052   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1053   {\r
1054     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gaps", viewport.alignment,\r
1055                                    HistoryItem.HIDE));\r
1056 \r
1057     //This is to maintain viewport position on first residue\r
1058     //of first sequence\r
1059     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1060     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1061 \r
1062 \r
1063     SequenceI current;\r
1064     int jSize;\r
1065 \r
1066     Vector seqs = null;\r
1067 \r
1068     int start = 0;\r
1069     int end = viewport.alignment.getWidth();\r
1070 \r
1071     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1072         && viewport.getSelectionGroup().sequences != null\r
1073         && viewport.getSelectionGroup().sequences.size() > 0)\r
1074     {\r
1075       seqs = viewport.getSelectionGroup().sequences;\r
1076       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1077       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes()+1;\r
1078     }\r
1079     else\r
1080     {\r
1081       seqs = viewport.alignment.getSequences();\r
1082     }\r
1083 \r
1084     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1085     {\r
1086       current = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1087       jSize = current.getLength();\r
1088 \r
1089       // Removing a range is much quicker than removing gaps\r
1090       // one by one for long sequences\r
1091       int j = start;\r
1092       int rangeStart=-1, rangeEnd=-1;\r
1093 \r
1094       do\r
1095       {\r
1096         if (jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))\r
1097         {\r
1098           if(rangeStart==-1)\r
1099            {\r
1100              rangeStart = j;\r
1101              rangeEnd = j+1;\r
1102            }\r
1103            else\r
1104            {\r
1105              rangeEnd++;\r
1106            }\r
1107            j++;\r
1108         }\r
1109         else\r
1110         {\r
1111           if(rangeStart>-1)\r
1112           {\r
1113             current.deleteChars(rangeStart, rangeEnd);\r
1114             j-=rangeEnd-rangeStart;\r
1115             jSize-=rangeEnd-rangeStart;\r
1116             rangeStart = -1;\r
1117             rangeEnd = -1;\r
1118           }\r
1119           else\r
1120             j++;\r
1121         }\r
1122       }\r
1123       while (j < end && j < jSize);\r
1124       if(rangeStart>-1)\r
1125       {\r
1126        current.deleteChars(rangeStart, rangeEnd);\r
1127       }\r
1128     }\r
1129 \r
1130     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
1131 \r
1132     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1133   }\r
1134 \r
1135  public void alignmentChanged()\r
1136  {\r
1137    if(viewport.vconsensus!=null)\r
1138    {\r
1139      viewport.updateConsensus();\r
1140      viewport.updateConservation();\r
1141    }\r
1142    resetAllColourSchemes();\r
1143    if(alignPanel.overviewPanel!=null)\r
1144      alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
1145 \r
1146    viewport.alignment.adjustSequenceAnnotations();\r
1147 \r
1148    alignPanel.repaint();\r
1149  }\r
1150 \r
1151   void resetAllColourSchemes()\r
1152   {\r
1153     ColourSchemeI cs = viewport.globalColourScheme;\r
1154     if(cs!=null)\r
1155     {\r
1156       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1157       {\r
1158         ( (ClustalxColourScheme) viewport.getGlobalColourScheme()).\r
1159             resetClustalX(viewport.alignment.getSequences(),\r
1160                           viewport.alignment.getWidth());\r
1161       }\r
1162 \r
1163       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1164       if (cs.conservationApplied())\r
1165       {\r
1166         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1167         Conservation c = new Conservation("All",\r
1168                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1169                                           al.getSequences(), 0,\r
1170                                           al.getWidth() - 1);\r
1171         c.calculate();\r
1172         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1173 \r
1174         cs.setConservation(c);\r
1175       }\r
1176     }\r
1177 \r
1178     int s, sSize = viewport.alignment.getGroups().size();\r
1179     for(s=0; s<sSize; s++)\r
1180     {\r
1181       SequenceGroup sg = (SequenceGroup)viewport.alignment.getGroups().elementAt(s);\r
1182       if(sg.cs!=null && sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1183       {\r
1184         ((ClustalxColourScheme)sg.cs).resetClustalX(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1185       }\r
1186       sg.recalcConservation();\r
1187     }\r
1188   }\r
1189 \r
1190   /**\r
1191    * DOCUMENT ME!\r
1192    *\r
1193    * @param e DOCUMENT ME!\r
1194    */\r
1195   public void padGapsMenuitem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1196   {\r
1197     addHistoryItem(new HistoryItem("Pad Gaps", viewport.alignment,\r
1198                                    HistoryItem.HIDE));\r
1199     if (viewport.getAlignment().padGaps())\r
1200       alignmentChanged();\r
1201   }\r
1202 \r
1203   /**\r
1204    * DOCUMENT ME!\r
1205    *\r
1206    * @param e DOCUMENT ME!\r
1207    */\r
1208   public void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1209   {\r
1210     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1211     Finder finder = new Finder(viewport, alignPanel, frame);\r
1212     frame.setContentPane(finder);\r
1213     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1214     Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);\r
1215   }\r
1216 \r
1217   /**\r
1218    * DOCUMENT ME!\r
1219    *\r
1220    * @param e DOCUMENT ME!\r
1221    */\r
1222   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1223   {\r
1224     new FontChooser(alignPanel);\r
1225   }\r
1226 \r
1227   public void smoothFont_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1228   {\r
1229     viewport.antiAlias = smoothFont.isSelected();\r
1230     alignPanel.annotationPanel.image = null;\r
1231     alignPanel.repaint();\r
1232   }\r
1233 \r
1234 \r
1235   /**\r
1236    * DOCUMENT ME!\r
1237    *\r
1238    * @param e DOCUMENT ME!\r
1239    */\r
1240   protected void seqLimit_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1241   {\r
1242     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.isSelected());\r
1243 \r
1244     alignPanel.idPanel.idCanvas.setPreferredSize(alignPanel.calculateIdWidth());\r
1245     alignPanel.repaint();\r
1246   }\r
1247 \r
1248 \r
1249   /**\r
1250    * DOCUMENT ME!\r
1251    *\r
1252    * @param e DOCUMENT ME!\r
1253    */\r
1254   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1255   {\r
1256     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.isSelected());\r
1257     alignPanel.repaint();\r
1258   }\r
1259 \r
1260   /**\r
1261    * DOCUMENT ME!\r
1262    *\r
1263    * @param e DOCUMENT ME!\r
1264    */\r
1265   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1266   {\r
1267     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1268     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1269     scaleAbove.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1270     scaleLeft.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1271     scaleRight.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1272     alignPanel.repaint();\r
1273   }\r
1274 \r
1275   /**\r
1276    * DOCUMENT ME!\r
1277    *\r
1278    * @param e DOCUMENT ME!\r
1279    */\r
1280   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1281   {\r
1282     viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.isSelected());\r
1283     alignPanel.repaint();\r
1284   }\r
1285 \r
1286   /**\r
1287    * DOCUMENT ME!\r
1288    *\r
1289    * @param e DOCUMENT ME!\r
1290    */\r
1291   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1292   {\r
1293     viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.isSelected());\r
1294     alignPanel.repaint();\r
1295   }\r
1296 \r
1297   /**\r
1298    * DOCUMENT ME!\r
1299    *\r
1300    * @param e DOCUMENT ME!\r
1301    */\r
1302   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1303   {\r
1304     viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.isSelected());\r
1305     alignPanel.repaint();\r
1306   }\r
1307 \r
1308   /**\r
1309    * DOCUMENT ME!\r
1310    *\r
1311    * @param e DOCUMENT ME!\r
1312    */\r
1313   public void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1314   {\r
1315     viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.isSelected());\r
1316     alignPanel.repaint();\r
1317   }\r
1318 \r
1319   /**\r
1320    * DOCUMENT ME!\r
1321    *\r
1322    * @param e DOCUMENT ME!\r
1323    */\r
1324   public void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1325   {\r
1326     viewport.setShowText(viewTextMenuItem.isSelected());\r
1327     alignPanel.repaint();\r
1328   }\r
1329 \r
1330   /**\r
1331    * DOCUMENT ME!\r
1332    *\r
1333    * @param e DOCUMENT ME!\r
1334    */\r
1335   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1336   {\r
1337     viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.isSelected());\r
1338     alignPanel.repaint();\r
1339   }\r
1340 \r
1341   public void fetchSeqFeatures_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1342   {\r
1343     if (!viewport.alignment.isNucleotide())\r
1344     {\r
1345       new SequenceFeatureFetcher(viewport.\r
1346                                  alignment,\r
1347                                  alignPanel);\r
1348       viewport.setShowSequenceFeatures(true);\r
1349       showSeqFeatures.setSelected(true);\r
1350     }\r
1351   }\r
1352 \r
1353 \r
1354   public void featureSettings_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1355   {\r
1356     new FeatureSettings(viewport, alignPanel);\r
1357   }\r
1358 \r
1359   /**\r
1360    * DOCUMENT ME!\r
1361    *\r
1362    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1363    */\r
1364   public void showSeqFeatures_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1365   {\r
1366     viewport.setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures.isSelected());\r
1367     alignPanel.repaint();\r
1368     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1369     {\r
1370       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1371     }\r
1372   }\r
1373 \r
1374   /**\r
1375    * DOCUMENT ME!\r
1376    *\r
1377    * @param e DOCUMENT ME!\r
1378    */\r
1379   public void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1380   {\r
1381     viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1382     alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1383   }\r
1384 \r
1385   /**\r
1386    * DOCUMENT ME!\r
1387    *\r
1388    * @param e DOCUMENT ME!\r
1389    */\r
1390   public void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1391   {\r
1392     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1393     {\r
1394       return;\r
1395     }\r
1396 \r
1397     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1398     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1399     frame.setContentPane(overview);\r
1400     Desktop.addInternalFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1401                              frame.getWidth(), frame.getHeight());\r
1402     frame.pack();\r
1403     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1404     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
1405     {\r
1406       public void internalFrameClosed(\r
1407           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1408       {\r
1409         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1410       }\r
1411       ;\r
1412     });\r
1413 \r
1414     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1415   }\r
1416 \r
1417   /**\r
1418    * DOCUMENT ME!\r
1419    *\r
1420    * @param e DOCUMENT ME!\r
1421    */\r
1422   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1423   {\r
1424     changeColour(null);\r
1425   }\r
1426 \r
1427   /**\r
1428    * DOCUMENT ME!\r
1429    *\r
1430    * @param e DOCUMENT ME!\r
1431    */\r
1432   public void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1433   {\r
1434     changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
1435         viewport.alignment.getSequences(), viewport.alignment.getWidth()));\r
1436   }\r
1437 \r
1438   /**\r
1439    * DOCUMENT ME!\r
1440    *\r
1441    * @param e DOCUMENT ME!\r
1442    */\r
1443   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1444   {\r
1445     changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1446   }\r
1447 \r
1448   /**\r
1449    * DOCUMENT ME!\r
1450    *\r
1451    * @param e DOCUMENT ME!\r
1452    */\r
1453   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1454   {\r
1455     changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1456   }\r
1457 \r
1458   /**\r
1459    * DOCUMENT ME!\r
1460    *\r
1461    * @param e DOCUMENT ME!\r
1462    */\r
1463   public void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1464   {\r
1465     changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1466   }\r
1467 \r
1468   /**\r
1469    * DOCUMENT ME!\r
1470    *\r
1471    * @param e DOCUMENT ME!\r
1472    */\r
1473   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1474   {\r
1475     changeColour(new HelixColourScheme());\r
1476   }\r
1477 \r
1478   /**\r
1479    * DOCUMENT ME!\r
1480    *\r
1481    * @param e DOCUMENT ME!\r
1482    */\r
1483   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1484   {\r
1485     changeColour(new StrandColourScheme());\r
1486   }\r
1487 \r
1488   /**\r
1489    * DOCUMENT ME!\r
1490    *\r
1491    * @param e DOCUMENT ME!\r
1492    */\r
1493   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1494   {\r
1495     changeColour(new TurnColourScheme());\r
1496   }\r
1497 \r
1498   /**\r
1499    * DOCUMENT ME!\r
1500    *\r
1501    * @param e DOCUMENT ME!\r
1502    */\r
1503   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1504   {\r
1505     changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1506   }\r
1507 \r
1508   /**\r
1509    * DOCUMENT ME!\r
1510    *\r
1511    * @param e DOCUMENT ME!\r
1512    */\r
1513   public void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1514   {\r
1515     changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1516   }\r
1517 \r
1518   public void annotationColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1519   {\r
1520     new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1521   }\r
1522 \r
1523 \r
1524   /**\r
1525    * DOCUMENT ME!\r
1526    *\r
1527    * @param e DOCUMENT ME!\r
1528    */\r
1529   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1530   {\r
1531     viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.isSelected());\r
1532   }\r
1533 \r
1534   /**\r
1535    * DOCUMENT ME!\r
1536    *\r
1537    * @param cs DOCUMENT ME!\r
1538    */\r
1539   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1540   {\r
1541     int threshold = 0;\r
1542 \r
1543     if(cs!=null)\r
1544     {\r
1545       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1546       {\r
1547         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
1548                                                    "Background");\r
1549 \r
1550         cs.setThreshold(threshold,\r
1551                         viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1552 \r
1553         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1554       }\r
1555       else\r
1556       {\r
1557         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1558       }\r
1559 \r
1560       if (viewport.getConservationSelected())\r
1561       {\r
1562 \r
1563         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1564         Conservation c = new Conservation("All",\r
1565                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1566                                           al.getSequences(), 0,\r
1567                                           al.getWidth() - 1);\r
1568 \r
1569         c.calculate();\r
1570         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1571 \r
1572         cs.setConservation(c);\r
1573 \r
1574         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1575             "Background"));\r
1576       }\r
1577       else\r
1578       {\r
1579         cs.setConservation(null);\r
1580       }\r
1581 \r
1582       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1583     }\r
1584 \r
1585     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1586 \r
1587     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1588     {\r
1589       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1590 \r
1591       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1592       {\r
1593         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1594 \r
1595         if (cs == null)\r
1596         {\r
1597           sg.cs = null;\r
1598           continue;\r
1599         }\r
1600 \r
1601         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1602         {\r
1603           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1604         }\r
1605         else if (cs instanceof UserColourScheme)\r
1606         {\r
1607           sg.cs = new UserColourScheme( ( (UserColourScheme) cs).getColours());\r
1608         }\r
1609         else\r
1610         {\r
1611           try\r
1612           {\r
1613             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1614           }\r
1615           catch (Exception ex)\r
1616           {\r
1617           }\r
1618         }\r
1619 \r
1620         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1621             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1622             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1623         {\r
1624          sg.cs.setThreshold(threshold,\r
1625                 viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1626 \r
1627           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
1628               sg.getWidth()));\r
1629         }\r
1630         else\r
1631           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1632 \r
1633 \r
1634         if (viewport.getConservationSelected())\r
1635         {\r
1636           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1637                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1638                                             sg.sequences, 0,\r
1639                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1640           c.calculate();\r
1641           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1642           sg.cs.setConservation(c);\r
1643         }\r
1644         else\r
1645           sg.cs.setConservation(null);\r
1646       }\r
1647     }\r
1648 \r
1649     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1650     {\r
1651       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1652     }\r
1653 \r
1654     alignPanel.repaint();\r
1655   }\r
1656 \r
1657   /**\r
1658    * DOCUMENT ME!\r
1659    *\r
1660    * @param e DOCUMENT ME!\r
1661    */\r
1662   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1663   {\r
1664     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1665     {\r
1666       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
1667                                      viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1668                                      "Background");\r
1669       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1670     }\r
1671   }\r
1672 \r
1673   /**\r
1674    * DOCUMENT ME!\r
1675    *\r
1676    * @param e DOCUMENT ME!\r
1677    */\r
1678   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1679   {\r
1680     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1681     {\r
1682       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
1683                                         viewport.globalColourScheme,\r
1684                                         "Background");\r
1685       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1686     }\r
1687   }\r
1688 \r
1689   /**\r
1690    * DOCUMENT ME!\r
1691    *\r
1692    * @param e DOCUMENT ME!\r
1693    */\r
1694   protected void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1695   {\r
1696     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.isSelected());\r
1697 \r
1698     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1699     abovePIDThreshold.setSelected(false);\r
1700 \r
1701     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1702 \r
1703     modifyConservation_actionPerformed(null);\r
1704   }\r
1705 \r
1706   /**\r
1707    * DOCUMENT ME!\r
1708    *\r
1709    * @param e DOCUMENT ME!\r
1710    */\r
1711   public void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1712   {\r
1713     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.isSelected());\r
1714 \r
1715     conservationMenuItem.setSelected(false);\r
1716     viewport.setConservationSelected(false);\r
1717 \r
1718     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1719 \r
1720     modifyPID_actionPerformed(null);\r
1721   }\r
1722 \r
1723   /**\r
1724    * DOCUMENT ME!\r
1725    *\r
1726    * @param e DOCUMENT ME!\r
1727    */\r
1728   public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1729   {\r
1730     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
1731     {\r
1732       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1733     }\r
1734     else\r
1735     {\r
1736       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
1737           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
1738 \r
1739       changeColour(udc);\r
1740     }\r
1741   }\r
1742 \r
1743   public void updateUserColourMenu()\r
1744   {\r
1745 \r
1746     Component[] menuItems = colourMenu.getMenuComponents();\r
1747     int i, iSize = menuItems.length;\r
1748     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
1749     {\r
1750       if (menuItems[i].getName() != null &&\r
1751           menuItems[i].getName().equals("USER_DEFINED"))\r
1752       {\r
1753         colourMenu.remove(menuItems[i]);\r
1754         iSize--;\r
1755       }\r
1756     }\r
1757     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
1758     {\r
1759       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
1760           getUserColourSchemes().keys();\r
1761 \r
1762       while (userColours.hasMoreElements())\r
1763       {\r
1764         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(userColours.\r
1765             nextElement().toString());\r
1766         radioItem.setName("USER_DEFINED");\r
1767         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
1768             {\r
1769               public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
1770               {\r
1771                 if(evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1772                 {\r
1773                   radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);\r
1774 \r
1775                   int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,\r
1776                       "Remove from default list?",\r
1777                       "Remove user defined colour",\r
1778                       JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
1779                   if(option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1780                   {\r
1781                     jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(radioItem.getText());\r
1782                     colourMenu.remove(radioItem);\r
1783                   }\r
1784                   else\r
1785                     radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1786                     {\r
1787                       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1788                       {\r
1789                         userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1790                       }\r
1791                     });\r
1792                 }\r
1793               }\r
1794             });\r
1795         radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1796         {\r
1797           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1798           {\r
1799             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1800           }\r
1801         });\r
1802 \r
1803         colourMenu.insert(radioItem, 15);\r
1804         colours.add(radioItem);\r
1805       }\r
1806     }\r
1807   }\r
1808 \r
1809   /**\r
1810    * DOCUMENT ME!\r
1811    *\r
1812    * @param e DOCUMENT ME!\r
1813    */\r
1814   public void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1815   {\r
1816     changeColour(new PIDColourScheme());\r
1817   }\r
1818 \r
1819   /**\r
1820    * DOCUMENT ME!\r
1821    *\r
1822    * @param e DOCUMENT ME!\r
1823    */\r
1824   public void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1825   {\r
1826     changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1827   }\r
1828 \r
1829   /**\r
1830    * DOCUMENT ME!\r
1831    *\r
1832    * @param e DOCUMENT ME!\r
1833    */\r
1834   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1835   {\r
1836     addHistoryItem(new HistoryItem("Pairwise Sort", viewport.alignment,\r
1837                                    HistoryItem.SORT));\r
1838     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
1839                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
1840     alignPanel.repaint();\r
1841   }\r
1842 \r
1843   /**\r
1844    * DOCUMENT ME!\r
1845    *\r
1846    * @param e DOCUMENT ME!\r
1847    */\r
1848   public void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1849   {\r
1850     addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
1851                                    HistoryItem.SORT));\r
1852     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
1853     alignPanel.repaint();\r
1854   }\r
1855 \r
1856   /**\r
1857    * DOCUMENT ME!\r
1858    *\r
1859    * @param e DOCUMENT ME!\r
1860    */\r
1861   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1862   {\r
1863     addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
1864                                    HistoryItem.SORT));\r
1865 \r
1866     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
1867     alignPanel.repaint();\r
1868   }\r
1869 \r
1870   /**\r
1871    * DOCUMENT ME!\r
1872    *\r
1873    * @param e DOCUMENT ME!\r
1874    */\r
1875   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1876   {\r
1877     RedundancyPanel sp = new RedundancyPanel(alignPanel, this);\r
1878     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1879     frame.setContentPane(sp);\r
1880     Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
1881                              100, false);\r
1882   }\r
1883 \r
1884   /**\r
1885    * DOCUMENT ME!\r
1886    *\r
1887    * @param e DOCUMENT ME!\r
1888    */\r
1889   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1890   {\r
1891     if ( (viewport.getSelectionGroup() == null) ||\r
1892         (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 2))\r
1893     {\r
1894       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1895                                             "You must select at least 2 sequences.",\r
1896                                             "Invalid Selection",\r
1897                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1898     }\r
1899     else\r
1900     {\r
1901       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1902       frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));\r
1903       Desktop.addInternalFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
1904     }\r
1905   }\r
1906 \r
1907   /**\r
1908    * DOCUMENT ME!\r
1909    *\r
1910    * @param e DOCUMENT ME!\r
1911    */\r
1912   public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1913   {\r
1914     if ( ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1915           (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) &&\r
1916           (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)) ||\r
1917         (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))\r
1918     {\r
1919       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1920                                             "Principal component analysis must take\n" +\r
1921                                             "at least 4 input sequences.",\r
1922                                             "Sequence selection insufficient",\r
1923                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1924 \r
1925       return;\r
1926     }\r
1927 \r
1928      new PCAPanel(viewport);\r
1929   }\r
1930 \r
1931   /**\r
1932    * DOCUMENT ME!\r
1933    *\r
1934    * @param e DOCUMENT ME!\r
1935    */\r
1936   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1937   {\r
1938     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
1939   }\r
1940 \r
1941   /**\r
1942    * DOCUMENT ME!\r
1943    *\r
1944    * @param e DOCUMENT ME!\r
1945    */\r
1946   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1947   {\r
1948     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
1949   }\r
1950 \r
1951   /**\r
1952    * DOCUMENT ME!\r
1953    *\r
1954    * @param e DOCUMENT ME!\r
1955    */\r
1956   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1957   {\r
1958     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
1959   }\r
1960 \r
1961   /**\r
1962    * DOCUMENT ME!\r
1963    *\r
1964    * @param e DOCUMENT ME!\r
1965    */\r
1966   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1967   {\r
1968     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
1969   }\r
1970 \r
1971   /**\r
1972    * DOCUMENT ME!\r
1973    *\r
1974    * @param type DOCUMENT ME!\r
1975    * @param pwType DOCUMENT ME!\r
1976    * @param title DOCUMENT ME!\r
1977    */\r
1978   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
1979   {\r
1980     final TreePanel tp;\r
1981 \r
1982     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1983         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
1984     {\r
1985       int s = 0;\r
1986       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1987 \r
1988       /* Decide if the selection is a column region */\r
1989       while (s < sg.sequences.size())\r
1990       {\r
1991         if ( ( (SequenceI) sg.sequences.elementAt(s++)).getLength() <\r
1992             sg.getEndRes())\r
1993         {\r
1994           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1995                                         "The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\n" +\r
1996                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1997                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1998                                         "Sequences in selection are not aligned",\r
1999                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2000 \r
2001           return;\r
2002         }\r
2003       }\r
2004 \r
2005       title = title + " on region";\r
2006       tp = new TreePanel(viewport,\r
2007                          viewport.getSelectionGroup().sequences, type, pwType,\r
2008                          sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
2009     }\r
2010     else\r
2011     {\r
2012       //are the sequences aligned?\r
2013       if (!viewport.alignment.isAligned())\r
2014       {\r
2015         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2016                                       "The sequences must be aligned before creating a tree.\n" +\r
2017                                       "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
2018                                       "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
2019                                       "Sequences not aligned",\r
2020                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2021 \r
2022         return;\r
2023       }\r
2024 \r
2025       tp = new TreePanel(viewport,\r
2026                          viewport.getAlignment().getSequences(), type, pwType,\r
2027                          0,\r
2028                          viewport.alignment.getWidth());\r
2029     }\r
2030 \r
2031     addTreeMenuItem(tp, title);\r
2032     viewport.setCurrentTree(tp.getTree());\r
2033 \r
2034     Desktop.addInternalFrame(tp, title + " from " + this.title, 600, 500);\r
2035   }\r
2036 \r
2037   /**\r
2038    * DOCUMENT ME!\r
2039    *\r
2040    * @param title DOCUMENT ME!\r
2041    * @param order DOCUMENT ME!\r
2042    */\r
2043   public void addSortByOrderMenuItem(String title, final AlignmentOrder order)\r
2044   {\r
2045     final JMenuItem item = new JMenuItem("by " + title);\r
2046     sort.add(item);\r
2047     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2048     {\r
2049       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2050       {\r
2051         addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2052                                        HistoryItem.SORT));\r
2053 \r
2054         // TODO: JBPNote - have to map order entries to curent SequenceI pointers\r
2055         AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), order);\r
2056         alignPanel.repaint();\r
2057       }\r
2058     });\r
2059   }\r
2060 \r
2061   /**\r
2062    * Maintain the Order by->Displayed Tree menu.\r
2063    * Creates a new menu item for a TreePanel with an appropriate\r
2064    * <code>jalview.analysis.AlignmentSorter</code> call. Listeners are added\r
2065    * to remove the menu item when the treePanel is closed, and adjust\r
2066    * the tree leaf to sequence mapping when the alignment is modified.\r
2067    * @param treePanel Displayed tree window.\r
2068    * @param title SortBy menu item title.\r
2069    */\r
2070   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
2071   {\r
2072     final JMenuItem item = new JMenuItem(title);\r
2073 \r
2074     treeCount++;\r
2075 \r
2076     if (treeCount == 1)\r
2077     {\r
2078       sort.add(sortByTreeMenu);\r
2079     }\r
2080 \r
2081     sortByTreeMenu.add(item);\r
2082     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2083     {\r
2084       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2085       {\r
2086         addHistoryItem(new HistoryItem("Tree Sort",\r
2087                                        viewport.alignment, HistoryItem.SORT));\r
2088         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(),\r
2089                                    treePanel.getTree());\r
2090         alignPanel.repaint();\r
2091       }\r
2092     });\r
2093 \r
2094     treePanel.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
2095                                        InternalFrameAdapter()\r
2096     {\r
2097       public void internalFrameClosed(\r
2098           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
2099       {\r
2100         treeCount--;\r
2101         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2102 \r
2103         if (treeCount == 0)\r
2104         {\r
2105           sort.remove(sortByTreeMenu);\r
2106         }\r
2107       }\r
2108       ;\r
2109     });\r
2110   }\r
2111 \r
2112   /**\r
2113    * Work out whether the whole set of sequences\r
2114    * or just the selected set will be submitted for multiple alignment.\r
2115    *\r
2116    */\r
2117   private SequenceI[] gatherSequencesForAlignment()\r
2118   {\r
2119     // Now, check we have enough sequences\r
2120     SequenceI[] msa = null;\r
2121 \r
2122     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2123         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1))\r
2124     {\r
2125       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2126       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2127       int sz;\r
2128       msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2129 \r
2130       for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2131       {\r
2132         msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2133       }\r
2134     }\r
2135     else\r
2136     {\r
2137       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2138 \r
2139       if (seqs.size() > 1)\r
2140       {\r
2141         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2142 \r
2143         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2144         {\r
2145           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2146         }\r
2147       }\r
2148     }\r
2149     return msa;\r
2150   }\r
2151 \r
2152   /**\r
2153    * Decides what is submitted to a secondary structure prediction service,\r
2154    * the currently selected sequence, or the currently selected alignment\r
2155    * (where the first sequence in the set is the one that the prediction\r
2156    * will be for).\r
2157    */\r
2158   SequenceI[] gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction()\r
2159   {\r
2160     SequenceI seq = null;\r
2161     SequenceI[] msa = null;\r
2162 \r
2163     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2164         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
2165     {\r
2166       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2167       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2168 \r
2169       if ( (seqs.getSize() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2170       {\r
2171         seq = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(0);\r
2172       }\r
2173       else\r
2174       {\r
2175         int sz;\r
2176         msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2177 \r
2178         for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2179         {\r
2180           msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2181         }\r
2182       }\r
2183     }\r
2184     else\r
2185     {\r
2186       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2187 \r
2188       if ( (seqs.size() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2189       {\r
2190         seq = (SequenceI) seqs.elementAt(0);\r
2191       }\r
2192       else\r
2193       {\r
2194         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2195 \r
2196         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2197         {\r
2198           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2199         }\r
2200       }\r
2201     }\r
2202     if (msa != null)\r
2203     {\r
2204       return msa;\r
2205     }\r
2206     else\r
2207     {\r
2208       if (seq != null)\r
2209       {\r
2210         return new SequenceI[]\r
2211             {\r
2212             seq};\r
2213       }\r
2214     }\r
2215     return null;\r
2216   }\r
2217   /**\r
2218    * DOCUMENT ME!\r
2219    *\r
2220    * @param e DOCUMENT ME!\r
2221    */\r
2222   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2223   {\r
2224     // Pick the tree file\r
2225     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2226         getProperty(\r
2227             "LAST_DIRECTORY"));\r
2228     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2229     chooser.setDialogTitle("Select a newick-like tree file");\r
2230     chooser.setToolTipText("Load a tree file");\r
2231 \r
2232     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
2233 \r
2234     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2235     {\r
2236       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
2237       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
2238 \r
2239       try\r
2240       {\r
2241         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(choice,\r
2242             "File");\r
2243         viewport.setCurrentTree(ShowNewickTree(fin, choice).getTree());\r
2244       }\r
2245       catch (Exception ex)\r
2246       {\r
2247         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2248                                       "Problem reading tree file",\r
2249                                       ex.getMessage(),\r
2250                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2251         ex.printStackTrace();\r
2252       }\r
2253     }\r
2254   }\r
2255 \r
2256 \r
2257   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title)\r
2258   {\r
2259     return ShowNewickTree(nf,title,600,500,4,5);\r
2260   }\r
2261   /**\r
2262    * DOCUMENT ME!\r
2263    *\r
2264    * @param nf DOCUMENT ME!\r
2265    * @param title DOCUMENT ME!\r
2266    *\r
2267    * @return DOCUMENT ME!\r
2268    */\r
2269   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title, int w,int h,int x, int y)\r
2270   {\r
2271     TreePanel tp = null;\r
2272 \r
2273     try\r
2274     {\r
2275       nf.parse();\r
2276 \r
2277       if (nf.getTree() != null)\r
2278       {\r
2279         tp = new TreePanel(viewport,\r
2280                            viewport.getAlignment().getSequences(), nf,\r
2281                            "FromFile",\r
2282                            title);\r
2283 \r
2284         tp.setSize(w,h);\r
2285 \r
2286         if(x>0 && y>0)\r
2287           tp.setLocation(x,y);\r
2288 \r
2289 \r
2290         Desktop.addInternalFrame(tp, title, w, h);\r
2291         addTreeMenuItem(tp, title);\r
2292       }\r
2293     }\r
2294     catch (Exception ex)\r
2295     {\r
2296       ex.printStackTrace();\r
2297     }\r
2298 \r
2299     return tp;\r
2300   }\r
2301 \r
2302   class PrintThread\r
2303       extends Thread\r
2304   {\r
2305     public void run()\r
2306     {\r
2307       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
2308       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
2309       printJob.setPrintable(alignPanel, pf);\r
2310 \r
2311       if (printJob.printDialog())\r
2312       {\r
2313         try\r
2314         {\r
2315           printJob.print();\r
2316         }\r
2317         catch (Exception PrintException)\r
2318         {\r
2319           PrintException.printStackTrace();\r
2320         }\r
2321       }\r
2322     }\r
2323   }\r
2324 \r
2325   /**\r
2326    * Generates menu items and listener event actions for web service clients\r
2327    *\r
2328    */\r
2329   public void BuildWebServiceMenu()\r
2330   {\r
2331     if ( (Discoverer.services != null)\r
2332         && (Discoverer.services.size() > 0))\r
2333     {\r
2334       Vector msaws = (Vector) Discoverer.services.get("MsaWS");\r
2335       Vector secstrpr = (Vector) Discoverer.services.get("SecStrPred");\r
2336       Vector wsmenu = new Vector();\r
2337       if (msaws != null)\r
2338       {\r
2339         // Add any Multiple Sequence Alignment Services\r
2340         final JMenu msawsmenu = new JMenu("Alignment");\r
2341         for (int i = 0, j = msaws.size(); i < j; i++)\r
2342         {\r
2343           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle) msaws.\r
2344               get(i);\r
2345           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2346           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2347           {\r
2348             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2349             {\r
2350               SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2351               new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2352                   false, true, viewport.getAlignment().getDataset());\r
2353 \r
2354             }\r
2355 \r
2356           });\r
2357           msawsmenu.add(method);\r
2358           // Deal with services that we know accept partial alignments.\r
2359           if (sh.getName().indexOf("lustal") > -1)\r
2360           {\r
2361             // We know that ClustalWS can accept partial alignments for refinement.\r
2362             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(sh.getName()+" Realign");\r
2363             methodR.addActionListener(new ActionListener()\r
2364             {\r
2365               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2366               {\r
2367                 SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2368                 new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2369                     true, true, viewport.getAlignment().getDataset());\r
2370 \r
2371               }\r
2372 \r
2373             });\r
2374             msawsmenu.add(methodR);\r
2375 \r
2376           }\r
2377         }\r
2378         wsmenu.add(msawsmenu);\r
2379       }\r
2380       if (secstrpr != null)\r
2381       {\r
2382         // Add any secondary structure prediction services\r
2383         final JMenu secstrmenu = new JMenu("Secondary Structure Prediction");\r
2384         for (int i = 0, j = secstrpr.size(); i < j; i++)\r
2385         {\r
2386           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle)\r
2387               secstrpr.get(i);\r
2388           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2389           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2390           {\r
2391             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2392             {\r
2393               SequenceI[] msa = gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
2394               if (msa.length == 1)\r
2395               {\r
2396                 // Single Sequence prediction\r
2397                 new jalview.ws.JPredClient(sh,title, msa[0]);\r
2398               }\r
2399               else\r
2400               {\r
2401                 if (msa.length > 1)\r
2402                 {\r
2403                   // Single Sequence prediction\r
2404                   jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2405                       title, msa);\r
2406                 }\r
2407               }\r
2408             }\r
2409           });\r
2410           secstrmenu.add(method);\r
2411         }\r
2412         wsmenu.add(secstrmenu);\r
2413       }\r
2414       this.webService.removeAll();\r
2415       for (int i = 0, j = wsmenu.size(); i < j; i++)\r
2416       {\r
2417         webService.add( (JMenu) wsmenu.get(i));\r
2418       }\r
2419     }\r
2420     else\r
2421     {\r
2422       this.webService.removeAll();\r
2423       this.webService.add(this.webServiceNoServices);\r
2424     }\r
2425     // TODO: add in rediscovery function\r
2426     // TODO: reduce code redundancy.\r
2427     // TODO: group services by location as well as function.\r
2428   }\r
2429 \r
2430  /* public void vamsasStore_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2431   {\r
2432     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2433         getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
2434 \r
2435     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2436     chooser.setDialogTitle("Export to Vamsas file");\r
2437     chooser.setToolTipText("Export");\r
2438 \r
2439     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
2440 \r
2441     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2442     {\r
2443       jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(viewport);\r
2444       //vs.store(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()   );\r
2445       vs.storeJalview( chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath(), this);\r
2446     }\r
2447   }*/\r
2448 \r
2449 \r
2450 \r
2451 \r
2452 \r
2453 public void showTranslation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2454 {\r
2455   int s, sSize = viewport.alignment.getHeight();\r
2456   SequenceI [] newSeq = new SequenceI[sSize];\r
2457 \r
2458   int res, resSize;\r
2459   StringBuffer protein;\r
2460   String seq;\r
2461   for(s=0; s<sSize; s++)\r
2462   {\r
2463     protein = new StringBuffer();\r
2464     seq = AlignSeq.extractGaps("-. ", viewport.alignment.getSequenceAt(s).getSequence());\r
2465     resSize = seq.length();\r
2466     resSize -= resSize%3;\r
2467 \r
2468     for(res = 0; res < resSize; res+=3)\r
2469     {\r
2470       String codon = seq.substring(res, res+3);\r
2471       codon = codon.replace('U', 'T');\r
2472       String aa = ResidueProperties.codonTranslate(codon);\r
2473       if(aa==null)\r
2474         protein.append(viewport.getGapCharacter());\r
2475       else if(aa.equals("STOP"))\r
2476         protein.append("X");\r
2477       else\r
2478         protein.append( aa );\r
2479     }\r
2480     newSeq[s] = new Sequence(viewport.alignment.getSequenceAt(s).getName(), protein.toString());\r
2481   }\r
2482 \r
2483 \r
2484   AlignmentI al = new Alignment(newSeq);\r
2485   al.setDataset(null);\r
2486 \r
2487 \r
2488   ////////////////////////////////\r
2489   // Copy annotations across\r
2490   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation[] annotations\r
2491       = viewport.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
2492   int a, aSize;\r
2493   for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
2494   {\r
2495 \r
2496     if (annotations[i].label.equals("Quality") ||\r
2497         annotations[i].label.equals("Conservation") ||\r
2498         annotations[i].label.equals("Consensus"))\r
2499     {\r
2500       continue;\r
2501     }\r
2502 \r
2503 \r
2504     aSize = viewport.alignment.getWidth()/3;\r
2505     jalview.datamodel.Annotation [] anots =\r
2506         new jalview.datamodel.Annotation[aSize];\r
2507 \r
2508     for(a=0; a<viewport.alignment.getWidth(); a++)\r
2509     {\r
2510      if( annotations[i].annotations[a]==null\r
2511       || annotations[i].annotations[a]==null)\r
2512        continue;\r
2513 \r
2514       anots[a/3] = new Annotation(\r
2515      annotations[i].annotations[a].displayCharacter,\r
2516      annotations[i].annotations[a].description,\r
2517      annotations[i].annotations[a].secondaryStructure,\r
2518      annotations[i].annotations[a].value,\r
2519      annotations[i].annotations[a].colour);\r
2520     }\r
2521 \r
2522     jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa\r
2523           = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(annotations[i].label,\r
2524        annotations[i].description, anots );\r
2525      al.addAnnotation(aa);\r
2526   }\r
2527 \r
2528 \r
2529     AlignFrame af = new AlignFrame(al);\r
2530     Desktop.addInternalFrame(af, "Translation of "+this.getTitle(),\r
2531                              NEW_WINDOW_WIDTH,\r
2532                              NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
2533 \r
2534 \r
2535    // AlignViewport newViewport = new AlignViewport(al);\r
2536    // AlignmentPanel ap = new AlignmentPanel(this, newViewport);\r
2537    // tabbedPane.add("Protein", ap);\r
2538    // viewports.add(newViewport);\r
2539   //  alignPanels.add(ap);\r
2540 \r
2541     ///Dataset tab\r
2542   /////////////////////////\r
2543 \r
2544   //  AlignViewport ds = new AlignViewport(al.getDataset());\r
2545   //  ds.setDataset(true);\r
2546   //  AlignmentPanel dap = new AlignmentPanel(this, ds);\r
2547   //  tabbedPane.add("Dataset", dap);\r
2548   //  viewports.add(ds);\r
2549   //  alignPanels.add(dap);\r
2550   /////////////////////////\r
2551 \r
2552 \r
2553 }\r
2554 \r
2555 /*public void tabSelected()\r
2556  {\r
2557   int index = tabbedPane.getSelectedIndex();\r
2558   viewport = (AlignViewport)viewports.elementAt(index);\r
2559   alignPanel = (AlignmentPanel)alignPanels.elementAt(index);\r
2560  }*/\r
2561 \r
2562 /**\r
2563  * DOCUMENT ME!\r
2564  *\r
2565  * @param String DOCUMENT ME!\r
2566  */\r
2567 public boolean parseGroupsFile(String file)\r
2568 {\r
2569     String line = null;\r
2570     try\r
2571     {\r
2572       BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
2573       SequenceI seq = null;\r
2574       String type, desc, token;\r
2575 \r
2576       int index, start, end;\r
2577       StringTokenizer st;\r
2578       SequenceFeature sf;\r
2579       int lineNo = 0;\r
2580       String featureGroup = null;\r
2581       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
2582       {\r
2583         lineNo++;\r
2584         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
2585         if (st.countTokens() == 2)\r
2586         {\r
2587           type = st.nextToken();\r
2588           if (type.equalsIgnoreCase("startgroup"))\r
2589           {\r
2590             featureGroup = st.nextToken();\r
2591           }\r
2592           else if (type.equalsIgnoreCase("endgroup"))\r
2593           {\r
2594             //We should check whether this is the current group,\r
2595             //but at present theres no way of showing more than 1 group\r
2596             st.nextToken();\r
2597             featureGroup = null;\r
2598           }\r
2599           else\r
2600           {\r
2601             UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
2602             alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().setColour(type,\r
2603                 ucs.findColour("A"));\r
2604           }\r
2605           continue;\r
2606         }\r
2607 \r
2608         while (st.hasMoreElements())\r
2609         {\r
2610           desc = st.nextToken();\r
2611           token = st.nextToken();\r
2612           if (!token.equals("ID_NOT_SPECIFIED"))\r
2613           {\r
2614             index = viewport.alignment.findIndex(viewport.alignment.findName(token));\r
2615             st.nextToken();\r
2616           }\r
2617           else\r
2618           {\r
2619             index = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
2620           }\r
2621 \r
2622           start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
2623           end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
2624 \r
2625           seq = viewport.alignment.getSequenceAt(index);\r
2626 \r
2627           type = st.nextToken();\r
2628 \r
2629           if (alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().getColour(type) == null)\r
2630           {\r
2631             // Probably the old style groups file\r
2632             UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(type);\r
2633             alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().setColour(type, ucs.findColour("A"));\r
2634           }\r
2635 \r
2636           sf = new SequenceFeature(type, desc, "", start, end, featureGroup);\r
2637 \r
2638           seq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(sf);\r
2639         }\r
2640       }\r
2641     }\r
2642     catch (Exception ex)\r
2643     {\r
2644       System.out.println(line);\r
2645       ex.printStackTrace();\r
2646       System.out.println("Error parsing groups file: " + ex +"\n"+line);\r
2647       return false;\r
2648     }\r
2649 \r
2650     viewport.showSequenceFeatures = true;\r
2651     showSeqFeatures.setSelected(true);\r
2652     alignPanel.repaint();\r
2653     return true;\r
2654 }\r
2655 \r
2656 public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
2657 {}\r
2658 \r
2659 public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
2660 {}\r
2661 \r
2662 public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
2663 {}\r
2664 \r
2665 public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
2666 {}\r
2667 \r
2668 public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
2669 {\r
2670     Transferable t = evt.getTransferable();\r
2671     java.util.List files = null;\r
2672 \r
2673     try\r
2674     {\r
2675       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");\r
2676       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
2677       {\r
2678         //Works on Windows and MacOSX\r
2679         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
2680         files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
2681       }\r
2682       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))\r
2683       {\r
2684         // This is used by Unix drag system\r
2685         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
2686         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);\r
2687         files = new java.util.ArrayList(1);\r
2688         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(\r
2689             data,\r
2690             "\r\n");\r
2691              st.hasMoreTokens(); )\r
2692         {\r
2693           String s = st.nextToken();\r
2694           if (s.startsWith("#"))\r
2695           {\r
2696             // the line is a comment (as per the RFC 2483)\r
2697             continue;\r
2698           }\r
2699 \r
2700           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);\r
2701           java.io.File file = new java.io.File(uri);\r
2702           files.add(file);\r
2703         }\r
2704       }\r
2705     }\r
2706     catch (Exception e)\r
2707     {\r
2708       e.printStackTrace();\r
2709     }\r
2710     if (files != null)\r
2711     {\r
2712       try\r
2713       {\r
2714 \r
2715         for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
2716         {\r
2717           loadJalviewDataFile(files.get(i).toString());\r
2718         }\r
2719       }\r
2720       catch (Exception ex)\r
2721       {\r
2722         ex.printStackTrace();\r
2723       }\r
2724     }\r
2725 }\r
2726 \r
2727   // This method will attempt to load a "dropped" file first by testing\r
2728   // whether its and Annotation file, then group file. If both are\r
2729   // false then the user may have dropped an alignment file onto this\r
2730   // AlignFrame\r
2731    void loadJalviewDataFile(String file)\r
2732   {\r
2733     try{\r
2734       boolean isAnnotation = new AnnotationReader().readAnnotationFile(viewport.\r
2735           alignment, file);\r
2736 \r
2737       if (!isAnnotation)\r
2738       {\r
2739         boolean isGroupsFile = parseGroupsFile(file);\r
2740         if (!isGroupsFile)\r
2741         {\r
2742           String protocol = "File";\r
2743           String format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);\r
2744           SequenceI[] sequences = new FormatAdapter().readFile(file, protocol,\r
2745               format);\r
2746 \r
2747           FastaFile ff = new FastaFile();\r
2748           Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
2749           c.setContents(new StringSelection(ff.print(sequences)), this);\r
2750 \r
2751           this.paste(false);\r
2752         }\r
2753       }\r
2754 \r
2755       if (isAnnotation)\r
2756       {\r
2757         int height = alignPanel.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
2758         alignPanel.annotationScroller.setPreferredSize(\r
2759             new Dimension(alignPanel.annotationScroller.getWidth(),\r
2760                           height));\r
2761 \r
2762         alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
2763             alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
2764             height));\r
2765 \r
2766         alignPanel.addNotify();\r
2767       }\r
2768 \r
2769     }catch(Exception ex)\r
2770     {\r
2771       ex.printStackTrace();\r
2772     }\r
2773   }\r
2774 }\r