src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showScores=false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = true;\r
  25 \r
  26   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  27   boolean conservationColourSelected = false;\r
  28 \r
  29   SequenceGroup rubberbandGroup = null;\r
  30 \r
  31   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  32 \r
  33   int             charHeight;\r
  34   int             charWidth;\r
  35   int             chunkWidth;\r
  36   int             chunkHeight;\r
  37 \r
  38   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  39   AlignmentI      alignment;\r
  40 \r
  41   Selection       sel    = new Selection(this);\r
  42   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  43 \r
  44   OutputGenerator og;\r
  45 \r
  46   String visibleConsensus;\r
  47 \r
  48   int threshold;\r
  49   int increment;\r
  50 \r
  51   NJTree currentTree = null;\r
  52 \r
  53   int window   = 50;\r
  54   int baseline = 30;\r
  55 \r
  56   Vector kmers;\r
  57 \r
  58   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  59                        boolean showScores,\r
  60                        boolean showText,\r
  61                        boolean showBoxes,\r
  62                        boolean wrapAlignment) {\r
  63     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,showScores,\r
  64          showText,\r
  65          showBoxes,\r
  66          wrapAlignment);\r
  67 \r
  68     setAlignment(da);\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  72                        int startSeq, int endSeq,\r
  73                        boolean showScores,\r
  74                        boolean showText,\r
  75                        boolean showBoxes,\r
  76                        boolean wrapAlignment) {\r
  77 \r
  78     this.startRes = startRes;\r
  79     this.endRes   = endRes;\r
  80     this.startSeq = startSeq;\r
  81     this.endSeq   = endSeq;\r
  82 \r
  83     this.showScores    = showScores;\r
  84     this.showText      = showText;\r
  85     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  86     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  87 \r
  88    // og  = new AlignmentOutputGenerator(this);\r
  89 \r
  90     setFont( font );\r
  91  }\r
  92 \r
  93  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  94  {\r
  95    showSequenceFeatures = b;\r
  96  }\r
  97 \r
  98   public String getVisibleConsensus()\r
  99   {\r
 100     return visibleConsensus;\r
 101   }\r
 102 \r
 103   Vector consensus = new Vector();\r
 104   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 105   {\r
 106     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
 107     {\r
 108       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
 109       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 110       Hashtable hash = null;\r
 111       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 112       {\r
 113         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 114         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 115       }\r
 116       visibleConsensus = sb.toString();\r
 117     }\r
 118 \r
 119 \r
 120     return consensus;\r
 121   }\r
 122 \r
 123   public SequenceGroup getRubberbandGroup()\r
 124   {\r
 125     return rubberbandGroup;\r
 126   }\r
 127 \r
 128   public void setRubberbandGroup(SequenceGroup sg)\r
 129   {\r
 130     rubberbandGroup = sg;\r
 131   }\r
 132 \r
 133  public boolean getConservationSelected()\r
 134  {\r
 135    return conservationColourSelected;\r
 136  }\r
 137 \r
 138  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 139  {\r
 140    conservationColourSelected = b;\r
 141  }\r
 142 \r
 143   public int getStartRes() {\r
 144     return startRes;\r
 145   }\r
 146 \r
 147   public int getEndRes() {\r
 148     return endRes;\r
 149   }\r
 150 \r
 151   public int getStartSeq() {\r
 152     return startSeq;\r
 153   }\r
 154 \r
 155   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 156   {\r
 157      globalColourScheme = cs;\r
 158   }\r
 159 \r
 160   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 161   {\r
 162     return globalColourScheme;\r
 163   }\r
 164 \r
 165 \r
 166   public void setStartRes(int res) {\r
 167     this.startRes = res;\r
 168   }\r
 169   public void setStartSeq(int seq) {\r
 170     this.startSeq = seq;\r
 171   }\r
 172   public void setEndRes(int res) {\r
 173     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 174       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 175        res = alignment.getWidth() -1;\r
 176     }\r
 177     if (res < 0) {\r
 178       res = 0;\r
 179     }\r
 180     this.endRes = res;\r
 181   }\r
 182   public void setEndSeq(int seq) {\r
 183     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 184       seq = alignment.getHeight();\r
 185     }\r
 186     if (seq < 0) {\r
 187       seq = 0;\r
 188     }\r
 189     this.endSeq = seq;\r
 190   }\r
 191   public int getEndSeq() {\r
 192     return endSeq;\r
 193   }\r
 194 \r
 195   public void setFont(Font f) {\r
 196     font = f;\r
 197     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 198     temp.addNotify();\r
 199     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 200     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 201     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 202   }\r
 203 \r
 204   public Font getFont() {\r
 205     return font;\r
 206   }\r
 207   public void setCharWidth(int w) {\r
 208     this.charWidth = w;\r
 209   }\r
 210   public int getCharWidth() {\r
 211     return charWidth;\r
 212   }\r
 213   public void setCharHeight(int h) {\r
 214     this.charHeight = h;\r
 215   }\r
 216   public int getCharHeight() {\r
 217     return charHeight;\r
 218   }\r
 219   public void setChunkWidth(int w) {\r
 220     this.chunkWidth = w;\r
 221   }\r
 222   public int getChunkWidth() {\r
 223     return chunkWidth;\r
 224   }\r
 225   public void setChunkHeight(int h) {\r
 226     this.chunkHeight = h;\r
 227   }\r
 228   public int getChunkHeight() {\r
 229     return chunkHeight;\r
 230   }\r
 231   public AlignmentI getAlignment() {\r
 232     return alignment;\r
 233   }\r
 234   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 235     this.alignment = align;\r
 236   }\r
 237   public void setShowScores(boolean state) {\r
 238     showScores = state;\r
 239   }\r
 240   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 241     wrapAlignment = state;\r
 242   }\r
 243   public void setShowText(boolean state) {\r
 244     showText = state;\r
 245   }\r
 246 \r
 247   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 248     renderGaps = state;\r
 249     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 250     {\r
 251       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 252       sr.renderGaps(state);\r
 253     }\r
 254   }\r
 255 \r
 256 \r
 257   public boolean getColourText()\r
 258   {\r
 259     return showColourText;\r
 260   }\r
 261 \r
 262   public void setColourText(boolean state)\r
 263   {\r
 264     showColourText = state;\r
 265   }\r
 266 \r
 267   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 268     showBoxes = state;\r
 269   }\r
 270   public boolean getShowScores() {\r
 271     return showScores;\r
 272   }\r
 273   public boolean getWrapAlignment() {\r
 274       return wrapAlignment;\r
 275   }\r
 276   public boolean getShowText() {\r
 277     return showText;\r
 278   }\r
 279   public boolean getShowBoxes() {\r
 280     return showBoxes;\r
 281   }\r
 282 \r
 283   public char getGapCharacter() {\r
 284     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 285   }\r
 286   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 287     if (getAlignment() != null) {\r
 288       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 289     }\r
 290   }\r
 291   public void setThreshold(int thresh) {\r
 292     threshold = thresh;\r
 293   }\r
 294   public int getThreshold() {\r
 295     return threshold;\r
 296   }\r
 297   public void setIncrement(int inc) {\r
 298     increment = inc;\r
 299   }\r
 300   public int getIncrement() {\r
 301     return increment;\r
 302   }\r
 303   public int getIndex(int y) {\r
 304     int y1     = 0;\r
 305     int starty = getStartSeq();\r
 306     int endy   = getEndSeq();\r
 307 \r
 308     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 309       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 310         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 311 \r
 312         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 313           return i;\r
 314         }\r
 315         y1  = y2;\r
 316       } else {\r
 317         return -1;\r
 318       }\r
 319     }\r
 320     return -1;\r
 321   }\r
 322   public Selection getSelection() {\r
 323     return sel;\r
 324   }\r
 325   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 326     return colSel;\r
 327   }\r
 328   public OutputGenerator getOutputGenerator() {\r
 329     return og;\r
 330   }\r
 331   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 332     setStartSeq(0);\r
 333     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 334   }\r
 335   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 336       currentTree = tree;\r
 337   }\r
 338   public NJTree getCurrentTree() {\r
 339     return currentTree;\r
 340   }\r
 341 \r
 342     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 343         this.renderer = rend;\r
 344     }\r
 345 \r
 346     public RendererI getRenderer() {\r
 347         return renderer;\r
 348     }\r
 349     public int getPIDWindow() {\r
 350         return window;\r
 351     }\r
 352     public void setPIDWindow(int window) {\r
 353         this.window = window;\r
 354     }\r
 355 \r
 356     public int getPIDBaseline() {\r
 357         return baseline;\r
 358     }\r
 359     public void setPIDBaseline(int baseline) {\r
 360         this.baseline = baseline;\r
 361     }\r
 362 \r
 363     public void setKmers(Vector kmers) {\r
 364         this.kmers = kmers;\r
 365     }\r
 366 \r
 367     public Vector getKmers() {\r
 368         return this.kmers;\r
 369     }\r
 370 \r
 371 \r
 372 }\r