src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showFullId = false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = false;\r
  25   boolean showAnnotation = true;\r
  26 \r
  27   boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  28   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  29   boolean conservationColourSelected = false;\r
  30   boolean abovePIDThreshold = false;\r
  31 \r
  32   SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  33 \r
  34   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  35 \r
  36   int             charHeight;\r
  37   int             charWidth;\r
  38   int             chunkWidth;\r
  39   int             chunkHeight;\r
  40 \r
  41   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  42   AlignmentI      alignment;\r
  43 \r
  44   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  45 \r
  46   int threshold;\r
  47   int increment;\r
  48 \r
  49   NJTree currentTree = null;\r
  50 \r
  51 \r
  52   public AlignViewport(AlignmentI al,\r
  53                        boolean showText,\r
  54                        boolean showBoxes,\r
  55                        boolean wrapAlignment) {\r
  56 \r
  57     this.startRes = 0;\r
  58     this.endRes = al.getWidth()-1;\r
  59     this.startSeq = 0;\r
  60     this.endSeq = al.getHeight()-1;\r
  61     this.showText = showText;\r
  62     this.showBoxes = showBoxes;\r
  63     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  64 \r
  65     setAlignment(al);\r
  66     setFont( font );\r
  67  }\r
  68 \r
  69  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  70  {\r
  71    showSequenceFeatures = b;\r
  72  }\r
  73 \r
  74   AlignmentAnnotation consensus;\r
  75   AlignmentAnnotation conservation;\r
  76   public void updateConservation()\r
  77   {\r
  78     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
  79 \r
  80     Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
  81         jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
  82         alignment.getSequences(), 0,\r
  83         alignment.getWidth());\r
  84     cons.calculate();\r
  85     cons.verdict(false, 100);\r
  86 \r
  87     String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
  88     for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
  89     {\r
  90       int value = 0;\r
  91       try\r
  92       {\r
  93         value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
  94       }\r
  95       catch (Exception ex)\r
  96       {\r
  97         if (sequence.charAt(i) == '*') value = 10;\r
  98       }\r
  99 \r
 100       annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 101                                       "Conservation graph", ' ', value);\r
 102     }\r
 103 \r
 104     if(conservation==null)\r
 105     {\r
 106       conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 107                                              "Conservation of total alignment",\r
 108                                              annotations, 0, 10, 1);\r
 109       alignment.addAnnotation(conservation);\r
 110     }\r
 111     else\r
 112       conservation.annotations = annotations;\r
 113 \r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void updateConsensus()\r
 117   {\r
 118     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 119 \r
 120     Vector cons = alignment.getAAFrequency();\r
 121     Hashtable hash = null;\r
 122     for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 123     {\r
 124         hash = (Hashtable) cons.elementAt(i);\r
 125         float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 126         value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 127 \r
 128         value *= 100;\r
 129         String maxRes = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 130         String mouseOver = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 131         if(maxRes.length()>2)\r
 132         {\r
 133           mouseOver = "["+maxRes+"] ";\r
 134           maxRes = "+ ";\r
 135         }\r
 136 \r
 137         mouseOver += (int)value+"%";\r
 138         annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 139 \r
 140     }\r
 141 \r
 142      if(consensus==null)\r
 143      {\r
 144        consensus = new AlignmentAnnotation("% Identity",\r
 145                                            "PID", annotations, 0f, 100f, 1);\r
 146        alignment.addAnnotation(consensus);\r
 147      }\r
 148      else\r
 149        consensus.annotations = annotations;\r
 150 \r
 151   }\r
 152 \r
 153   public String getVisibleConsensus()\r
 154   {\r
 155     return visibleConsensus;\r
 156   }\r
 157 \r
 158   String visibleConsensus;\r
 159   Vector consensusV = new Vector();\r
 160   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 161   {\r
 162     if(recalculate || consensusV.size()<1)\r
 163     {\r
 164       consensusV = alignment.getAAFrequency();\r
 165       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 166       Hashtable hash = null;\r
 167       for (int i = 0; i < consensusV.size(); i++)\r
 168       {\r
 169         hash = (Hashtable) consensusV.elementAt(i);\r
 170         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 171       }\r
 172       visibleConsensus = sb.toString();\r
 173     }\r
 174 \r
 175 \r
 176     return consensusV;\r
 177   }\r
 178 \r
 179 \r
 180   public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 181   {\r
 182     return selectionGroup;\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 186   {\r
 187     selectionGroup = sg;\r
 188   }\r
 189 \r
 190 \r
 191  public boolean getConservationSelected()\r
 192  {\r
 193    return conservationColourSelected;\r
 194  }\r
 195 \r
 196  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 197  {\r
 198    conservationColourSelected = b;\r
 199  }\r
 200 \r
 201  public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 202  {\r
 203    return abovePIDThreshold;\r
 204  }\r
 205 \r
 206  public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 207  {\r
 208    abovePIDThreshold = b;\r
 209  }\r
 210 \r
 211   public int getStartRes() {\r
 212     return startRes;\r
 213   }\r
 214 \r
 215   public int getEndRes() {\r
 216     return endRes;\r
 217   }\r
 218 \r
 219   public int getStartSeq() {\r
 220     return startSeq;\r
 221   }\r
 222 \r
 223   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 224   {\r
 225      globalColourScheme = cs;\r
 226   }\r
 227 \r
 228   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 229   {\r
 230     return globalColourScheme;\r
 231   }\r
 232 \r
 233 \r
 234   public void setStartRes(int res) {\r
 235     this.startRes = res;\r
 236   }\r
 237   public void setStartSeq(int seq) {\r
 238     this.startSeq = seq;\r
 239   }\r
 240   public void setEndRes(int res) {\r
 241     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 242       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 243        res = alignment.getWidth() -1;\r
 244     }\r
 245     if (res < 0) {\r
 246       res = 0;\r
 247     }\r
 248     this.endRes = res;\r
 249   }\r
 250   public void setEndSeq(int seq) {\r
 251     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 252       seq = alignment.getHeight();\r
 253     }\r
 254     if (seq < 0) {\r
 255       seq = 0;\r
 256     }\r
 257     this.endSeq = seq;\r
 258   }\r
 259   public int getEndSeq() {\r
 260     return endSeq;\r
 261   }\r
 262 \r
 263   public void setFont(Font f) {\r
 264     font = f;\r
 265     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 266     temp.addNotify();\r
 267     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 268     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 269     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 270   }\r
 271 \r
 272   public Font getFont() {\r
 273     return font;\r
 274   }\r
 275   public void setCharWidth(int w) {\r
 276     this.charWidth = w;\r
 277   }\r
 278   public int getCharWidth() {\r
 279     return charWidth;\r
 280   }\r
 281   public void setCharHeight(int h) {\r
 282     this.charHeight = h;\r
 283   }\r
 284   public int getCharHeight() {\r
 285     return charHeight;\r
 286   }\r
 287   public void setChunkWidth(int w) {\r
 288     this.chunkWidth = w;\r
 289   }\r
 290   public int getChunkWidth() {\r
 291     return chunkWidth;\r
 292   }\r
 293   public void setChunkHeight(int h) {\r
 294     this.chunkHeight = h;\r
 295   }\r
 296   public int getChunkHeight() {\r
 297     return chunkHeight;\r
 298   }\r
 299   public AlignmentI getAlignment() {\r
 300     return alignment;\r
 301   }\r
 302   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 303     this.alignment = align;\r
 304   }\r
 305 \r
 306   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 307     wrapAlignment = state;\r
 308   }\r
 309   public void setShowText(boolean state) {\r
 310     showText = state;\r
 311   }\r
 312 \r
 313   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 314     renderGaps = state;\r
 315     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 316     {\r
 317       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 318       sr.renderGaps(state);\r
 319     }\r
 320   }\r
 321 \r
 322 \r
 323   public boolean getColourText()\r
 324   {\r
 325     return showColourText;\r
 326   }\r
 327 \r
 328   public void setColourText(boolean state)\r
 329   {\r
 330     showColourText = state;\r
 331   }\r
 332 \r
 333   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 334     showBoxes = state;\r
 335   }\r
 336 \r
 337   public boolean getWrapAlignment() {\r
 338       return wrapAlignment;\r
 339   }\r
 340   public boolean getShowText() {\r
 341     return showText;\r
 342   }\r
 343   public boolean getShowBoxes() {\r
 344     return showBoxes;\r
 345   }\r
 346 \r
 347   public char getGapCharacter() {\r
 348     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 349   }\r
 350   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 351     if (getAlignment() != null) {\r
 352       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 353     }\r
 354   }\r
 355   public void setThreshold(int thresh) {\r
 356     threshold = thresh;\r
 357   }\r
 358   public int getThreshold() {\r
 359     return threshold;\r
 360   }\r
 361   public void setIncrement(int inc) {\r
 362     increment = inc;\r
 363   }\r
 364   public int getIncrement() {\r
 365     return increment;\r
 366   }\r
 367   public int getIndex(int y) {\r
 368     int y1     = 0;\r
 369     int starty = getStartSeq();\r
 370     int endy   = getEndSeq();\r
 371 \r
 372     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 373       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 374         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 375 \r
 376         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 377           return i;\r
 378         }\r
 379         y1  = y2;\r
 380       } else {\r
 381         return -1;\r
 382       }\r
 383     }\r
 384     return -1;\r
 385   }\r
 386 \r
 387   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 388     return colSel;\r
 389   }\r
 390 \r
 391   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 392     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 393   }\r
 394   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 395       currentTree = tree;\r
 396   }\r
 397   public NJTree getCurrentTree() {\r
 398     return currentTree;\r
 399   }\r
 400 \r
 401     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 402         this.renderer = rend;\r
 403     }\r
 404 \r
 405     public RendererI getRenderer() {\r
 406         return renderer;\r
 407     }\r
 408 \r
 409   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 410   {   colourAppliesToAllGroups = b; }\r
 411 \r
 412   public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 413   {return colourAppliesToAllGroups; }\r
 414 \r
 415   public boolean getShowFullId()\r
 416   {\r
 417     return showFullId;\r
 418   }\r
 419 \r
 420   public void setShowFullId(boolean b)\r
 421   {\r
 422     showFullId = b;\r
 423   }\r
 424 \r
 425   public boolean getShowAnnotation()\r
 426   {\r
 427     return showAnnotation;\r
 428   }\r
 429 \r
 430   public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 431   {\r
 432     showAnnotation = b;\r
 433   }\r
 434 \r
 435 }\r