src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1  /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class AlignViewport\r
  41 {\r
  42     int startRes;\r
  43     int endRes;\r
  44     int startSeq;\r
  45     int endSeq;\r
  46     boolean showJVSuffix = true;\r
  47     boolean showText = true;\r
  48     boolean showColourText = false;\r
  49     boolean showBoxes = true;\r
  50     boolean wrapAlignment = false;\r
  51     boolean renderGaps = true;\r
  52     boolean showSequenceFeatures = false;\r
  53     boolean showAnnotation = true;\r
  54     boolean showConservation = true;\r
  55     boolean showQuality = true;\r
  56     boolean showIdentity = true;\r
  57     boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  58     ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  59     boolean conservationColourSelected = false;\r
  60     boolean abovePIDThreshold = false;\r
  61     SequenceGroup selectionGroup;\r
  62     int charHeight;\r
  63     int charWidth;\r
  64     int wrappedWidth;\r
  65     Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);\r
  66     AlignmentI alignment;\r
  67     ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  68     int threshold;\r
  69     int increment;\r
  70     NJTree currentTree = null;\r
  71     boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  72     boolean scaleLeftWrapped = true;\r
  73     boolean scaleRightWrapped = true;\r
  74     boolean hasHiddenColumns = false;\r
  75     boolean hasHiddenRows = false;\r
  76 \r
  77     // The following vector holds the features which are\r
  78     // currently visible, in the correct order or rendering\r
  79     Hashtable featuresDisplayed = null;\r
  80 \r
  81 \r
  82     /** DOCUMENT ME!! */\r
  83     public Vector vconsensus;\r
  84     AlignmentAnnotation consensus;\r
  85     AlignmentAnnotation conservation;\r
  86     AlignmentAnnotation quality;\r
  87 \r
  88     /** DOCUMENT ME!! */\r
  89     public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  90 \r
  91     // JBPNote Prolly only need this in the applet version.\r
  92     private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);\r
  93 \r
  94     boolean ignoreGapsInConsensusCalculation = false;\r
  95 \r
  96     boolean isDataset = false;\r
  97 \r
  98     boolean antiAlias = false;\r
  99 \r
 100 \r
 101     public AlignViewport(AlignmentI al, boolean dataset)\r
 102     {\r
 103       isDataset = dataset;\r
 104       setAlignment(al);\r
 105       init();\r
 106     }\r
 107     /**\r
 108      * Creates a new AlignViewport object.\r
 109      *\r
 110      * @param al DOCUMENT ME!\r
 111      */\r
 112     public AlignViewport(AlignmentI al)\r
 113     {\r
 114         setAlignment(al);\r
 115         init();\r
 116     }\r
 117 \r
 118     void init()\r
 119     {\r
 120         this.startRes = 0;\r
 121         this.endRes = alignment.getWidth() - 1;\r
 122         this.startSeq = 0;\r
 123         this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;\r
 124 \r
 125       antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);\r
 126 \r
 127       showJVSuffix = Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true);\r
 128       showAnnotation = Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true);\r
 129       showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);\r
 130 \r
 131       showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);\r
 132       showIdentity = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);\r
 133 \r
 134        String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");\r
 135        String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "") ;\r
 136        String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");\r
 137 \r
 138        int style = 0;\r
 139 \r
 140        if (fontStyle.equals("bold"))\r
 141        {\r
 142          style = 1;\r
 143        }\r
 144        else if (fontStyle.equals("italic"))\r
 145        {\r
 146          style = 2;\r
 147        }\r
 148 \r
 149        setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)));\r
 150 \r
 151 \r
 152        alignment.setGapCharacter( Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0) );\r
 153 \r
 154 \r
 155         // We must set conservation and consensus before setting colour,\r
 156         // as Blosum and Clustal require this to be done\r
 157         if(vconsensus==null && !isDataset)\r
 158         {\r
 159           updateConservation();\r
 160           updateConsensus();\r
 161         }\r
 162 \r
 163         if (jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR") != null)\r
 164         {\r
 165           globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,\r
 166               jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR"));\r
 167 \r
 168             if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 169             {\r
 170                 globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();\r
 171                 ((UserColourScheme)globalColourScheme).setThreshold(0, getIgnoreGapsConsensus());\r
 172             }\r
 173 \r
 174             if (globalColourScheme != null)\r
 175             {\r
 176                 globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 177             }\r
 178         }\r
 179     }\r
 180 \r
 181 \r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * DOCUMENT ME!\r
 185      *\r
 186      * @param b DOCUMENT ME!\r
 187      */\r
 188     public void setShowSequenceFeatures(boolean b)\r
 189     {\r
 190         showSequenceFeatures = b;\r
 191     }\r
 192 \r
 193     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 194     {\r
 195       return showSequenceFeatures;\r
 196     }\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * DOCUMENT ME!\r
 200      */\r
 201     public void updateConservation()\r
 202     {\r
 203       if(alignment.isNucleotide())\r
 204           return;\r
 205 \r
 206       try{\r
 207         Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 208             jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
 209             alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth() - 1);\r
 210         cons.calculate();\r
 211         cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
 212         cons.findQuality();\r
 213 \r
 214         int alWidth = alignment.getWidth();\r
 215         Annotation[] annotations = new Annotation[alWidth];\r
 216         Annotation[] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
 217         String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
 218         float minR;\r
 219         float minG;\r
 220         float minB;\r
 221         float maxR;\r
 222         float maxG;\r
 223         float maxB;\r
 224         minR = 0.3f;\r
 225         minG = 0.0f;\r
 226         minB = 0f;\r
 227         maxR = 1.0f - minR;\r
 228         maxG = 0.9f - minG;\r
 229         maxB = 0f - minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 230 \r
 231         float min = 0f;\r
 232         float max = 11f;\r
 233         float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 234         float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 235 \r
 236         for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 237         {\r
 238           float value = 0;\r
 239 \r
 240           try\r
 241           {\r
 242             value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 243           }\r
 244           catch (Exception ex)\r
 245           {\r
 246             if (sequence.charAt(i) == '*')\r
 247             {\r
 248               value = 11;\r
 249             }\r
 250 \r
 251             if (sequence.charAt(i) == '+')\r
 252             {\r
 253               value = 10;\r
 254             }\r
 255           }\r
 256 \r
 257           float vprop = value - min;\r
 258           vprop /= max;\r
 259           annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 260                                           String.valueOf(value), ' ', value,\r
 261                                           new Color(minR + (maxR * vprop),\r
 262               minG + (maxG * vprop),\r
 263               minB + (maxB * vprop)));\r
 264 \r
 265           // Quality calc\r
 266           value = ( (Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 267           vprop = value - qmin;\r
 268           vprop /= qmax;\r
 269           qannotations[i] = new Annotation(" ", String.valueOf(value), ' ',\r
 270                                            value,\r
 271                                            new Color(minR + (maxR * vprop),\r
 272               minG + (maxG * vprop),\r
 273               minB + (maxB * vprop)));\r
 274         }\r
 275 \r
 276         if (conservation == null)\r
 277         {\r
 278           conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 279                                                  "Conservation of total alignment less than " +\r
 280                                                  ConsPercGaps + "% gaps",\r
 281                                                  annotations, 0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 282                                                  11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 283                                                  AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 284 \r
 285           if (showConservation)\r
 286           {\r
 287             alignment.addAnnotation(conservation);\r
 288           }\r
 289 \r
 290           quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 291                                             "Alignment Quality based on Blosum62 scores",\r
 292                                             qannotations,\r
 293                                             cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 294                                             cons.qualityRange[1].floatValue(),\r
 295                                             AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 296 \r
 297           if (showQuality)\r
 298           {\r
 299             alignment.addAnnotation(quality);\r
 300           }\r
 301         }\r
 302         else\r
 303         {\r
 304           conservation.annotations = annotations;\r
 305           quality.annotations = qannotations;\r
 306           quality.graphMax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 307         }\r
 308       }\r
 309       catch (OutOfMemoryError error)\r
 310       {\r
 311         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 312             "Out of memory calculating conservation!!"\r
 313             +\r
 314             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 315             , "Out of memory",\r
 316             javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 317         System.out.println("Conservation calculation: " + error);\r
 318         System.gc();\r
 319 \r
 320       }\r
 321     }\r
 322 \r
 323     /**\r
 324      * DOCUMENT ME!\r
 325      */\r
 326     public void updateConsensus()\r
 327     {\r
 328       try{\r
 329         Annotation[] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 330 \r
 331         // this routine prevents vconsensus becoming a new object each time\r
 332         // consenus is calculated. Important for speed of Blosum62\r
 333         // and PID colouring of alignment\r
 334         if (vconsensus == null)\r
 335         {\r
 336           vconsensus = alignment.getAAFrequency();\r
 337         }\r
 338         else\r
 339         {\r
 340           Vector temp = alignment.getAAFrequency();\r
 341           vconsensus.clear();\r
 342 \r
 343           Enumeration e = temp.elements();\r
 344 \r
 345           while (e.hasMoreElements())\r
 346           {\r
 347             vconsensus.add(e.nextElement());\r
 348           }\r
 349         }\r
 350 \r
 351         Hashtable hash = null;\r
 352 \r
 353         for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 354         {\r
 355           hash = (Hashtable) vconsensus.elementAt(i);\r
 356 \r
 357           float value = 0;\r
 358           if (ignoreGapsInConsensusCalculation)\r
 359             value = ( (Float) hash.get("pid_nogaps")).floatValue();\r
 360           else\r
 361             value = ( (Float) hash.get("pid_gaps")).floatValue();\r
 362 \r
 363           String maxRes = hash.get("maxResidue").toString();\r
 364           String mouseOver = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 365 \r
 366           if (maxRes.length() > 1)\r
 367           {\r
 368             mouseOver = "[" + maxRes + "] ";\r
 369             maxRes = "+";\r
 370           }\r
 371 \r
 372           mouseOver += ( (int) value + "%");\r
 373           annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 374         }\r
 375 \r
 376         if (consensus == null)\r
 377         {\r
 378           consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",\r
 379                                               annotations, 0f, 100f,AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 380 \r
 381           if (showIdentity)\r
 382           {\r
 383             alignment.addAnnotation(consensus);\r
 384           }\r
 385         }\r
 386         else\r
 387         {\r
 388           consensus.annotations = annotations;\r
 389         }\r
 390 \r
 391         if (globalColourScheme != null)\r
 392           globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 393 \r
 394       }catch(OutOfMemoryError error)\r
 395       {\r
 396         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 397             "Out of memory calculating consensus!!"\r
 398             +\r
 399             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 400             , "Out of memory",\r
 401             javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 402         System.out.println("Consensus calculation: " + error);\r
 403         System.gc();\r
 404       }\r
 405 \r
 406     }\r
 407 \r
 408     /**\r
 409      * DOCUMENT ME!\r
 410      *\r
 411      * @return DOCUMENT ME!\r
 412      */\r
 413     public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 414     {\r
 415         return selectionGroup;\r
 416     }\r
 417 \r
 418     /**\r
 419      * DOCUMENT ME!\r
 420      *\r
 421      * @param sg DOCUMENT ME!\r
 422      */\r
 423     public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 424     {\r
 425         selectionGroup = sg;\r
 426     }\r
 427 \r
 428     /**\r
 429      * DOCUMENT ME!\r
 430      *\r
 431      * @return DOCUMENT ME!\r
 432      */\r
 433     public boolean getConservationSelected()\r
 434     {\r
 435         return conservationColourSelected;\r
 436     }\r
 437 \r
 438     /**\r
 439      * DOCUMENT ME!\r
 440      *\r
 441      * @param b DOCUMENT ME!\r
 442      */\r
 443     public void setConservationSelected(boolean b)\r
 444     {\r
 445         conservationColourSelected = b;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     /**\r
 449      * DOCUMENT ME!\r
 450      *\r
 451      * @return DOCUMENT ME!\r
 452      */\r
 453     public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 454     {\r
 455         return abovePIDThreshold;\r
 456     }\r
 457 \r
 458     /**\r
 459      * DOCUMENT ME!\r
 460      *\r
 461      * @param b DOCUMENT ME!\r
 462      */\r
 463     public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 464     {\r
 465         abovePIDThreshold = b;\r
 466     }\r
 467 \r
 468     /**\r
 469      * DOCUMENT ME!\r
 470      *\r
 471      * @return DOCUMENT ME!\r
 472      */\r
 473     public int getStartRes()\r
 474     {\r
 475         return startRes;\r
 476     }\r
 477 \r
 478     /**\r
 479      * DOCUMENT ME!\r
 480      *\r
 481      * @return DOCUMENT ME!\r
 482      */\r
 483     public int getEndRes()\r
 484     {\r
 485         return endRes;\r
 486     }\r
 487 \r
 488     /**\r
 489      * DOCUMENT ME!\r
 490      *\r
 491      * @return DOCUMENT ME!\r
 492      */\r
 493     public int getStartSeq()\r
 494     {\r
 495         return startSeq;\r
 496     }\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * DOCUMENT ME!\r
 500      *\r
 501      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 502      */\r
 503     public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 504     {\r
 505         globalColourScheme = cs;\r
 506     }\r
 507 \r
 508     /**\r
 509      * DOCUMENT ME!\r
 510      *\r
 511      * @return DOCUMENT ME!\r
 512      */\r
 513     public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 514     {\r
 515         return globalColourScheme;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     /**\r
 519      * DOCUMENT ME!\r
 520      *\r
 521      * @param res DOCUMENT ME!\r
 522      */\r
 523     public void setStartRes(int res)\r
 524     {\r
 525         this.startRes = res;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     /**\r
 529      * DOCUMENT ME!\r
 530      *\r
 531      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 532      */\r
 533     public void setStartSeq(int seq)\r
 534     {\r
 535         this.startSeq = seq;\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * DOCUMENT ME!\r
 540      *\r
 541      * @param res DOCUMENT ME!\r
 542      */\r
 543     public void setEndRes(int res)\r
 544     {\r
 545         if (res > (alignment.getWidth() - 1))\r
 546         {\r
 547             // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 548             res = alignment.getWidth() - 1;\r
 549         }\r
 550 \r
 551         if (res < 0)\r
 552         {\r
 553             res = 0;\r
 554         }\r
 555 \r
 556         this.endRes = res;\r
 557     }\r
 558 \r
 559     /**\r
 560      * DOCUMENT ME!\r
 561      *\r
 562      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 563      */\r
 564     public void setEndSeq(int seq)\r
 565     {\r
 566         if (seq > alignment.getHeight())\r
 567         {\r
 568             seq = alignment.getHeight();\r
 569         }\r
 570 \r
 571         if (seq < 0)\r
 572         {\r
 573             seq = 0;\r
 574         }\r
 575 \r
 576         this.endSeq = seq;\r
 577     }\r
 578 \r
 579     /**\r
 580      * DOCUMENT ME!\r
 581      *\r
 582      * @return DOCUMENT ME!\r
 583      */\r
 584     public int getEndSeq()\r
 585     {\r
 586         return endSeq;\r
 587     }\r
 588 \r
 589     /**\r
 590      * DOCUMENT ME!\r
 591      *\r
 592      * @param f DOCUMENT ME!\r
 593      */\r
 594     public void setFont(Font f)\r
 595     {\r
 596         font = f;\r
 597 \r
 598         Container c = new Container();\r
 599 \r
 600         java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);\r
 601         setCharHeight(fm.getHeight());\r
 602         setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 603     }\r
 604 \r
 605     /**\r
 606      * DOCUMENT ME!\r
 607      *\r
 608      * @return DOCUMENT ME!\r
 609      */\r
 610     public Font getFont()\r
 611     {\r
 612         return font;\r
 613     }\r
 614 \r
 615     /**\r
 616      * DOCUMENT ME!\r
 617      *\r
 618      * @param w DOCUMENT ME!\r
 619      */\r
 620     public void setCharWidth(int w)\r
 621     {\r
 622         this.charWidth = w;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     /**\r
 626      * DOCUMENT ME!\r
 627      *\r
 628      * @return DOCUMENT ME!\r
 629      */\r
 630     public int getCharWidth()\r
 631     {\r
 632         return charWidth;\r
 633     }\r
 634 \r
 635     /**\r
 636      * DOCUMENT ME!\r
 637      *\r
 638      * @param h DOCUMENT ME!\r
 639      */\r
 640     public void setCharHeight(int h)\r
 641     {\r
 642         this.charHeight = h;\r
 643     }\r
 644 \r
 645     /**\r
 646      * DOCUMENT ME!\r
 647      *\r
 648      * @return DOCUMENT ME!\r
 649      */\r
 650     public int getCharHeight()\r
 651     {\r
 652         return charHeight;\r
 653     }\r
 654 \r
 655     /**\r
 656      * DOCUMENT ME!\r
 657      *\r
 658      * @param w DOCUMENT ME!\r
 659      */\r
 660     public void setWrappedWidth(int w)\r
 661     {\r
 662         this.wrappedWidth = w;\r
 663     }\r
 664 \r
 665     /**\r
 666      * DOCUMENT ME!\r
 667      *\r
 668      * @return DOCUMENT ME!\r
 669      */\r
 670     public int getWrappedWidth()\r
 671     {\r
 672         return wrappedWidth;\r
 673     }\r
 674 \r
 675 \r
 676     /**\r
 677      * DOCUMENT ME!\r
 678      *\r
 679      * @return DOCUMENT ME!\r
 680      */\r
 681     public AlignmentI getAlignment()\r
 682     {\r
 683         return alignment;\r
 684     }\r
 685 \r
 686     /**\r
 687      * DOCUMENT ME!\r
 688      *\r
 689      * @param align DOCUMENT ME!\r
 690      */\r
 691     public void setAlignment(AlignmentI align)\r
 692     {\r
 693         this.alignment = align;\r
 694     }\r
 695 \r
 696     /**\r
 697      * DOCUMENT ME!\r
 698      *\r
 699      * @param state DOCUMENT ME!\r
 700      */\r
 701     public void setWrapAlignment(boolean state)\r
 702     {\r
 703         wrapAlignment = state;\r
 704     }\r
 705 \r
 706     /**\r
 707      * DOCUMENT ME!\r
 708      *\r
 709      * @param state DOCUMENT ME!\r
 710      */\r
 711     public void setShowText(boolean state)\r
 712     {\r
 713         showText = state;\r
 714     }\r
 715 \r
 716     /**\r
 717      * DOCUMENT ME!\r
 718      *\r
 719      * @param state DOCUMENT ME!\r
 720      */\r
 721     public void setRenderGaps(boolean state)\r
 722     {\r
 723         renderGaps = state;\r
 724     }\r
 725 \r
 726     /**\r
 727      * DOCUMENT ME!\r
 728      *\r
 729      * @return DOCUMENT ME!\r
 730      */\r
 731     public boolean getColourText()\r
 732     {\r
 733         return showColourText;\r
 734     }\r
 735 \r
 736     /**\r
 737      * DOCUMENT ME!\r
 738      *\r
 739      * @param state DOCUMENT ME!\r
 740      */\r
 741     public void setColourText(boolean state)\r
 742     {\r
 743         showColourText = state;\r
 744     }\r
 745 \r
 746     /**\r
 747      * DOCUMENT ME!\r
 748      *\r
 749      * @param state DOCUMENT ME!\r
 750      */\r
 751     public void setShowBoxes(boolean state)\r
 752     {\r
 753         showBoxes = state;\r
 754     }\r
 755 \r
 756     /**\r
 757      * DOCUMENT ME!\r
 758      *\r
 759      * @return DOCUMENT ME!\r
 760      */\r
 761     public boolean getWrapAlignment()\r
 762     {\r
 763         return wrapAlignment;\r
 764     }\r
 765 \r
 766     /**\r
 767      * DOCUMENT ME!\r
 768      *\r
 769      * @return DOCUMENT ME!\r
 770      */\r
 771     public boolean getShowText()\r
 772     {\r
 773         return showText;\r
 774     }\r
 775 \r
 776     /**\r
 777      * DOCUMENT ME!\r
 778      *\r
 779      * @return DOCUMENT ME!\r
 780      */\r
 781     public boolean getShowBoxes()\r
 782     {\r
 783         return showBoxes;\r
 784     }\r
 785 \r
 786     /**\r
 787      * DOCUMENT ME!\r
 788      *\r
 789      * @return DOCUMENT ME!\r
 790      */\r
 791     public char getGapCharacter()\r
 792     {\r
 793         return getAlignment().getGapCharacter();\r
 794     }\r
 795 \r
 796     /**\r
 797      * DOCUMENT ME!\r
 798      *\r
 799      * @param gap DOCUMENT ME!\r
 800      */\r
 801     public void setGapCharacter(char gap)\r
 802     {\r
 803         if (getAlignment() != null)\r
 804         {\r
 805             getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 806         }\r
 807     }\r
 808 \r
 809     /**\r
 810      * DOCUMENT ME!\r
 811      *\r
 812      * @param thresh DOCUMENT ME!\r
 813      */\r
 814     public void setThreshold(int thresh)\r
 815     {\r
 816         threshold = thresh;\r
 817     }\r
 818 \r
 819     /**\r
 820      * DOCUMENT ME!\r
 821      *\r
 822      * @return DOCUMENT ME!\r
 823      */\r
 824     public int getThreshold()\r
 825     {\r
 826         return threshold;\r
 827     }\r
 828 \r
 829     /**\r
 830      * DOCUMENT ME!\r
 831      *\r
 832      * @param inc DOCUMENT ME!\r
 833      */\r
 834     public void setIncrement(int inc)\r
 835     {\r
 836         increment = inc;\r
 837     }\r
 838 \r
 839     /**\r
 840      * DOCUMENT ME!\r
 841      *\r
 842      * @return DOCUMENT ME!\r
 843      */\r
 844     public int getIncrement()\r
 845     {\r
 846         return increment;\r
 847     }\r
 848 \r
 849     /**\r
 850      * DOCUMENT ME!\r
 851      *\r
 852      * @param y DOCUMENT ME!\r
 853      *\r
 854      * @return DOCUMENT ME!\r
 855      */\r
 856     public int getIndex(int y)\r
 857     {\r
 858         int y1 = 0;\r
 859         int starty = getStartSeq();\r
 860         int endy = getEndSeq();\r
 861 \r
 862         for (int i = starty; i <= endy; i++)\r
 863         {\r
 864             if ((i < alignment.getHeight()) &&\r
 865                     (alignment.getSequenceAt(i) != null))\r
 866             {\r
 867                 int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 868 \r
 869                 if ((y >= y1) && (y <= y2))\r
 870                 {\r
 871                     return i;\r
 872                 }\r
 873 \r
 874                 y1 = y2;\r
 875             }\r
 876             else\r
 877             {\r
 878                 return -1;\r
 879             }\r
 880         }\r
 881 \r
 882         return -1;\r
 883     }\r
 884 \r
 885     /**\r
 886      * DOCUMENT ME!\r
 887      *\r
 888      * @return DOCUMENT ME!\r
 889      */\r
 890     public ColumnSelection getColumnSelection()\r
 891     {\r
 892         return colSel;\r
 893     }\r
 894 \r
 895 \r
 896     /**\r
 897      * DOCUMENT ME!\r
 898      *\r
 899      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 900      */\r
 901     public void setCurrentTree(NJTree tree)\r
 902     {\r
 903         currentTree = tree;\r
 904     }\r
 905 \r
 906     /**\r
 907      * DOCUMENT ME!\r
 908      *\r
 909      * @return DOCUMENT ME!\r
 910      */\r
 911     public NJTree getCurrentTree()\r
 912     {\r
 913         return currentTree;\r
 914     }\r
 915 \r
 916     /**\r
 917      * DOCUMENT ME!\r
 918      *\r
 919      * @param b DOCUMENT ME!\r
 920      */\r
 921     public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 922     {\r
 923         colourAppliesToAllGroups = b;\r
 924     }\r
 925 \r
 926     /**\r
 927      * DOCUMENT ME!\r
 928      *\r
 929      * @return DOCUMENT ME!\r
 930      */\r
 931     public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 932     {\r
 933         return colourAppliesToAllGroups;\r
 934     }\r
 935 \r
 936     /**\r
 937      * DOCUMENT ME!\r
 938      *\r
 939      * @return DOCUMENT ME!\r
 940      */\r
 941     public boolean getShowJVSuffix()\r
 942     {\r
 943         return showJVSuffix;\r
 944     }\r
 945 \r
 946     /**\r
 947      * DOCUMENT ME!\r
 948      *\r
 949      * @param b DOCUMENT ME!\r
 950      */\r
 951     public void setShowJVSuffix(boolean b)\r
 952     {\r
 953         showJVSuffix = b;\r
 954     }\r
 955 \r
 956 \r
 957     /**\r
 958      * DOCUMENT ME!\r
 959      *\r
 960      * @return DOCUMENT ME!\r
 961      */\r
 962     public boolean getShowAnnotation()\r
 963     {\r
 964         return showAnnotation;\r
 965     }\r
 966 \r
 967     /**\r
 968      * DOCUMENT ME!\r
 969      *\r
 970      * @param b DOCUMENT ME!\r
 971      */\r
 972     public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 973     {\r
 974         showAnnotation = b;\r
 975     }\r
 976 \r
 977     /**\r
 978      * DOCUMENT ME!\r
 979      *\r
 980      * @return DOCUMENT ME!\r
 981      */\r
 982     public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 983     {\r
 984         return scaleAboveWrapped;\r
 985     }\r
 986 \r
 987     /**\r
 988      * DOCUMENT ME!\r
 989      *\r
 990      * @return DOCUMENT ME!\r
 991      */\r
 992     public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 993     {\r
 994         return scaleLeftWrapped;\r
 995     }\r
 996 \r
 997     /**\r
 998      * DOCUMENT ME!\r
 999      *\r
1000      * @return DOCUMENT ME!\r
1001      */\r
1002     public boolean getScaleRightWrapped()\r
1003     {\r
1004         return scaleRightWrapped;\r
1005     }\r
1006 \r
1007     /**\r
1008      * DOCUMENT ME!\r
1009      *\r
1010      * @param b DOCUMENT ME!\r
1011      */\r
1012     public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
1013     {\r
1014         scaleAboveWrapped = b;\r
1015     }\r
1016 \r
1017     /**\r
1018      * DOCUMENT ME!\r
1019      *\r
1020      * @param b DOCUMENT ME!\r
1021      */\r
1022     public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
1023     {\r
1024         scaleLeftWrapped = b;\r
1025     }\r
1026 \r
1027     /**\r
1028      * DOCUMENT ME!\r
1029      *\r
1030      * @param b DOCUMENT ME!\r
1031      */\r
1032     public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
1033     {\r
1034         scaleRightWrapped = b;\r
1035     }\r
1036 \r
1037     /**\r
1038      * Property change listener for changes in alignment\r
1039      *\r
1040      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1041      */\r
1042     public void addPropertyChangeListener(\r
1043         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1044     {\r
1045         changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);\r
1046     }\r
1047 \r
1048     /**\r
1049      * DOCUMENT ME!\r
1050      *\r
1051      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1052      */\r
1053     public void removePropertyChangeListener(\r
1054         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1055     {\r
1056         changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);\r
1057     }\r
1058 \r
1059     /**\r
1060      * Property change listener for changes in alignment\r
1061      *\r
1062      * @param prop DOCUMENT ME!\r
1063      * @param oldvalue DOCUMENT ME!\r
1064      * @param newvalue DOCUMENT ME!\r
1065      */\r
1066     public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue, Object newvalue)\r
1067     {\r
1068         changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);\r
1069     }\r
1070 \r
1071     public void setIgnoreGapsConsensus(boolean b)\r
1072     {\r
1073       ignoreGapsInConsensusCalculation = b;\r
1074       updateConsensus();\r
1075       if(globalColourScheme!=null)\r
1076       {\r
1077         globalColourScheme.setThreshold(globalColourScheme.getThreshold(), ignoreGapsInConsensusCalculation);\r
1078       }\r
1079     }\r
1080 \r
1081     public boolean getIgnoreGapsConsensus()\r
1082     {\r
1083      return ignoreGapsInConsensusCalculation;\r
1084     }\r
1085 \r
1086     public void setDataset(boolean b)\r
1087     {\r
1088       isDataset = b;\r
1089     }\r
1090 \r
1091     public boolean isDataset()\r
1092     {\r
1093       return isDataset;\r
1094     }\r
1095 \r
1096     public void hideSequence(SequenceI seq)\r
1097     {\r
1098       alignment.getHiddenSequences().hideSequence(seq);\r
1099       hasHiddenRows = true;\r
1100     }\r
1101 \r
1102     public void showSequence(int index)\r
1103     {\r
1104       alignment.getHiddenSequences().showSequence(index);\r
1105 \r
1106       if(alignment.getHiddenSequences().getSize()<1)\r
1107         hasHiddenRows = false;\r
1108     }\r
1109 \r
1110     public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
1111     {\r
1112       return alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
1113     }\r
1114 }\r