src/jalview/gui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Softwarechang\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.beans.*;\r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.datatransfer.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 import java.awt.print.*;\r
  29 import javax.swing.*;\r
  30 import javax.swing.event.*;\r
  31 \r
  32 import jalview.analysis.*;\r
  33 import jalview.datamodel.*;\r
  34 import jalview.io.*;\r
  35 import jalview.jbgui.*;\r
  36 import jalview.schemes.*;\r
  37 import jalview.ws.*;\r
  38 \r
  39 /**\r
  40  * DOCUMENT ME!\r
  41  *\r
  42  * @author $author$\r
  43  * @version $Revision$\r
  44  */\r
  45 public class AlignFrame\r
  46     extends GAlignFrame\r
  47 {\r
  48   /** DOCUMENT ME!! */\r
  49   public static final int NEW_WINDOW_WIDTH = 700;\r
  50 \r
  51   /** DOCUMENT ME!! */\r
  52   public static final int NEW_WINDOW_HEIGHT = 500;\r
  53   final AlignmentPanel alignPanel;\r
  54   final AlignViewport viewport;\r
  55 \r
  56   /** DOCUMENT ME!! */\r
  57   public String currentFileFormat = null;\r
  58   Stack historyList = new Stack();\r
  59   Stack redoList = new Stack();\r
  60   private int treeCount = 0;\r
  61 \r
  62   /**\r
  63    * Creates a new AlignFrame object.\r
  64    *\r
  65    * @param al DOCUMENT ME!\r
  66    */\r
  67   public AlignFrame(AlignmentI al)\r
  68   {\r
  69     viewport = new AlignViewport(al);\r
  70 \r
  71     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  72     alignPanel.annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
  73     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(alignPanel.\r
  74         annotationPanel.getPreferredSize());\r
  75     alignPanel.annotationScroller.setPreferredSize(alignPanel.annotationPanel.\r
  76         getPreferredSize());\r
  77     alignPanel.setAnnotationVisible(viewport.getShowAnnotation());\r
  78 \r
  79     String sortby = jalview.bin.Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT", "No sort");\r
  80 \r
  81     if(sortby.equals("Id"))\r
  82       sortIDMenuItem_actionPerformed(null);\r
  83     else if(sortby.equals("Pairwise Identity"))\r
  84       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(null);\r
  85 \r
  86     getContentPane().add(alignPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88     viewport.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
  89     {\r
  90      public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
  91      {\r
  92        if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
  93        {\r
  94          alignmentChanged();\r
  95        }\r
  96      }\r
  97    });\r
  98 \r
  99     addServiceListeners();\r
 100   }\r
 101 \r
 102   /* Set up intrinsic listeners for dynamically generated GUI bits. */\r
 103   private void addServiceListeners()\r
 104   {\r
 105     final java.beans.PropertyChangeListener thisListener;\r
 106     // Do this once to get current state\r
 107     BuildWebServiceMenu();\r
 108     Desktop.discoverer.addPropertyChangeListener(\r
 109         thisListener = new java.beans.PropertyChangeListener()\r
 110     {\r
 111       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
 112       {\r
 113         // System.out.println("Discoverer property change.");\r
 114         if (evt.getPropertyName().equals("services"))\r
 115         {\r
 116           // System.out.println("Rebuilding web service menu");\r
 117           BuildWebServiceMenu();\r
 118         }\r
 119       }\r
 120     });\r
 121     addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 122                              InternalFrameAdapter()\r
 123     {\r
 124       public void internalFrameClosed(\r
 125           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 126       {\r
 127         // System.out.println("deregistering discoverer listener");\r
 128         Desktop.discoverer.removePropertyChangeListener(thisListener);\r
 129         closeMenuItem_actionPerformed(null);\r
 130       }\r
 131       ;\r
 132     });\r
 133 \r
 134   }\r
 135 \r
 136   /**\r
 137    * DOCUMENT ME!\r
 138    *\r
 139    * @param String DOCUMENT ME!\r
 140    */\r
 141 \r
 142   public void parseGroupsFile(String file)\r
 143   {\r
 144     try\r
 145     {\r
 146       BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 147       SequenceI seq = null;\r
 148       String line, text, token;\r
 149       UserColourScheme ucs;\r
 150       int index, start, end;\r
 151       StringTokenizer st;\r
 152       SequenceGroup sg;\r
 153       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 154       {\r
 155         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 156         if (st.countTokens() != 6)\r
 157         {\r
 158           System.out.println("Groups file " + file +\r
 159                              " is invalid. Read help file.");\r
 160           System.exit(1);\r
 161         }\r
 162 \r
 163         while (st.hasMoreElements())\r
 164         {\r
 165           text = st.nextToken();\r
 166           token = st.nextToken();\r
 167           if (!token.equals("ID_NOT_SPECIFIED"))\r
 168           {\r
 169             index = viewport.alignment.findIndex(viewport.alignment.findName(\r
 170                 token));\r
 171             st.nextToken();\r
 172           }\r
 173           else\r
 174           {\r
 175             index = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 176           }\r
 177 \r
 178           start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 179           end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 180           ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 181 \r
 182           seq = viewport.alignment.getSequenceAt(index);\r
 183           start = seq.findIndex(start) - 1;\r
 184           end = seq.findIndex(end) - 1;\r
 185 \r
 186           sg = new SequenceGroup(text, ucs, true, true, false, start, end);\r
 187           sg.addSequence(seq, true);\r
 188 \r
 189           viewport.alignment.addGroup(sg);\r
 190         }\r
 191       }\r
 192 \r
 193     }\r
 194     catch (Exception ex)\r
 195     {\r
 196       System.out.println("Error parsing groups file: " + ex);\r
 197     }\r
 198   }\r
 199 \r
 200   /**\r
 201    * DOCUMENT ME!\r
 202    *\r
 203    * @param e DOCUMENT ME!\r
 204    */\r
 205   public void saveAlignmentMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 206   {\r
 207     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 208         getProperty(\r
 209             "LAST_DIRECTORY"),\r
 210         new String[]\r
 211         {\r
 212         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 213         "jar"\r
 214     },\r
 215         new String[]\r
 216         {\r
 217         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 218     }, currentFileFormat);\r
 219 \r
 220     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);\r
 221     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 222     chooser.setDialogTitle("Save Alignment to file");\r
 223     chooser.setToolTipText("Save");\r
 224 \r
 225     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 226 \r
 227     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 228     {\r
 229       currentFileFormat = chooser.getSelectedFormat();\r
 230       jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 231                                     currentFileFormat);\r
 232 \r
 233       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 234       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 235 \r
 236       saveAlignment(choice, currentFileFormat);\r
 237     }\r
 238   }\r
 239 \r
 240   public boolean saveAlignment(String file, String format)\r
 241   {\r
 242     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
 243     {\r
 244       String shortName = title;\r
 245 \r
 246       if (shortName.indexOf(java.io.File.separatorChar) > -1)\r
 247       {\r
 248         shortName = shortName.substring(shortName.lastIndexOf(\r
 249             java.io.File.separatorChar) + 1);\r
 250       }\r
 251 \r
 252       Jalview2XML.SaveAlignment(this, file, shortName);\r
 253 \r
 254       // USE Jalview2XML to save this file\r
 255       return true;\r
 256     }\r
 257     else\r
 258     {\r
 259       String output = FormatAdapter.formatSequences(format,\r
 260           viewport.getAlignment().\r
 261           getSequences());\r
 262       if (output == null)\r
 263       {\r
 264         return false;\r
 265       }\r
 266 \r
 267       try\r
 268       {\r
 269         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
 270             new java.io.FileWriter(file));\r
 271 \r
 272         out.print(output);\r
 273         out.close();\r
 274         return true;\r
 275       }\r
 276       catch (Exception ex)\r
 277       {\r
 278         ex.printStackTrace();\r
 279       }\r
 280     }\r
 281     return false;\r
 282   }\r
 283 \r
 284   /**\r
 285    * DOCUMENT ME!\r
 286    *\r
 287    * @param e DOCUMENT ME!\r
 288    */\r
 289   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 290   {\r
 291     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 292     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
 293                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
 294                              500);\r
 295     cap.setText(FormatAdapter.formatSequences(e.getActionCommand(),\r
 296                                               viewport.getAlignment().\r
 297                                               getSequences()));\r
 298   }\r
 299 \r
 300   /**\r
 301    * DOCUMENT ME!\r
 302    *\r
 303    * @param e DOCUMENT ME!\r
 304    */\r
 305   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 306   {\r
 307     new HTMLOutput(viewport);\r
 308   }\r
 309 \r
 310   public void createImageMap(File file, String image)\r
 311   {\r
 312     alignPanel.makePNGImageMap(file, image);\r
 313   }\r
 314 \r
 315   /**\r
 316    * DOCUMENT ME!\r
 317    *\r
 318    * @param e DOCUMENT ME!\r
 319    */\r
 320   public void createPNG(File f)\r
 321   {\r
 322     alignPanel.makePNG(f);\r
 323   }\r
 324 \r
 325   /**\r
 326    * DOCUMENT ME!\r
 327    *\r
 328    * @param e DOCUMENT ME!\r
 329    */\r
 330   public void createEPS(File f)\r
 331   {\r
 332     alignPanel.makeEPS(f);\r
 333   }\r
 334 \r
 335   /**\r
 336    * DOCUMENT ME!\r
 337    *\r
 338    * @param e DOCUMENT ME!\r
 339    */\r
 340   public void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 341   {\r
 342     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 343     PrintThread thread = new PrintThread();\r
 344     thread.start();\r
 345   }\r
 346 \r
 347   /**\r
 348    * DOCUMENT ME!\r
 349    *\r
 350    * @param e DOCUMENT ME!\r
 351    */\r
 352   public void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 353   {\r
 354     try\r
 355     {\r
 356       PaintRefresher.components.remove(viewport.alignment);\r
 357       this.setClosed(true);\r
 358     }\r
 359     catch (Exception ex)\r
 360     {\r
 361     }\r
 362   }\r
 363 \r
 364   /**\r
 365    * DOCUMENT ME!\r
 366    */\r
 367   void updateEditMenuBar()\r
 368   {\r
 369     if (historyList.size() > 0)\r
 370     {\r
 371       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
 372 \r
 373       HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.peek();\r
 374       undoMenuItem.setText("Undo " + hi.getDescription());\r
 375     }\r
 376     else\r
 377     {\r
 378       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 379       undoMenuItem.setText("Undo");\r
 380     }\r
 381 \r
 382     if (redoList.size() > 0)\r
 383     {\r
 384       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
 385 \r
 386       HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.peek();\r
 387       redoMenuItem.setText("Redo " + hi.getDescription());\r
 388     }\r
 389     else\r
 390     {\r
 391       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 392       redoMenuItem.setText("Redo");\r
 393     }\r
 394   }\r
 395 \r
 396   /**\r
 397    * DOCUMENT ME!\r
 398    *\r
 399    * @param hi DOCUMENT ME!\r
 400    */\r
 401   public void addHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 402   {\r
 403     historyList.push(hi);\r
 404     updateEditMenuBar();\r
 405   }\r
 406 \r
 407   /**\r
 408    * DOCUMENT ME!\r
 409    *\r
 410    * @param e DOCUMENT ME!\r
 411    */\r
 412   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 413   {\r
 414     HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 415     redoList.push(new HistoryItem(hi.getDescription(), viewport.alignment,\r
 416                                   HistoryItem.HIDE));\r
 417     restoreHistoryItem(hi);\r
 418     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 419   }\r
 420 \r
 421   /**\r
 422    * DOCUMENT ME!\r
 423    *\r
 424    * @param e DOCUMENT ME!\r
 425    */\r
 426   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 427   {\r
 428     HistoryItem hi = (HistoryItem) redoList.pop();\r
 429     restoreHistoryItem(hi);\r
 430     updateEditMenuBar();\r
 431     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 432   }\r
 433 \r
 434   // used by undo and redo\r
 435   void restoreHistoryItem(HistoryItem hi)\r
 436   {\r
 437     if (hi.getType() == HistoryItem.SORT)\r
 438     {\r
 439       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 440       {\r
 441         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(hi.getSequences()\r
 442             .elementAt(i),\r
 443             i);\r
 444       }\r
 445     }\r
 446     else\r
 447     {\r
 448       for (int i = 0; i < hi.getSequences().size(); i++)\r
 449       {\r
 450         SequenceI restore = (SequenceI) hi.getSequences().elementAt(i);\r
 451 \r
 452         if (restore.getLength() == 0)\r
 453         {\r
 454           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 455           viewport.alignment.getSequences().insertElementAt(restore,\r
 456               hi.getAlignIndex(i));\r
 457         }\r
 458         else\r
 459         {\r
 460           restore.setSequence(hi.getHidden().elementAt(i).toString());\r
 461         }\r
 462       }\r
 463 \r
 464       if (hi.getType() == HistoryItem.PASTE)\r
 465       {\r
 466         for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 1;\r
 467              i > (hi.getSequences().size() - 1); i--)\r
 468         {\r
 469           viewport.alignment.deleteSequence(i);\r
 470         }\r
 471       }\r
 472     }\r
 473 \r
 474     updateEditMenuBar();\r
 475 \r
 476     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 477                                 viewport.getAlignment().getSequences());\r
 478   }\r
 479 \r
 480   /**\r
 481    * DOCUMENT ME!\r
 482    *\r
 483    * @param up DOCUMENT ME!\r
 484    */\r
 485   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
 486   {\r
 487     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 488 \r
 489     if (sg == null)\r
 490     {\r
 491       return;\r
 492     }\r
 493 \r
 494     if (up)\r
 495     {\r
 496       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
 497       {\r
 498         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 499 \r
 500         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 501         {\r
 502           continue;\r
 503         }\r
 504 \r
 505         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
 506 \r
 507         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 508         {\r
 509           continue;\r
 510         }\r
 511 \r
 512         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 513         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
 514       }\r
 515     }\r
 516     else\r
 517     {\r
 518       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
 519       {\r
 520         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
 521 \r
 522         if (!sg.sequences.contains(seq))\r
 523         {\r
 524           continue;\r
 525         }\r
 526 \r
 527         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
 528 \r
 529         if (sg.sequences.contains(temp))\r
 530         {\r
 531           continue;\r
 532         }\r
 533 \r
 534         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
 535         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
 536       }\r
 537     }\r
 538 \r
 539     alignPanel.repaint();\r
 540   }\r
 541 \r
 542   /**\r
 543    * DOCUMENT ME!\r
 544    *\r
 545    * @param e DOCUMENT ME!\r
 546    */\r
 547   protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 548   {\r
 549     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 550     {\r
 551       return;\r
 552     }\r
 553 \r
 554     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 555 \r
 556     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 557     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 558 \r
 559     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
 560 \r
 561     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 562     {\r
 563       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 564       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
 565       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
 566     }\r
 567 \r
 568     int index = 0, startRes, endRes;\r
 569     char ch;\r
 570 \r
 571     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 572     {\r
 573       SequenceI seq = null;\r
 574 \r
 575       while (seq == null)\r
 576       {\r
 577         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
 578         {\r
 579           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
 580           index++;\r
 581 \r
 582           break;\r
 583         }\r
 584         else\r
 585         {\r
 586           index++;\r
 587         }\r
 588       }\r
 589       //FIND START RES\r
 590       //Returns residue following index if gap\r
 591       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
 592 \r
 593       //FIND END RES\r
 594       //Need to find the residue preceeding index if gap\r
 595       endRes = 0;\r
 596 \r
 597       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
 598       {\r
 599         ch = seq.getCharAt(j);\r
 600         if (!jalview.util.Comparison.isGap( (ch)))\r
 601         {\r
 602           endRes++;\r
 603         }\r
 604       }\r
 605 \r
 606       if (endRes > 0)\r
 607       {\r
 608         endRes += seq.getStart() - 1;\r
 609       }\r
 610 \r
 611       buffer.append(seq.getName() + "\t" +\r
 612                     startRes + "\t" +\r
 613                     endRes + "\t" +\r
 614                     seq.getSequence(sg.getStartRes(),\r
 615                                     sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
 616     }\r
 617 \r
 618     c.setContents(new StringSelection(buffer.toString()), null);\r
 619   }\r
 620 \r
 621   /**\r
 622    * DOCUMENT ME!\r
 623    *\r
 624    * @param e DOCUMENT ME!\r
 625    */\r
 626   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 627   {\r
 628     paste(true);\r
 629   }\r
 630 \r
 631   /**\r
 632    * DOCUMENT ME!\r
 633    *\r
 634    * @param e DOCUMENT ME!\r
 635    */\r
 636   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 637   {\r
 638     addHistoryItem(new HistoryItem("Paste Sequences", viewport.alignment,\r
 639                                    HistoryItem.PASTE));\r
 640     paste(false);\r
 641   }\r
 642 \r
 643   /**\r
 644    * DOCUMENT ME!\r
 645    *\r
 646    * @param newAlignment DOCUMENT ME!\r
 647    */\r
 648   void paste(boolean newAlignment)\r
 649   {\r
 650     try\r
 651     {\r
 652       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
 653       Transferable contents = c.getContents(this);\r
 654 \r
 655       if (contents == null)\r
 656       {\r
 657         return;\r
 658       }\r
 659 \r
 660       String str = (String) contents.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);\r
 661       StringTokenizer st = new StringTokenizer(str);\r
 662       ArrayList seqs = new ArrayList();\r
 663 \r
 664       while (st.hasMoreElements())\r
 665       {\r
 666         String name = st.nextToken();\r
 667         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 668         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 669         Sequence sequence = new Sequence(name, st.nextToken(), start,\r
 670                                          end);\r
 671 \r
 672         if (!newAlignment)\r
 673         {\r
 674           viewport.alignment.addSequence(sequence);\r
 675         }\r
 676         else\r
 677         {\r
 678           seqs.add(sequence);\r
 679         }\r
 680       }\r
 681 \r
 682       if (newAlignment)\r
 683       {\r
 684         SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
 685         seqs.toArray(newSeqs);\r
 686 \r
 687         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs));\r
 688         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
 689 \r
 690         if (title.startsWith("Copied sequences"))\r
 691         {\r
 692           newtitle = title;\r
 693         }\r
 694         else\r
 695         {\r
 696           newtitle = newtitle.concat("- from " + title);\r
 697         }\r
 698 \r
 699         Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 700                                  NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 701       }\r
 702       else\r
 703       {\r
 704         viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
 705         viewport.alignment.getWidth();\r
 706         viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 707       }\r
 708     }\r
 709     catch (Exception ex)\r
 710     {\r
 711         // could be anything being pasted in here\r
 712     }\r
 713 \r
 714 \r
 715   }\r
 716 \r
 717   /**\r
 718    * DOCUMENT ME!\r
 719    *\r
 720    * @param e DOCUMENT ME!\r
 721    */\r
 722   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 723   {\r
 724     copy_actionPerformed(null);\r
 725     delete_actionPerformed(null);\r
 726   }\r
 727 \r
 728   /**\r
 729    * DOCUMENT ME!\r
 730    *\r
 731    * @param e DOCUMENT ME!\r
 732    */\r
 733   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 734   {\r
 735     boolean seqsdeleted = false;\r
 736 \r
 737     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
 738     {\r
 739       return;\r
 740     }\r
 741 \r
 742     addHistoryItem(new HistoryItem("Delete Sequences", viewport.alignment,\r
 743                                    HistoryItem.HIDE));\r
 744 \r
 745     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 746     boolean allSequences = false;\r
 747     if (sg.sequences.size() == viewport.alignment.getHeight())\r
 748     {\r
 749       allSequences = true;\r
 750     }\r
 751 \r
 752     for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 753     {\r
 754       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 755       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
 756       seq.deleteChars(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 757 \r
 758       // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
 759       if (allSequences)\r
 760       {\r
 761         viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
 762             sg.getEndRes() + 1);\r
 763       }\r
 764 \r
 765       if (seq.getSequence().length() < 1)\r
 766       {\r
 767         seqsdeleted = true;\r
 768         viewport.getAlignment().deleteSequence(seq);\r
 769       }\r
 770       else\r
 771       {\r
 772         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, index);\r
 773       }\r
 774     }\r
 775 \r
 776     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 777     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 778 \r
 779     if (seqsdeleted)\r
 780     {\r
 781       viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
 782                                   viewport.getAlignment().getSequences());\r
 783     }\r
 784 \r
 785 \r
 786     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
 787     {\r
 788       try\r
 789       {\r
 790         this.setClosed(true);\r
 791       }\r
 792       catch (Exception ex)\r
 793       {\r
 794       }\r
 795     }\r
 796   }\r
 797 \r
 798   /**\r
 799    * DOCUMENT ME!\r
 800    *\r
 801    * @param e DOCUMENT ME!\r
 802    */\r
 803   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 804   {\r
 805     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
 806     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 807     alignPanel.repaint();\r
 808   }\r
 809 \r
 810   /**\r
 811    * DOCUMENT ME!\r
 812    *\r
 813    * @param e DOCUMENT ME!\r
 814    */\r
 815   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 816   {\r
 817     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 818 \r
 819     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 820          i++)\r
 821     {\r
 822       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 823     }\r
 824 \r
 825     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
 826     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 827     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 828   }\r
 829 \r
 830   /**\r
 831    * DOCUMENT ME!\r
 832    *\r
 833    * @param e DOCUMENT ME!\r
 834    */\r
 835   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 836   {\r
 837     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 838     viewport.getColumnSelection().clear();\r
 839     viewport.setSelectionGroup(null);\r
 840     alignPanel.annotationPanel.activeRes = null;\r
 841     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 842   }\r
 843 \r
 844   /**\r
 845    * DOCUMENT ME!\r
 846    *\r
 847    * @param e DOCUMENT ME!\r
 848    */\r
 849   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 850   {\r
 851     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 852 \r
 853     if (sg == null)\r
 854     {\r
 855       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);\r
 856 \r
 857       return;\r
 858     }\r
 859 \r
 860     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
 861          i++)\r
 862     {\r
 863       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
 864     }\r
 865 \r
 866     PaintRefresher.Refresh(null, viewport.alignment);\r
 867   }\r
 868 \r
 869   /**\r
 870    * DOCUMENT ME!\r
 871    *\r
 872    * @param e DOCUMENT ME!\r
 873    */\r
 874   public void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 875   {\r
 876     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 877 \r
 878     if (colSel.size() > 0)\r
 879     {\r
 880       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Left", viewport.alignment,\r
 881                                      HistoryItem.HIDE));\r
 882 \r
 883       int min = colSel.getMin();\r
 884       viewport.getAlignment().trimLeft(min);\r
 885       colSel.compensateForEdit(0, min);\r
 886 \r
 887       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 888       {\r
 889         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveLeft(min);\r
 890       }\r
 891 \r
 892       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 893 \r
 894       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 895       {\r
 896         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 897 \r
 898         if (!sg.adjustForRemoveLeft(min))\r
 899         {\r
 900           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 901         }\r
 902       }\r
 903 \r
 904       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 905     }\r
 906   }\r
 907 \r
 908   /**\r
 909    * DOCUMENT ME!\r
 910    *\r
 911    * @param e DOCUMENT ME!\r
 912    */\r
 913   public void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 914   {\r
 915     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
 916 \r
 917     if (colSel.size() > 0)\r
 918     {\r
 919       addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Right", viewport.alignment,\r
 920                                      HistoryItem.HIDE));\r
 921 \r
 922       int max = colSel.getMax();\r
 923       viewport.getAlignment().trimRight(max);\r
 924 \r
 925       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 926       {\r
 927         viewport.getSelectionGroup().adjustForRemoveRight(max);\r
 928       }\r
 929 \r
 930       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
 931 \r
 932       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
 933       {\r
 934         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.get(i);\r
 935 \r
 936         if (!sg.adjustForRemoveRight(max))\r
 937         {\r
 938           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
 939         }\r
 940       }\r
 941 \r
 942       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 943     }\r
 944   }\r
 945 \r
 946   /**\r
 947    * DOCUMENT ME!\r
 948    *\r
 949    * @param e DOCUMENT ME!\r
 950    */\r
 951   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 952   {\r
 953     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gapped Columns",\r
 954                                    viewport.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 955 \r
 956     //This is to maintain viewport position on first residue\r
 957     //of first sequence\r
 958     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
 959     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
 960 \r
 961     viewport.getAlignment().removeGaps();\r
 962 \r
 963     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
 964 \r
 965    viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
 966   }\r
 967 \r
 968   /**\r
 969    * DOCUMENT ME!\r
 970    *\r
 971    * @param e DOCUMENT ME!\r
 972    */\r
 973   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 974   {\r
 975     addHistoryItem(new HistoryItem("Remove Gaps", viewport.alignment,\r
 976                                    HistoryItem.HIDE));\r
 977 \r
 978     //This is to maintain viewport position on first residue\r
 979     //of first sequence\r
 980     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
 981     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
 982 \r
 983 \r
 984     SequenceI current;\r
 985     int jSize;\r
 986 \r
 987     Vector seqs = null;\r
 988 \r
 989     int start = 0;\r
 990     int end = viewport.alignment.getWidth();\r
 991 \r
 992     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
 993         && viewport.getSelectionGroup().sequences != null\r
 994         && viewport.getSelectionGroup().sequences.size() > 0)\r
 995     {\r
 996       seqs = viewport.getSelectionGroup().sequences;\r
 997       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
 998       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
 999     }\r
1000     else\r
1001     {\r
1002       seqs = viewport.alignment.getSequences();\r
1003     }\r
1004 \r
1005     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1006     {\r
1007       current = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1008       jSize = current.getLength();\r
1009 \r
1010       int j = start;\r
1011 \r
1012       do\r
1013       {\r
1014         if (jalview.util.Comparison.isGap(current.getCharAt(j)))\r
1015         {\r
1016           current.deleteCharAt(j);\r
1017           j--;\r
1018           jSize--;\r
1019         }\r
1020         j++;\r
1021       }\r
1022       while (j < end && j < jSize);\r
1023     }\r
1024 \r
1025     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes)-1);\r
1026 \r
1027 \r
1028     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
1029   }\r
1030 \r
1031  public void alignmentChanged()\r
1032  {\r
1033    viewport.updateConsensus();\r
1034    viewport.updateConservation();\r
1035    resetAllColourSchemes();\r
1036    alignPanel.repaint();\r
1037  }\r
1038 \r
1039   void resetAllColourSchemes()\r
1040   {\r
1041     ColourSchemeI cs = viewport.globalColourScheme;\r
1042     if(cs!=null)\r
1043     {\r
1044       if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1045       {\r
1046         ( (ClustalxColourScheme) viewport.getGlobalColourScheme()).\r
1047             resetClustalX(viewport.alignment.getSequences(),\r
1048                           viewport.alignment.getWidth());\r
1049       }\r
1050 \r
1051       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1052       if (cs.conservationApplied())\r
1053       {\r
1054         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1055         Conservation c = new Conservation("All",\r
1056                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1057                                           al.getSequences(), 0,\r
1058                                           al.getWidth() - 1);\r
1059         c.calculate();\r
1060         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1061 \r
1062         cs.setConservation(c);\r
1063       }\r
1064     }\r
1065 \r
1066     int s, sSize = viewport.alignment.getGroups().size();\r
1067     for(s=0; s<sSize; s++)\r
1068     {\r
1069       SequenceGroup sg = (SequenceGroup)viewport.alignment.getGroups().elementAt(s);\r
1070       if(sg.cs!=null && sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1071       {\r
1072         ((ClustalxColourScheme)sg.cs).resetClustalX(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1073       }\r
1074       sg.recalcConservation();\r
1075     }\r
1076   }\r
1077 \r
1078   /**\r
1079    * DOCUMENT ME!\r
1080    *\r
1081    * @param e DOCUMENT ME!\r
1082    */\r
1083   public void padGapsMenuitem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1084   {\r
1085     addHistoryItem(new HistoryItem("Pad Gaps", viewport.alignment,\r
1086                                    HistoryItem.HIDE));\r
1087 \r
1088     SequenceI current;\r
1089     int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
1090 \r
1091     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size();\r
1092          i++)\r
1093     {\r
1094       current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1095 \r
1096       if (current.getLength() < Width)\r
1097       {\r
1098         current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
1099       }\r
1100     }\r
1101 \r
1102     alignmentChanged();\r
1103   }\r
1104 \r
1105   /**\r
1106    * DOCUMENT ME!\r
1107    *\r
1108    * @param e DOCUMENT ME!\r
1109    */\r
1110   public void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1111   {\r
1112     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1113     Finder finder = new Finder(viewport, alignPanel, frame);\r
1114     frame.setContentPane(finder);\r
1115     Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);\r
1116     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1117   }\r
1118 \r
1119   /**\r
1120    * DOCUMENT ME!\r
1121    *\r
1122    * @param e DOCUMENT ME!\r
1123    */\r
1124   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1125   {\r
1126     FontChooser fc = new FontChooser(alignPanel);\r
1127   }\r
1128 \r
1129   /**\r
1130    * DOCUMENT ME!\r
1131    *\r
1132    * @param e DOCUMENT ME!\r
1133    */\r
1134   protected void fullSeqId_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1135   {\r
1136     viewport.setShowFullId(fullSeqId.isSelected());\r
1137 \r
1138     alignPanel.idPanel.idCanvas.setPreferredSize(alignPanel.calculateIdWidth());\r
1139     alignPanel.repaint();\r
1140   }\r
1141 \r
1142   /**\r
1143    * DOCUMENT ME!\r
1144    *\r
1145    * @param e DOCUMENT ME!\r
1146    */\r
1147   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1148   {\r
1149     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.isSelected());\r
1150     alignPanel.repaint();\r
1151   }\r
1152 \r
1153   /**\r
1154    * DOCUMENT ME!\r
1155    *\r
1156    * @param e DOCUMENT ME!\r
1157    */\r
1158   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1159   {\r
1160     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1161     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.isSelected());\r
1162     scaleAbove.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1163     scaleLeft.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1164     scaleRight.setVisible(wrapMenuItem.isSelected());\r
1165     alignPanel.repaint();\r
1166   }\r
1167 \r
1168   /**\r
1169    * DOCUMENT ME!\r
1170    *\r
1171    * @param e DOCUMENT ME!\r
1172    */\r
1173   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1174   {\r
1175     viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.isSelected());\r
1176     alignPanel.repaint();\r
1177   }\r
1178 \r
1179   /**\r
1180    * DOCUMENT ME!\r
1181    *\r
1182    * @param e DOCUMENT ME!\r
1183    */\r
1184   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1185   {\r
1186     viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.isSelected());\r
1187     alignPanel.repaint();\r
1188   }\r
1189 \r
1190   /**\r
1191    * DOCUMENT ME!\r
1192    *\r
1193    * @param e DOCUMENT ME!\r
1194    */\r
1195   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1196   {\r
1197     viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.isSelected());\r
1198     alignPanel.repaint();\r
1199   }\r
1200 \r
1201   /**\r
1202    * DOCUMENT ME!\r
1203    *\r
1204    * @param e DOCUMENT ME!\r
1205    */\r
1206   public void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1207   {\r
1208     viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.isSelected());\r
1209     alignPanel.repaint();\r
1210   }\r
1211 \r
1212   /**\r
1213    * DOCUMENT ME!\r
1214    *\r
1215    * @param e DOCUMENT ME!\r
1216    */\r
1217   public void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1218   {\r
1219     viewport.setShowText(viewTextMenuItem.isSelected());\r
1220     alignPanel.repaint();\r
1221   }\r
1222 \r
1223   /**\r
1224    * DOCUMENT ME!\r
1225    *\r
1226    * @param e DOCUMENT ME!\r
1227    */\r
1228   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1229   {\r
1230     viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.isSelected());\r
1231     alignPanel.repaint();\r
1232   }\r
1233 \r
1234   /**\r
1235    * DOCUMENT ME!\r
1236    *\r
1237    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1238    */\r
1239   public void sequenceFeatures_actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1240   {\r
1241     viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.isSelected());\r
1242 \r
1243     if (viewport.showSequenceFeatures &&\r
1244         ! ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded)\r
1245     {\r
1246       SequenceFeatureFetcher sft = new SequenceFeatureFetcher(viewport.\r
1247           alignment,\r
1248           alignPanel);\r
1249       ( (Alignment) viewport.alignment).featuresAdded = true;\r
1250     }\r
1251 \r
1252     alignPanel.repaint();\r
1253   }\r
1254 \r
1255   /**\r
1256    * DOCUMENT ME!\r
1257    *\r
1258    * @param e DOCUMENT ME!\r
1259    */\r
1260   public void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1261   {\r
1262     if (annotationPanelMenuItem.isSelected() &&\r
1263         viewport.getWrapAlignment())\r
1264     {\r
1265       annotationPanelMenuItem.setSelected(false);\r
1266 \r
1267       return;\r
1268     }\r
1269 \r
1270     viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1271     alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.isSelected());\r
1272   }\r
1273 \r
1274   /**\r
1275    * DOCUMENT ME!\r
1276    *\r
1277    * @param e DOCUMENT ME!\r
1278    */\r
1279   public void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1280   {\r
1281     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
1282     {\r
1283       return;\r
1284     }\r
1285 \r
1286     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1287     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
1288     frame.setContentPane(overview);\r
1289     Desktop.addInternalFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
1290                              frame.getWidth(), frame.getHeight());\r
1291     frame.pack();\r
1292     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
1293     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
1294     {\r
1295       public void internalFrameClosed(\r
1296           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1297       {\r
1298         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
1299       }\r
1300       ;\r
1301     });\r
1302 \r
1303     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
1304   }\r
1305 \r
1306   /**\r
1307    * DOCUMENT ME!\r
1308    *\r
1309    * @param e DOCUMENT ME!\r
1310    */\r
1311   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1312   {\r
1313     changeColour(null);\r
1314   }\r
1315 \r
1316   /**\r
1317    * DOCUMENT ME!\r
1318    *\r
1319    * @param e DOCUMENT ME!\r
1320    */\r
1321   public void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1322   {\r
1323     changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
1324         viewport.alignment.getSequences(), viewport.alignment.getWidth()));\r
1325   }\r
1326 \r
1327   /**\r
1328    * DOCUMENT ME!\r
1329    *\r
1330    * @param e DOCUMENT ME!\r
1331    */\r
1332   public void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1333   {\r
1334     changeColour(new ZappoColourScheme());\r
1335   }\r
1336 \r
1337   /**\r
1338    * DOCUMENT ME!\r
1339    *\r
1340    * @param e DOCUMENT ME!\r
1341    */\r
1342   public void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1343   {\r
1344     changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1345   }\r
1346 \r
1347   /**\r
1348    * DOCUMENT ME!\r
1349    *\r
1350    * @param e DOCUMENT ME!\r
1351    */\r
1352   public void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1353   {\r
1354     changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1355   }\r
1356 \r
1357   /**\r
1358    * DOCUMENT ME!\r
1359    *\r
1360    * @param e DOCUMENT ME!\r
1361    */\r
1362   public void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1363   {\r
1364     changeColour(new HelixColourScheme());\r
1365   }\r
1366 \r
1367   /**\r
1368    * DOCUMENT ME!\r
1369    *\r
1370    * @param e DOCUMENT ME!\r
1371    */\r
1372   public void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1373   {\r
1374     changeColour(new StrandColourScheme());\r
1375   }\r
1376 \r
1377   /**\r
1378    * DOCUMENT ME!\r
1379    *\r
1380    * @param e DOCUMENT ME!\r
1381    */\r
1382   public void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1383   {\r
1384     changeColour(new TurnColourScheme());\r
1385   }\r
1386 \r
1387   /**\r
1388    * DOCUMENT ME!\r
1389    *\r
1390    * @param e DOCUMENT ME!\r
1391    */\r
1392   public void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1393   {\r
1394     changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1395   }\r
1396 \r
1397   /**\r
1398    * DOCUMENT ME!\r
1399    *\r
1400    * @param e DOCUMENT ME!\r
1401    */\r
1402   public void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1403   {\r
1404     changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1405   }\r
1406 \r
1407   /**\r
1408    * DOCUMENT ME!\r
1409    *\r
1410    * @param e DOCUMENT ME!\r
1411    */\r
1412   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1413   {\r
1414     viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.isSelected());\r
1415   }\r
1416 \r
1417   /**\r
1418    * DOCUMENT ME!\r
1419    *\r
1420    * @param cs DOCUMENT ME!\r
1421    */\r
1422   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
1423   {\r
1424     int threshold = 0;\r
1425 \r
1426     if(cs!=null)\r
1427     {\r
1428       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
1429       {\r
1430         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
1431                                                    "Background");\r
1432 \r
1433         cs.setThreshold(threshold,\r
1434                         viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1435 \r
1436         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1437       }\r
1438       else\r
1439       {\r
1440         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1441       }\r
1442 \r
1443       if (viewport.getConservationSelected())\r
1444       {\r
1445 \r
1446         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
1447         Conservation c = new Conservation("All",\r
1448                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
1449                                           al.getSequences(), 0,\r
1450                                           al.getWidth() - 1);\r
1451 \r
1452         c.calculate();\r
1453         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1454 \r
1455         cs.setConservation(c);\r
1456 \r
1457         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel, cs,\r
1458             "Background"));\r
1459       }\r
1460       else\r
1461       {\r
1462         cs.setConservation(null);\r
1463       }\r
1464 \r
1465       cs.setConsensus(viewport.vconsensus);\r
1466     }\r
1467 \r
1468     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
1469 \r
1470     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
1471     {\r
1472       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1473 \r
1474       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1475       {\r
1476         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1477 \r
1478         if (cs == null)\r
1479         {\r
1480           sg.cs = null;\r
1481           continue;\r
1482         }\r
1483 \r
1484         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1485         {\r
1486           sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, sg.getWidth());\r
1487         }\r
1488         else if (cs instanceof UserColourScheme)\r
1489         {\r
1490           sg.cs = new UserColourScheme( ( (UserColourScheme) cs).getColours());\r
1491         }\r
1492         else\r
1493         {\r
1494           try\r
1495           {\r
1496             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
1497           }\r
1498           catch (Exception ex)\r
1499           {\r
1500           }\r
1501         }\r
1502 \r
1503         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
1504             || cs instanceof PIDColourScheme\r
1505             || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
1506         {\r
1507          sg.cs.setThreshold(threshold,\r
1508                 viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1509 \r
1510           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
1511               sg.getWidth()));\r
1512         }\r
1513         else\r
1514           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
1515 \r
1516 \r
1517         if (viewport.getConservationSelected())\r
1518         {\r
1519           Conservation c = new Conservation("Group",\r
1520                                             ResidueProperties.propHash, 3,\r
1521                                             sg.sequences, 0,\r
1522                                             viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1523           c.calculate();\r
1524           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
1525           sg.cs.setConservation(c);\r
1526         }\r
1527         else\r
1528           sg.cs.setConservation(null);\r
1529       }\r
1530     }\r
1531 \r
1532     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
1533     {\r
1534       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
1535     }\r
1536 \r
1537     alignPanel.repaint();\r
1538   }\r
1539 \r
1540   /**\r
1541    * DOCUMENT ME!\r
1542    *\r
1543    * @param e DOCUMENT ME!\r
1544    */\r
1545   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1546   {\r
1547     if (viewport.getAbovePIDThreshold() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1548     {\r
1549       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
1550                                      viewport.getGlobalColourScheme(),\r
1551                                      "Background");\r
1552       SliderPanel.showPIDSlider();\r
1553     }\r
1554   }\r
1555 \r
1556   /**\r
1557    * DOCUMENT ME!\r
1558    *\r
1559    * @param e DOCUMENT ME!\r
1560    */\r
1561   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1562   {\r
1563     if (viewport.getConservationSelected() && viewport.globalColourScheme!=null)\r
1564     {\r
1565       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
1566                                         viewport.globalColourScheme,\r
1567                                         "Background");\r
1568       SliderPanel.showConservationSlider();\r
1569     }\r
1570   }\r
1571 \r
1572   /**\r
1573    * DOCUMENT ME!\r
1574    *\r
1575    * @param e DOCUMENT ME!\r
1576    */\r
1577   protected void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1578   {\r
1579     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.isSelected());\r
1580 \r
1581     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
1582     abovePIDThreshold.setSelected(false);\r
1583 \r
1584     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1585 \r
1586     modifyConservation_actionPerformed(null);\r
1587   }\r
1588 \r
1589   /**\r
1590    * DOCUMENT ME!\r
1591    *\r
1592    * @param e DOCUMENT ME!\r
1593    */\r
1594   public void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1595   {\r
1596     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.isSelected());\r
1597 \r
1598     conservationMenuItem.setSelected(false);\r
1599     viewport.setConservationSelected(false);\r
1600 \r
1601     ColourSchemeI cs = viewport.getGlobalColourScheme();\r
1602 \r
1603     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
1604 \r
1605     modifyPID_actionPerformed(null);\r
1606   }\r
1607 \r
1608   /**\r
1609    * DOCUMENT ME!\r
1610    *\r
1611    * @param e DOCUMENT ME!\r
1612    */\r
1613   public void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1614   {\r
1615     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
1616     {\r
1617       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1618     }\r
1619     else\r
1620     {\r
1621       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
1622           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
1623 \r
1624       changeColour(udc);\r
1625     }\r
1626   }\r
1627 \r
1628   public void updateUserColourMenu()\r
1629   {\r
1630 \r
1631     Component[] menuItems = colourMenu.getMenuComponents();\r
1632     int i, iSize = menuItems.length;\r
1633     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
1634     {\r
1635       if (menuItems[i].getName() != null &&\r
1636           menuItems[i].getName().equals("USER_DEFINED"))\r
1637       {\r
1638         colourMenu.remove(menuItems[i]);\r
1639         iSize--;\r
1640       }\r
1641     }\r
1642     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
1643     {\r
1644       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
1645           getUserColourSchemes().keys();\r
1646 \r
1647       while (userColours.hasMoreElements())\r
1648       {\r
1649         final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(userColours.\r
1650             nextElement().toString());\r
1651         radioItem.setName("USER_DEFINED");\r
1652         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
1653             {\r
1654               public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
1655               {\r
1656                 if(evt.isControlDown() || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1657                 {\r
1658                   radioItem.removeActionListener(radioItem.getActionListeners()[0]);\r
1659 \r
1660                   int option = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(jalview.gui.Desktop.desktop,\r
1661                       "Remove from default list?",\r
1662                       "Remove user defined colour",\r
1663                       JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
1664                   if(option == JOptionPane.YES_OPTION)\r
1665                   {\r
1666                     jalview.gui.UserDefinedColours.removeColourFromDefaults(radioItem.getText());\r
1667                     colourMenu.remove(radioItem);\r
1668                   }\r
1669                   else\r
1670                     radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1671                     {\r
1672                       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1673                       {\r
1674                         userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1675                       }\r
1676                     });\r
1677                 }\r
1678               }\r
1679             });\r
1680         radioItem.addActionListener(new ActionListener()\r
1681         {\r
1682           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
1683           {\r
1684             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
1685           }\r
1686         });\r
1687 \r
1688         colourMenu.insert(radioItem, 15);\r
1689         colours.add(radioItem);\r
1690       }\r
1691     }\r
1692   }\r
1693 \r
1694   /**\r
1695    * DOCUMENT ME!\r
1696    *\r
1697    * @param e DOCUMENT ME!\r
1698    */\r
1699   public void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1700   {\r
1701     changeColour(new PIDColourScheme());\r
1702   }\r
1703 \r
1704   /**\r
1705    * DOCUMENT ME!\r
1706    *\r
1707    * @param e DOCUMENT ME!\r
1708    */\r
1709   public void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1710   {\r
1711     changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1712   }\r
1713 \r
1714   /**\r
1715    * DOCUMENT ME!\r
1716    *\r
1717    * @param e DOCUMENT ME!\r
1718    */\r
1719   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1720   {\r
1721     addHistoryItem(new HistoryItem("Pairwise Sort", viewport.alignment,\r
1722                                    HistoryItem.SORT));\r
1723     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(),\r
1724                               viewport.getAlignment().getSequenceAt(0));\r
1725     alignPanel.repaint();\r
1726   }\r
1727 \r
1728   /**\r
1729    * DOCUMENT ME!\r
1730    *\r
1731    * @param e DOCUMENT ME!\r
1732    */\r
1733   public void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1734   {\r
1735     addHistoryItem(new HistoryItem("ID Sort", viewport.alignment,\r
1736                                    HistoryItem.SORT));\r
1737     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
1738     alignPanel.repaint();\r
1739   }\r
1740 \r
1741   /**\r
1742    * DOCUMENT ME!\r
1743    *\r
1744    * @param e DOCUMENT ME!\r
1745    */\r
1746   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1747   {\r
1748     addHistoryItem(new HistoryItem("Group Sort", viewport.alignment,\r
1749                                    HistoryItem.SORT));\r
1750 \r
1751     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
1752     alignPanel.repaint();\r
1753   }\r
1754 \r
1755   /**\r
1756    * DOCUMENT ME!\r
1757    *\r
1758    * @param e DOCUMENT ME!\r
1759    */\r
1760   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1761   {\r
1762     RedundancyPanel sp = new RedundancyPanel(alignPanel, this);\r
1763     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1764     frame.setContentPane(sp);\r
1765     Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
1766                              100, false);\r
1767   }\r
1768 \r
1769   /**\r
1770    * DOCUMENT ME!\r
1771    *\r
1772    * @param e DOCUMENT ME!\r
1773    */\r
1774   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1775   {\r
1776     if ( (viewport.getSelectionGroup() == null) ||\r
1777         (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 2))\r
1778     {\r
1779       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1780                                             "You must select at least 2 sequences.",\r
1781                                             "Invalid Selection",\r
1782                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1783     }\r
1784     else\r
1785     {\r
1786       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1787       frame.setContentPane(new PairwiseAlignPanel(viewport));\r
1788       Desktop.addInternalFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600, 500);\r
1789     }\r
1790   }\r
1791 \r
1792   /**\r
1793    * DOCUMENT ME!\r
1794    *\r
1795    * @param e DOCUMENT ME!\r
1796    */\r
1797   public void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1798   {\r
1799     if ( ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1800           (viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4) &&\r
1801           (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0)) ||\r
1802         (viewport.getAlignment().getHeight() < 4))\r
1803     {\r
1804       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1805                                             "Principal component analysis must take\n" +\r
1806                                             "at least 4 input sequences.",\r
1807                                             "Sequence selection insufficient",\r
1808                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1809 \r
1810       return;\r
1811     }\r
1812 \r
1813     try\r
1814     {\r
1815       PCAPanel pcaPanel = new PCAPanel(viewport, null);\r
1816       JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
1817       frame.setContentPane(pcaPanel);\r
1818       Desktop.addInternalFrame(frame, "Principal component analysis",\r
1819                                400, 400);\r
1820     }\r
1821     catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
1822     {\r
1823       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,\r
1824                                             "Too many sequences selected\nfor Principal Component Analysis!!",\r
1825                                             "Out of memory",\r
1826                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1827     }\r
1828   }\r
1829 \r
1830   /**\r
1831    * DOCUMENT ME!\r
1832    *\r
1833    * @param e DOCUMENT ME!\r
1834    */\r
1835   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1836   {\r
1837     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
1838   }\r
1839 \r
1840   /**\r
1841    * DOCUMENT ME!\r
1842    *\r
1843    * @param e DOCUMENT ME!\r
1844    */\r
1845   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1846   {\r
1847     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
1848   }\r
1849 \r
1850   /**\r
1851    * DOCUMENT ME!\r
1852    *\r
1853    * @param e DOCUMENT ME!\r
1854    */\r
1855   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1856   {\r
1857     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
1858   }\r
1859 \r
1860   /**\r
1861    * DOCUMENT ME!\r
1862    *\r
1863    * @param e DOCUMENT ME!\r
1864    */\r
1865   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1866   {\r
1867     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
1868   }\r
1869 \r
1870   /**\r
1871    * DOCUMENT ME!\r
1872    *\r
1873    * @param type DOCUMENT ME!\r
1874    * @param pwType DOCUMENT ME!\r
1875    * @param title DOCUMENT ME!\r
1876    */\r
1877   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
1878   {\r
1879     final TreePanel tp;\r
1880 \r
1881     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
1882         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 3))\r
1883     {\r
1884       int s = 0;\r
1885       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1886 \r
1887       /* Decide if the selection is a column region */\r
1888       while (s < sg.sequences.size())\r
1889       {\r
1890         if ( ( (SequenceI) sg.sequences.elementAt(s++)).getLength() <\r
1891             sg.getEndRes())\r
1892         {\r
1893           JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1894                                         "The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\n" +\r
1895                                         "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1896                                         "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1897                                         "Sequences in selection are not aligned",\r
1898                                         JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1899 \r
1900           return;\r
1901         }\r
1902       }\r
1903 \r
1904       title = title + " on region";\r
1905       tp = new TreePanel(viewport,\r
1906                          viewport.getSelectionGroup().sequences, type, pwType,\r
1907                          sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
1908     }\r
1909     else\r
1910     {\r
1911       //are the sequences aligned?\r
1912       if (!viewport.alignment.isAligned())\r
1913       {\r
1914         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1915                                       "The sequences must be aligned before creating a tree.\n" +\r
1916                                       "Try using the Pad function in the edit menu,\n" +\r
1917                                       "or one of the multiple sequence alignment web services.",\r
1918                                       "Sequences not aligned",\r
1919                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1920 \r
1921         return;\r
1922       }\r
1923 \r
1924       tp = new TreePanel(viewport,\r
1925                          viewport.getAlignment().getSequences(), type, pwType,\r
1926                          0,\r
1927                          viewport.alignment.getWidth());\r
1928     }\r
1929 \r
1930     addTreeMenuItem(tp, title);\r
1931     viewport.setCurrentTree(tp.getTree());\r
1932 \r
1933     Desktop.addInternalFrame(tp, title + " from " + this.title, 600, 500);\r
1934   }\r
1935 \r
1936   /**\r
1937    * DOCUMENT ME!\r
1938    *\r
1939    * @param title DOCUMENT ME!\r
1940    * @param order DOCUMENT ME!\r
1941    */\r
1942   public void addSortByOrderMenuItem(String title, final AlignmentOrder order)\r
1943   {\r
1944     final JMenuItem item = new JMenuItem("by " + title);\r
1945     sort.add(item);\r
1946     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1947     {\r
1948       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1949       {\r
1950         addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
1951                                        HistoryItem.SORT));\r
1952 \r
1953         // TODO: JBPNote - have to map order entries to curent SequenceI pointers\r
1954         AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), order);\r
1955         alignPanel.repaint();\r
1956       }\r
1957     });\r
1958   }\r
1959 \r
1960   /**\r
1961    * Maintain the Order by->Displayed Tree menu.\r
1962    * Creates a new menu item for a TreePanel with an appropriate\r
1963    * <code>jalview.analysis.AlignmentSorter</code> call. Listeners are added\r
1964    * to remove the menu item when the treePanel is closed, and adjust\r
1965    * the tree leaf to sequence mapping when the alignment is modified.\r
1966    * @param treePanel Displayed tree window.\r
1967    * @param title SortBy menu item title.\r
1968    */\r
1969   void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel, String title)\r
1970   {\r
1971     final JMenuItem item = new JMenuItem(title);\r
1972 \r
1973     treeCount++;\r
1974 \r
1975     if (treeCount == 1)\r
1976     {\r
1977       sort.add(sortByTreeMenu);\r
1978     }\r
1979 \r
1980     sortByTreeMenu.add(item);\r
1981     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
1982     {\r
1983       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
1984       {\r
1985         addHistoryItem(new HistoryItem("Tree Sort",\r
1986                                        viewport.alignment, HistoryItem.SORT));\r
1987         AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(),\r
1988                                    treePanel.getTree());\r
1989         alignPanel.repaint();\r
1990       }\r
1991     });\r
1992 \r
1993     treePanel.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
1994                                        InternalFrameAdapter()\r
1995     {\r
1996       public void internalFrameClosed(\r
1997           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
1998       {\r
1999         treeCount--;\r
2000         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2001 \r
2002         if (treeCount == 0)\r
2003         {\r
2004           sort.remove(sortByTreeMenu);\r
2005         }\r
2006       }\r
2007       ;\r
2008     });\r
2009     viewport.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()\r
2010     {\r
2011       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
2012       {\r
2013         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
2014         {\r
2015           treePanel.getTree().UpdatePlaceHolders( (Vector) evt.getNewValue());\r
2016           treePanel.repaint();\r
2017         }\r
2018       }\r
2019     });\r
2020   }\r
2021 \r
2022   /**\r
2023    * Work out whether the whole set of sequences\r
2024    * or just the selected set will be submitted for multiple alignment.\r
2025    *\r
2026    */\r
2027   private SequenceI[] gatherSequencesForAlignment()\r
2028   {\r
2029     // Now, check we have enough sequences\r
2030     SequenceI[] msa = null;\r
2031 \r
2032     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2033         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1))\r
2034     {\r
2035       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2036       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2037       int sz;\r
2038       msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2039 \r
2040       for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2041       {\r
2042         msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2043       }\r
2044     }\r
2045     else\r
2046     {\r
2047       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2048 \r
2049       if (seqs.size() > 1)\r
2050       {\r
2051         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2052 \r
2053         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2054         {\r
2055           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2056         }\r
2057       }\r
2058     }\r
2059     return msa;\r
2060   }\r
2061 \r
2062   /**\r
2063    * Decides what is submitted to a secondary structure prediction service,\r
2064    * the currently selected sequence, or the currently selected alignment\r
2065    * (where the first sequence in the set is the one that the prediction\r
2066    * will be for).\r
2067    */\r
2068   SequenceI[] gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction()\r
2069   {\r
2070     SequenceI seq = null;\r
2071     SequenceI[] msa = null;\r
2072 \r
2073     if ( (viewport.getSelectionGroup() != null) &&\r
2074         (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))\r
2075     {\r
2076       // JBPNote UGLY! To prettify, make SequenceGroup and Alignment conform to some common interface!\r
2077       SequenceGroup seqs = viewport.getSelectionGroup();\r
2078 \r
2079       if ( (seqs.getSize() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2080       {\r
2081         seq = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(0);\r
2082       }\r
2083       else\r
2084       {\r
2085         int sz;\r
2086         msa = new SequenceI[sz = seqs.getSize()];\r
2087 \r
2088         for (int i = 0; i < sz; i++)\r
2089         {\r
2090           msa[i] = (SequenceI) seqs.getSequenceAt(i);\r
2091         }\r
2092       }\r
2093     }\r
2094     else\r
2095     {\r
2096       Vector seqs = viewport.getAlignment().getSequences();\r
2097 \r
2098       if ( (seqs.size() == 1) || !viewport.alignment.isAligned())\r
2099       {\r
2100         seq = (SequenceI) seqs.elementAt(0);\r
2101       }\r
2102       else\r
2103       {\r
2104         msa = new SequenceI[seqs.size()];\r
2105 \r
2106         for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
2107         {\r
2108           msa[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
2109         }\r
2110       }\r
2111     }\r
2112     if (msa != null)\r
2113     {\r
2114       return msa;\r
2115     }\r
2116     else\r
2117     {\r
2118       if (seq != null)\r
2119       {\r
2120         return new SequenceI[]\r
2121             {\r
2122             seq};\r
2123       }\r
2124     }\r
2125     return null;\r
2126   }\r
2127   /**\r
2128    * DOCUMENT ME!\r
2129    *\r
2130    * @param e DOCUMENT ME!\r
2131    */\r
2132   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
2133   {\r
2134     // Pick the tree file\r
2135     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
2136         getProperty(\r
2137             "LAST_DIRECTORY"));\r
2138     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
2139     chooser.setDialogTitle("Select a newick-like tree file");\r
2140     chooser.setToolTipText("Load a tree file");\r
2141 \r
2142     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
2143 \r
2144     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
2145     {\r
2146       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
2147       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
2148 \r
2149       try\r
2150       {\r
2151         jalview.io.NewickFile fin = new jalview.io.NewickFile(choice,\r
2152             "File");\r
2153         viewport.setCurrentTree(ShowNewickTree(fin, choice).getTree());\r
2154       }\r
2155       catch (Exception ex)\r
2156       {\r
2157         JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,\r
2158                                       "Problem reading tree file",\r
2159                                       ex.getMessage(),\r
2160                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
2161         ex.printStackTrace();\r
2162       }\r
2163     }\r
2164   }\r
2165 \r
2166 \r
2167   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title)\r
2168   {\r
2169     return ShowNewickTree(nf,title,600,500,4,5);\r
2170   }\r
2171   /**\r
2172    * DOCUMENT ME!\r
2173    *\r
2174    * @param nf DOCUMENT ME!\r
2175    * @param title DOCUMENT ME!\r
2176    *\r
2177    * @return DOCUMENT ME!\r
2178    */\r
2179   public TreePanel ShowNewickTree(NewickFile nf, String title, int w,int h,int x, int y)\r
2180   {\r
2181     TreePanel tp = null;\r
2182 \r
2183     try\r
2184     {\r
2185       nf.parse();\r
2186 \r
2187       if (nf.getTree() != null)\r
2188       {\r
2189         tp = new TreePanel(viewport,\r
2190                            viewport.getAlignment().getSequences(), nf,\r
2191                            "FromFile",\r
2192                            title);\r
2193 \r
2194         tp.setSize(w,h);\r
2195 \r
2196         if(x>0 && y>0)\r
2197           tp.setLocation(x,y);\r
2198 \r
2199 \r
2200         Desktop.addInternalFrame(tp, title, w, h);\r
2201         addTreeMenuItem(tp, title);\r
2202       }\r
2203     }\r
2204     catch (Exception ex)\r
2205     {\r
2206       ex.printStackTrace();\r
2207     }\r
2208 \r
2209     return tp;\r
2210   }\r
2211 \r
2212   class PrintThread\r
2213       extends Thread\r
2214   {\r
2215     public void run()\r
2216     {\r
2217       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
2218       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
2219       printJob.setPrintable(alignPanel, pf);\r
2220 \r
2221       if (printJob.printDialog())\r
2222       {\r
2223         try\r
2224         {\r
2225           printJob.print();\r
2226         }\r
2227         catch (Exception PrintException)\r
2228         {\r
2229           PrintException.printStackTrace();\r
2230         }\r
2231       }\r
2232     }\r
2233   }\r
2234 \r
2235   /**\r
2236    * Generates menu items and listener event actions for web service clients\r
2237    *\r
2238    */\r
2239   public void BuildWebServiceMenu()\r
2240   {\r
2241     if ( (Desktop.discoverer.services != null)\r
2242         && (Desktop.discoverer.services.size() > 0))\r
2243     {\r
2244       Vector msaws = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("MsaWS");\r
2245       Vector secstrpr = (Vector) Desktop.discoverer.services.get("SecStrPred");\r
2246       Vector wsmenu = new Vector();\r
2247       if (msaws != null)\r
2248       {\r
2249         // Add any Multiple Sequence Alignment Services\r
2250         final JMenu msawsmenu = new JMenu("Alignment");\r
2251         for (int i = 0, j = msaws.size(); i < j; i++)\r
2252         {\r
2253           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle) msaws.\r
2254               get(i);\r
2255           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2256           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2257           {\r
2258             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2259             {\r
2260               SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2261               MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2262                   false, true);\r
2263 \r
2264             }\r
2265 \r
2266           });\r
2267           msawsmenu.add(method);\r
2268           // Deal with services that we know accept partial alignments.\r
2269           if (sh.getName().indexOf("lustal") > -1)\r
2270           {\r
2271             // We know that ClustalWS can accept partial alignments for refinement.\r
2272             final JMenuItem methodR = new JMenuItem(sh.getName()+" Realign");\r
2273             methodR.addActionListener(new ActionListener()\r
2274             {\r
2275               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2276               {\r
2277                 SequenceI[] msa = gatherSequencesForAlignment();\r
2278                 MsaWSClient ct = new jalview.ws.MsaWSClient(sh, title, msa,\r
2279                     true, true);\r
2280 \r
2281               }\r
2282 \r
2283             });\r
2284             msawsmenu.add(methodR);\r
2285 \r
2286           }\r
2287         }\r
2288         wsmenu.add(msawsmenu);\r
2289       }\r
2290       if (secstrpr != null)\r
2291       {\r
2292         // Add any secondary structure prediction services\r
2293         final JMenu secstrmenu = new JMenu("Secondary Structure Prediction");\r
2294         for (int i = 0, j = secstrpr.size(); i < j; i++)\r
2295         {\r
2296           final ext.vamsas.ServiceHandle sh = (ext.vamsas.ServiceHandle)\r
2297               secstrpr.get(i);\r
2298           final JMenuItem method = new JMenuItem(sh.getName());\r
2299           method.addActionListener(new ActionListener()\r
2300           {\r
2301             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2302             {\r
2303               SequenceI[] msa = gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();\r
2304               if (msa.length == 1)\r
2305               {\r
2306                 // Single Sequence prediction\r
2307                 jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2308                     title, msa[0]);\r
2309               }\r
2310               else\r
2311               {\r
2312                 if (msa.length > 1)\r
2313                 {\r
2314                   // Single Sequence prediction\r
2315                   jalview.ws.JPredClient ct = new jalview.ws.JPredClient(sh,\r
2316                       title, msa);\r
2317                 }\r
2318               }\r
2319             }\r
2320           });\r
2321           secstrmenu.add(method);\r
2322         }\r
2323         wsmenu.add(secstrmenu);\r
2324       }\r
2325       this.webService.removeAll();\r
2326       for (int i = 0, j = wsmenu.size(); i < j; i++)\r
2327       {\r
2328         webService.add( (JMenu) wsmenu.get(i));\r
2329       }\r
2330     }\r
2331     else\r
2332     {\r
2333       this.webService.removeAll();\r
2334       this.webService.add(this.webServiceNoServices);\r
2335     }\r
2336     // TODO: add in rediscovery function\r
2337     // TODO: reduce code redundancy.\r
2338     // TODO: group services by location as well as function.\r
2339   }\r
2340 \r
2341 }\r