src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.FeatureColourI;
  28 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  29 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  30 import jalview.api.ViewStyleI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  37 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  38 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  39 import jalview.datamodel.SearchResults;
  40 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  41 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  42 import jalview.datamodel.SequenceI;
  43 import jalview.renderer.ResidueShader;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  45 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  46 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  47 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  48 import jalview.structure.SelectionSource;
  49 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  50 import jalview.structure.VamsasSource;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  53 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  54
  55 import java.awt.Container;
  56 import java.awt.Dimension;
  57 import java.awt.Font;
  58 import java.awt.FontMetrics;
  59 import java.awt.Rectangle;
  60 import java.util.ArrayList;
  61 import java.util.Hashtable;
  62 import java.util.List;
  63 import java.util.Vector;
  64
  65 import javax.swing.JInternalFrame;
  66
  67 /**
  68  * DOCUMENT ME!
  69  *
  70  * @author $author$
  71  * @version $Revision: 1.141 $
  72  */
  73 public class AlignViewport extends AlignmentViewport
  74         implements SelectionSource
  75 {
  76   Font font;
  77
  78   boolean cursorMode = false;
  79
  80   boolean antiAlias = false;
  81
  82   private Rectangle explodedGeometry;
  83
  84   String viewName;
  85
  86   /*
  87    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  88    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  89    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  90    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  91    * view is created.
  92    */
  93   private boolean gatherViewsHere = false;
  94
  95   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  96
  97   boolean validCharWidth;
  98
  99   public boolean followSelection = true;
 100
 101   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<>();
 102
 103   /**
 104    * Creates a new AlignViewport object.
 105    *
 106    * @param al
 107    *          alignment to view
 108    */
 109   public AlignViewport(AlignmentI al)
 110   {
 111     super(al);
 112     init();
 113   }
 114
 115   /**
 116    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 117    *
 118    * @param al
 119    * @param seqsetid
 120    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 121    */
 122   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 123   {
 124     this(al, seqsetid, null);
 125   }
 126
 127   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 128   {
 129     super(al);
 130     sequenceSetID = seqsetid;
 131     viewId = viewid;
 132     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 133     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 134     {
 135       Cache.log.debug(
 136               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 137     }
 138     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 139     {
 140       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 141     }
 142     init();
 143
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 148    *
 149    * @param al
 150    *          AlignmentI
 151    * @param hiddenColumns
 152    *          ColumnSelection
 153    */
 154   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns)
 155   {
 156     super(al);
 157     if (hiddenColumns != null)
 158     {
 159       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 160     }
 161     init();
 162   }
 163
 164   /**
 165    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 166    *
 167    * @param al
 168    * @param hiddenColumns
 169    * @param seqsetid
 170    *          (may be null)
 171    */
 172   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 173           String seqsetid)
 174   {
 175     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 176   }
 177
 178   /**
 179    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 180    *
 181    * @param al
 182    * @param hiddenColumns
 183    * @param seqsetid
 184    *          (may be null)
 185    * @param viewid
 186    *          (may be null)
 187    */
 188   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 189           String seqsetid, String viewid)
 190   {
 191     super(al);
 192     sequenceSetID = seqsetid;
 193     viewId = viewid;
 194     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 195     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 196     {
 197       Cache.log.debug(
 198               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 199     }
 200     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 201     {
 202       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 203     }
 204
 205     if (hiddenColumns != null)
 206     {
 207       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 208     }
 209     init();
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Apply any settings saved in user preferences
 214    */
 215   private void applyViewProperties()
 216   {
 217     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);
 218
 219     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 220     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 221
 222     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 223     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 224     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 225
 226     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 227     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 228     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 229     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 230     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 231     viewStyle.setShowUnconserved(
 232             Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 233     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 234     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 235     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder
 236             .valueOf(Cache.getDefault(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 237                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 238     showAutocalculatedAbove = Cache
 239             .getDefault(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 240     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(
 241             Cache.getDefault(Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 242   }
 243
 244   void init()
 245   {
 246     applyViewProperties();
 247
 248     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 249     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 250     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 251
 252     int style = 0;
 253
 254     if (fontStyle.equals("bold"))
 255     {
 256       style = 1;
 257     }
 258     else if (fontStyle.equals("italic"))
 259     {
 260       style = 2;
 261     }
 262
 263     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 264
 265     AlignmentI al = getAlignment();
 266     al.setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 267
 268     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 269     // as Blosum and Clustal require this to be done
 270     if (consensusProfiles == null && !isDataset)
 271     {
 272       if (!al.isNucleotide())
 273       {
 274         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 275         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 276         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 277                 false);
 278       }
 279       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 280               true);
 281       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 282       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 283               false);
 284       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 285       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 286
 287       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
 288     }
 289     initAutoAnnotation();
 290     // initInformation();
 291
 292     String colourProperty = al.isNucleotide()
 293             ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 294             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 295     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
 296     if (schemeName == null)
 297     {
 298       // only DEFAULT_COLOUR available in Jalview before 2.9
 299       schemeName = Cache.getDefault(Preferences.DEFAULT_COLOUR,
 300               ResidueColourScheme.NONE);
 301     }
 302     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty
 303             .getColourScheme(al, schemeName);
 304     residueShading = new ResidueShader(colourScheme);
 305
 306     if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 307     {
 308       residueShading = new ResidueShader(
 309               UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 310       residueShading.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 311     }
 312
 313     if (residueShading != null)
 314     {
 315       residueShading.setConsensus(consensusProfiles);
 316     }
 317   }
 318
 319   /**
 320    * {@inheritDoc}
 321    */
 322   @Override
 323   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 324   {
 325     font = f;
 326
 327     Container c = new Container();
 328
 329     if (setGrid)
 330     {
 331       FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 332       int ww = fm.charWidth('M');
 333       setCharHeight(fm.getHeight());
 334       setCharWidth(ww);
 335     }
 336     viewStyle.setFontName(font.getName());
 337     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 338     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 339
 340     validCharWidth = true;
 341   }
 342
 343   @Override
 344   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 345   {
 346     super.setViewStyle(settingsForView);
 347     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 348             viewStyle.getFontSize()), false);
 349   }
 350
 351   /**
 352    * DOCUMENT ME!
 353    *
 354    * @return DOCUMENT ME!
 355    */
 356   public Font getFont()
 357   {
 358     return font;
 359   }
 360
 361   /**
 362    * DOCUMENT ME!
 363    *
 364    * @param align
 365    *          DOCUMENT ME!
 366    */
 367   @Override
 368   public void setAlignment(AlignmentI align)
 369   {
 370     replaceMappings(align);
 371     super.setAlignment(align);
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 376    * viewport
 377    *
 378    * @param align
 379    */
 380   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 381   {
 382
 383     /*
 384      * Deregister current mappings (if any)
 385      */
 386     deregisterMappings();
 387
 388     /*
 389      * Register new mappings (if any)
 390      */
 391     if (align != null)
 392     {
 393       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 394               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 395       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 396     }
 397
 398     /*
 399      * replace mappings on our alignment
 400      */
 401     if (getAlignment() != null && align != null)
 402     {
 403       getAlignment().setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 404     }
 405   }
 406
 407   protected void deregisterMappings()
 408   {
 409     AlignmentI al = getAlignment();
 410     if (al != null)
 411     {
 412       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 413       if (mappings != null)
 414       {
 415         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 416                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 417         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 418         {
 419           if (noReferencesTo(acf))
 420           {
 421             ssm.deregisterMapping(acf);
 422           }
 423         }
 424       }
 425     }
 426   }
 427
 428   /**
 429    * DOCUMENT ME!
 430    *
 431    * @return DOCUMENT ME!
 432    */
 433   @Override
 434   public char getGapCharacter()
 435   {
 436     return getAlignment().getGapCharacter();
 437   }
 438
 439   /**
 440    * DOCUMENT ME!
 441    *
 442    * @param gap
 443    *          DOCUMENT ME!
 444    */
 445   public void setGapCharacter(char gap)
 446   {
 447     if (getAlignment() != null)
 448     {
 449       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 450     }
 451   }
 452
 453   /**
 454    * returns the visible column regions of the alignment
 455    *
 456    * @param selectedRegionOnly
 457    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
 458    *          area
 459    * @return
 460    */
 461   public int[] getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
 462   {
 463     int[] viscontigs = null;
 464     int start = 0, end = 0;
 465     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 466     {
 467       start = selectionGroup.getStartRes();
 468       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 469     }
 470     else
 471     {
 472       end = getAlignment().getWidth();
 473     }
 474     viscontigs = getAlignment().getHiddenColumns().getVisibleContigs(start,
 475             end);
 476     return viscontigs;
 477   }
 478
 479   /**
 480    * get hash of undo and redo list for the alignment
 481    *
 482    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 483    */
 484   public long[] getUndoRedoHash()
 485   {
 486     // TODO: JAL-1126
 487     if (historyList == null || redoList == null)
 488     {
 489       return new long[] { -1, -1 };
 490     }
 491     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 492   }
 493
 494   /**
 495    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 496    * the undo and redo list.
 497    *
 498    * @param undoredo
 499    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 500    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 501    *         the stored hashcode array differs in size
 502    */
 503   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 504   {
 505     if (undoredo == null)
 506     {
 507       return true;
 508     }
 509     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 510     if (cstate.length != undoredo.length)
 511     {
 512       return true;
 513     }
 514
 515     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 516     {
 517       if (cstate[i] != undoredo[i])
 518       {
 519         return true;
 520       }
 521     }
 522     return false;
 523   }
 524
 525   /**
 526    * @return true if view selection should always follow the selections
 527    *         broadcast by other selection sources
 528    */
 529   public boolean getFollowSelection()
 530   {
 531     return followSelection;
 532   }
 533
 534   /**
 535    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 536    */
 537   @Override
 538   public void sendSelection()
 539   {
 540     jalview.structure.StructureSelectionManager
 541             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 542             .sendSelection(new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 543                     new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 544                     new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()),
 545                     this);
 546   }
 547
 548   /**
 549    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 550    * components currently handling the given viewport.
 551    *
 552    * @param av
 553    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 554    *         reference
 555    */
 556   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 557   {
 558     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 559             .getAssociatedPanels(this.getSequenceSetId());
 560     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 561     {
 562       if (aps[p].av == this)
 563       {
 564         return aps[p];
 565       }
 566     }
 567     return null;
 568   }
 569
 570   public boolean getSortByTree()
 571   {
 572     return sortByTree;
 573   }
 574
 575   public void setSortByTree(boolean sort)
 576   {
 577     sortByTree = sort;
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 582    */
 583   @Override
 584   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 585   {
 586     return StructureSelectionManager
 587             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 588   }
 589
 590   /**
 591    *
 592    * @param pdbEntries
 593    * @return an array of SequenceI arrays, one for each PDBEntry, listing which
 594    *         sequences in the alignment hold a reference to it
 595    */
 596   public SequenceI[][] collateForPDB(PDBEntry[] pdbEntries)
 597   {
 598     List<SequenceI[]> seqvectors = new ArrayList<>();
 599     for (PDBEntry pdb : pdbEntries)
 600     {
 601       List<SequenceI> choosenSeqs = new ArrayList<>();
 602       for (SequenceI sq : getAlignment().getSequences())
 603       {
 604         Vector<PDBEntry> pdbRefEntries = sq.getDatasetSequence()
 605                 .getAllPDBEntries();
 606         if (pdbRefEntries == null)
 607         {
 608           continue;
 609         }
 610         for (PDBEntry pdbRefEntry : pdbRefEntries)
 611         {
 612           if (pdbRefEntry.getId().equals(pdb.getId()))
 613           {
 614             if (pdbRefEntry.getChainCode() != null
 615                     && pdb.getChainCode() != null)
 616             {
 617               if (pdbRefEntry.getChainCode().equalsIgnoreCase(
 618                       pdb.getChainCode()) && !choosenSeqs.contains(sq))
 619               {
 620                 choosenSeqs.add(sq);
 621                 continue;
 622               }
 623             }
 624             else
 625             {
 626               if (!choosenSeqs.contains(sq))
 627               {
 628                 choosenSeqs.add(sq);
 629                 continue;
 630               }
 631             }
 632
 633           }
 634         }
 635       }
 636       seqvectors
 637               .add(choosenSeqs.toArray(new SequenceI[choosenSeqs.size()]));
 638     }
 639     return seqvectors.toArray(new SequenceI[seqvectors.size()][]);
 640   }
 641
 642   @Override
 643   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 644   {
 645     return normaliseSequenceLogo;
 646   }
 647
 648
 649   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 650   {
 651     normaliseSequenceLogo = state;
 652   }
 653
 654   public void setNormaliseHMMSequenceLogo(boolean state)
 655   {
 656     normaliseHMMSequenceLogo = state;
 657   }
 658
 659   /**
 660    *
 661    * @return true if alignment characters should be displayed
 662    */
 663   @Override
 664   public boolean isValidCharWidth()
 665   {
 666     return validCharWidth;
 667   }
 668
 669   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 670   {
 671     return calcIdParams.get(calcId);
 672   }
 673
 674   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 675           boolean needsUpdate)
 676   {
 677     calcIdParams.put(calcId, settings);
 678     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 679     // restarted after load
 680     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 681     if (needsUpdate)
 682     {
 683       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 684     }
 685   }
 686
 687   /**
 688    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 689    * broadcast to here.
 690    *
 691    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 692    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 693    * and then for each edit in turn:
 694    * <ul>
 695    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 696    * <li>apply the mapped edit</li>
 697    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source
 698    * sequences</li>
 699    * </ul>
 700    *
 701    * @param command
 702    * @param undo
 703    * @param ssm
 704    */
 705   @Override
 706   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 707           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 708   {
 709     /*
 710      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 711      * with direct calls not via SSM.
 712      */
 713     if (source instanceof AlignViewportI
 714             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 715     {
 716       // ok to continue;
 717     }
 718     else
 719     {
 720       return;
 721     }
 722
 723     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 724             getGapCharacter());
 725     if (mappedCommand != null)
 726     {
 727       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 728       mappedCommand.doCommand(views);
 729       getAlignPanel().alignmentChanged();
 730     }
 731   }
 732
 733   /**
 734    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 735    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 736    * and protein linked.
 737    *
 738    * @param toAdd
 739    * @param title
 740    */
 741   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 742   {
 743     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 744
 745     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 746     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 747     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 748
 749     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 750     // this comment:
 751     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 752
 753     /*
 754      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 755      * mappings operate on dataset sequences
 756      */
 757     toAdd.setDataset(null);
 758
 759     /*
 760      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 761      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 762      */
 763     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 764
 765     /*
 766      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 767      * offer to open a split frame with linked alignments
 768      */
 769     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 770     {
 771       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 772       {
 773         if (openLinkedAlignment(toAdd, title))
 774         {
 775           return;
 776         }
 777       }
 778     }
 779
 780     /*
 781      * No mappings, or offer declined - add sequences to this alignment
 782      */
 783     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 784     // provenance) should share the same dataset sequence
 785
 786     AlignmentI al = getAlignment();
 787     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 788     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 789     {
 790       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 791       /*
 792        * experimental!
 793        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 794        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 795        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 796        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 797        */
 798       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 799       {
 800         al.addSequence(seq);
 801       }
 802     }
 803
 804     ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight());
 805     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 806   }
 807
 808   /**
 809    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 810    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 811    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 812    * declined the offer.
 813    *
 814    * @param al
 815    * @param title
 816    */
 817   protected boolean openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 818   {
 819     String[] options = new String[] { MessageManager.getString("action.no"),
 820         MessageManager.getString("label.split_window"),
 821         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 822     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 823             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 824     int response = JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop, question,
 825             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 826             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 827             options, options[0]);
 828
 829     if (response != 1 && response != 2)
 830     {
 831       return false;
 832     }
 833     final boolean openSplitPane = (response == 1);
 834     final boolean openInNewWindow = (response == 2);
 835
 836     /*
 837      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 838      * in a new split pane.
 839      */
 840     AlignmentI thisAlignment = openSplitPane ? new Alignment(getAlignment())
 841             : getAlignment();
 842     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 843     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 844
 845     /*
 846      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 847      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 848      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 849      * is a pre-requisite for building mappings.
 850      */
 851     al.setDataset(null);
 852     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 853
 854     /*
 855      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 856      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 857      */
 858     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 859             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 860     newAlignFrame.setTitle(title);
 861     newAlignFrame.statusBar.setText(MessageManager
 862             .formatMessage("label.successfully_loaded_file", new Object[]
 863             { title }));
 864
 865     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 866     // we will need to add parameters to the stack.
 867     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 868     // {
 869     // alignFrame.setFileName(file, format);
 870     // }
 871
 872     if (openInNewWindow)
 873     {
 874       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 875               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 876     }
 877
 878     try
 879     {
 880       newAlignFrame.setMaximum(
 881               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 882     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 883     {
 884     }
 885
 886     if (openSplitPane)
 887     {
 888       al.alignAs(thisAlignment);
 889       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 890     }
 891
 892     return true;
 893   }
 894
 895   /**
 896    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 897    * alignments.
 898    *
 899    * @param newAlignFrame
 900    *          containing a new alignment to be shown
 901    * @param complement
 902    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 903    * @return the protein alignment in the split frame
 904    */
 905   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 906           AlignmentI complement)
 907   {
 908     /*
 909      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 910      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 911      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 912      */
 913     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 914             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 915     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 916
 917     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 918     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 919             : newAlignFrame;
 920     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 921     cdnaFrame.setVisible(true);
 922     proteinFrame.setVisible(true);
 923     String linkedTitle = MessageManager
 924             .getString("label.linked_view_title");
 925
 926     /*
 927      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 928      */
 929     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 930     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 931
 932     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 933   }
 934
 935   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 936   {
 937     return annotationColumnSelectionState;
 938   }
 939
 940   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 941           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 942   {
 943     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 944   }
 945
 946   @Override
 947   public void setIdWidth(int i)
 948   {
 949     super.setIdWidth(i);
 950     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
 951     if (ap != null)
 952     {
 953       // modify GUI elements to reflect geometry change
 954       Dimension idw = getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas()
 955               .getPreferredSize();
 956       idw.width = i;
 957       getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
 958     }
 959   }
 960
 961   public Rectangle getExplodedGeometry()
 962   {
 963     return explodedGeometry;
 964   }
 965
 966   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
 967   {
 968     this.explodedGeometry = explodedPosition;
 969   }
 970
 971   public boolean isGatherViewsHere()
 972   {
 973     return gatherViewsHere;
 974   }
 975
 976   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
 977   {
 978     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
 979   }
 980
 981   /**
 982    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 983    * complementary alignment to match this one.
 984    */
 985   public void scrollComplementaryAlignment()
 986   {
 987     /*
 988      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 989      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 990      * is found, the result will be empty.
 991      */
 992     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 993     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 994     if (!sr.isEmpty())
 995     {
 996       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
 997       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
 998               .getAlignPanel();
 999       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
1000       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
1001       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
1002     }
1003   }
1004
1005   /**
1006    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
1007    *
1008    * @param acf
1009    * @return
1010    */
1011   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
1012   {
1013     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1014     if (frames == null)
1015     {
1016       return true;
1017     }
1018     for (AlignFrame af : frames)
1019     {
1020       if (!af.isClosed())
1021       {
1022         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1023         {
1024           AlignmentI al = ap.getAlignment();
1025           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
1026           {
1027             return false;
1028           }
1029         }
1030       }
1031     }
1032     return true;
1033   }
1034
1035   /**
1036    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
1037    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
1038    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
1039    * way using the Feature Settings dialogue.
1040    *
1041    * @param featureSettings
1042    */
1043   @Override
1044   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1045   {
1046     if (featureSettings == null)
1047     {
1048       return;
1049     }
1050
1051     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1052             .getFeatureRenderer();
1053     fr.findAllFeatures(true);
1054     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1055     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1056     displayed.clear();
1057     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1058
1059     /*
1060      * set feature colour if specified by feature settings
1061      * set visibility of all features
1062      */
1063     for (String type : renderOrder)
1064     {
1065       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1066               .getFeatureColour(type);
1067       if (preferredColour != null)
1068       {
1069         fr.setColour(type, preferredColour);
1070       }
1071       if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1072       {
1073         displayed.setVisible(type);
1074       }
1075     }
1076
1077     /*
1078      * set visibility of feature groups
1079      */
1080     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1081     {
1082       fr.setGroupVisibility(group, featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1083     }
1084
1085     /*
1086      * order the features
1087      */
1088     if (featureSettings.optimiseOrder())
1089     {
1090       // TODO not supported (yet?)
1091     }
1092     else
1093     {
1094       fr.orderFeatures(featureSettings);
1095     }
1096     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1097   }
1098
1099   @Override
1100   public boolean isNormaliseHMMSequenceLogo()
1101   {
1102     return normaliseHMMSequenceLogo;
1103   }
1104
1105 }