src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showScores=false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = false;\r
  25 \r
  26   boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  27   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  28   boolean conservationColourSelected = false;\r
  29   boolean abovePIDThreshold = false;\r
  30 \r
  31   SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  32 \r
  33   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  34 \r
  35   int             charHeight;\r
  36   int             charWidth;\r
  37   int             chunkWidth;\r
  38   int             chunkHeight;\r
  39 \r
  40   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  41   AlignmentI      alignment;\r
  42 \r
  43   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  44 \r
  45   String visibleConsensus;\r
  46 \r
  47   int threshold;\r
  48   int increment;\r
  49 \r
  50   NJTree currentTree = null;\r
  51 \r
  52 \r
  53   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  54                        boolean showScores,\r
  55                        boolean showText,\r
  56                        boolean showBoxes,\r
  57                        boolean wrapAlignment) {\r
  58     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,showScores,\r
  59          showText,\r
  60          showBoxes,\r
  61          wrapAlignment);\r
  62 \r
  63     setAlignment(da);\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  67                        int startSeq, int endSeq,\r
  68                        boolean showScores,\r
  69                        boolean showText,\r
  70                        boolean showBoxes,\r
  71                        boolean wrapAlignment) {\r
  72 \r
  73     this.startRes = startRes;\r
  74     this.endRes   = endRes;\r
  75     this.startSeq = startSeq;\r
  76     this.endSeq   = endSeq;\r
  77 \r
  78     this.showScores    = showScores;\r
  79     this.showText      = showText;\r
  80     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  81     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  82 \r
  83    // og  = new AlignmentOutputGenerator(this);\r
  84 \r
  85     setFont( font );\r
  86  }\r
  87 \r
  88  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  89  {\r
  90    showSequenceFeatures = b;\r
  91  }\r
  92 \r
  93   public String getVisibleConsensus()\r
  94   {\r
  95     return visibleConsensus;\r
  96   }\r
  97 \r
  98   Vector consensus = new Vector();\r
  99   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 100   {\r
 101     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
 102     {\r
 103       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
 104       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 105       Hashtable hash = null;\r
 106       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 107       {\r
 108         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 109         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 110       }\r
 111       visibleConsensus = sb.toString();\r
 112     }\r
 113 \r
 114 \r
 115     return consensus;\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 119   {\r
 120     return selectionGroup;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 124   {\r
 125     selectionGroup = sg;\r
 126   }\r
 127 \r
 128 \r
 129  public boolean getConservationSelected()\r
 130  {\r
 131    return conservationColourSelected;\r
 132  }\r
 133 \r
 134  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 135  {\r
 136    conservationColourSelected = b;\r
 137  }\r
 138 \r
 139  public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 140  {\r
 141    return abovePIDThreshold;\r
 142  }\r
 143 \r
 144  public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 145  {\r
 146    abovePIDThreshold = b;\r
 147  }\r
 148 \r
 149   public int getStartRes() {\r
 150     return startRes;\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public int getEndRes() {\r
 154     return endRes;\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public int getStartSeq() {\r
 158     return startSeq;\r
 159   }\r
 160 \r
 161   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 162   {\r
 163      globalColourScheme = cs;\r
 164   }\r
 165 \r
 166   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 167   {\r
 168     return globalColourScheme;\r
 169   }\r
 170 \r
 171 \r
 172   public void setStartRes(int res) {\r
 173     this.startRes = res;\r
 174   }\r
 175   public void setStartSeq(int seq) {\r
 176     this.startSeq = seq;\r
 177   }\r
 178   public void setEndRes(int res) {\r
 179     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 180       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 181        res = alignment.getWidth() -1;\r
 182     }\r
 183     if (res < 0) {\r
 184       res = 0;\r
 185     }\r
 186     this.endRes = res;\r
 187   }\r
 188   public void setEndSeq(int seq) {\r
 189     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 190       seq = alignment.getHeight();\r
 191     }\r
 192     if (seq < 0) {\r
 193       seq = 0;\r
 194     }\r
 195     this.endSeq = seq;\r
 196   }\r
 197   public int getEndSeq() {\r
 198     return endSeq;\r
 199   }\r
 200 \r
 201   public void setFont(Font f) {\r
 202     font = f;\r
 203     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 204     temp.addNotify();\r
 205     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 206     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 207     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 208   }\r
 209 \r
 210   public Font getFont() {\r
 211     return font;\r
 212   }\r
 213   public void setCharWidth(int w) {\r
 214     this.charWidth = w;\r
 215   }\r
 216   public int getCharWidth() {\r
 217     return charWidth;\r
 218   }\r
 219   public void setCharHeight(int h) {\r
 220     this.charHeight = h;\r
 221   }\r
 222   public int getCharHeight() {\r
 223     return charHeight;\r
 224   }\r
 225   public void setChunkWidth(int w) {\r
 226     this.chunkWidth = w;\r
 227   }\r
 228   public int getChunkWidth() {\r
 229     return chunkWidth;\r
 230   }\r
 231   public void setChunkHeight(int h) {\r
 232     this.chunkHeight = h;\r
 233   }\r
 234   public int getChunkHeight() {\r
 235     return chunkHeight;\r
 236   }\r
 237   public AlignmentI getAlignment() {\r
 238     return alignment;\r
 239   }\r
 240   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 241     this.alignment = align;\r
 242   }\r
 243   public void setShowScores(boolean state) {\r
 244     showScores = state;\r
 245   }\r
 246   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 247     wrapAlignment = state;\r
 248   }\r
 249   public void setShowText(boolean state) {\r
 250     showText = state;\r
 251   }\r
 252 \r
 253   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 254     renderGaps = state;\r
 255     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 256     {\r
 257       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 258       sr.renderGaps(state);\r
 259     }\r
 260   }\r
 261 \r
 262 \r
 263   public boolean getColourText()\r
 264   {\r
 265     return showColourText;\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void setColourText(boolean state)\r
 269   {\r
 270     showColourText = state;\r
 271   }\r
 272 \r
 273   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 274     showBoxes = state;\r
 275   }\r
 276   public boolean getShowScores() {\r
 277     return showScores;\r
 278   }\r
 279   public boolean getWrapAlignment() {\r
 280       return wrapAlignment;\r
 281   }\r
 282   public boolean getShowText() {\r
 283     return showText;\r
 284   }\r
 285   public boolean getShowBoxes() {\r
 286     return showBoxes;\r
 287   }\r
 288 \r
 289   public char getGapCharacter() {\r
 290     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 291   }\r
 292   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 293     if (getAlignment() != null) {\r
 294       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 295     }\r
 296   }\r
 297   public void setThreshold(int thresh) {\r
 298     threshold = thresh;\r
 299   }\r
 300   public int getThreshold() {\r
 301     return threshold;\r
 302   }\r
 303   public void setIncrement(int inc) {\r
 304     increment = inc;\r
 305   }\r
 306   public int getIncrement() {\r
 307     return increment;\r
 308   }\r
 309   public int getIndex(int y) {\r
 310     int y1     = 0;\r
 311     int starty = getStartSeq();\r
 312     int endy   = getEndSeq();\r
 313 \r
 314     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 315       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 316         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 317 \r
 318         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 319           return i;\r
 320         }\r
 321         y1  = y2;\r
 322       } else {\r
 323         return -1;\r
 324       }\r
 325     }\r
 326     return -1;\r
 327   }\r
 328 \r
 329   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 330     return colSel;\r
 331   }\r
 332 \r
 333   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 334     setStartSeq(0);\r
 335     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 336   }\r
 337   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 338       currentTree = tree;\r
 339   }\r
 340   public NJTree getCurrentTree() {\r
 341     return currentTree;\r
 342   }\r
 343 \r
 344     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 345         this.renderer = rend;\r
 346     }\r
 347 \r
 348     public RendererI getRenderer() {\r
 349         return renderer;\r
 350     }\r
 351 \r
 352   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 353   {   colourAppliesToAllGroups = b; }\r
 354 \r
 355   public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 356   {return colourAppliesToAllGroups; }\r
 357 \r
 358 \r
 359 }\r