src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class AlignViewport\r
  41 {\r
  42     int startRes;\r
  43     int endRes;\r
  44     int startSeq;\r
  45     int endSeq;\r
  46     boolean showFullId = false;\r
  47     boolean showText = true;\r
  48     boolean showColourText = false;\r
  49     boolean showBoxes = true;\r
  50     boolean wrapAlignment = false;\r
  51     boolean renderGaps = true;\r
  52     boolean showSequenceFeatures = false;\r
  53     boolean showAnnotation = true;\r
  54     boolean showConservation = true;\r
  55     boolean showQuality = true;\r
  56     boolean showIdentity = true;\r
  57     boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  58     ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  59     boolean conservationColourSelected = false;\r
  60     boolean abovePIDThreshold = false;\r
  61     SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  62     int charHeight;\r
  63     int charWidth;\r
  64     int chunkWidth;\r
  65     int chunkHeight;\r
  66     Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);\r
  67     AlignmentI alignment;\r
  68     ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  69     int threshold;\r
  70     int increment;\r
  71     NJTree currentTree = null;\r
  72     boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  73     boolean scaleLeftWrapped = true;\r
  74     boolean scaleRightWrapped = true;\r
  75 \r
  76     /** DOCUMENT ME!! */\r
  77     public Vector vconsensus;\r
  78     AlignmentAnnotation consensus;\r
  79     AlignmentAnnotation conservation;\r
  80     AlignmentAnnotation quality;\r
  81 \r
  82     /** DOCUMENT ME!! */\r
  83     public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  84 \r
  85     // JBPNote Prolly only need this in the applet version.\r
  86     private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Creates a new AlignViewport object.\r
  90      *\r
  91      * @param al DOCUMENT ME!\r
  92      */\r
  93     public AlignViewport(AlignmentI al)\r
  94     {\r
  95         setAlignment(al);\r
  96         this.startRes = 0;\r
  97         this.endRes = al.getWidth() - 1;\r
  98         this.startSeq = 0;\r
  99         this.endSeq = al.getHeight() - 1;\r
 100 \r
 101         updateFromPreferences();\r
 102     }\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * DOCUMENT ME!\r
 106      */\r
 107     public void updateFromPreferences()\r
 108     {\r
 109         showFullId = Preferences.showFullId;\r
 110         showAnnotation = Preferences.showAnnotation;\r
 111         showConservation = Preferences.showConservation;\r
 112         showQuality = Preferences.showQuality;\r
 113         showIdentity = Preferences.showIdentity;\r
 114         showFullId = Preferences.showFullId;\r
 115 \r
 116         String fontName = Preferences.fontName;\r
 117         String fontStyle = Preferences.fontStyle;\r
 118         String fontSize = Cache.getProperty("FONT_SIZE");\r
 119 \r
 120         if ((fontName != null) && (fontStyle != null) && (fontSize != null))\r
 121         {\r
 122             int style = 0;\r
 123 \r
 124             if (fontStyle.equals("bold"))\r
 125             {\r
 126                 style = 1;\r
 127             }\r
 128             else if (fontStyle.equals("italic"))\r
 129             {\r
 130                 style = 2;\r
 131             }\r
 132 \r
 133             setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)));\r
 134         }\r
 135         else\r
 136         {\r
 137             setFont(font);\r
 138         }\r
 139 \r
 140         alignment.setGapCharacter(Preferences.gapSymbol);\r
 141 \r
 142         // We must set conservation and consensus before setting colour,\r
 143         // as Blosum and Clustal require this to be done\r
 144         updateConservation();\r
 145         updateConsensus();\r
 146 \r
 147         if (Preferences.defaultColour != null)\r
 148         {\r
 149             globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,\r
 150                     Preferences.defaultColour);\r
 151 \r
 152             if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 153             {\r
 154                 globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();\r
 155             }\r
 156 \r
 157             if (globalColourScheme != null)\r
 158             {\r
 159                 globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 160             }\r
 161         }\r
 162     }\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * DOCUMENT ME!\r
 166      *\r
 167      * @param b DOCUMENT ME!\r
 168      */\r
 169     public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
 170     {\r
 171         showSequenceFeatures = b;\r
 172     }\r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * DOCUMENT ME!\r
 176      */\r
 177     public void updateConservation()\r
 178     {\r
 179         Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 180                 jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
 181                 alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth() - 1);\r
 182         cons.calculate();\r
 183         cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
 184         cons.findQuality();\r
 185 \r
 186         int alWidth = alignment.getWidth();\r
 187         Annotation[] annotations = new Annotation[alWidth];\r
 188         Annotation[] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
 189         String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
 190         float minR;\r
 191         float minG;\r
 192         float minB;\r
 193         float maxR;\r
 194         float maxG;\r
 195         float maxB;\r
 196         minR = 0.3f;\r
 197         minG = 0.0f;\r
 198         minB = 0f;\r
 199         maxR = 1.0f - minR;\r
 200         maxG = 0.9f - minG;\r
 201         maxB = 0f - minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 202 \r
 203         float min = 0f;\r
 204         float max = 11f;\r
 205         float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 206         float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 207 \r
 208         for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 209         {\r
 210             float value = 0;\r
 211 \r
 212             try\r
 213             {\r
 214                 value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 215             }\r
 216             catch (Exception ex)\r
 217             {\r
 218                 if (sequence.charAt(i) == '*')\r
 219                 {\r
 220                     value = 11;\r
 221                 }\r
 222 \r
 223                 if (sequence.charAt(i) == '+')\r
 224                 {\r
 225                     value = 10;\r
 226                 }\r
 227             }\r
 228 \r
 229             float vprop = value - min;\r
 230             vprop /= max;\r
 231             annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 232                     String.valueOf(value), ' ', value,\r
 233                     new Color(minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop),\r
 234                         minB + (maxB * vprop)));\r
 235 \r
 236             // Quality calc\r
 237             value = ((Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 238             vprop = value - qmin;\r
 239             vprop /= qmax;\r
 240             qannotations[i] = new Annotation(" ", String.valueOf(value), ' ',\r
 241                     value,\r
 242                     new Color(minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop),\r
 243                         minB + (maxB * vprop)));\r
 244         }\r
 245 \r
 246         if (conservation == null)\r
 247         {\r
 248             conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 249                     "Conservation of total alignment less than " +\r
 250                     ConsPercGaps + "% gaps", annotations, 0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 251                     11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 252                     1);\r
 253 \r
 254             if (showConservation)\r
 255             {\r
 256                 alignment.addAnnotation(conservation);\r
 257             }\r
 258 \r
 259             quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 260                     "Alignment Quality based on Blosum62 scores", qannotations,\r
 261                     cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 262                     cons.qualityRange[1].floatValue(), 1);\r
 263 \r
 264             if (showQuality)\r
 265             {\r
 266                 alignment.addAnnotation(quality);\r
 267             }\r
 268         }\r
 269         else\r
 270         {\r
 271             conservation.annotations = annotations;\r
 272             quality.annotations = qannotations;\r
 273             quality.graphMax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 274         }\r
 275     }\r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * DOCUMENT ME!\r
 279      */\r
 280     public void updateConsensus()\r
 281     {\r
 282         Annotation[] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 283 \r
 284         // this routine prevents vconsensus becoming a new object each time\r
 285         // consenus is calculated. Important for speed of Blosum62\r
 286         // and PID colouring of alignment\r
 287         if (vconsensus == null)\r
 288         {\r
 289             vconsensus = alignment.getAAFrequency();\r
 290         }\r
 291         else\r
 292         {\r
 293             Vector temp = alignment.getAAFrequency();\r
 294             vconsensus.clear();\r
 295 \r
 296             Enumeration e = temp.elements();\r
 297 \r
 298             while (e.hasMoreElements())\r
 299             {\r
 300                 vconsensus.add(e.nextElement());\r
 301             }\r
 302         }\r
 303 \r
 304         Hashtable hash = null;\r
 305 \r
 306         for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 307         {\r
 308             hash = (Hashtable) vconsensus.elementAt(i);\r
 309 \r
 310             float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 311             value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 312 \r
 313             value *= 100;\r
 314 \r
 315             String maxRes = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 316             String mouseOver = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 317 \r
 318             if (maxRes.length() > 2)\r
 319             {\r
 320                 mouseOver = "[" + maxRes + "] ";\r
 321                 maxRes = "+ ";\r
 322             }\r
 323 \r
 324             mouseOver += ((int) value + "%");\r
 325             annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 326         }\r
 327 \r
 328         if (consensus == null)\r
 329         {\r
 330             consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",\r
 331                     annotations, 0f, 100f, 1);\r
 332 \r
 333             if (showIdentity)\r
 334             {\r
 335                 alignment.addAnnotation(consensus);\r
 336             }\r
 337         }\r
 338         else\r
 339         {\r
 340             consensus.annotations = annotations;\r
 341         }\r
 342     }\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * DOCUMENT ME!\r
 346      *\r
 347      * @return DOCUMENT ME!\r
 348      */\r
 349     public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 350     {\r
 351         return selectionGroup;\r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * DOCUMENT ME!\r
 356      *\r
 357      * @param sg DOCUMENT ME!\r
 358      */\r
 359     public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 360     {\r
 361         selectionGroup = sg;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * DOCUMENT ME!\r
 366      *\r
 367      * @return DOCUMENT ME!\r
 368      */\r
 369     public boolean getConservationSelected()\r
 370     {\r
 371         return conservationColourSelected;\r
 372     }\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * DOCUMENT ME!\r
 376      *\r
 377      * @param b DOCUMENT ME!\r
 378      */\r
 379     public void setConservationSelected(boolean b)\r
 380     {\r
 381         conservationColourSelected = b;\r
 382     }\r
 383 \r
 384     /**\r
 385      * DOCUMENT ME!\r
 386      *\r
 387      * @return DOCUMENT ME!\r
 388      */\r
 389     public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 390     {\r
 391         return abovePIDThreshold;\r
 392     }\r
 393 \r
 394     /**\r
 395      * DOCUMENT ME!\r
 396      *\r
 397      * @param b DOCUMENT ME!\r
 398      */\r
 399     public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 400     {\r
 401         abovePIDThreshold = b;\r
 402     }\r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * DOCUMENT ME!\r
 406      *\r
 407      * @return DOCUMENT ME!\r
 408      */\r
 409     public int getStartRes()\r
 410     {\r
 411         return startRes;\r
 412     }\r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * DOCUMENT ME!\r
 416      *\r
 417      * @return DOCUMENT ME!\r
 418      */\r
 419     public int getEndRes()\r
 420     {\r
 421         return endRes;\r
 422     }\r
 423 \r
 424     /**\r
 425      * DOCUMENT ME!\r
 426      *\r
 427      * @return DOCUMENT ME!\r
 428      */\r
 429     public int getStartSeq()\r
 430     {\r
 431         return startSeq;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * DOCUMENT ME!\r
 436      *\r
 437      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 438      */\r
 439     public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 440     {\r
 441         globalColourScheme = cs;\r
 442     }\r
 443 \r
 444     /**\r
 445      * DOCUMENT ME!\r
 446      *\r
 447      * @return DOCUMENT ME!\r
 448      */\r
 449     public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 450     {\r
 451         return globalColourScheme;\r
 452     }\r
 453 \r
 454     /**\r
 455      * DOCUMENT ME!\r
 456      *\r
 457      * @param res DOCUMENT ME!\r
 458      */\r
 459     public void setStartRes(int res)\r
 460     {\r
 461         this.startRes = res;\r
 462     }\r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * DOCUMENT ME!\r
 466      *\r
 467      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 468      */\r
 469     public void setStartSeq(int seq)\r
 470     {\r
 471         this.startSeq = seq;\r
 472     }\r
 473 \r
 474     /**\r
 475      * DOCUMENT ME!\r
 476      *\r
 477      * @param res DOCUMENT ME!\r
 478      */\r
 479     public void setEndRes(int res)\r
 480     {\r
 481         if (res > (alignment.getWidth() - 1))\r
 482         {\r
 483             // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 484             res = alignment.getWidth() - 1;\r
 485         }\r
 486 \r
 487         if (res < 0)\r
 488         {\r
 489             res = 0;\r
 490         }\r
 491 \r
 492         this.endRes = res;\r
 493     }\r
 494 \r
 495     /**\r
 496      * DOCUMENT ME!\r
 497      *\r
 498      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 499      */\r
 500     public void setEndSeq(int seq)\r
 501     {\r
 502         if (seq > alignment.getHeight())\r
 503         {\r
 504             seq = alignment.getHeight();\r
 505         }\r
 506 \r
 507         if (seq < 0)\r
 508         {\r
 509             seq = 0;\r
 510         }\r
 511 \r
 512         this.endSeq = seq;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     /**\r
 516      * DOCUMENT ME!\r
 517      *\r
 518      * @return DOCUMENT ME!\r
 519      */\r
 520     public int getEndSeq()\r
 521     {\r
 522         return endSeq;\r
 523     }\r
 524 \r
 525     /**\r
 526      * DOCUMENT ME!\r
 527      *\r
 528      * @param f DOCUMENT ME!\r
 529      */\r
 530     public void setFont(Font f)\r
 531     {\r
 532         font = f;\r
 533 \r
 534         javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 535         temp.addNotify();\r
 536 \r
 537         java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 538         setCharHeight(fm.getHeight());\r
 539         setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 540     }\r
 541 \r
 542     /**\r
 543      * DOCUMENT ME!\r
 544      *\r
 545      * @return DOCUMENT ME!\r
 546      */\r
 547     public Font getFont()\r
 548     {\r
 549         return font;\r
 550     }\r
 551 \r
 552     /**\r
 553      * DOCUMENT ME!\r
 554      *\r
 555      * @param w DOCUMENT ME!\r
 556      */\r
 557     public void setCharWidth(int w)\r
 558     {\r
 559         this.charWidth = w;\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      * DOCUMENT ME!\r
 564      *\r
 565      * @return DOCUMENT ME!\r
 566      */\r
 567     public int getCharWidth()\r
 568     {\r
 569         return charWidth;\r
 570     }\r
 571 \r
 572     /**\r
 573      * DOCUMENT ME!\r
 574      *\r
 575      * @param h DOCUMENT ME!\r
 576      */\r
 577     public void setCharHeight(int h)\r
 578     {\r
 579         this.charHeight = h;\r
 580     }\r
 581 \r
 582     /**\r
 583      * DOCUMENT ME!\r
 584      *\r
 585      * @return DOCUMENT ME!\r
 586      */\r
 587     public int getCharHeight()\r
 588     {\r
 589         return charHeight;\r
 590     }\r
 591 \r
 592     /**\r
 593      * DOCUMENT ME!\r
 594      *\r
 595      * @param w DOCUMENT ME!\r
 596      */\r
 597     public void setChunkWidth(int w)\r
 598     {\r
 599         this.chunkWidth = w;\r
 600     }\r
 601 \r
 602     /**\r
 603      * DOCUMENT ME!\r
 604      *\r
 605      * @return DOCUMENT ME!\r
 606      */\r
 607     public int getChunkWidth()\r
 608     {\r
 609         return chunkWidth;\r
 610     }\r
 611 \r
 612     /**\r
 613      * DOCUMENT ME!\r
 614      *\r
 615      * @param h DOCUMENT ME!\r
 616      */\r
 617     public void setChunkHeight(int h)\r
 618     {\r
 619         this.chunkHeight = h;\r
 620     }\r
 621 \r
 622     /**\r
 623      * DOCUMENT ME!\r
 624      *\r
 625      * @return DOCUMENT ME!\r
 626      */\r
 627     public int getChunkHeight()\r
 628     {\r
 629         return chunkHeight;\r
 630     }\r
 631 \r
 632     /**\r
 633      * DOCUMENT ME!\r
 634      *\r
 635      * @return DOCUMENT ME!\r
 636      */\r
 637     public AlignmentI getAlignment()\r
 638     {\r
 639         return alignment;\r
 640     }\r
 641 \r
 642     /**\r
 643      * DOCUMENT ME!\r
 644      *\r
 645      * @param align DOCUMENT ME!\r
 646      */\r
 647     public void setAlignment(AlignmentI align)\r
 648     {\r
 649         this.alignment = align;\r
 650     }\r
 651 \r
 652     /**\r
 653      * DOCUMENT ME!\r
 654      *\r
 655      * @param state DOCUMENT ME!\r
 656      */\r
 657     public void setWrapAlignment(boolean state)\r
 658     {\r
 659         wrapAlignment = state;\r
 660     }\r
 661 \r
 662     /**\r
 663      * DOCUMENT ME!\r
 664      *\r
 665      * @param state DOCUMENT ME!\r
 666      */\r
 667     public void setShowText(boolean state)\r
 668     {\r
 669         showText = state;\r
 670     }\r
 671 \r
 672     /**\r
 673      * DOCUMENT ME!\r
 674      *\r
 675      * @param state DOCUMENT ME!\r
 676      */\r
 677     public void setRenderGaps(boolean state)\r
 678     {\r
 679         renderGaps = state;\r
 680     }\r
 681 \r
 682     /**\r
 683      * DOCUMENT ME!\r
 684      *\r
 685      * @return DOCUMENT ME!\r
 686      */\r
 687     public boolean getColourText()\r
 688     {\r
 689         return showColourText;\r
 690     }\r
 691 \r
 692     /**\r
 693      * DOCUMENT ME!\r
 694      *\r
 695      * @param state DOCUMENT ME!\r
 696      */\r
 697     public void setColourText(boolean state)\r
 698     {\r
 699         showColourText = state;\r
 700     }\r
 701 \r
 702     /**\r
 703      * DOCUMENT ME!\r
 704      *\r
 705      * @param state DOCUMENT ME!\r
 706      */\r
 707     public void setShowBoxes(boolean state)\r
 708     {\r
 709         showBoxes = state;\r
 710     }\r
 711 \r
 712     /**\r
 713      * DOCUMENT ME!\r
 714      *\r
 715      * @return DOCUMENT ME!\r
 716      */\r
 717     public boolean getWrapAlignment()\r
 718     {\r
 719         return wrapAlignment;\r
 720     }\r
 721 \r
 722     /**\r
 723      * DOCUMENT ME!\r
 724      *\r
 725      * @return DOCUMENT ME!\r
 726      */\r
 727     public boolean getShowText()\r
 728     {\r
 729         return showText;\r
 730     }\r
 731 \r
 732     /**\r
 733      * DOCUMENT ME!\r
 734      *\r
 735      * @return DOCUMENT ME!\r
 736      */\r
 737     public boolean getShowBoxes()\r
 738     {\r
 739         return showBoxes;\r
 740     }\r
 741 \r
 742     /**\r
 743      * DOCUMENT ME!\r
 744      *\r
 745      * @return DOCUMENT ME!\r
 746      */\r
 747     public char getGapCharacter()\r
 748     {\r
 749         return getAlignment().getGapCharacter();\r
 750     }\r
 751 \r
 752     /**\r
 753      * DOCUMENT ME!\r
 754      *\r
 755      * @param gap DOCUMENT ME!\r
 756      */\r
 757     public void setGapCharacter(char gap)\r
 758     {\r
 759         if (getAlignment() != null)\r
 760         {\r
 761             getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 762         }\r
 763     }\r
 764 \r
 765     /**\r
 766      * DOCUMENT ME!\r
 767      *\r
 768      * @param thresh DOCUMENT ME!\r
 769      */\r
 770     public void setThreshold(int thresh)\r
 771     {\r
 772         threshold = thresh;\r
 773     }\r
 774 \r
 775     /**\r
 776      * DOCUMENT ME!\r
 777      *\r
 778      * @return DOCUMENT ME!\r
 779      */\r
 780     public int getThreshold()\r
 781     {\r
 782         return threshold;\r
 783     }\r
 784 \r
 785     /**\r
 786      * DOCUMENT ME!\r
 787      *\r
 788      * @param inc DOCUMENT ME!\r
 789      */\r
 790     public void setIncrement(int inc)\r
 791     {\r
 792         increment = inc;\r
 793     }\r
 794 \r
 795     /**\r
 796      * DOCUMENT ME!\r
 797      *\r
 798      * @return DOCUMENT ME!\r
 799      */\r
 800     public int getIncrement()\r
 801     {\r
 802         return increment;\r
 803     }\r
 804 \r
 805     /**\r
 806      * DOCUMENT ME!\r
 807      *\r
 808      * @param y DOCUMENT ME!\r
 809      *\r
 810      * @return DOCUMENT ME!\r
 811      */\r
 812     public int getIndex(int y)\r
 813     {\r
 814         int y1 = 0;\r
 815         int starty = getStartSeq();\r
 816         int endy = getEndSeq();\r
 817 \r
 818         for (int i = starty; i <= endy; i++)\r
 819         {\r
 820             if ((i < alignment.getHeight()) &&\r
 821                     (alignment.getSequenceAt(i) != null))\r
 822             {\r
 823                 int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 824 \r
 825                 if ((y >= y1) && (y <= y2))\r
 826                 {\r
 827                     return i;\r
 828                 }\r
 829 \r
 830                 y1 = y2;\r
 831             }\r
 832             else\r
 833             {\r
 834                 return -1;\r
 835             }\r
 836         }\r
 837 \r
 838         return -1;\r
 839     }\r
 840 \r
 841     /**\r
 842      * DOCUMENT ME!\r
 843      *\r
 844      * @return DOCUMENT ME!\r
 845      */\r
 846     public ColumnSelection getColumnSelection()\r
 847     {\r
 848         return colSel;\r
 849     }\r
 850 \r
 851     /**\r
 852      * DOCUMENT ME!\r
 853      *\r
 854      * @param height DOCUMENT ME!\r
 855      */\r
 856     public void resetSeqLimits(int height)\r
 857     {\r
 858         setEndSeq(height / getCharHeight());\r
 859     }\r
 860 \r
 861     /**\r
 862      * DOCUMENT ME!\r
 863      *\r
 864      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 865      */\r
 866     public void setCurrentTree(NJTree tree)\r
 867     {\r
 868         currentTree = tree;\r
 869     }\r
 870 \r
 871     /**\r
 872      * DOCUMENT ME!\r
 873      *\r
 874      * @return DOCUMENT ME!\r
 875      */\r
 876     public NJTree getCurrentTree()\r
 877     {\r
 878         return currentTree;\r
 879     }\r
 880 \r
 881     /**\r
 882      * DOCUMENT ME!\r
 883      *\r
 884      * @param b DOCUMENT ME!\r
 885      */\r
 886     public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 887     {\r
 888         colourAppliesToAllGroups = b;\r
 889     }\r
 890 \r
 891     /**\r
 892      * DOCUMENT ME!\r
 893      *\r
 894      * @return DOCUMENT ME!\r
 895      */\r
 896     public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 897     {\r
 898         return colourAppliesToAllGroups;\r
 899     }\r
 900 \r
 901     /**\r
 902      * DOCUMENT ME!\r
 903      *\r
 904      * @return DOCUMENT ME!\r
 905      */\r
 906     public boolean getShowFullId()\r
 907     {\r
 908         return showFullId;\r
 909     }\r
 910 \r
 911     /**\r
 912      * DOCUMENT ME!\r
 913      *\r
 914      * @param b DOCUMENT ME!\r
 915      */\r
 916     public void setShowFullId(boolean b)\r
 917     {\r
 918         showFullId = b;\r
 919     }\r
 920 \r
 921     /**\r
 922      * DOCUMENT ME!\r
 923      *\r
 924      * @return DOCUMENT ME!\r
 925      */\r
 926     public boolean getShowAnnotation()\r
 927     {\r
 928         return showAnnotation;\r
 929     }\r
 930 \r
 931     /**\r
 932      * DOCUMENT ME!\r
 933      *\r
 934      * @param b DOCUMENT ME!\r
 935      */\r
 936     public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 937     {\r
 938         showAnnotation = b;\r
 939     }\r
 940 \r
 941     /**\r
 942      * DOCUMENT ME!\r
 943      *\r
 944      * @return DOCUMENT ME!\r
 945      */\r
 946     public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 947     {\r
 948         return scaleAboveWrapped;\r
 949     }\r
 950 \r
 951     /**\r
 952      * DOCUMENT ME!\r
 953      *\r
 954      * @return DOCUMENT ME!\r
 955      */\r
 956     public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 957     {\r
 958         return scaleLeftWrapped;\r
 959     }\r
 960 \r
 961     /**\r
 962      * DOCUMENT ME!\r
 963      *\r
 964      * @return DOCUMENT ME!\r
 965      */\r
 966     public boolean getScaleRightWrapped()\r
 967     {\r
 968         return scaleRightWrapped;\r
 969     }\r
 970 \r
 971     /**\r
 972      * DOCUMENT ME!\r
 973      *\r
 974      * @param b DOCUMENT ME!\r
 975      */\r
 976     public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
 977     {\r
 978         scaleAboveWrapped = b;\r
 979     }\r
 980 \r
 981     /**\r
 982      * DOCUMENT ME!\r
 983      *\r
 984      * @param b DOCUMENT ME!\r
 985      */\r
 986     public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
 987     {\r
 988         scaleLeftWrapped = b;\r
 989     }\r
 990 \r
 991     /**\r
 992      * DOCUMENT ME!\r
 993      *\r
 994      * @param b DOCUMENT ME!\r
 995      */\r
 996     public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
 997     {\r
 998         scaleRightWrapped = b;\r
 999     }\r
1000 \r
1001     /**\r
1002      * DOCUMENT ME!\r
1003      *\r
1004      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1005      */\r
1006     public void addPropertyChangeListener(\r
1007         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1008     {\r
1009         changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);\r
1010     }\r
1011 \r
1012     /**\r
1013      * DOCUMENT ME!\r
1014      *\r
1015      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1016      */\r
1017     public void removePropertyChangeListener(\r
1018         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1019     {\r
1020         changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);\r
1021     }\r
1022 \r
1023     /**\r
1024      * DOCUMENT ME!\r
1025      *\r
1026      * @param prop DOCUMENT ME!\r
1027      * @param oldvalue DOCUMENT ME!\r
1028      * @param newvalue DOCUMENT ME!\r
1029      */\r
1030     public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue, Object newvalue)\r
1031     {\r
1032         changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);\r
1033     }\r
1034 }\r