src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.FeatureColourI;
  28 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  29 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  30 import jalview.api.ViewStyleI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  37 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  38 import jalview.datamodel.SearchResults;
  39 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  40 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  41 import jalview.datamodel.SequenceI;
  42 import jalview.renderer.ResidueShader;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  45 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  46 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  47 import jalview.structure.SelectionSource;
  48 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  49 import jalview.structure.VamsasSource;
  50 import jalview.util.ColorUtils;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  53 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  54
  55 import java.awt.Container;
  56 import java.awt.Dimension;
  57 import java.awt.Font;
  58 import java.awt.FontMetrics;
  59 import java.awt.Rectangle;
  60 import java.util.ArrayList;
  61 import java.util.Hashtable;
  62 import java.util.List;
  63
  64 import javax.swing.JInternalFrame;
  65
  66 /**
  67  * DOCUMENT ME!
  68  *
  69  * @author $author$
  70  * @version $Revision: 1.141 $
  71  */
  72 public class AlignViewport extends AlignmentViewport
  73         implements SelectionSource
  74 {
  75   Font font;
  76
  77   boolean cursorMode = false;
  78
  79   boolean antiAlias = false;
  80
  81   private Rectangle explodedGeometry = null;
  82
  83   private String viewName = null;
  84
  85   /*
  86    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  87    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  88    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  89    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  90    * view is created.
  91    */
  92   private boolean gatherViewsHere = false;
  93
  94   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  95
  96   /**
  97    * Creates a new AlignViewport object.
  98    *
  99    * @param al
 100    *          alignment to view
 101    */
 102   public AlignViewport(AlignmentI al)
 103   {
 104     super(al);
 105     init();
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 110    *
 111    * @param al
 112    * @param seqsetid
 113    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 114    */
 115   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 116   {
 117     this(al, seqsetid, null);
 118   }
 119
 120   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 121   {
 122     super(al);
 123     sequenceSetID = seqsetid;
 124     viewId = viewid;
 125     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 126     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 127     {
 128       Cache.log.debug(
 129               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 130     }
 131     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 132     {
 133       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 134     }
 135     init();
 136
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 141    *
 142    * @param al
 143    *          AlignmentI
 144    * @param hiddenColumns
 145    *          ColumnSelection
 146    */
 147   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns)
 148   {
 149     super(al);
 150     if (hiddenColumns != null)
 151     {
 152       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 153     }
 154     init();
 155   }
 156
 157   /**
 158    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 159    *
 160    * @param al
 161    * @param hiddenColumns
 162    * @param seqsetid
 163    *          (may be null)
 164    */
 165   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 166           String seqsetid)
 167   {
 168     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 169   }
 170
 171   /**
 172    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 173    *
 174    * @param al
 175    * @param hiddenColumns
 176    * @param seqsetid
 177    *          (may be null)
 178    * @param viewid
 179    *          (may be null)
 180    */
 181   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 182           String seqsetid, String viewid)
 183   {
 184     super(al);
 185     sequenceSetID = seqsetid;
 186     viewId = viewid;
 187     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 188     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 189     {
 190       Cache.log.debug(
 191               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 192     }
 193     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 194     {
 195       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 196     }
 197
 198     if (hiddenColumns != null)
 199     {
 200       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 201     }
 202     init();
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Apply any settings saved in user preferences
 207    */
 208   private void applyViewProperties()
 209   {
 210     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true);
 211
 212     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 213     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 214
 215     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 216     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 217     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 218
 219     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 220     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 221     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 222     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 223     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 224     viewStyle.setShowUnconserved(
 225             Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 226     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 227     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 228     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder
 229             .valueOf(Cache.getDefault(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 230                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 231     showAutocalculatedAbove = Cache
 232             .getDefault(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 233     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(
 234             Cache.getDefault(Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 235   }
 236
 237   void init()
 238   {
 239     applyViewProperties();
 240
 241     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 242     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 243     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 244
 245     int style = 0;
 246
 247     if (fontStyle.equals("bold"))
 248     {
 249       style = 1;
 250     }
 251     else if (fontStyle.equals("italic"))
 252     {
 253       style = 2;
 254     }
 255
 256     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 257
 258     alignment
 259             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 260
 261     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 262     // as Blosum and Clustal require this to be done
 263     if (hconsensus == null && !isDataset)
 264     {
 265       if (!alignment.isNucleotide())
 266       {
 267         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 268         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 269         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 270                 false);
 271       }
 272       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 273               true);
 274       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 275       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 276               false);
 277       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 278       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 279
 280       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
 281     }
 282     initAutoAnnotation();
 283     String colourProperty = alignment.isNucleotide()
 284             ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 285             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 286     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
 287     if (schemeName == null)
 288     {
 289       // only DEFAULT_COLOUR available in Jalview before 2.9
 290       schemeName = Cache.getDefault(Preferences.DEFAULT_COLOUR,
 291               ResidueColourScheme.NONE);
 292     }
 293     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty
 294             .getColourScheme(this, alignment, schemeName);
 295     residueShading = new ResidueShader(colourScheme);
 296
 297     if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 298     {
 299       residueShading = new ResidueShader(
 300               UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 301       residueShading.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 302     }
 303
 304     if (residueShading != null)
 305     {
 306       residueShading.setConsensus(hconsensus);
 307     }
 308     setColourAppliesToAllGroups(true);
 309   }
 310
 311   boolean validCharWidth;
 312
 313   /**
 314    * {@inheritDoc}
 315    */
 316   @Override
 317   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 318   {
 319     font = f;
 320
 321     Container c = new Container();
 322
 323     if (setGrid)
 324     {
 325       FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 326       int ww = fm.charWidth('M');
 327       setCharHeight(fm.getHeight());
 328       setCharWidth(ww);
 329     }
 330     viewStyle.setFontName(font.getName());
 331     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 332     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 333
 334     validCharWidth = true;
 335   }
 336
 337   @Override
 338   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 339   {
 340     super.setViewStyle(settingsForView);
 341     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 342             viewStyle.getFontSize()), false);
 343   }
 344
 345   /**
 346    * DOCUMENT ME!
 347    *
 348    * @return DOCUMENT ME!
 349    */
 350   public Font getFont()
 351   {
 352     return font;
 353   }
 354
 355   /**
 356    * DOCUMENT ME!
 357    *
 358    * @param align
 359    *          DOCUMENT ME!
 360    */
 361   @Override
 362   public void setAlignment(AlignmentI align)
 363   {
 364     replaceMappings(align);
 365     super.setAlignment(align);
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 370    * viewport
 371    *
 372    * @param align
 373    */
 374   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 375   {
 376
 377     /*
 378      * Deregister current mappings (if any)
 379      */
 380     deregisterMappings();
 381
 382     /*
 383      * Register new mappings (if any)
 384      */
 385     if (align != null)
 386     {
 387       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 388               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 389       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 390     }
 391
 392     /*
 393      * replace mappings on our alignment
 394      */
 395     if (alignment != null && align != null)
 396     {
 397       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 398     }
 399   }
 400
 401   protected void deregisterMappings()
 402   {
 403     AlignmentI al = getAlignment();
 404     if (al != null)
 405     {
 406       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 407       if (mappings != null)
 408       {
 409         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 410                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 411         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 412         {
 413           if (noReferencesTo(acf))
 414           {
 415             ssm.deregisterMapping(acf);
 416           }
 417         }
 418       }
 419     }
 420   }
 421
 422   /**
 423    * DOCUMENT ME!
 424    *
 425    * @return DOCUMENT ME!
 426    */
 427   @Override
 428   public char getGapCharacter()
 429   {
 430     return getAlignment().getGapCharacter();
 431   }
 432
 433   /**
 434    * DOCUMENT ME!
 435    *
 436    * @param gap
 437    *          DOCUMENT ME!
 438    */
 439   public void setGapCharacter(char gap)
 440   {
 441     if (getAlignment() != null)
 442     {
 443       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 444     }
 445   }
 446
 447   /**
 448    * get hash of undo and redo list for the alignment
 449    *
 450    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 451    */
 452   public long[] getUndoRedoHash()
 453   {
 454     // TODO: JAL-1126
 455     if (historyList == null || redoList == null)
 456     {
 457       return new long[] { -1, -1 };
 458     }
 459     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 460   }
 461
 462   /**
 463    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 464    * the undo and redo list.
 465    *
 466    * @param undoredo
 467    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 468    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 469    *         the stored hashcode array differs in size
 470    */
 471   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 472   {
 473     if (undoredo == null)
 474     {
 475       return true;
 476     }
 477     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 478     if (cstate.length != undoredo.length)
 479     {
 480       return true;
 481     }
 482
 483     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 484     {
 485       if (cstate[i] != undoredo[i])
 486       {
 487         return true;
 488       }
 489     }
 490     return false;
 491   }
 492
 493   public boolean followSelection = true;
 494
 495   /**
 496    * @return true if view selection should always follow the selections
 497    *         broadcast by other selection sources
 498    */
 499   public boolean getFollowSelection()
 500   {
 501     return followSelection;
 502   }
 503
 504   /**
 505    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 506    */
 507   @Override
 508   public void sendSelection()
 509   {
 510     jalview.structure.StructureSelectionManager
 511             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 512             .sendSelection(new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 513                     new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 514                     new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()),
 515                     this);
 516   }
 517
 518   /**
 519    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 520    * components currently handling the given viewport.
 521    *
 522    * @param av
 523    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 524    *         reference
 525    */
 526   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 527   {
 528     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 529             .getAssociatedPanels(this.getSequenceSetId());
 530     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 531     {
 532       if (aps[p].av == this)
 533       {
 534         return aps[p];
 535       }
 536     }
 537     return null;
 538   }
 539
 540   public boolean getSortByTree()
 541   {
 542     return sortByTree;
 543   }
 544
 545   public void setSortByTree(boolean sort)
 546   {
 547     sortByTree = sort;
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 552    */
 553   @Override
 554   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 555   {
 556     return StructureSelectionManager
 557             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 558   }
 559
 560   @Override
 561   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 562   {
 563     return normaliseSequenceLogo;
 564   }
 565
 566   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 567   {
 568     normaliseSequenceLogo = state;
 569   }
 570
 571   /**
 572    *
 573    * @return true if alignment characters should be displayed
 574    */
 575   @Override
 576   public boolean isValidCharWidth()
 577   {
 578     return validCharWidth;
 579   }
 580
 581   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<>();
 582
 583   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 584   {
 585     return calcIdParams.get(calcId);
 586   }
 587
 588   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 589           boolean needsUpdate)
 590   {
 591     calcIdParams.put(calcId, settings);
 592     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 593     // restarted after load
 594     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 595     if (needsUpdate)
 596     {
 597       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 598     }
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 603    * broadcast to here.
 604    *
 605    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 606    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 607    * and then for each edit in turn:
 608    * <ul>
 609    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 610    * <li>apply the mapped edit</li>
 611    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source
 612    * sequences</li>
 613    * </ul>
 614    *
 615    * @param command
 616    * @param undo
 617    * @param ssm
 618    */
 619   @Override
 620   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 621           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 622   {
 623     /*
 624      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 625      * with direct calls not via SSM.
 626      */
 627     if (source instanceof AlignViewportI
 628             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 629     {
 630       // ok to continue;
 631     }
 632     else
 633     {
 634       return;
 635     }
 636
 637     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 638             getGapCharacter());
 639     if (mappedCommand != null)
 640     {
 641       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 642       mappedCommand.doCommand(views);
 643       getAlignPanel().alignmentChanged();
 644     }
 645   }
 646
 647   /**
 648    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 649    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 650    * and protein linked.
 651    *
 652    * @param toAdd
 653    * @param title
 654    */
 655   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 656   {
 657     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 658
 659     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 660     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 661     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 662
 663     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 664     // this comment:
 665     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 666
 667     /*
 668      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 669      * mappings operate on dataset sequences
 670      */
 671     toAdd.setDataset(null);
 672
 673     /*
 674      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 675      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 676      */
 677     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 678
 679     /*
 680      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 681      * offer to open a split frame with linked alignments
 682      */
 683     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 684     {
 685       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 686       {
 687         openLinkedAlignment(toAdd, title);
 688         return;
 689       }
 690     }
 691     addDataToAlignment(toAdd);
 692   }
 693
 694   /**
 695    * adds sequences to this alignment
 696    *
 697    * @param toAdd
 698    */
 699   void addDataToAlignment(AlignmentI toAdd)
 700   {
 701     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 702     // provenance) should share the same dataset sequence
 703
 704     AlignmentI al = getAlignment();
 705     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 706     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 707     {
 708       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 709       /*
 710        * experimental!
 711        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 712        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 713        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 714        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 715        */
 716       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 717       {
 718         al.addSequence(seq);
 719       }
 720     }
 721
 722     ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight() - 1); // BH 2019.04.18
 723     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 724   }
 725
 726   /**
 727    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 728    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 729    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 730    * declined the offer.
 731    *
 732    * @param al
 733    * @param title
 734    */
 735   protected void openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 736   {
 737     String[] options = new String[] { MessageManager.getString("action.no"),
 738         MessageManager.getString("label.split_window"),
 739         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 740     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 741             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 742     final AlignViewport us = this;
 743
 744     /*
 745      * options No, Split Window, New Window correspond to
 746      * dialog responses 0, 1, 2 (even though JOptionPane shows them
 747      * in reverse order)
 748      */
 749     JvOptionPane dialog = JvOptionPane.newOptionDialog(Desktop.desktop)
 750             .setResponseHandler(0, new Runnable()
 751             {
 752               @Override
 753               public void run()
 754               {
 755                   addDataToAlignment(al);
 756               }
 757             }).setResponseHandler(1, new Runnable()
 758             {
 759               @Override
 760               public void run()
 761               {
 762                 us.openLinkedAlignmentAs(al, title, true);
 763               }
 764             }).setResponseHandler(2, new Runnable()
 765             {
 766               @Override
 767               public void run()
 768               {
 769                 us.openLinkedAlignmentAs(al, title, false);
 770               }
 771             });
 772         dialog.showDialog(question,
 773             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 774             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 775             options, options[0]);
 776   }
 777
 778   protected void openLinkedAlignmentAs(AlignmentI al, String title,
 779           boolean newWindowOrSplitPane)
 780     {
 781     /*
 782      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 783      * in a new split pane.
 784      */
 785     AlignmentI thisAlignment = newWindowOrSplitPane
 786             ? new Alignment(getAlignment())
 787             : getAlignment();
 788     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 789     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 790
 791     /*
 792      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 793      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 794      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 795      * is a pre-requisite for building mappings.
 796      */
 797     al.setDataset(null);
 798     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 799
 800     /*
 801      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 802      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 803      */
 804     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 805             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 806     newAlignFrame.setTitle(title);
 807     newAlignFrame.setStatus(MessageManager
 808             .formatMessage("label.successfully_loaded_file", new Object[]
 809             { title }));
 810
 811     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 812     // we will need to add parameters to the stack.
 813     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 814     // {
 815     // alignFrame.setFileName(file, format);
 816     // }
 817
 818     if (!newWindowOrSplitPane)
 819     {
 820       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 821               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 822     }
 823
 824     try
 825     {
 826       newAlignFrame.setMaximum(
 827               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 828     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 829     {
 830     }
 831
 832     if (newWindowOrSplitPane)
 833     {
 834       al.alignAs(thisAlignment);
 835       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 836     }
 837   }
 838
 839   /**
 840    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 841    * alignments.
 842    *
 843    * @param newAlignFrame
 844    *          containing a new alignment to be shown
 845    * @param complement
 846    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 847    * @return the protein alignment in the split frame
 848    */
 849   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 850           AlignmentI complement)
 851   {
 852     /*
 853      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 854      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 855      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 856      */
 857     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 858             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 859     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 860
 861     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 862     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 863             : newAlignFrame;
 864     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 865     cdnaFrame.setVisible(true);
 866     proteinFrame.setVisible(true);
 867     String linkedTitle = MessageManager
 868             .getString("label.linked_view_title");
 869
 870     /*
 871      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 872      */
 873     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 874     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 875
 876     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 877   }
 878
 879   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 880   {
 881     return annotationColumnSelectionState;
 882   }
 883
 884   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 885           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 886   {
 887     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 888   }
 889
 890   @Override
 891   public void setIdWidth(int i)
 892   {
 893     super.setIdWidth(i);
 894     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
 895     if (ap != null)
 896     {
 897       // modify GUI elements to reflect geometry change
 898       Dimension idw = ap.getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 899       idw.width = i;
 900       ap.getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
 901     }
 902   }
 903
 904   public Rectangle getExplodedGeometry()
 905   {
 906     return explodedGeometry;
 907   }
 908
 909   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
 910   {
 911     this.explodedGeometry = explodedPosition;
 912   }
 913
 914   public boolean isGatherViewsHere()
 915   {
 916     return gatherViewsHere;
 917   }
 918
 919   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
 920   {
 921     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
 922   }
 923
 924   /**
 925    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 926    * complementary alignment to match this one.
 927    */
 928   public void scrollComplementaryAlignment()
 929   {
 930     /*
 931      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 932      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 933      * is found, the result will be empty.
 934      */
 935     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 936     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 937     if (!sr.isEmpty())
 938     {
 939       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
 940       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
 941               .getAlignPanel();
 942       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
 943       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
 944       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
 945     }
 946   }
 947
 948   /**
 949    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
 950    *
 951    * @param acf
 952    * @return
 953    */
 954   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
 955   {
 956     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
 957     if (frames == null)
 958     {
 959       return true;
 960     }
 961     for (AlignFrame af : frames)
 962     {
 963       if (!af.isClosed())
 964       {
 965         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
 966         {
 967           AlignmentI al = ap.getAlignment();
 968           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
 969           {
 970             return false;
 971           }
 972         }
 973       }
 974     }
 975     return true;
 976   }
 977
 978   /**
 979    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
 980    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
 981    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
 982    * way using the Feature Settings dialogue.
 983    *
 984    * @param featureSettings
 985    */
 986   @Override
 987   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
 988   {
 989     transferFeaturesStyles(featureSettings, false);
 990   }
 991
 992   /**
 993    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known features.
 994    * This supports an 'initial configuration' of feature colouring based on a
 995    * preset or user favourite. This may then be modified in the usual way using
 996    * the Feature Settings dialogue.
 997    *
 998    * @param featureSettings
 999    */
1000   @Override
1001   public void mergeFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1002   {
1003     transferFeaturesStyles(featureSettings, true);
1004   }
1005
1006   /**
1007    * when mergeOnly is set, then group and feature visibility or feature colours
1008    * are not modified for features and groups already known to the feature
1009    * renderer. Feature ordering is always adjusted, and transparency is always set
1010    * regardless.
1011    *
1012    * @param featureSettings
1013    * @param mergeOnly
1014    */
1015   private void transferFeaturesStyles(FeatureSettingsModelI featureSettings,
1016           boolean mergeOnly)
1017   {
1018     if (featureSettings == null)
1019     {
1020       return;
1021     }
1022
1023     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1024             .getFeatureRenderer();
1025     List<String> origRenderOrder = new ArrayList(),
1026             origGroups = new ArrayList();
1027     // preserve original render order - allows differentiation between user configured colours and autogenerated ones
1028     origRenderOrder.addAll(fr.getRenderOrder());
1029     origGroups.addAll(fr.getFeatureGroups());
1030
1031     fr.findAllFeatures(true);
1032     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1033     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1034     if (!mergeOnly)
1035     {
1036       // only clear displayed features if we are mergeing
1037       displayed.clear();
1038     }
1039     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1040     //
1041     // JAL-3330 - JBP - yes we do - calling applyFeatureStyle to a view where
1042     // feature visibility has already been configured is not very friendly
1043     /*
1044      * set feature colour if specified by feature settings
1045      * set visibility of all features
1046      */
1047     for (String type : renderOrder)
1048     {
1049       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1050               .getFeatureColour(type);
1051       FeatureColourI origColour = fr.getFeatureStyle(type);
1052       if (!mergeOnly || (!origRenderOrder.contains(type)
1053               || origColour == null
1054               || (!origColour.isGraduatedColour()
1055                       && origColour.getColour() != null
1056                       && origColour.getColour().equals(
1057                               ColorUtils.createColourFromName(type)))))
1058       {
1059         // if we are merging, only update if there wasn't already a colour defined for
1060         // this type
1061         if (preferredColour != null)
1062         {
1063           fr.setColour(type, preferredColour);
1064         }
1065         if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1066         {
1067           displayed.setVisible(type);
1068         }
1069       }
1070     }
1071
1072     /*
1073      * set visibility of feature groups
1074      */
1075     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1076     {
1077       if (!mergeOnly || !origGroups.contains(group))
1078       {
1079         // when merging, display groups only if the aren't already marked as not visible
1080         fr.setGroupVisibility(group,
1081                 featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1082       }
1083     }
1084
1085     /*
1086      * order the features
1087      */
1088     if (featureSettings.optimiseOrder())
1089     {
1090       // TODO not supported (yet?)
1091     }
1092     else
1093     {
1094       fr.orderFeatures(featureSettings);
1095     }
1096     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1097   }
1098
1099   public String getViewName()
1100   {
1101     return viewName;
1102   }
1103
1104   public void setViewName(String viewName)
1105   {
1106     this.viewName = viewName;
1107   }
1108 }