src/jalview/gui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Softwarechang\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.datatransfer.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.print.*;\r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 import javax.swing.event.*;\r
  31 \r
  32 import jalview.analysis.*;\r
  33 import jalview.datamodel.*;\r
  34 import jalview.io.*;\r
  35 import jalview.jbgui.*;\r
  36 import jalview.schemes.*;\r
  37 import jalview.ws.*;\r
  38 \r
  39 /**\r
  40  * DOCUMENT ME!\r
  41  *\r
  42  * @author $author$\r
  43  * @version $Revision$\r
  44  */\r
  45 public class AlignFrame\r
  46     extends GAlignFrame\r
  47 {\r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public static final int NEW_WINDOW_WIDTH = 700;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public static final int NEW_WINDOW_HEIGHT = 500;\r
  53   final AlignmentPanel alignPanel;\r
  54   final AlignViewport viewport;\r
  55 \r
  56   /** DOCUMENT ME!! */\r
  57   public String currentFileFormat = null;\r
  58   Stack historyList = new Stack();\r
  59   Stack redoList = new Stack();\r
  60   private int treeCount = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignFrame object.\r
  64    *\r
  65    * @param al DOCUMENT ME!\r
  66    */\r
  67   public AlignFrame(AlignmentI al)\r
  68   {\r
  69     viewport = new AlignViewport(al);\r
  70 \r
  71     if(viewport.vconsensus==null)\r
  72     {\r
  73       //Out of memory caluclating consensus.\r
  74       BLOSUM62Colour.setEnabled(false);\r
  75       PIDColour.setEnabled(false);\r
  76       conservationMenuItem.setEnabled(false);\r
  77       modifyConservation.setEnabled(false);\r
  78       abovePIDThreshold.setEnabled(false);\r
  79       modifyPID.setEnabled(false);\r
  80     }\r
  81 \r
  82     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  83     alignPanel.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  84     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(alignPanel.\r
  85         annotationPanel.getPreferredSize());\r
  86     alignPanel.annotationScroller.setPreferredSize(alignPanel.annotationPanel.\r
  87         getPreferredSize());\r
  88     alignPanel.setAnnotationVisible(viewport.getShowAnnotation());\r
  89 \r
  90     String sortby = jalview.bin.Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT", "No sort");\r
  91 \r
  92     if(sortby.equals("Id"))\r
  93       sortIDMenuItem_actionPerformed(null);\r
  94     else if(sortby.equals("Pairwise Identity"))\r
  95       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(null);\r
  96 \r
  97     getContentPane().add(alignPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
  98 \r
  99     viewport.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
 100     {\r
 101      public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 102      {\r
 103        if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
 104        {\r
 105          alignmentChanged();\r
 106        }\r
 107      }\r
 108    });\r
 109 \r
 110 \r
 111     addServiceListeners();\r
 112   }\r
 113 \r
 114   /* Set up intrinsic listeners for dynamically generated GUI bits. */\r
 115   private void addServiceListeners()\r
 116   {\r
 117     final java.beans.PropertyChangeListener thisListener;\r
 118     // Do this once to get current state\r
 119     BuildWebServiceMenu();\r
 120     Desktop.discoverer.addPropertyChangeListener(\r
 121         thisListener = new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 122     {\r
 123       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 124       {\r
 125         // System.out.println("Discoverer property change.");\r
 126         if (evt.getPropertyName().equals("services"))\r
 127         {\r
 128           // System.out.println("Rebuilding web service menu");\r
 129           BuildWebServiceMenu();\r
 130         }\r
 131       }\r
 132     });\r
 133     addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 134                              InternalFrameAdapter()\r
 135     {\r
 136       public void internalFrameClosed(\r
 137           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 138       {\r
 139         // System.out.println("deregistering discoverer listener");\r
 140         Desktop.discoverer.removePropertyChangeListener(thisListener);\r
 141         closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 142       }\r
 143       ;\r
 144     });\r
 145 \r
 146   }\r
 147 \r
 148   /**\r
 149    * DOCUMENT ME!\r
 150    *\r
 151    * @param String DOCUMENT ME!\r
 152    */\r
 153 \r
 154   public void parseGroupsFile(String file)\r
 155   {\r
 156     try\r
 157     {\r
 158       BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 159       SequenceI seq = null;\r
 160       String line, text, token;\r
 161       UserColourScheme ucs;\r
 162       int index, start, end;\r
 163       StringTokenizer st;\r
 164       SequenceGroup sg;\r
 165       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 166       {\r
 167         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 168         if (st.countTokens() != 6)\r
 169         {\r
 170           System.out.println("Groups file " + file +\r
 171                              " is invalid. Read help file.");\r
 172           System.exit(1);\r
 173         }\r
 174 \r
 175         while (st.hasMoreElements())\r
 176         {\r
 177           text = st.nextToken();\r
 178           token = st.nextToken();\r
 179           if (!token.equals("ID_NOT_SPECIFIED"))\r
 180           {\r
 181             index = viewport.alignment.findIndex(viewport.alignment.findName(\r
 182                 token));\r
 183             st.nextToken();\r
 184           }\r
 185           else\r
 186           {\r
 187             index = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 188           }\r
 189 \r
 190           start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 191           end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 192           ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 193 \r
 194           seq = viewport.alignment.getSequenceAt(index);\r
 195           start = seq.findIndex(start) - 1;\r
 196           end = seq.findIndex(end) - 1;\r
 197 \r
 198           sg = new SequenceGroup(text, ucs, true, true, false, start, end);\r
 199           sg.addSequence(seq, true);\r
 200 \r
 201           viewport.alignment.addGroup(sg);\r
 202         }\r
 203       }\r
 204 \r
 205     }\r
 206     catch (Exception ex)\r
 207     {\r
 208       System.out.println("Error parsing groups file: " + ex);\r
 209     }\r
 210   }\r
 211 \r
 212   /**\r
 213    * DOCUMENT ME!\r
 214    *\r
 215    * @param e DOCUMENT ME!\r
 216    */\r
 217   public void saveAlignmentMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 218   {\r
 219     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 220         getProperty(\r
 221             "LAST_DIRECTORY"),\r
 222         new String[]\r
 223         {\r
 224         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 225         "jar"\r
 226     },\r
 227         new String[]\r
 228         {\r
 229         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 230     }, currentFileFormat);\r
 231 \r
 232     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);\r
 233     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 234     chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");\r
 235     chooser.setToolTipText("Save");\r
 236 \r
 237     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 238 \r
 239     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 240     {\r
 241       currentFileFormat = chooser.getSelectedFormat();\r
 242       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 243                                     currentFileFormat);\r
 244 \r
 245       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 246       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 247 \r
 248       saveAlignment(choice, currentFileFormat);\r
 249     }\r
 250   }\r
 251 \r
 252   public boolean saveAlignment(String file, String format)\r
 253   {\r
 254     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 255     {\r
 256       String shortName = title;\r
 257 \r
 258       if (shortName.indexOf(java.io.File.separatorChar) > -1)\r
 259       {\r
 260         shortName = shortName.substring(shortName.lastIndexOf(\r
 261             java.io.File.separatorChar) + 1);\r
 262       }\r
 263 \r
 264       Jalview2XML.SaveAlignment(this, file, shortName);\r
 265 \r
 266       // USE Jalview2XML to save this file\r
 267       return true;\r
 268     }\r
 269     else\r
 270     {\r
 271       String output = FormatAdapter.formatSequences(format,\r
 272           viewport.getAlignment().\r
 273           getSequences());\r
 274       if (output == null)\r
 275       {\r
 276         return false;\r
 277       }\r
 278 \r
 279       try\r
 280       {\r
 281         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 282             new java.io.FileWriter(file));\r
 283 \r
 284         out.print(output);\r
 285         out.close();\r
 286         return true;\r
 287       }\r
 288       catch (Exception ex)\r
 289       {\r
 290         ex.printStackTrace();\r
 291       }\r
 292     }\r
 293     return false;\r
 294   }\r
 295 \r
 296   /**\r
 297    * DOCUMENT ME!\r
 298    *\r
 299    * @param e DOCUMENT ME!\r
 300    */\r
 301   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 302   {\r
 303     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 304     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 305                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
 306                              500);\r
 307     cap.setText(FormatAdapter.formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 308                                               viewport.getAlignment().\r
 309                                               getSequences()));\r
 310   }\r
 311 \r
 312   /**\r
 313    * DOCUMENT ME!\r
 314    *\r
 315    * @param e DOCUMENT ME!\r
 316    */\r
 317   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 318   {\r
 319     new HTMLOutput(viewport);\r
 320   }\r
 321 \r
 322   public void createImageMap(File file, String image)\r
 323   {\r
 324     alignPanel.makePNGImageMap(file, image);\r
 325   }\r
 326 \r
 327   /**\r
 328    * DOCUMENT ME!\r
 329    *\r
 330    * @param e DOCUMENT ME!\r
 331    */\r
 332   public void createPNG(File f)\r
 333   {\r
 334     alignPanel.makePNG(f);\r
 335   }\r
 336 \r
 337   /**\r
 338    * DOCUMENT ME!\r
 339    *\r
 340    * @param e DOCUMENT ME!\r
 341    */\r
 342   public void createEPS(File f)\r
 343   {\r
 344     alignPanel.makeEPS(f);\r
 345   }\r
 346 \r
 347   /**\r
 348    * DOCUMENT ME!\r
 349    *\r
 350    * @param e DOCUMENT ME!\r
 351    */\r
 352   public void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 353   {\r
 354     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 355     PrintThread thread = new PrintThread();\r
 356     thread.start();\r
 357   }\r
 358 \r
 359   /**\r
 360    * DOCUMENT ME!\r
 361    *\r
 362    * @param e DOCUMENT ME!\r
 363    */\r
 364   public void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 365   {\r
 366     try\r
 367     {\r
 368       PaintRefresher.components.remove(viewport.alignment);\r
 369       this.setClosed(true);\r
 370     }\r
 371     catch (Exception ex)\r
 372     {\r
 373     }\r
 374   }\r
 375 \r
 376   /**\r
 377    * DOCUMENT ME!\r
 378    */\r
 379   void updateEditMenuBar()\r
 380   {\r
 381     if (historyList.size() > 0)\r
 382     {\r
 383       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
 384 \r
 385       HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.peek();\r
 386       undoMenuItem.setText("Undo " + hi.getDescription());\r
 387     }\r
 388     else\r
 389     {\r
 390       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 391       undoMenuItem.setText("Undo");\r
 392     }\r
 393 \r
 394     if (redoList.size() > 0)\r
 395     {\r
 396       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
 397 \r
 398       HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.peek();\r
 399       redoMenuItem.setText("Redo " + hi.getDescription());\r
 400     }\r
 401     else\r
 402     {\r
 403       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 404       redoMenuItem.setText("Redo");\r
 405     }\r
 406   }\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * DOCUMENT ME!\r
 410    *\r
 411    * @param hi DOCUMENT ME!\r
 412    */\r
 413   public void addHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 414   {\r
 415     historyList.push(hi);\r
 416     updateEditMenuBar();\r
 417   }\r
 418 \r
 419   /**\r
 420    * DOCUMENT ME!\r
 421    *\r
 422    * @param e DOCUMENT ME!\r
 423    */\r
 424   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 425   {\r
 426     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 427     redoList.push(new HistoryItem(hi.getDescription(), viewport.alignment,\r
 428                                   HistoryItem.HIDE));\r
 429     restoreHistoryItem(hi);\r
 430     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 431   }\r
 432 \r
 433   /**\r
 434    * DOCUMENT ME!\r
 435    *\r
 436    * @param e DOCUMENT ME!\r
 437    */\r
 438   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 439   {\r
 440     HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.pop();\r
 441     restoreHistoryItem(hi);\r
 442     updateEditMenuBar();\r
 443     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 444   }\r
 445 \r
 446   // used by undo and redo\r
 447   void restoreHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 448   {\r
 449     if (hi.getType() == HistoryItem.SORT)\r
 450     {\r
 451       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 452       {\r
 453         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(hi.getSequences()\r
 454             .elementAt(i),\r
 455             i);\r
 456       }\r
 457     }\r
 458     else\r
 459     {\r
 460       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 461       {\r
 462         SequenceI restore = (SequenceI) hi.getSequences().elementAt(i);\r
 463 \r
 464         if (restore.getLength() == 0)\r
 465         {\r
 466           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 467           viewport.alignment.getSequences().insertElementAt(restore,\r
 468               hi.getAlignIndex(i));\r
 469         }\r
 470         else\r
 471         {\r
 472           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 473         }\r
 474       }\r
 475 \r
 476       if (hi.getType() == HistoryItem.PASTE)\r
 477       {\r
 478         for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 1;\r
 479              i > (hi.getSequences().size() - 1); i--)\r
 480         {\r
 481           viewport.alignment.deleteSequence(i);\r
 482         }\r
 483       }\r
 484     }\r
 485 \r
 486     updateEditMenuBar();\r
 487 \r
 488     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 489                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
 490   }\r
 491 \r
 492   /**\r
 493    * DOCUMENT ME!\r
 494    *\r
 495    * @param up DOCUMENT ME!\r
 496    */\r
 497   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
 498   {\r
 499     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 500 \r
 501     if (sg == null)\r
 502     {\r
 503       return;\r
 504     }\r
 505 \r
 506     if (up)\r
 507     {\r
 508       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
 509       {\r
 510         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 511 \r
 512         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 513         {\r
 514           continue;\r
 515         }\r
 516 \r
 517         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
 518 \r
 519         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 520         {\r
 521           continue;\r
 522         }\r
 523 \r
 524         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 525         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
 526       }\r
 527     }\r
 528     else\r
 529     {\r
 530       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
 531       {\r
 532         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 533 \r
 534         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 535         {\r
 536           continue;\r
 537         }\r
 538 \r
 539         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
 540 \r
 541         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 542         {\r
 543           continue;\r
 544         }\r
 545 \r
 546         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 547         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
 548       }\r
 549     }\r
 550 \r
 551     alignPanel.repaint();\r
 552   }\r
 553 \r
 554   /**\r
 555    * DOCUMENT ME!\r
 556    *\r
 557    * @param e DOCUMENT ME!\r
 558    */\r
 559   protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 560   {\r
 561     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 562     {\r
 563       return;\r
 564     }\r
 565 \r
 566     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 567 \r
 568     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 569     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 570 \r
 571     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
 572 \r
 573     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 574     {\r
 575       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 576       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
 577       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
 578     }\r
 579 \r
 580     int index = 0, startRes, endRes;\r
 581     char ch;\r
 582 \r
 583     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 584     {\r
 585       SequenceI seq = null;\r
 586 \r
 587       while (seq == null)\r
 588       {\r
 589         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
 590         {\r
 591           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
 592           index++;\r
 593 \r
 594           break;\r
 595         }\r
 596         else\r
 597         {\r
 598           index++;\r
 599         }\r
 600       }\r
 601       //FIND START RES\r
 602       //Returns residue following index if gap\r
 603       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
 604 \r
 605       //FIND END RES\r
 606       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
 607       endRes = 0;\r
 608 \r
 609       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
 610       {\r
 611         ch = seq.getCharAt(j);\r
 612         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 613         {\r
 614           endRes++;\r
 615         }\r
 616       }\r
 617 \r
 618       if (endRes > 0)\r
 619       {\r
 620         endRes += seq.getStart() - 1;\r
 621       }\r
 622 \r
 623       buffer.append(seq.getName() + "\t" +\r
 624                     startRes + "\t" +\r
 625                     endRes + "\t" +\r
 626                     seq.getSequence(sg.getStartRes(),\r
 627                                     sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
 628     }\r
 629 \r
 630     c.setContents(new StringSelection(buffer.toString()), null);\r
 631   }\r
 632 \r
 633   /**\r
 634    * DOCUMENT ME!\r
 635    *\r
 636    * @param e DOCUMENT ME!\r
 637    */\r
 638   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 639   {\r
 640     paste(true);\r
 641   }\r
 642 \r
 643   /**\r
 644    * DOCUMENT ME!\r
 645    *\r
 646    * @param e DOCUMENT ME!\r
 647    */\r
 648   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 649   {\r
 650     addHistoryItem(new HistoryItem("Paste Sequences", viewport.alignment,\r
 651                                    HistoryItem.PASTE));\r
 652     paste(false);\r
 653   }\r
 654 \r
 655   /**\r
 656    * DOCUMENT ME!\r
 657    *\r
 658    * @param newAlignment DOCUMENT ME!\r
 659    */\r
 660   void paste(boolean newAlignment)\r
 661   {\r
 662     try\r
 663     {\r
 664       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 665       Transferable contents = c.getContents(this);\r
 666 \r
 667       if (contents == null)\r
 668       {\r
 669         return;\r
 670       }\r
 671 \r
 672       String str = (String) contents.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);\r
 673       StringTokenizer st = new StringTokenizer(str);\r
 674       ArrayList seqs = new ArrayList();\r
 675 \r
 676       while (st.hasMoreElements())\r
 677       {\r
 678         String name = st.nextToken();\r
 679         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 680         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 681         Sequence sequence = new Sequence(name, st.nextToken(), start,\r
 682                                          end);\r
 683 \r
 684         if (!newAlignment)\r
 685         {\r
 686           viewport.alignment.addSequence(sequence);\r
 687         }\r
 688         else\r
 689         {\r
 690           seqs.add(sequence);\r
 691         }\r
 692       }\r
 693 \r
 694       if (newAlignment)\r
 695       {\r
 696         SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 697         seqs.toArray(newSeqs);\r
 698 \r
 699         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs));\r
 700         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
 701 \r
 702         if (title.startsWith("Copied sequences"))\r
 703         {\r
 704           newtitle = title;\r
 705         }\r
 706         else\r
 707         {\r
 708           newtitle = newtitle.concat("- from " + title);\r
 709         }\r
 710 \r
 711         Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 712                                  NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 713       }\r
 714       else\r
 715       {\r
 716         viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
 717         viewport.alignment.getWidth();\r
 718         viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 719       }\r
 720     }\r
 721     catch (Exception ex)\r
 722     {\r
 723         // could be anything being pasted in here\r
 724     }\r
 725 \r
 726 \r
 727   }\r
 728 \r
 729   /**\r
 730    * DOCUMENT ME!\r
 731    *\r
 732    * @param e DOCUMENT ME!\r
 733    */\r
 734   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 735   {\r
 736     copy_actionPerformed(null);\r
 737     delete_actionPerformed(null);\r
 738   }\r
 739 \r
 740   /**\r
 741    * DOCUMENT ME!\r
 742    *\r
 743    * @param e DOCUMENT ME!\r
 744    */\r
 745   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 746   {\r
 747     boolean seqsdeleted = false;\r
 748 \r
 749     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 750     {\r
 751       return;\r
 752     }\r
 753 \r
 754     addHistoryItem(new HistoryItem("Delete Sequences", viewport.alignment,\r
 755                                    HistoryItem.HIDE));\r
 756 \r
 757     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 758     boolean allSequences = false;\r
 759     if (sg.sequences.size() == viewport.alignment.getHeight())\r
 760     {\r
 761       allSequences = true;\r
 762     }\r
 763 \r
 764     for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 765     {\r
 766       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 767       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
 768       seq.deleteChars(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 769 \r
 770       // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
 771       if (allSequences)\r
 772       {\r
 773         viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
 774             sg.getEndRes() + 1);\r
 775       }\r
 776 \r
 777       if (seq.getSequence().length() < 1)\r
 778       {\r
 779         seqsdeleted = true;\r
 780         viewport.getAlignment().deleteSequence(seq);\r
 781       }\r
 782       else\r
 783       {\r
 784         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, index);\r
 785       }\r
 786     }\r
 787 \r
 788     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 789     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 790 \r
 791     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 792                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
 793 \r
 794 \r
 795 \r
 796     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 797     {\r
 798       try\r
 799       {\r
 800         this.setClosed(true);\r
 801       }\r
 802       catch (Exception ex)\r
 803       {\r
 804       }\r
 805     }\r
 806   }\r
 807 \r
 808   /**\r
 809    * DOCUMENT ME!\r
 810    *\r
 811    * @param e DOCUMENT ME!\r
 812    */\r
 813   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 814   {\r
 815     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
 816     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 817     alignPanel.repaint();\r
 818   }\r
 819 \r
 820   /**\r
 821    * DOCUMENT ME!\r
 822    *\r
 823    * @param e DOCUMENT ME!\r
 824    */\r
 825   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 826   {\r
 827     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 828 \r
 829     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 830          i++)\r
 831     {\r
 832       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 833     }\r
 834 \r
 835     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
 836     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 837     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 838   }\r
 839 \r
 840   /**\r
 841    * DOCUMENT ME!\r
 842    *\r
 843    * @param e DOCUMENT ME!\r
 844    */\r
 845   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 846   {\r
 847     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 848     viewport.getColumnSelection().clear();\r
 849     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 850     alignPanel.annotationPanel.activeRes = null;\r
 851     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 852   }\r
 853 \r
 854   /**\r
 855    * DOCUMENT ME!\r
 856    *\r
 857    * @param e DOCUMENT ME!\r
 858    */\r
 859   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 860   {\r
 861     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 862 \r
 863     if (sg == null)\r
 864     {\r
 865       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 866 \r
 867       return;\r
 868     }\r
 869 \r
 870     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 871          i++)\r
 872     {\r
 873       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 874     }\r
 875 \r
 876     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 877   }\r
 878 \r
 879   /**\r
 880    * DOCUMENT ME!\r
 881    *\r
 882    * @param e DOCUMENT ME!\r
 883    */\r
 884   public void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 885   {\r
 886     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 887 \r
 888     if (colSel.size() > 0)\r
 889     {\r
 890       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Left", viewport.alignment,\r
 891                                      HistoryItem.HIDE));\r
 892 \r
 893       int min = colSel.getMin();\r
 894       viewport.getAlignment().trimLeft(min);\r
 895       colSel.compensateForEdit(0, min);\r
 896 \r
 897       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 898       {\r
 899         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveLeft(min);\r
 900       }\r
 901 \r
 902       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 903 \r
 904       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 905       {\r
 906         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 907 \r
 908         if (!sg.adjustForRemoveLeft(min))\r
 909         {\r
 910           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 911         }\r
 912       }\r
 913 \r
 914       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 915     }\r
 916   }\r
 917 \r
 918   /**\r
 919    * DOCUMENT ME!\r
 920    *\r
 921    * @param e DOCUMENT ME!\r
 922    */\r
 923   public void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 924   {\r
 925     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 926 \r
 927     if (colSel.size() > 0)\r
 928     {\r
 929       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Right", viewport.alignment,\r
 930                                      HistoryItem.HIDE));\r
 931 \r
 932       int max = colSel.getMax();\r
 933       viewport.getAlignment().trimRight(max);\r
 934 \r
 935       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 936       {\r
 937         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveRight(max);\r
 938       }\r
 939 \r
 940       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 941 \r
 942       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 943       {\r
 944         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 945 \r
 946         if (!sg.adjustForRemoveRight(max))\r
 947         {\r
 948           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 949         }\r
 950       }\r
 951 \r
 952       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 953     }\r
 954   }\r
 955 \r
 956   /**\r
 957    * DOCUMENT ME!\r
 958    *\r
 959    * @param e DOCUMENT ME!\r
 960    */\r
 961   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 962   {\r
 963     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gapped Columns",\r
 964                                    viewport.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 965 \r
 966     //This is to maintain viewport position on first residue\r
 967     //of first sequence\r
 968     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
 969     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
 970 \r
 971     viewport.getAlignment().removeGaps();\r
 972 \r
 973     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
 974 \r
 975    viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 976   }\r
 977 \r
 978   /**\r
 979    * DOCUMENT ME!\r
 980    *\r
 981    * @param e DOCUMENT ME!\r
 982    */\r
 983   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 984   {\r
 985     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gaps", viewport.alignment,\r
 986                                    HistoryItem.HIDE));\r
 987 \r
 988     //This is to maintain viewport position on first residue\r
 989     //of first sequence\r
 990     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
 991     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
 992 \r
 993 \r
 994     SequenceI current;\r
 995     int jSize;\r
 996 \r
 997     Vector seqs = null;\r
 998 \r
 999     int start = 0;\r
1000     int end = viewport.alignment.getWidth();\r
1001 \r
1002     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1003         && viewport.getSelectionGroup().sequences != null\r
1004         && viewport.getSelectionGroup().sequences.size() > 0)\r
1005     {\r
1006       seqs = viewport.getSelectionGroup().sequences;\r
1007       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1008       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1009     }\r
1010     else\r
1011     {\r
1012       seqs = viewport.alignment.getSequences();\r
1013     }\r
1014 \r
1015     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1016     {\r
1017       current = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1018       jSize = current.getLength();\r
1019 \r
1020       int j = start;\r
1021 \r
1022       do\r
1023       {\r
1024         if (jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))\r
1025         {\r
1026           current.deleteCharAt(j);\r
1027           j--;\r
1028           jSize--;\r
1029         }\r
1030         j++;\r
1031       }\r
1032       while (j < end && j < jSize);\r
1033     }\r
1034 \r
1035     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
1036 \r
1037     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1038   }\r
1039 \r
1040  public void alignmentChanged()\r
1041  {\r
1042    if(viewport.vconsensus!=null)\r
1043    {\r
1044      viewport.updateConsensus();\r
1045      viewport.updateConservation();\r
1046    }\r
1047    resetAllColourSchemes();\r
1048    alignPanel.repaint();\r
1049  }\r
1050 \r
1051   void resetAllColourSchemes()\r
1052   {\r
1053     ColourSchemeI cs = viewport.globalColourScheme;\r
1054     if(cs!=null)\r
1055     {\r
1056       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1057       {\r
1058         ( (ClustalxColourScheme) viewport.getGlobalColourScheme()).\r
1059             resetClustalX(viewport.alignment.getSequences(),\r
1060                           viewport.alignment.getWidth());\r
1061       }\r
1062 \r
1063       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1064       if (cs.conservationApplied())\r
1065       {\r
1066         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1067         Conservation c = new Conservation("All",\r
1068                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1069                                           al.getSequences(), 0,\r
1070                                           al.getWidth() - 1);\r
1071         c.calculate();\r
1072         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1073 \r
1074         cs.setConservation(c);\r
1075       }\r
1076     }\r
1077 \r
1078     int s, sSize = viewport.alignment.getGroups().size();\r
1079     for(s=0; s<sSize; s++)\r
1080     {\r
1081       SequenceGroup sg = (SequenceGroup)viewport.alignment.getGroups().elementAt(s);\r
1082       if(sg.cs!=null && sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1083       {\r
1084         ((ClustalxColourScheme)sg.cs).resetClustalX(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1085       }\r
1086       sg.recalcConservation();\r
1087     }\r
1088   }\r
1089 \r
1090   /**\r
1091    * DOCUMENT ME!\r
1092    *\r
1093    * @param e DOCUMENT ME!\r
1094    */\r
1095   public void padGapsMenuitem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1096   {\r
1097     addHistoryItem(new HistoryItem("Pad Gaps", viewport.alignment,\r
1098                                    HistoryItem.HIDE));\r
1099 \r
1100     SequenceI current;\r
1101     int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
1102 \r
1103     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
1104          i++)\r
1105     {\r
1106       current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1107 \r
1108       if (current.getLength() < Width)\r
1109       {\r
1110         current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
1111       }\r
1112     }\r
1113 \r
1114     alignmentChanged();\r
1115   }\r
1116 \r
1117   /**\r
1118    * DOCUMENT ME!\r
1119    *\r
1120    * @param e DOCUMENT ME!\r
1121    */\r
1122   public void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1123   {\r
1124     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1125     Finder finder = new Finder(viewport, alignPanel, frame);\r
1126     frame.setContentPane(finder);\r
1127     Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);\r
1128     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1129   }\r
1130 \r
1131   /**\r
1132    * DOCUMENT ME!\r
1133    *\r
1134    * @param e DOCUMENT ME!\r
1135    */\r
1136   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1137   {\r
1138     FontChooser fc = new FontChooser(alignPanel);\r
1139   }\r
1140 \r
1141   /**\r
1142    * DOCUMENT ME!\r
1143    *\r
1144    * @param e DOCUMENT ME!\r
1145    */\r
1146   protected void fullSeqId_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1147   {\r
1148     viewport.setShowFullId(fullSeqId.isSelected());\r
1149 \r
1150     alignPanel.idPanel.idCanvas.setPreferredSize(alignPanel.calculateIdWidth());\r
1151     alignPanel.repaint();\r
1152   }\r
1153 \r
1154   /**\r
1155    * DOCUMENT ME!\r
1156    *\r
1157    * @param e DOCUMENT ME!\r
1158    */\r
1159   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1160   {\r
1161     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.isSelected());\r
1162     alignPanel.repaint();\r
1163   }\r
1164 \r
1165   /**\r
1166    * DOCUMENT ME!\r
1167    *\r
1168    * @param e DOCUMENT ME!\r
1169    */\r
1170   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1171   {\r
1172     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1173     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1174     scaleAbove.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1175     scaleLeft.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1176     scaleRight.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1177     alignPanel.repaint();\r
1178   }\r
1179 \r
1180   /**\r
1181    * DOCUMENT ME!\r
1182    *\r
1183    * @param e DOCUMENT ME!\r
1184    */\r
1185   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1186   {\r
1187     viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.isSelected());\r
1188     alignPanel.repaint();\r
1189   }\r
1190 \r
1191   /**\r
1192    * DOCUMENT ME!\r
1193    *\r
1194    * @param e DOCUMENT ME!\r
1195    */\r
1196   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1197   {\r
1198     viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.isSelected());\r
1199     alignPanel.repaint();\r
1200   }\r
1201 \r
1202   /**\r
1203    * DOCUMENT ME!\r
1204    *\r
1205    * @param e DOCUMENT ME!\r
1206    */\r
1207   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1208   {\r
1209     viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.isSelected());\r
1210     alignPanel.repaint();\r
1211   }\r
1212 \r
1213   /**\r
1214    * DOCUMENT ME!\r
1215    *\r
1216    * @param e DOCUMENT ME!\r
1217    */\r
1218   public void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1219   {\r
1220     viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.isSelected());\r
1221     alignPanel.repaint();\r
1222   }\r
1223 \r
1224   /**\r
1225    * DOCUMENT ME!\r
1226    *\r
1227    * @param e DOCUMENT ME!\r
1228    */\r
1229   public void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1230   {\r
1231     viewport.setShowText(viewTextMenuItem.isSelected());\r
1232     alignPanel.repaint();\r
1233   }\r
1234 \r
1235   /**\r
1236    * DOCUMENT ME!\r
1237    *\r
1238    * @param e DOCUMENT ME!\r
1239    */\r
1240   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1241   {\r
1242     viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.isSelected());\r
1243     alignPanel.repaint();\r
1244   }\r
1245 \r
1246   /**\r
1247    * DOCUMENT ME!\r
1248    *\r
1249    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1250    */\r
1251   public void sequenceFeatures_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1252   {\r
1253     viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.isSelected());\r
1254 \r
1255     if (viewport.showSequenceFeatures &&\r
1256         ! ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded)\r
1257     {\r
1258       SequenceFeatureFetcher sft = new SequenceFeatureFetcher(viewport.\r
1259           alignment,\r
1260           alignPanel);\r
1261       ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded = true;\r
1262     }\r
1263 \r
1264     alignPanel.repaint();\r
1265   }\r
1266 \r
1267   /**\r
1268    * DOCUMENT ME!\r
1269    *\r
1270    * @param e DOCUMENT ME!\r
1271    */\r
1272   public void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1273   {\r
1274     if (annotationPanelMenuItem.isSelected() &&\r
1275         viewport.getWrapAlignment())\r
1276     {\r
1277       annotationPanelMenuItem.setSelected(false);\r
1278 \r
1279       return;\r
1280     }\r
1281 \r
1282     viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1283     alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1284   }\r
1285 \r
1286   /**\r
1287    * DOCUMENT ME!\r
1288    *\r
1289    * @param e DOCUMENT ME!\r
1290    */\r
1291   public void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1292   {\r
1293     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1294     {\r
1295       return;\r
1296     }\r
1297 \r
1298     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1299     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1300     frame.setContentPane(overview);\r
1301     Desktop.addInternalFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1302                              frame.getWidth(), frame.getHeight());\r
1303     frame.pack();\r
1304     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1305     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
1306     {\r
1307       public void internalFrameClosed(\r
1308           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1309       {\r
1310         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1311       }\r
1312       ;\r
1313     });\r
1314 \r
1315     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1316   }\r
1317 \r
1318   /**\r
1319    * DOCUMENT ME!\r
1320    *\r
1321    * @param e DOCUMENT ME!\r
1322    */\r
1323   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1324   {\r
1325     changeColour(null);\r
1326   }\r
1327 \r
1328   /**\r
1329    * DOCUMENT ME!\r
1330    *\r
1331    * @param e DOCUMENT ME!\r
1332    */\r
1333   public void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1334   {\r
1335     changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
1336         viewport.alignment.getSequences(), viewport.alignment.getWidth()));\r
1337   }\r
1338 \r
1339   /**\r
1340    * DOCUMENT ME!\r
1341    *\r
1342    * @param e DOCUMENT ME!\r
1343    */\r
1344   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1345   {\r
1346     changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1347   }\r
1348 \r
1349   /**\r
1350    * DOCUMENT ME!\r
1351    *\r
1352    * @param e DOCUMENT ME!\r
1353    */\r
1354   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1355   {\r
1356     changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1357   }\r
1358 \r
1359   /**\r
1360    * DOCUMENT ME!\r
1361    *\r
1362    * @param e DOCUMENT ME!\r
1363    */\r
1364   public void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1365   {\r
1366     changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1367   }\r
1368 \r
1369   /**\r
1370    * DOCUMENT ME!\r
1371    *\r
1372    * @param e DOCUMENT ME!\r
1373    */\r
1374   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1375   {\r
1376     changeColour(new HelixColourScheme());\r
1377   }\r
1378 \r
1379   /**\r
1380    * DOCUMENT ME!\r
1381    *\r
1382    * @param e DOCUMENT ME!\r
1383    */\r
1384   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1385   {\r
1386     changeColour(new StrandColourScheme());\r
1387   }\r
1388 \r
1389   /**\r
1390    * DOCUMENT ME!\r
1391    *\r
1392    * @param e DOCUMENT ME!\r
1393    */\r
1394   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1395   {\r
1396     changeColour(new TurnColourScheme());\r
1397   }\r
1398 \r
1399   /**\r
1400    * DOCUMENT ME!\r
1401    *\r
1402    * @param e DOCUMENT ME!\r
1403    */\r
1404   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1405   {\r
1406     changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1407   }\r
1408 \r
1409   /**\r
1410    * DOCUMENT ME!\r
1411    *\r
1412    * @param e DOCUMENT ME!\r
1413    */\r
1414   public void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1415   {\r
1416     changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1417   }\r
1418 \r
1419   /**\r
1420    * DOCUMENT ME!\r
1421    *\r
1422    * @param e DOCUMENT ME!\r
1423    */\r
1424   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1425   {\r
1426     viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.isSelected());\r
1427   }\r
1428 \r
1429   /**\r
1430    * DOCUMENT ME!\r
1431    *\r
1432    * @param cs DOCUMENT ME!\r
1433    */\r
1434   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1435   {\r
1436     int threshold = 0;\r
1437 \r
1438     if(cs!=null)\r
1439     {\r
1440       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1441       {\r
1442         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
1443                                                    "Background");\r
1444 \r
1445         cs.setThreshold(threshold,\r
1446                         viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1447 \r
1448         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1449       }\r
1450       else\r
1451       {\r
1452         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1453       }\r
1454 \r
1455       if (viewport.getConservationSelected())\r
1456       {\r
1457 \r
1458         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1459         Conservation c = new Conservation("All",\r
1460                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1461                                           al.getSequences(), 0,\r
1462                                           al.getWidth() - 1);\r
1463 \r
1464         c.calculate();\r
1465         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1466 \r
1467         cs.setConservation(c);\r
1468 \r
1469         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1470             "Background"));\r
1471       }\r
1472       else\r
1473       {\r
1474         cs.setConservation(null);\r
1475       }\r
1476 \r
1477       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1478     }\r
1479 \r
1480     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1481 \r
1482     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1483     {\r
1484       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1485 \r
1486       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1487       {\r
1488         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1489 \r
1490         if (cs == null)\r
1491         {\r
1492           sg.cs = null;\r
1493           continue;\r
1494         }\r
1495 \r
1496         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1497         {\r
1498           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1499         }\r
1500         else if (cs instanceof UserColourScheme)\r
1501         {\r
1502           sg.cs = new UserColourScheme( ( (UserColourScheme) cs).getColours());\r
1503         }\r
1504         else\r
1505         {\r
1506           try\r
1507           {\r
1508             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1509           }\r
1510           catch (Exception ex)\r
1511           {\r
1512           }\r
1513         }\r
1514 \r
1515         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1516             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1517             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1518         {\r
1519          sg.cs.setThreshold(threshold,\r
1520                 viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1521 \r
1522           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
1523               sg.getWidth()));\r
1524         }\r
1525         else\r
1526           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1527 \r
1528 \r
1529         if (viewport.getConservationSelected())\r
1530         {\r
1531           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1532                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1533                                             sg.sequences, 0,\r
1534                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1535           c.calculate();\r
1536           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1537           sg.cs.setConservation(c);\r
1538         }\r
1539         else\r
1540           sg.cs.setConservation(null);\r
1541       }\r
1542     }\r
1543 \r
1544     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1545     {\r
1546       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1547     }\r
1548 \r
1549     alignPanel.repaint();\r
1550   }\r
1551 \r
1552   /**\r
1553    * DOCUMENT ME!\r
1554    *\r
1555    * @param e DOCUMENT ME!\r
1556    */\r
1557   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1558   {\r
1559     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1560     {\r
1561       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
1562                                      viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1563                                      "Background");\r
1564       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1565     }\r
1566   }\r
1567 \r
1568   /**\r
1569    * DOCUMENT ME!\r
1570    *\r
1571    * @param e DOCUMENT ME!\r
1572    */\r
1573   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1574   {\r
1575     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1576     {\r
1577       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
1578                                         viewport.globalColourScheme,\r
1579                                         "Background");\r
1580       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1581     }\r
1582   }\r
1583 \r
1584   /**\r
1585    * DOCUMENT ME!\r
1586    *\r
1587    * @param e DOCUMENT ME!\r
1588    */\r
1589   protected void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1590   {\r
1591     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.isSelected());\r
1592 \r
1593     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1594     abovePIDThreshold.setSelected(false);\r
1595 \r
1596     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1597 \r
1598     modifyConservation_actionPerformed(null);\r
1599   }\r
1600 \r
1601   /**\r
1602    * DOCUMENT ME!\r
1603    *\r
1604    * @param e DOCUMENT ME!\r
1605    */\r
1606   public void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1607   {\r
1608     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.isSelected());\r
1609 \r
1610     conservationMenuItem.setSelected(false);\r
1611     viewport.setConservationSelected(false);\r
1612 \r
1613     ColourSchemeI cs = viewport.getGlobalColourScheme();\r
1614 \r
1615     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1616 \r
1617     modifyPID_actionPerformed(null);\r
1618   }\r
1619 \r
1620   /**\r
1621    * DOCUMENT ME!\r
1622    *\r
1623    * @param e DOCUMENT ME!\r
1624    */\r
1625   public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1626   {\r
1627     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
1628     {\r
1629       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1630     }\r
1631     else\r
1632     {\r
1633       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
1634           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
1635 \r
1636       changeColour(udc);\r
1637     }\r
1638   }\r
1639 \r
1640   public void updateUserColourMenu()\r
1641   {\r
1642 \r
1643     Component[] menuItems = colourMenu.getMenuComponents();\r
1644     int i, iSize = menuItems.length;\r
1645     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
1646     {\r
1647       if (menuItems[i].getName() != null &&\r
1648           menuItems[i].getName().equals("USER_DEFINED"))\r
1649       {\r
1650         colourMenu.remove(menuItems[i]);\r
1651         iSize--;\r
1652       }\r
1653     }\r
1654     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
1655     {\r
1656       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
1657           getUserColourSchemes().keys();\r
1658 \r
1659       while (userColours.hasMoreElements())\r
1660       {\r
1661         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(userColours.\r
1662             nextElement().toString());\r
1663         radioItem.setName("USER_DEFINED");\r
1664         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
1665             {\r
1666               public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
1667               {\r
1668                 if(evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1669                 {\r
1670                   radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);\r
1671 \r
1672                   int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,\r
1673                       "Remove from default list?",\r
1674                       "Remove user defined colour",\r
1675                       JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
1676                   if(option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1677                   {\r
1678                     jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(radioItem.getText());\r
1679                     colourMenu.remove(radioItem);\r
1680                   }\r
1681                   else\r
1682                     radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1683                     {\r
1684                       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1685                       {\r
1686                         userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1687                       }\r
1688                     });\r
1689                 }\r
1690               }\r
1691             });\r
1692         radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1693         {\r
1694           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1695           {\r
1696             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1697           }\r
1698         });\r
1699 \r
1700         colourMenu.insert(radioItem, 15);\r
1701         colours.add(radioItem);\r
1702       }\r
1703     }\r
1704   }\r
1705 \r
1706   /**\r
1707    * DOCUMENT ME!\r
1708    *\r
1709    * @param e DOCUMENT ME!\r
1710    */\r
1711   public void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1712   {\r
1713     changeColour(new PIDColourScheme());\r
1714   }\r
1715 \r
1716   /**\r
1717    * DOCUMENT ME!\r
1718    *\r
1719    * @param e DOCUMENT ME!\r
1720    */\r
1721   public void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1722   {\r
1723     changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1724   }\r
1725 \r
1726   /**\r
1727    * DOCUMENT ME!\r
1728    *\r
1729    * @param e DOCUMENT ME!\r
1730    */\r
1731   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1732   {\r
1733     addHistoryItem(new HistoryItem("Pairwise Sort", viewport.alignment,\r
1734                                    HistoryItem.SORT));\r
1735     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
1736                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
1737     alignPanel.repaint();\r
1738   }\r
1739 \r
1740   /**\r
1741    * DOCUMENT ME!\r
1742    *\r
1743    * @param e DOCUMENT ME!\r
1744    */\r
1745   public void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1746   {\r
1747     addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
1748                                    HistoryItem.SORT));\r
1749     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
1750     alignPanel.repaint();\r
1751   }\r
1752 \r
1753   /**\r
1754    * DOCUMENT ME!\r
1755    *\r
1756    * @param e DOCUMENT ME!\r
1757    */\r
1758   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1759   {\r
1760     addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
1761                                    HistoryItem.SORT));\r
1762 \r
1763     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
1764     alignPanel.repaint();\r
1765   }\r
1766 \r
1767   /**\r
1768    * DOCUMENT ME!\r
1769    *\r
1770    * @param e DOCUMENT ME!\r
1771    */\r
1772   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1773   {\r
1774     RedundancyPanel sp = new RedundancyPanel(alignPanel, this);\r
1775     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1776     frame.setContentPane(sp);\r
1777     Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
1778                              100, false);\r
1779   }\r
1780 \r
1781   /**\r
1782    * DOCUMENT ME!\r
1783    *\r
1784    * @param e DOCUMENT ME!\r
1785    */\r
1786   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1787   {\r
1788     if ( (viewport.getSelectionGroup() == null) ||\r
1789         (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 2))\r
1790     {\r
1791       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1792                                             "You must select at least 2 sequences.",\r
1793                                             "Invalid Selection",\r
1794                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1795     }\r
1796     else\r
1797     {\r
1798       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1799       frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));\r
1800       Desktop.addInternalFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
1801     }\r
1802   }\r
1803 \r
1804   /**\r
1805    * DOCUMENT ME!\r
1806    *\r
1807    * @param e DOCUMENT ME!\r
1808    */\r
1809   public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1810   {\r
1811     if ( ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1812           (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) &&\r
1813           (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)) ||\r
1814         (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))\r
1815     {\r
1816       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1817                                             "Principal component analysis must take\n" +\r
1818                                             "at least 4 input sequences.",\r
1819                                             "Sequence selection insufficient",\r
1820                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1821 \r
1822       return;\r
1823     }\r
1824 \r
1825     try\r
1826     {\r
1827       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(viewport, null);\r
1828       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1829       frame.setContentPane(pcaPanel);\r
1830       Desktop.addInternalFrame(frame, "Principal component analysis",\r
1831                                400, 400);\r
1832     }\r
1833     catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
1834     {\r
1835       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1836                                             "Too many sequences selected\nfor Principal Component Analysis!!",\r
1837                                             "Out of memory",\r
1838                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1839     }\r
1840   }\r
1841 \r
1842   /**\r
1843    * DOCUMENT ME!\r
1844    *\r
1845    * @param e DOCUMENT ME!\r
1846    */\r
1847   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1848   {\r
1849     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
1850   }\r
1851 \r
1852   /**\r
1853    * DOCUMENT ME!\r
1854    *\r
1855    * @param e DOCUMENT ME!\r
1856    */\r
1857   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1858   {\r
1859     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
1860   }\r
1861 \r
1862   /**\r
1863    * DOCUMENT ME!\r
1864    *\r
1865    * @param e DOCUMENT ME!\r
1866    */\r
1867   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1868   {\r
1869     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
1870   }\r
1871 \r
1872   /**\r
1873    * DOCUMENT ME!\r
1874    *\r
1875    * @param e DOCUMENT ME!\r
1876    */\r
1877   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1878   {\r
1879     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
1880   }\r
1881 \r
1882   /**\r
1883    * DOCUMENT ME!\r
1884    *\r
1885    * @param type DOCUMENT ME!\r
1886    * @param pwType DOCUMENT ME!\r
1887    * @param title DOCUMENT ME!\r
1888    */\r
1889   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
1890   {\r
1891     final TreePanel tp;\r
1892 \r
1893     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1894         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
1895     {\r
1896       int s = 0;\r
1897       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1898 \r
1899       /* Decide if the selection is a column region */\r
1900       while (s < sg.sequences.size())\r
1901       {\r
1902         if ( ( (SequenceI) sg.sequences.elementAt(s++)).getLength() <\r
1903             sg.getEndRes())\r
1904         {\r
1905           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1906                                         "The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\n" +\r
1907                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1908                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1909                                         "Sequences in selection are not aligned",\r
1910                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1911 \r
1912           return;\r
1913         }\r
1914       }\r
1915 \r
1916       title = title + " on region";\r
1917       tp = new TreePanel(viewport,\r
1918                          viewport.getSelectionGroup().sequences, type, pwType,\r
1919                          sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
1920     }\r
1921     else\r
1922     {\r
1923       //are the sequences aligned?\r
1924       if (!viewport.alignment.isAligned())\r
1925       {\r
1926         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1927                                       "The sequences must be aligned before creating a tree.\n" +\r
1928                                       "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1929                                       "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1930                                       "Sequences not aligned",\r
1931                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1932 \r
1933         return;\r
1934       }\r
1935 \r
1936       tp = new TreePanel(viewport,\r
1937                          viewport.getAlignment().getSequences(), type, pwType,\r
1938                          0,\r
1939                          viewport.alignment.getWidth());\r
1940     }\r
1941 \r
1942     addTreeMenuItem(tp, title);\r
1943     viewport.setCurrentTree(tp.getTree());\r
1944 \r
1945     Desktop.addInternalFrame(tp, title + " from " + this.title, 600, 500);\r
1946   }\r
1947 \r
1948   /**\r
1949    * DOCUMENT ME!\r
1950    *\r
1951    * @param title DOCUMENT ME!\r
1952    * @param order DOCUMENT ME!\r
1953    */\r
1954   public void addSortByOrderMenuItem(String title, final AlignmentOrder order)\r
1955   {\r
1956     final JMenuItem item = new JMenuItem("by " + title);\r
1957     sort.add(item);\r
1958     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1959     {\r
1960       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1961       {\r
1962         addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
1963                                        HistoryItem.SORT));\r
1964 \r
1965         // TODO: JBPNote - have to map order entries to curent SequenceI pointers\r
1966         AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), order);\r
1967         alignPanel.repaint();\r
1968       }\r
1969     });\r
1970   }\r
1971 \r
1972   /**\r
1973    * Maintain the Order by->Displayed Tree menu.\r
1974    * Creates a new menu item for a TreePanel with an appropriate\r
1975    * <code>jalview.analysis.AlignmentSorter</code> call. Listeners are added\r
1976    * to remove the menu item when the treePanel is closed, and adjust\r
1977    * the tree leaf to sequence mapping when the alignment is modified.\r
1978    * @param treePanel Displayed tree window.\r
1979    * @param title SortBy menu item title.\r
1980    */\r
1981   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
1982   {\r
1983     final JMenuItem item = new JMenuItem(title);\r
1984 \r
1985     treeCount++;\r
1986 \r
1987     if (treeCount == 1)\r
1988     {\r
1989       sort.add(sortByTreeMenu);\r
1990     }\r
1991 \r
1992     sortByTreeMenu.add(item);\r
1993     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1994     {\r
1995       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1996       {\r
1997         addHistoryItem(new HistoryItem("Tree Sort",\r
1998                                        viewport.alignment, HistoryItem.SORT));\r
1999         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(),\r
2000                                    treePanel.getTree());\r
2001         alignPanel.repaint();\r
2002       }\r
2003     });\r
2004 \r
2005     treePanel.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
2006                                        InternalFrameAdapter()\r
2007     {\r
2008       public void internalFrameClosed(\r
2009           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
2010       {\r
2011         treeCount--;\r
2012         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2013 \r
2014         if (treeCount == 0)\r
2015         {\r
2016           sort.remove(sortByTreeMenu);\r
2017         }\r
2018       }\r
2019       ;\r
2020     });\r
2021     viewport.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()\r
2022     {\r
2023       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
2024       {\r
2025         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
2026         {\r
2027           treePanel.getTree().UpdatePlaceHolders( (Vector) evt.getNewValue());\r
2028           treePanel.repaint();\r
2029         }\r
2030       }\r
2031     });\r
2032   }\r
2033 \r
2034   /**\r
2035    * Work out whether the whole set of sequences\r
2036    * or just the selected set will be submitted for multiple alignment.\r
2037    *\r
2038    */\r
2039   private SequenceI[] gatherSequencesForAlignment()\r
2040   {\r
2041     // Now, check we have enough sequences\r
2042     SequenceI[] msa = null;\r
2043 \r
2044     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2045         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1))\r
2046     {\r
2047       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2048       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2049       int sz;\r
2050       msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2051 \r
2052       for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2053       {\r
2054         msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2055       }\r
2056     }\r
2057     else\r
2058     {\r
2059       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2060 \r
2061       if (seqs.size() > 1)\r
2062       {\r
2063         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2064 \r
2065         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2066         {\r
2067           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2068         }\r
2069       }\r
2070     }\r
2071     return msa;\r
2072   }\r
2073 \r
2074   /**\r
2075    * Decides what is submitted to a secondary structure prediction service,\r
2076    * the currently selected sequence, or the currently selected alignment\r
2077    * (where the first sequence in the set is the one that the prediction\r
2078    * will be for).\r
2079    */\r
2080   SequenceI[] gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction()\r
2081   {\r
2082     SequenceI seq = null;\r
2083     SequenceI[] msa = null;\r
2084 \r
2085     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2086         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
2087     {\r
2088       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2089       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2090 \r
2091       if ( (seqs.getSize() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2092       {\r
2093         seq = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(0);\r
2094       }\r
2095       else\r
2096       {\r
2097         int sz;\r
2098         msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2099 \r
2100         for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2101         {\r
2102           msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2103         }\r
2104       }\r
2105     }\r
2106     else\r
2107     {\r
2108       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2109 \r
2110       if ( (seqs.size() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2111       {\r
2112         seq = (SequenceI) seqs.elementAt(0);\r
2113       }\r
2114       else\r
2115       {\r
2116         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2117 \r
2118         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2119         {\r
2120           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2121         }\r
2122       }\r
2123     }\r
2124     if (msa != null)\r
2125     {\r
2126       return msa;\r
2127     }\r
2128     else\r
2129     {\r
2130       if (seq != null)\r
2131       {\r
2132         return new SequenceI[]\r
2133             {\r
2134             seq};\r
2135       }\r
2136     }\r
2137     return null;\r
2138   }\r
2139   /**\r
2140    * DOCUMENT ME!\r
2141    *\r
2142    * @param e DOCUMENT ME!\r
2143    */\r
2144   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2145   {\r
2146     // Pick the tree file\r
2147     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2148         getProperty(\r
2149             "LAST_DIRECTORY"));\r
2150     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2151     chooser.setDialogTitle("Select a newick-like tree file");\r
2152     chooser.setToolTipText("Load a tree file");\r
2153 \r
2154     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
2155 \r
2156     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2157     {\r
2158       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
2159       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
2160 \r
2161       try\r
2162       {\r
2163         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(choice,\r
2164             "File");\r
2165         viewport.setCurrentTree(ShowNewickTree(fin, choice).getTree());\r
2166       }\r
2167       catch (Exception ex)\r
2168       {\r
2169         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2170                                       "Problem reading tree file",\r
2171                                       ex.getMessage(),\r
2172                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2173         ex.printStackTrace();\r
2174       }\r
2175     }\r
2176   }\r
2177 \r
2178 \r
2179   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title)\r
2180   {\r
2181     return ShowNewickTree(nf,title,600,500,4,5);\r
2182   }\r
2183   /**\r
2184    * DOCUMENT ME!\r
2185    *\r
2186    * @param nf DOCUMENT ME!\r
2187    * @param title DOCUMENT ME!\r
2188    *\r
2189    * @return DOCUMENT ME!\r
2190    */\r
2191   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title, int w,int h,int x, int y)\r
2192   {\r
2193     TreePanel tp = null;\r
2194 \r
2195     try\r
2196     {\r
2197       nf.parse();\r
2198 \r
2199       if (nf.getTree() != null)\r
2200       {\r
2201         tp = new TreePanel(viewport,\r
2202                            viewport.getAlignment().getSequences(), nf,\r
2203                            "FromFile",\r
2204                            title);\r
2205 \r
2206         tp.setSize(w,h);\r
2207 \r
2208         if(x>0 && y>0)\r
2209           tp.setLocation(x,y);\r
2210 \r
2211 \r
2212         Desktop.addInternalFrame(tp, title, w, h);\r
2213         addTreeMenuItem(tp, title);\r
2214       }\r
2215     }\r
2216     catch (Exception ex)\r
2217     {\r
2218       ex.printStackTrace();\r
2219     }\r
2220 \r
2221     return tp;\r
2222   }\r
2223 \r
2224   class PrintThread\r
2225       extends Thread\r
2226   {\r
2227     public void run()\r
2228     {\r
2229       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
2230       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
2231       printJob.setPrintable(alignPanel, pf);\r
2232 \r
2233       if (printJob.printDialog())\r
2234       {\r
2235         try\r
2236         {\r
2237           printJob.print();\r
2238         }\r
2239         catch (Exception PrintException)\r
2240         {\r
2241           PrintException.printStackTrace();\r
2242         }\r
2243       }\r
2244     }\r
2245   }\r
2246 \r
2247   /**\r
2248    * Generates menu items and listener event actions for web service clients\r
2249    *\r
2250    */\r
2251   public void BuildWebServiceMenu()\r
2252   {\r
2253     if ( (Desktop.discoverer.services != null)\r
2254         && (Desktop.discoverer.services.size() > 0))\r
2255     {\r
2256       Vector msaws = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("MsaWS");\r
2257       Vector secstrpr = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("SecStrPred");\r
2258       Vector wsmenu = new Vector();\r
2259       if (msaws != null)\r
2260       {\r
2261         // Add any Multiple Sequence Alignment Services\r
2262         final JMenu msawsmenu = new JMenu("Alignment");\r
2263         for (int i = 0, j = msaws.size(); i < j; i++)\r
2264         {\r
2265           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle) msaws.\r
2266               get(i);\r
2267           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2268           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2269           {\r
2270             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2271             {\r
2272               SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2273               MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2274                   false, true);\r
2275 \r
2276             }\r
2277 \r
2278           });\r
2279           msawsmenu.add(method);\r
2280           // Deal with services that we know accept partial alignments.\r
2281           if (sh.getName().indexOf("lustal") > -1)\r
2282           {\r
2283             // We know that ClustalWS can accept partial alignments for refinement.\r
2284             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(sh.getName()+" Realign");\r
2285             methodR.addActionListener(new ActionListener()\r
2286             {\r
2287               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2288               {\r
2289                 SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2290                 MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2291                     true, true);\r
2292 \r
2293               }\r
2294 \r
2295             });\r
2296             msawsmenu.add(methodR);\r
2297 \r
2298           }\r
2299         }\r
2300         wsmenu.add(msawsmenu);\r
2301       }\r
2302       if (secstrpr != null)\r
2303       {\r
2304         // Add any secondary structure prediction services\r
2305         final JMenu secstrmenu = new JMenu("Secondary Structure Prediction");\r
2306         for (int i = 0, j = secstrpr.size(); i < j; i++)\r
2307         {\r
2308           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle)\r
2309               secstrpr.get(i);\r
2310           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2311           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2312           {\r
2313             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2314             {\r
2315               SequenceI[] msa = gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
2316               if (msa.length == 1)\r
2317               {\r
2318                 // Single Sequence prediction\r
2319                 jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2320                     title, msa[0]);\r
2321               }\r
2322               else\r
2323               {\r
2324                 if (msa.length > 1)\r
2325                 {\r
2326                   // Single Sequence prediction\r
2327                   jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2328                       title, msa);\r
2329                 }\r
2330               }\r
2331             }\r
2332           });\r
2333           secstrmenu.add(method);\r
2334         }\r
2335         wsmenu.add(secstrmenu);\r
2336       }\r
2337       this.webService.removeAll();\r
2338       for (int i = 0, j = wsmenu.size(); i < j; i++)\r
2339       {\r
2340         webService.add( (JMenu) wsmenu.get(i));\r
2341       }\r
2342     }\r
2343     else\r
2344     {\r
2345       this.webService.removeAll();\r
2346       this.webService.add(this.webServiceNoServices);\r
2347     }\r
2348     // TODO: add in rediscovery function\r
2349     // TODO: reduce code redundancy.\r
2350     // TODO: group services by location as well as function.\r
2351   }\r
2352 \r
2353 }\r