src/jalview/gui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Softwarechang\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.datatransfer.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.print.*;\r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 import javax.swing.event.*;\r
  31 \r
  32 import jalview.analysis.*;\r
  33 import jalview.datamodel.*;\r
  34 import jalview.io.*;\r
  35 import jalview.jbgui.*;\r
  36 import jalview.schemes.*;\r
  37 import jalview.ws.*;\r
  38 \r
  39 /**\r
  40  * DOCUMENT ME!\r
  41  *\r
  42  * @author $author$\r
  43  * @version $Revision$\r
  44  */\r
  45 public class AlignFrame\r
  46     extends GAlignFrame\r
  47 {\r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public static final int NEW_WINDOW_WIDTH = 700;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public static final int NEW_WINDOW_HEIGHT = 500;\r
  53   final AlignmentPanel alignPanel;\r
  54   final AlignViewport viewport;\r
  55 \r
  56   /** DOCUMENT ME!! */\r
  57   public String currentFileFormat = null;\r
  58   Stack historyList = new Stack();\r
  59   Stack redoList = new Stack();\r
  60   private int treeCount = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignFrame object.\r
  64    *\r
  65    * @param al DOCUMENT ME!\r
  66    */\r
  67   public AlignFrame(AlignmentI al)\r
  68   {\r
  69     viewport = new AlignViewport(al);\r
  70 \r
  71     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  72     alignPanel.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  73     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(alignPanel.\r
  74         annotationPanel.getPreferredSize());\r
  75     alignPanel.annotationScroller.setPreferredSize(alignPanel.annotationPanel.\r
  76         getPreferredSize());\r
  77     alignPanel.setAnnotationVisible(viewport.getShowAnnotation());\r
  78 \r
  79     getContentPane().add(alignPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
  80 \r
  81     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  82     {\r
  83       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)\r
  84       {\r
  85         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  86         {\r
  87           public void run()\r
  88           {\r
  89             alignPanel.requestFocus();\r
  90           }\r
  91         });\r
  92       }\r
  93     });\r
  94     addServiceListeners();\r
  95   }\r
  96 \r
  97   /* Set up intrinsic listeners for dynamically generated GUI bits. */\r
  98   private void addServiceListeners()\r
  99   {\r
 100     final java.beans.PropertyChangeListener thisListener;\r
 101     // Do this once to get current state\r
 102     BuildWebServiceMenu();\r
 103     Desktop.discoverer.addPropertyChangeListener(\r
 104         thisListener = new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 105     {\r
 106       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 107       {\r
 108         // System.out.println("Discoverer property change.");\r
 109         if (evt.getPropertyName().equals("services"))\r
 110         {\r
 111           // System.out.println("Rebuilding web service menu");\r
 112           BuildWebServiceMenu();\r
 113         }\r
 114       }\r
 115     });\r
 116     addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 117                              InternalFrameAdapter()\r
 118     {\r
 119       public void internalFrameClosed(\r
 120           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 121       {\r
 122         // System.out.println("deregistering discoverer listener");\r
 123         Desktop.discoverer.removePropertyChangeListener(thisListener);\r
 124         closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 125       }\r
 126       ;\r
 127     });\r
 128 \r
 129   }\r
 130 \r
 131   /**\r
 132    * DOCUMENT ME!\r
 133    *\r
 134    * @param String DOCUMENT ME!\r
 135    */\r
 136 \r
 137   public void parseGroupsFile(String file)\r
 138   {\r
 139     try\r
 140     {\r
 141       BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 142       SequenceI seq = null;\r
 143       String line, text, token;\r
 144       UserColourScheme ucs;\r
 145       int index, start, end;\r
 146       StringTokenizer st;\r
 147       SequenceGroup sg;\r
 148       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 149       {\r
 150         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 151         if (st.countTokens() != 6)\r
 152         {\r
 153           System.out.println("Groups file " + file +\r
 154                              " is invalid. Read help file.");\r
 155           System.exit(1);\r
 156         }\r
 157 \r
 158         while (st.hasMoreElements())\r
 159         {\r
 160           text = st.nextToken();\r
 161           token = st.nextToken();\r
 162           if (!token.equals("ID_NOT_SPECIFIED"))\r
 163           {\r
 164             index = viewport.alignment.findIndex(viewport.alignment.findName(\r
 165                 token));\r
 166             st.nextToken();\r
 167           }\r
 168           else\r
 169           {\r
 170             index = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 171           }\r
 172 \r
 173           start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 174           end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 175           ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 176 \r
 177           seq = viewport.alignment.getSequenceAt(index);\r
 178           start = seq.findIndex(start) - 1;\r
 179           end = seq.findIndex(end) - 1;\r
 180 \r
 181           sg = new SequenceGroup(text, ucs, true, true, false, start, end);\r
 182           sg.addSequence(seq, true);\r
 183 \r
 184           viewport.alignment.addGroup(sg);\r
 185         }\r
 186       }\r
 187 \r
 188     }\r
 189     catch (Exception ex)\r
 190     {\r
 191       System.out.println("Error parsing groups file: " + ex);\r
 192     }\r
 193   }\r
 194 \r
 195   /**\r
 196    * DOCUMENT ME!\r
 197    *\r
 198    * @param e DOCUMENT ME!\r
 199    */\r
 200   public void saveAlignmentMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 201   {\r
 202     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 203         getProperty(\r
 204             "LAST_DIRECTORY"),\r
 205         new String[]\r
 206         {\r
 207         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 208         "jar"\r
 209     },\r
 210         new String[]\r
 211         {\r
 212         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 213     }, currentFileFormat);\r
 214 \r
 215     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);\r
 216     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 217     chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");\r
 218     chooser.setToolTipText("Save");\r
 219 \r
 220     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 221 \r
 222     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 223     {\r
 224       currentFileFormat = chooser.getSelectedFormat();\r
 225       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 226                                     currentFileFormat);\r
 227 \r
 228       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 229       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 230 \r
 231       saveAlignment(choice, currentFileFormat);\r
 232     }\r
 233   }\r
 234 \r
 235   public boolean saveAlignment(String file, String format)\r
 236   {\r
 237     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 238     {\r
 239       String shortName = title;\r
 240 \r
 241       if (shortName.indexOf(java.io.File.separatorChar) > -1)\r
 242       {\r
 243         shortName = shortName.substring(shortName.lastIndexOf(\r
 244             java.io.File.separatorChar) + 1);\r
 245       }\r
 246 \r
 247       Jalview2XML.SaveAlignment(this, file, shortName);\r
 248 \r
 249       // USE Jalview2XML to save this file\r
 250       return true;\r
 251     }\r
 252     else\r
 253     {\r
 254       String output = FormatAdapter.formatSequences(format,\r
 255           viewport.getAlignment().\r
 256           getSequences());\r
 257       if (output == null)\r
 258       {\r
 259         return false;\r
 260       }\r
 261 \r
 262       try\r
 263       {\r
 264         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 265             new java.io.FileWriter(file));\r
 266 \r
 267         out.print(output);\r
 268         out.close();\r
 269         return true;\r
 270       }\r
 271       catch (Exception ex)\r
 272       {\r
 273         ex.printStackTrace();\r
 274       }\r
 275     }\r
 276     return false;\r
 277   }\r
 278 \r
 279   /**\r
 280    * DOCUMENT ME!\r
 281    *\r
 282    * @param e DOCUMENT ME!\r
 283    */\r
 284   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 285   {\r
 286     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 287     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 288                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
 289                              500);\r
 290     cap.setText(FormatAdapter.formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 291                                               viewport.getAlignment().\r
 292                                               getSequences()));\r
 293   }\r
 294 \r
 295   /**\r
 296    * DOCUMENT ME!\r
 297    *\r
 298    * @param e DOCUMENT ME!\r
 299    */\r
 300   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 301   {\r
 302     new HTMLOutput(viewport);\r
 303   }\r
 304 \r
 305   public void createImageMap(File file, String image)\r
 306   {\r
 307     alignPanel.makePNGImageMap(file, image);\r
 308   }\r
 309 \r
 310   /**\r
 311    * DOCUMENT ME!\r
 312    *\r
 313    * @param e DOCUMENT ME!\r
 314    */\r
 315   public void createPNG(File f)\r
 316   {\r
 317     alignPanel.makePNG(f);\r
 318   }\r
 319 \r
 320   /**\r
 321    * DOCUMENT ME!\r
 322    *\r
 323    * @param e DOCUMENT ME!\r
 324    */\r
 325   public void createEPS(File f)\r
 326   {\r
 327     alignPanel.makeEPS(f);\r
 328   }\r
 329 \r
 330   /**\r
 331    * DOCUMENT ME!\r
 332    *\r
 333    * @param e DOCUMENT ME!\r
 334    */\r
 335   public void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 336   {\r
 337     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 338     PrintThread thread = new PrintThread();\r
 339     thread.start();\r
 340   }\r
 341 \r
 342   /**\r
 343    * DOCUMENT ME!\r
 344    *\r
 345    * @param e DOCUMENT ME!\r
 346    */\r
 347   public void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 348   {\r
 349     try\r
 350     {\r
 351       PaintRefresher.components.remove(viewport.alignment);\r
 352       this.setClosed(true);\r
 353     }\r
 354     catch (Exception ex)\r
 355     {\r
 356     }\r
 357   }\r
 358 \r
 359   /**\r
 360    * DOCUMENT ME!\r
 361    */\r
 362   void updateEditMenuBar()\r
 363   {\r
 364     if (historyList.size() > 0)\r
 365     {\r
 366       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
 367 \r
 368       HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.peek();\r
 369       undoMenuItem.setText("Undo " + hi.getDescription());\r
 370     }\r
 371     else\r
 372     {\r
 373       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 374       undoMenuItem.setText("Undo");\r
 375     }\r
 376 \r
 377     if (redoList.size() > 0)\r
 378     {\r
 379       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
 380 \r
 381       HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.peek();\r
 382       redoMenuItem.setText("Redo " + hi.getDescription());\r
 383     }\r
 384     else\r
 385     {\r
 386       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 387       redoMenuItem.setText("Redo");\r
 388     }\r
 389   }\r
 390 \r
 391   /**\r
 392    * DOCUMENT ME!\r
 393    *\r
 394    * @param hi DOCUMENT ME!\r
 395    */\r
 396   public void addHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 397   {\r
 398     historyList.push(hi);\r
 399     updateEditMenuBar();\r
 400   }\r
 401 \r
 402   /**\r
 403    * DOCUMENT ME!\r
 404    *\r
 405    * @param e DOCUMENT ME!\r
 406    */\r
 407   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 408   {\r
 409     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 410     redoList.push(new HistoryItem(hi.getDescription(), viewport.alignment,\r
 411                                   HistoryItem.HIDE));\r
 412     restoreHistoryItem(hi);\r
 413   }\r
 414 \r
 415   /**\r
 416    * DOCUMENT ME!\r
 417    *\r
 418    * @param e DOCUMENT ME!\r
 419    */\r
 420   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 421   {\r
 422     HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.pop();\r
 423     restoreHistoryItem(hi);\r
 424     updateEditMenuBar();\r
 425     viewport.updateConsensus();\r
 426     alignPanel.repaint();\r
 427     alignPanel.repaint();\r
 428   }\r
 429 \r
 430   // used by undo and redo\r
 431   void restoreHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 432   {\r
 433     if (hi.getType() == HistoryItem.SORT)\r
 434     {\r
 435       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 436       {\r
 437         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(hi.getSequences()\r
 438             .elementAt(i),\r
 439             i);\r
 440       }\r
 441     }\r
 442     else\r
 443     {\r
 444       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 445       {\r
 446         SequenceI restore = (SequenceI) hi.getSequences().elementAt(i);\r
 447 \r
 448         if (restore.getLength() == 0)\r
 449         {\r
 450           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 451           viewport.alignment.getSequences().insertElementAt(restore,\r
 452               hi.getAlignIndex(i));\r
 453         }\r
 454         else\r
 455         {\r
 456           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 457         }\r
 458       }\r
 459 \r
 460       if (hi.getType() == HistoryItem.PASTE)\r
 461       {\r
 462         for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 1;\r
 463              i > (hi.getSequences().size() - 1); i--)\r
 464         {\r
 465           viewport.alignment.deleteSequence(i);\r
 466         }\r
 467       }\r
 468     }\r
 469 \r
 470     updateEditMenuBar();\r
 471 \r
 472     viewport.updateConsensus();\r
 473     viewport.updateConservation();\r
 474     alignPanel.repaint();\r
 475     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 476                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
 477   }\r
 478 \r
 479   /**\r
 480    * DOCUMENT ME!\r
 481    *\r
 482    * @param up DOCUMENT ME!\r
 483    */\r
 484   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
 485   {\r
 486     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 487 \r
 488     if (sg == null)\r
 489     {\r
 490       return;\r
 491     }\r
 492 \r
 493     if (up)\r
 494     {\r
 495       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
 496       {\r
 497         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 498 \r
 499         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 500         {\r
 501           continue;\r
 502         }\r
 503 \r
 504         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
 505 \r
 506         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 507         {\r
 508           continue;\r
 509         }\r
 510 \r
 511         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 512         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
 513       }\r
 514     }\r
 515     else\r
 516     {\r
 517       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
 518       {\r
 519         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 520 \r
 521         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 522         {\r
 523           continue;\r
 524         }\r
 525 \r
 526         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
 527 \r
 528         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 529         {\r
 530           continue;\r
 531         }\r
 532 \r
 533         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 534         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
 535       }\r
 536     }\r
 537 \r
 538     alignPanel.repaint();\r
 539   }\r
 540 \r
 541   /**\r
 542    * DOCUMENT ME!\r
 543    *\r
 544    * @param e DOCUMENT ME!\r
 545    */\r
 546   protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 547   {\r
 548     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 549     {\r
 550       return;\r
 551     }\r
 552 \r
 553     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 554 \r
 555     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 556     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 557 \r
 558     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
 559 \r
 560     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 561     {\r
 562       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 563       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
 564       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
 565     }\r
 566 \r
 567     int index = 0, startRes, endRes;\r
 568     char ch;\r
 569 \r
 570     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 571     {\r
 572       SequenceI seq = null;\r
 573 \r
 574       while (seq == null)\r
 575       {\r
 576         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
 577         {\r
 578           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
 579           index++;\r
 580 \r
 581           break;\r
 582         }\r
 583         else\r
 584         {\r
 585           index++;\r
 586         }\r
 587       }\r
 588       //FIND START RES\r
 589       //Returns residue following index if gap\r
 590       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
 591 \r
 592       //FIND END RES\r
 593       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
 594       endRes = 0;\r
 595 \r
 596       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
 597       {\r
 598         ch = seq.getCharAt(j);\r
 599         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 600         {\r
 601           endRes++;\r
 602         }\r
 603       }\r
 604 \r
 605       if (endRes > 0)\r
 606       {\r
 607         endRes += seq.getStart() - 1;\r
 608       }\r
 609 \r
 610       buffer.append(seq.getName() + "\t" +\r
 611                     startRes + "\t" +\r
 612                     endRes + "\t" +\r
 613                     seq.getSequence(sg.getStartRes(),\r
 614                                     sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
 615     }\r
 616 \r
 617     c.setContents(new StringSelection(buffer.toString()), null);\r
 618   }\r
 619 \r
 620   /**\r
 621    * DOCUMENT ME!\r
 622    *\r
 623    * @param e DOCUMENT ME!\r
 624    */\r
 625   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 626   {\r
 627     paste(true);\r
 628   }\r
 629 \r
 630   /**\r
 631    * DOCUMENT ME!\r
 632    *\r
 633    * @param e DOCUMENT ME!\r
 634    */\r
 635   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 636   {\r
 637     addHistoryItem(new HistoryItem("Paste Sequences", viewport.alignment,\r
 638                                    HistoryItem.PASTE));\r
 639     paste(false);\r
 640   }\r
 641 \r
 642   /**\r
 643    * DOCUMENT ME!\r
 644    *\r
 645    * @param newAlignment DOCUMENT ME!\r
 646    */\r
 647   void paste(boolean newAlignment)\r
 648   {\r
 649     try\r
 650     {\r
 651       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 652       Transferable contents = c.getContents(this);\r
 653 \r
 654       if (contents == null)\r
 655       {\r
 656         return;\r
 657       }\r
 658 \r
 659       String str = (String) contents.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);\r
 660       StringTokenizer st = new StringTokenizer(str);\r
 661       ArrayList seqs = new ArrayList();\r
 662 \r
 663       while (st.hasMoreElements())\r
 664       {\r
 665         String name = st.nextToken();\r
 666         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 667         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 668         Sequence sequence = new Sequence(name, st.nextToken(), start,\r
 669                                          end);\r
 670 \r
 671         if (!newAlignment)\r
 672         {\r
 673           viewport.alignment.addSequence(sequence);\r
 674         }\r
 675         else\r
 676         {\r
 677           seqs.add(sequence);\r
 678         }\r
 679       }\r
 680 \r
 681       if (newAlignment)\r
 682       {\r
 683         SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 684         seqs.toArray(newSeqs);\r
 685 \r
 686         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs));\r
 687         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
 688 \r
 689         if (title.startsWith("Copied sequences"))\r
 690         {\r
 691           newtitle = title;\r
 692         }\r
 693         else\r
 694         {\r
 695           newtitle = newtitle.concat("- from " + title);\r
 696         }\r
 697 \r
 698         Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 699                                  NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 700       }\r
 701       else\r
 702       {\r
 703         viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 704                                     viewport.getAlignment().getSequences());\r
 705         viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
 706         viewport.alignment.getWidth();\r
 707         viewport.updateConservation();\r
 708         viewport.updateConsensus();\r
 709         alignPanel.repaint();\r
 710       }\r
 711     }\r
 712     catch (Exception ex)\r
 713     {\r
 714     }\r
 715 \r
 716     // could be anything being pasted in here\r
 717   }\r
 718 \r
 719   /**\r
 720    * DOCUMENT ME!\r
 721    *\r
 722    * @param e DOCUMENT ME!\r
 723    */\r
 724   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 725   {\r
 726     copy_actionPerformed(null);\r
 727     delete_actionPerformed(null);\r
 728   }\r
 729 \r
 730   /**\r
 731    * DOCUMENT ME!\r
 732    *\r
 733    * @param e DOCUMENT ME!\r
 734    */\r
 735   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 736   {\r
 737     boolean seqsdeleted = false;\r
 738 \r
 739     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 740     {\r
 741       return;\r
 742     }\r
 743 \r
 744     addHistoryItem(new HistoryItem("Delete Sequences", viewport.alignment,\r
 745                                    HistoryItem.HIDE));\r
 746 \r
 747     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 748     boolean allSequences = false;\r
 749     if (sg.sequences.size() == viewport.alignment.getHeight())\r
 750     {\r
 751       allSequences = true;\r
 752     }\r
 753 \r
 754     for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 755     {\r
 756       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 757       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
 758       seq.deleteChars(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 759 \r
 760       // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
 761       if (allSequences)\r
 762       {\r
 763         viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
 764             sg.getEndRes() + 1);\r
 765       }\r
 766 \r
 767       if (seq.getSequence().length() < 1)\r
 768       {\r
 769         seqsdeleted = true;\r
 770         viewport.getAlignment().deleteSequence(seq);\r
 771       }\r
 772       else\r
 773       {\r
 774         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, index);\r
 775       }\r
 776     }\r
 777 \r
 778     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 779     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 780 \r
 781     if (seqsdeleted)\r
 782     {\r
 783       viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 784                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
 785     }\r
 786 \r
 787     viewport.resetSeqLimits(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getHeight());\r
 788 \r
 789     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 790     {\r
 791       try\r
 792       {\r
 793         this.setClosed(true);\r
 794       }\r
 795       catch (Exception ex)\r
 796       {\r
 797       }\r
 798     }\r
 799 \r
 800     viewport.updateConservation();\r
 801     viewport.updateConsensus();\r
 802     alignPanel.repaint();\r
 803   }\r
 804 \r
 805   /**\r
 806    * DOCUMENT ME!\r
 807    *\r
 808    * @param e DOCUMENT ME!\r
 809    */\r
 810   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 811   {\r
 812     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
 813     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 814     alignPanel.repaint();\r
 815   }\r
 816 \r
 817   /**\r
 818    * DOCUMENT ME!\r
 819    *\r
 820    * @param e DOCUMENT ME!\r
 821    */\r
 822   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 823   {\r
 824     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 825 \r
 826     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 827          i++)\r
 828     {\r
 829       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 830     }\r
 831 \r
 832     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
 833     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 834     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 835   }\r
 836 \r
 837   /**\r
 838    * DOCUMENT ME!\r
 839    *\r
 840    * @param e DOCUMENT ME!\r
 841    */\r
 842   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 843   {\r
 844     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 845     viewport.getColumnSelection().clear();\r
 846     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 847     alignPanel.annotationPanel.activeRes = null;\r
 848     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 849   }\r
 850 \r
 851   /**\r
 852    * DOCUMENT ME!\r
 853    *\r
 854    * @param e DOCUMENT ME!\r
 855    */\r
 856   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 857   {\r
 858     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 859 \r
 860     if (sg == null)\r
 861     {\r
 862       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 863 \r
 864       return;\r
 865     }\r
 866 \r
 867     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 868          i++)\r
 869     {\r
 870       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 871     }\r
 872 \r
 873     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 874   }\r
 875 \r
 876   /**\r
 877    * DOCUMENT ME!\r
 878    *\r
 879    * @param e DOCUMENT ME!\r
 880    */\r
 881   public void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 882   {\r
 883     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 884 \r
 885     if (colSel.size() > 0)\r
 886     {\r
 887       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Left", viewport.alignment,\r
 888                                      HistoryItem.HIDE));\r
 889 \r
 890       int min = colSel.getMin();\r
 891       viewport.getAlignment().trimLeft(min);\r
 892       colSel.compensateForEdit(0, min);\r
 893 \r
 894       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 895       {\r
 896         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveLeft(min);\r
 897       }\r
 898 \r
 899       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 900 \r
 901       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 902       {\r
 903         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 904 \r
 905         if (!sg.adjustForRemoveLeft(min))\r
 906         {\r
 907           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 908         }\r
 909       }\r
 910 \r
 911       alignPanel.repaint();\r
 912     }\r
 913   }\r
 914 \r
 915   /**\r
 916    * DOCUMENT ME!\r
 917    *\r
 918    * @param e DOCUMENT ME!\r
 919    */\r
 920   public void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 921   {\r
 922     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 923 \r
 924     if (colSel.size() > 0)\r
 925     {\r
 926       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Right", viewport.alignment,\r
 927                                      HistoryItem.HIDE));\r
 928 \r
 929       int max = colSel.getMax();\r
 930       viewport.getAlignment().trimRight(max);\r
 931 \r
 932       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 933       {\r
 934         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveRight(max);\r
 935       }\r
 936 \r
 937       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 938 \r
 939       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 940       {\r
 941         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 942 \r
 943         if (!sg.adjustForRemoveRight(max))\r
 944         {\r
 945           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 946         }\r
 947       }\r
 948 \r
 949       alignPanel.repaint();\r
 950     }\r
 951   }\r
 952 \r
 953   /**\r
 954    * DOCUMENT ME!\r
 955    *\r
 956    * @param e DOCUMENT ME!\r
 957    */\r
 958   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 959   {\r
 960     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gapped Columns",\r
 961                                    viewport.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 962 \r
 963     viewport.getAlignment().removeGaps();\r
 964     viewport.updateConservation();\r
 965     viewport.updateConsensus();\r
 966     alignPanel.repaint();\r
 967   }\r
 968 \r
 969   /**\r
 970    * DOCUMENT ME!\r
 971    *\r
 972    * @param e DOCUMENT ME!\r
 973    */\r
 974   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 975   {\r
 976     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gaps", viewport.alignment,\r
 977                                    HistoryItem.HIDE));\r
 978 \r
 979     SequenceI current;\r
 980     int jSize;\r
 981 \r
 982     Vector seqs = null;\r
 983 \r
 984     int start = 0;\r
 985     int end = viewport.alignment.getWidth();\r
 986 \r
 987     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
 988         && viewport.getSelectionGroup().sequences != null\r
 989         && viewport.getSelectionGroup().sequences.size() > 0)\r
 990     {\r
 991       seqs = viewport.getSelectionGroup().sequences;\r
 992       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
 993       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
 994     }\r
 995     else\r
 996     {\r
 997       seqs = viewport.alignment.getSequences();\r
 998     }\r
 999 \r
1000     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1001     {\r
1002       current = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1003       jSize = current.getLength();\r
1004 \r
1005       int j = start;\r
1006 \r
1007       do\r
1008       {\r
1009         if (jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))\r
1010         {\r
1011           current.deleteCharAt(j);\r
1012           j--;\r
1013           jSize--;\r
1014         }\r
1015         j++;\r
1016       }\r
1017       while (j < end && j < jSize);\r
1018     }\r
1019 \r
1020     viewport.updateConservation();\r
1021     viewport.updateConsensus();\r
1022     alignPanel.repaint();\r
1023   }\r
1024 \r
1025   /**\r
1026    * DOCUMENT ME!\r
1027    *\r
1028    * @param e DOCUMENT ME!\r
1029    */\r
1030   public void padGapsMenuitem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1031   {\r
1032     addHistoryItem(new HistoryItem("Pad Gaps", viewport.alignment,\r
1033                                    HistoryItem.HIDE));\r
1034 \r
1035     SequenceI current;\r
1036     int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
1037 \r
1038     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
1039          i++)\r
1040     {\r
1041       current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1042 \r
1043       if (current.getLength() < Width)\r
1044       {\r
1045         current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
1046       }\r
1047     }\r
1048 \r
1049     viewport.updateConservation();\r
1050     viewport.updateConsensus();\r
1051     alignPanel.repaint();\r
1052   }\r
1053 \r
1054   /**\r
1055    * DOCUMENT ME!\r
1056    *\r
1057    * @param e DOCUMENT ME!\r
1058    */\r
1059   public void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1060   {\r
1061     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1062     Finder finder = new Finder(viewport, alignPanel, frame);\r
1063     frame.setContentPane(finder);\r
1064     Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);\r
1065     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1066   }\r
1067 \r
1068   /**\r
1069    * DOCUMENT ME!\r
1070    *\r
1071    * @param e DOCUMENT ME!\r
1072    */\r
1073   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1074   {\r
1075     FontChooser fc = new FontChooser(alignPanel);\r
1076   }\r
1077 \r
1078   /**\r
1079    * DOCUMENT ME!\r
1080    *\r
1081    * @param e DOCUMENT ME!\r
1082    */\r
1083   protected void fullSeqId_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1084   {\r
1085     viewport.setShowFullId(fullSeqId.isSelected());\r
1086 \r
1087     alignPanel.idPanel.idCanvas.setPreferredSize(alignPanel.calculateIdWidth());\r
1088     alignPanel.repaint();\r
1089   }\r
1090 \r
1091   /**\r
1092    * DOCUMENT ME!\r
1093    *\r
1094    * @param e DOCUMENT ME!\r
1095    */\r
1096   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1097   {\r
1098     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.isSelected());\r
1099     alignPanel.repaint();\r
1100   }\r
1101 \r
1102   /**\r
1103    * DOCUMENT ME!\r
1104    *\r
1105    * @param e DOCUMENT ME!\r
1106    */\r
1107   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1108   {\r
1109     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1110     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1111     scaleAbove.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1112     scaleLeft.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1113     scaleRight.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1114     alignPanel.repaint();\r
1115   }\r
1116 \r
1117   /**\r
1118    * DOCUMENT ME!\r
1119    *\r
1120    * @param e DOCUMENT ME!\r
1121    */\r
1122   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1123   {\r
1124     viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.isSelected());\r
1125     alignPanel.repaint();\r
1126   }\r
1127 \r
1128   /**\r
1129    * DOCUMENT ME!\r
1130    *\r
1131    * @param e DOCUMENT ME!\r
1132    */\r
1133   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1134   {\r
1135     viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.isSelected());\r
1136     alignPanel.repaint();\r
1137   }\r
1138 \r
1139   /**\r
1140    * DOCUMENT ME!\r
1141    *\r
1142    * @param e DOCUMENT ME!\r
1143    */\r
1144   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1145   {\r
1146     viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.isSelected());\r
1147     alignPanel.repaint();\r
1148   }\r
1149 \r
1150   /**\r
1151    * DOCUMENT ME!\r
1152    *\r
1153    * @param e DOCUMENT ME!\r
1154    */\r
1155   public void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1156   {\r
1157     viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.isSelected());\r
1158     alignPanel.repaint();\r
1159   }\r
1160 \r
1161   /**\r
1162    * DOCUMENT ME!\r
1163    *\r
1164    * @param e DOCUMENT ME!\r
1165    */\r
1166   public void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1167   {\r
1168     viewport.setShowText(viewTextMenuItem.isSelected());\r
1169     alignPanel.repaint();\r
1170   }\r
1171 \r
1172   /**\r
1173    * DOCUMENT ME!\r
1174    *\r
1175    * @param e DOCUMENT ME!\r
1176    */\r
1177   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1178   {\r
1179     viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.isSelected());\r
1180     alignPanel.repaint();\r
1181   }\r
1182 \r
1183   /**\r
1184    * DOCUMENT ME!\r
1185    *\r
1186    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1187    */\r
1188   public void sequenceFeatures_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1189   {\r
1190     viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.isSelected());\r
1191 \r
1192     if (viewport.showSequenceFeatures &&\r
1193         ! ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded)\r
1194     {\r
1195       SequenceFeatureFetcher sft = new SequenceFeatureFetcher(viewport.\r
1196           alignment,\r
1197           alignPanel);\r
1198       ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded = true;\r
1199     }\r
1200 \r
1201     alignPanel.repaint();\r
1202   }\r
1203 \r
1204   /**\r
1205    * DOCUMENT ME!\r
1206    *\r
1207    * @param e DOCUMENT ME!\r
1208    */\r
1209   public void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1210   {\r
1211     if (annotationPanelMenuItem.isSelected() &&\r
1212         viewport.getWrapAlignment())\r
1213     {\r
1214       annotationPanelMenuItem.setSelected(false);\r
1215 \r
1216       return;\r
1217     }\r
1218 \r
1219     viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1220     alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1221   }\r
1222 \r
1223   /**\r
1224    * DOCUMENT ME!\r
1225    *\r
1226    * @param e DOCUMENT ME!\r
1227    */\r
1228   public void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1229   {\r
1230     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1231     {\r
1232       return;\r
1233     }\r
1234 \r
1235     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1236     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1237     frame.setContentPane(overview);\r
1238     Desktop.addInternalFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1239                              frame.getWidth(), frame.getHeight());\r
1240     frame.pack();\r
1241     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1242     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
1243     {\r
1244       public void internalFrameClosed(\r
1245           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1246       {\r
1247         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1248       }\r
1249       ;\r
1250     });\r
1251 \r
1252     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1253   }\r
1254 \r
1255   /**\r
1256    * DOCUMENT ME!\r
1257    *\r
1258    * @param e DOCUMENT ME!\r
1259    */\r
1260   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1261   {\r
1262     changeColour(null);\r
1263   }\r
1264 \r
1265   /**\r
1266    * DOCUMENT ME!\r
1267    *\r
1268    * @param e DOCUMENT ME!\r
1269    */\r
1270   public void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1271   {\r
1272     changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
1273         viewport.alignment.getSequences(), viewport.alignment.getWidth()));\r
1274   }\r
1275 \r
1276   /**\r
1277    * DOCUMENT ME!\r
1278    *\r
1279    * @param e DOCUMENT ME!\r
1280    */\r
1281   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1282   {\r
1283     changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1284   }\r
1285 \r
1286   /**\r
1287    * DOCUMENT ME!\r
1288    *\r
1289    * @param e DOCUMENT ME!\r
1290    */\r
1291   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1292   {\r
1293     changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1294   }\r
1295 \r
1296   /**\r
1297    * DOCUMENT ME!\r
1298    *\r
1299    * @param e DOCUMENT ME!\r
1300    */\r
1301   public void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1302   {\r
1303     changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1304   }\r
1305 \r
1306   /**\r
1307    * DOCUMENT ME!\r
1308    *\r
1309    * @param e DOCUMENT ME!\r
1310    */\r
1311   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1312   {\r
1313     changeColour(new HelixColourScheme());\r
1314   }\r
1315 \r
1316   /**\r
1317    * DOCUMENT ME!\r
1318    *\r
1319    * @param e DOCUMENT ME!\r
1320    */\r
1321   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1322   {\r
1323     changeColour(new StrandColourScheme());\r
1324   }\r
1325 \r
1326   /**\r
1327    * DOCUMENT ME!\r
1328    *\r
1329    * @param e DOCUMENT ME!\r
1330    */\r
1331   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1332   {\r
1333     changeColour(new TurnColourScheme());\r
1334   }\r
1335 \r
1336   /**\r
1337    * DOCUMENT ME!\r
1338    *\r
1339    * @param e DOCUMENT ME!\r
1340    */\r
1341   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1342   {\r
1343     changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1344   }\r
1345 \r
1346   /**\r
1347    * DOCUMENT ME!\r
1348    *\r
1349    * @param e DOCUMENT ME!\r
1350    */\r
1351   public void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1352   {\r
1353     changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1354   }\r
1355 \r
1356   /**\r
1357    * DOCUMENT ME!\r
1358    *\r
1359    * @param e DOCUMENT ME!\r
1360    */\r
1361   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1362   {\r
1363     viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.isSelected());\r
1364   }\r
1365 \r
1366   /**\r
1367    * DOCUMENT ME!\r
1368    *\r
1369    * @param cs DOCUMENT ME!\r
1370    */\r
1371   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1372   {\r
1373     int threshold = 0;\r
1374 \r
1375     if(cs!=null)\r
1376     {\r
1377       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1378       {\r
1379         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
1380                                                    "Background");\r
1381 \r
1382         cs.setThreshold(threshold,\r
1383                         viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1384 \r
1385         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1386       }\r
1387       else\r
1388       {\r
1389         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1390       }\r
1391 \r
1392       if (viewport.getConservationSelected())\r
1393       {\r
1394 \r
1395         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1396         Conservation c = new Conservation("All",\r
1397                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1398                                           al.getSequences(), 0,\r
1399                                           al.getWidth() - 1);\r
1400 \r
1401         c.calculate();\r
1402         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1403 \r
1404         cs.setConservation(c);\r
1405 \r
1406         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1407             "Background"));\r
1408       }\r
1409       else\r
1410       {\r
1411         cs.setConservation(null);\r
1412       }\r
1413 \r
1414       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1415     }\r
1416 \r
1417     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1418 \r
1419     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1420     {\r
1421       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1422 \r
1423       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1424       {\r
1425         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1426 \r
1427         if (cs == null)\r
1428         {\r
1429           sg.cs = null;\r
1430           continue;\r
1431         }\r
1432 \r
1433         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1434         {\r
1435           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1436         }\r
1437         else if (cs instanceof UserColourScheme)\r
1438         {\r
1439           sg.cs = new UserColourScheme( ( (UserColourScheme) cs).getColours());\r
1440         }\r
1441         else\r
1442         {\r
1443           try\r
1444           {\r
1445             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1446           }\r
1447           catch (Exception ex)\r
1448           {\r
1449           }\r
1450         }\r
1451 \r
1452         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1453             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1454             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1455         {\r
1456          sg.cs.setThreshold(threshold,\r
1457                 viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1458 \r
1459           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
1460               sg.getWidth()));\r
1461         }\r
1462         else\r
1463           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1464 \r
1465 \r
1466         if (viewport.getConservationSelected())\r
1467         {\r
1468           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1469                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1470                                             sg.sequences, 0,\r
1471                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1472           c.calculate();\r
1473           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1474           sg.cs.setConservation(c);\r
1475         }\r
1476         else\r
1477           sg.cs.setConservation(null);\r
1478       }\r
1479     }\r
1480 \r
1481     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1482     {\r
1483       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1484     }\r
1485 \r
1486     alignPanel.repaint();\r
1487   }\r
1488 \r
1489   /**\r
1490    * DOCUMENT ME!\r
1491    *\r
1492    * @param e DOCUMENT ME!\r
1493    */\r
1494   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1495   {\r
1496     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1497     {\r
1498       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
1499                                      viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1500                                      "Background");\r
1501       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1502     }\r
1503   }\r
1504 \r
1505   /**\r
1506    * DOCUMENT ME!\r
1507    *\r
1508    * @param e DOCUMENT ME!\r
1509    */\r
1510   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1511   {\r
1512     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1513     {\r
1514       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
1515                                         viewport.globalColourScheme,\r
1516                                         "Background");\r
1517       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1518     }\r
1519   }\r
1520 \r
1521   /**\r
1522    * DOCUMENT ME!\r
1523    *\r
1524    * @param e DOCUMENT ME!\r
1525    */\r
1526   protected void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1527   {\r
1528     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.isSelected());\r
1529 \r
1530     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1531     abovePIDThreshold.setSelected(false);\r
1532 \r
1533     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1534 \r
1535     modifyConservation_actionPerformed(null);\r
1536   }\r
1537 \r
1538   /**\r
1539    * DOCUMENT ME!\r
1540    *\r
1541    * @param e DOCUMENT ME!\r
1542    */\r
1543   public void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1544   {\r
1545     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.isSelected());\r
1546 \r
1547     conservationMenuItem.setSelected(false);\r
1548     viewport.setConservationSelected(false);\r
1549 \r
1550     ColourSchemeI cs = viewport.getGlobalColourScheme();\r
1551 \r
1552     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1553 \r
1554     modifyPID_actionPerformed(null);\r
1555   }\r
1556 \r
1557   /**\r
1558    * DOCUMENT ME!\r
1559    *\r
1560    * @param e DOCUMENT ME!\r
1561    */\r
1562   public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1563   {\r
1564     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
1565     {\r
1566       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1567     }\r
1568     else\r
1569     {\r
1570       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
1571           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
1572 \r
1573       changeColour(udc);\r
1574     }\r
1575   }\r
1576 \r
1577   public void updateUserColourMenu()\r
1578   {\r
1579 \r
1580     Component[] menuItems = colourMenu.getMenuComponents();\r
1581     int i, iSize = menuItems.length;\r
1582     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
1583     {\r
1584       if (menuItems[i].getName() != null &&\r
1585           menuItems[i].getName().equals("USER_DEFINED"))\r
1586       {\r
1587         colourMenu.remove(menuItems[i]);\r
1588         iSize--;\r
1589       }\r
1590     }\r
1591     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
1592     {\r
1593       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
1594           getUserColourSchemes().keys();\r
1595 \r
1596       while (userColours.hasMoreElements())\r
1597       {\r
1598         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(userColours.\r
1599             nextElement().toString());\r
1600         radioItem.setName("USER_DEFINED");\r
1601         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
1602             {\r
1603               public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
1604               {\r
1605                 if(evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1606                 {\r
1607                   radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);\r
1608 \r
1609                   int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,\r
1610                       "Remove from default list?",\r
1611                       "Remove user defined colour",\r
1612                       JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
1613                   if(option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1614                   {\r
1615                     jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(radioItem.getText());\r
1616                     colourMenu.remove(radioItem);\r
1617                   }\r
1618                   else\r
1619                     radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1620                     {\r
1621                       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1622                       {\r
1623                         userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1624                       }\r
1625                     });\r
1626                 }\r
1627               }\r
1628             });\r
1629         radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1630         {\r
1631           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1632           {\r
1633             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1634           }\r
1635         });\r
1636 \r
1637         colourMenu.insert(radioItem, 15);\r
1638         colours.add(radioItem);\r
1639       }\r
1640     }\r
1641   }\r
1642 \r
1643   /**\r
1644    * DOCUMENT ME!\r
1645    *\r
1646    * @param e DOCUMENT ME!\r
1647    */\r
1648   public void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1649   {\r
1650     changeColour(new PIDColourScheme());\r
1651   }\r
1652 \r
1653   /**\r
1654    * DOCUMENT ME!\r
1655    *\r
1656    * @param e DOCUMENT ME!\r
1657    */\r
1658   public void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1659   {\r
1660     changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1661   }\r
1662 \r
1663   /**\r
1664    * DOCUMENT ME!\r
1665    *\r
1666    * @param e DOCUMENT ME!\r
1667    */\r
1668   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1669   {\r
1670     addHistoryItem(new HistoryItem("Pairwise Sort", viewport.alignment,\r
1671                                    HistoryItem.SORT));\r
1672     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
1673                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
1674     alignPanel.repaint();\r
1675   }\r
1676 \r
1677   /**\r
1678    * DOCUMENT ME!\r
1679    *\r
1680    * @param e DOCUMENT ME!\r
1681    */\r
1682   public void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1683   {\r
1684     addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
1685                                    HistoryItem.SORT));\r
1686     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
1687     alignPanel.repaint();\r
1688   }\r
1689 \r
1690   /**\r
1691    * DOCUMENT ME!\r
1692    *\r
1693    * @param e DOCUMENT ME!\r
1694    */\r
1695   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1696   {\r
1697     addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
1698                                    HistoryItem.SORT));\r
1699 \r
1700     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
1701     alignPanel.repaint();\r
1702   }\r
1703 \r
1704   /**\r
1705    * DOCUMENT ME!\r
1706    *\r
1707    * @param e DOCUMENT ME!\r
1708    */\r
1709   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1710   {\r
1711     RedundancyPanel sp = new RedundancyPanel(alignPanel, this);\r
1712     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1713     frame.setContentPane(sp);\r
1714     Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
1715                              100, false);\r
1716   }\r
1717 \r
1718   /**\r
1719    * DOCUMENT ME!\r
1720    *\r
1721    * @param e DOCUMENT ME!\r
1722    */\r
1723   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1724   {\r
1725     if ( (viewport.getSelectionGroup() == null) ||\r
1726         (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 2))\r
1727     {\r
1728       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1729                                             "You must select at least 2 sequences.",\r
1730                                             "Invalid Selection",\r
1731                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1732     }\r
1733     else\r
1734     {\r
1735       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1736       frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));\r
1737       Desktop.addInternalFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
1738     }\r
1739   }\r
1740 \r
1741   /**\r
1742    * DOCUMENT ME!\r
1743    *\r
1744    * @param e DOCUMENT ME!\r
1745    */\r
1746   public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1747   {\r
1748     if ( ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1749           (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) &&\r
1750           (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)) ||\r
1751         (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))\r
1752     {\r
1753       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1754                                             "Principal component analysis must take\n" +\r
1755                                             "at least 4 input sequences.",\r
1756                                             "Sequence selection insufficient",\r
1757                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1758 \r
1759       return;\r
1760     }\r
1761 \r
1762     try\r
1763     {\r
1764       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(viewport, null);\r
1765       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1766       frame.setContentPane(pcaPanel);\r
1767       Desktop.addInternalFrame(frame, "Principal component analysis",\r
1768                                400, 400);\r
1769     }\r
1770     catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
1771     {\r
1772       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1773                                             "Too many sequences selected\nfor Principal Component Analysis!!",\r
1774                                             "Out of memory",\r
1775                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1776     }\r
1777   }\r
1778 \r
1779   /**\r
1780    * DOCUMENT ME!\r
1781    *\r
1782    * @param e DOCUMENT ME!\r
1783    */\r
1784   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1785   {\r
1786     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
1787   }\r
1788 \r
1789   /**\r
1790    * DOCUMENT ME!\r
1791    *\r
1792    * @param e DOCUMENT ME!\r
1793    */\r
1794   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1795   {\r
1796     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
1797   }\r
1798 \r
1799   /**\r
1800    * DOCUMENT ME!\r
1801    *\r
1802    * @param e DOCUMENT ME!\r
1803    */\r
1804   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1805   {\r
1806     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
1807   }\r
1808 \r
1809   /**\r
1810    * DOCUMENT ME!\r
1811    *\r
1812    * @param e DOCUMENT ME!\r
1813    */\r
1814   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1815   {\r
1816     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
1817   }\r
1818 \r
1819   /**\r
1820    * DOCUMENT ME!\r
1821    *\r
1822    * @param type DOCUMENT ME!\r
1823    * @param pwType DOCUMENT ME!\r
1824    * @param title DOCUMENT ME!\r
1825    */\r
1826   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
1827   {\r
1828     final TreePanel tp;\r
1829 \r
1830     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1831         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
1832     {\r
1833       int s = 0;\r
1834       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1835 \r
1836       /* Decide if the selection is a column region */\r
1837       while (s < sg.sequences.size())\r
1838       {\r
1839         if ( ( (SequenceI) sg.sequences.elementAt(s++)).getLength() <\r
1840             sg.getEndRes())\r
1841         {\r
1842           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1843                                         "The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\n" +\r
1844                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1845                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1846                                         "Sequences in selection are not aligned",\r
1847                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1848 \r
1849           return;\r
1850         }\r
1851       }\r
1852 \r
1853       title = title + " on region";\r
1854       tp = new TreePanel(viewport,\r
1855                          viewport.getSelectionGroup().sequences, type, pwType,\r
1856                          sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
1857     }\r
1858     else\r
1859     {\r
1860       //are the sequences aligned?\r
1861       if (!viewport.alignment.isAligned())\r
1862       {\r
1863         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1864                                       "The sequences must be aligned before creating a tree.\n" +\r
1865                                       "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1866                                       "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1867                                       "Sequences not aligned",\r
1868                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1869 \r
1870         return;\r
1871       }\r
1872 \r
1873       tp = new TreePanel(viewport,\r
1874                          viewport.getAlignment().getSequences(), type, pwType,\r
1875                          0,\r
1876                          viewport.alignment.getWidth());\r
1877     }\r
1878 \r
1879     addTreeMenuItem(tp, title);\r
1880     viewport.setCurrentTree(tp.getTree());\r
1881 \r
1882     Desktop.addInternalFrame(tp, title + " from " + this.title, 600, 500);\r
1883   }\r
1884 \r
1885   /**\r
1886    * DOCUMENT ME!\r
1887    *\r
1888    * @param title DOCUMENT ME!\r
1889    * @param order DOCUMENT ME!\r
1890    */\r
1891   public void addSortByOrderMenuItem(String title, final AlignmentOrder order)\r
1892   {\r
1893     final JMenuItem item = new JMenuItem("by " + title);\r
1894     sort.add(item);\r
1895     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1896     {\r
1897       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1898       {\r
1899         addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
1900                                        HistoryItem.SORT));\r
1901 \r
1902         // TODO: JBPNote - have to map order entries to curent SequenceI pointers\r
1903         AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), order);\r
1904         alignPanel.repaint();\r
1905       }\r
1906     });\r
1907   }\r
1908 \r
1909   /**\r
1910    * Maintain the Order by->Displayed Tree menu.\r
1911    * Creates a new menu item for a TreePanel with an appropriate\r
1912    * <code>jalview.analysis.AlignmentSorter</code> call. Listeners are added\r
1913    * to remove the menu item when the treePanel is closed, and adjust\r
1914    * the tree leaf to sequence mapping when the alignment is modified.\r
1915    * @param treePanel Displayed tree window.\r
1916    * @param title SortBy menu item title.\r
1917    */\r
1918   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
1919   {\r
1920     final JMenuItem item = new JMenuItem(title);\r
1921 \r
1922     treeCount++;\r
1923 \r
1924     if (treeCount == 1)\r
1925     {\r
1926       sort.add(sortByTreeMenu);\r
1927     }\r
1928 \r
1929     sortByTreeMenu.add(item);\r
1930     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1931     {\r
1932       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1933       {\r
1934         addHistoryItem(new HistoryItem("Tree Sort",\r
1935                                        viewport.alignment, HistoryItem.SORT));\r
1936         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(),\r
1937                                    treePanel.getTree());\r
1938         alignPanel.repaint();\r
1939       }\r
1940     });\r
1941 \r
1942     treePanel.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
1943                                        InternalFrameAdapter()\r
1944     {\r
1945       public void internalFrameClosed(\r
1946           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1947       {\r
1948         treeCount--;\r
1949         sortByTreeMenu.remove(item);\r
1950 \r
1951         if (treeCount == 0)\r
1952         {\r
1953           sort.remove(sortByTreeMenu);\r
1954         }\r
1955       }\r
1956       ;\r
1957     });\r
1958     viewport.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()\r
1959     {\r
1960       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
1961       {\r
1962         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
1963         {\r
1964           treePanel.getTree().UpdatePlaceHolders( (Vector) evt.getNewValue());\r
1965           treePanel.repaint();\r
1966         }\r
1967       }\r
1968     });\r
1969   }\r
1970 \r
1971   /**\r
1972    * Work out whether the whole set of sequences\r
1973    * or just the selected set will be submitted for multiple alignment.\r
1974    *\r
1975    */\r
1976   private SequenceI[] gatherSequencesForAlignment()\r
1977   {\r
1978     // Now, check we have enough sequences\r
1979     SequenceI[] msa = null;\r
1980 \r
1981     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1982         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1))\r
1983     {\r
1984       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
1985       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
1986       int sz;\r
1987       msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
1988 \r
1989       for (int i = 0; i < sz; i++)\r
1990       {\r
1991         msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
1992       }\r
1993     }\r
1994     else\r
1995     {\r
1996       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
1997 \r
1998       if (seqs.size() > 1)\r
1999       {\r
2000         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2001 \r
2002         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2003         {\r
2004           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2005         }\r
2006       }\r
2007     }\r
2008     return msa;\r
2009   }\r
2010 \r
2011   /**\r
2012    * Decides what is submitted to a secondary structure prediction service,\r
2013    * the currently selected sequence, or the currently selected alignment\r
2014    * (where the first sequence in the set is the one that the prediction\r
2015    * will be for).\r
2016    */\r
2017   SequenceI[] gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction()\r
2018   {\r
2019     SequenceI seq = null;\r
2020     SequenceI[] msa = null;\r
2021 \r
2022     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2023         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
2024     {\r
2025       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2026       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2027 \r
2028       if ( (seqs.getSize() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2029       {\r
2030         seq = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(0);\r
2031       }\r
2032       else\r
2033       {\r
2034         int sz;\r
2035         msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2036 \r
2037         for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2038         {\r
2039           msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2040         }\r
2041       }\r
2042     }\r
2043     else\r
2044     {\r
2045       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2046 \r
2047       if ( (seqs.size() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2048       {\r
2049         seq = (SequenceI) seqs.elementAt(0);\r
2050       }\r
2051       else\r
2052       {\r
2053         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2054 \r
2055         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2056         {\r
2057           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2058         }\r
2059       }\r
2060     }\r
2061     if (msa != null)\r
2062     {\r
2063       return msa;\r
2064     }\r
2065     else\r
2066     {\r
2067       if (seq != null)\r
2068       {\r
2069         return new SequenceI[]\r
2070             {\r
2071             seq};\r
2072       }\r
2073     }\r
2074     return null;\r
2075   }\r
2076   /**\r
2077    * DOCUMENT ME!\r
2078    *\r
2079    * @param e DOCUMENT ME!\r
2080    */\r
2081   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2082   {\r
2083     // Pick the tree file\r
2084     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2085         getProperty(\r
2086             "LAST_DIRECTORY"));\r
2087     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2088     chooser.setDialogTitle("Select a newick-like tree file");\r
2089     chooser.setToolTipText("Load a tree file");\r
2090 \r
2091     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
2092 \r
2093     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2094     {\r
2095       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
2096       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
2097 \r
2098       try\r
2099       {\r
2100         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(choice,\r
2101             "File");\r
2102         viewport.setCurrentTree(ShowNewickTree(fin, choice).getTree());\r
2103       }\r
2104       catch (Exception ex)\r
2105       {\r
2106         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2107                                       "Problem reading tree file",\r
2108                                       ex.getMessage(),\r
2109                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2110         ex.printStackTrace();\r
2111       }\r
2112     }\r
2113   }\r
2114 \r
2115 \r
2116   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title)\r
2117   {\r
2118     return ShowNewickTree(nf,title,600,500,4,5);\r
2119   }\r
2120   /**\r
2121    * DOCUMENT ME!\r
2122    *\r
2123    * @param nf DOCUMENT ME!\r
2124    * @param title DOCUMENT ME!\r
2125    *\r
2126    * @return DOCUMENT ME!\r
2127    */\r
2128   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title, int w,int h,int x, int y)\r
2129   {\r
2130     TreePanel tp = null;\r
2131 \r
2132     try\r
2133     {\r
2134       nf.parse();\r
2135 \r
2136       if (nf.getTree() != null)\r
2137       {\r
2138         tp = new TreePanel(viewport,\r
2139                            viewport.getAlignment().getSequences(), nf,\r
2140                            "FromFile",\r
2141                            title);\r
2142 \r
2143         tp.setSize(w,h);\r
2144 \r
2145         if(x>0 && y>0)\r
2146           tp.setLocation(x,y);\r
2147 \r
2148 \r
2149         Desktop.addInternalFrame(tp, title, w, h);\r
2150         addTreeMenuItem(tp, title);\r
2151       }\r
2152     }\r
2153     catch (Exception ex)\r
2154     {\r
2155       ex.printStackTrace();\r
2156     }\r
2157 \r
2158     return tp;\r
2159   }\r
2160 \r
2161   class PrintThread\r
2162       extends Thread\r
2163   {\r
2164     public void run()\r
2165     {\r
2166       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
2167       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
2168       printJob.setPrintable(alignPanel, pf);\r
2169 \r
2170       if (printJob.printDialog())\r
2171       {\r
2172         try\r
2173         {\r
2174           printJob.print();\r
2175         }\r
2176         catch (Exception PrintException)\r
2177         {\r
2178           PrintException.printStackTrace();\r
2179         }\r
2180       }\r
2181     }\r
2182   }\r
2183 \r
2184   /**\r
2185    * Generates menu items and listener event actions for web service clients\r
2186    *\r
2187    */\r
2188   public void BuildWebServiceMenu()\r
2189   {\r
2190     if ( (Desktop.discoverer.services != null)\r
2191         && (Desktop.discoverer.services.size() > 0))\r
2192     {\r
2193       Vector msaws = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("MsaWS");\r
2194       Vector secstrpr = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("SecStrPred");\r
2195       Vector wsmenu = new Vector();\r
2196       if (msaws != null)\r
2197       {\r
2198         // Add any Multiple Sequence Alignment Services\r
2199         final JMenu msawsmenu = new JMenu("Alignment");\r
2200         for (int i = 0, j = msaws.size(); i < j; i++)\r
2201         {\r
2202           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle) msaws.\r
2203               get(i);\r
2204           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2205           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2206           {\r
2207             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2208             {\r
2209               SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2210               MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2211                   false, true);\r
2212 \r
2213             }\r
2214 \r
2215           });\r
2216           msawsmenu.add(method);\r
2217           // Deal with services that we know accept partial alignments.\r
2218           if (sh.getName().indexOf("lustal") > -1)\r
2219           {\r
2220             // We know that ClustalWS can accept partial alignments for refinement.\r
2221             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(sh.getName()+" Realign");\r
2222             methodR.addActionListener(new ActionListener()\r
2223             {\r
2224               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2225               {\r
2226                 SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2227                 MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2228                     true, true);\r
2229 \r
2230               }\r
2231 \r
2232             });\r
2233             msawsmenu.add(methodR);\r
2234 \r
2235           }\r
2236         }\r
2237         wsmenu.add(msawsmenu);\r
2238       }\r
2239       if (secstrpr != null)\r
2240       {\r
2241         // Add any secondary structure prediction services\r
2242         final JMenu secstrmenu = new JMenu("Secondary Structure Prediction");\r
2243         for (int i = 0, j = secstrpr.size(); i < j; i++)\r
2244         {\r
2245           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle)\r
2246               secstrpr.get(i);\r
2247           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2248           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2249           {\r
2250             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2251             {\r
2252               SequenceI[] msa = gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
2253               if (msa.length == 1)\r
2254               {\r
2255                 // Single Sequence prediction\r
2256                 jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2257                     title, msa[0]);\r
2258               }\r
2259               else\r
2260               {\r
2261                 if (msa.length > 1)\r
2262                 {\r
2263                   // Single Sequence prediction\r
2264                   jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2265                       title, msa);\r
2266                 }\r
2267               }\r
2268             }\r
2269           });\r
2270           secstrmenu.add(method);\r
2271         }\r
2272         wsmenu.add(secstrmenu);\r
2273       }\r
2274       this.webService.removeAll();\r
2275       for (int i = 0, j = wsmenu.size(); i < j; i++)\r
2276       {\r
2277         webService.add( (JMenu) wsmenu.get(i));\r
2278       }\r
2279     }\r
2280     else\r
2281     {\r
2282       this.webService.removeAll();\r
2283       this.webService.add(this.webServiceNoServices);\r
2284     }\r
2285     // TODO: add in rediscovery function\r
2286     // TODO: reduce code redundancy.\r
2287     // TODO: group services by location as well as function.\r
2288   }\r
2289 \r
2290 }\r