src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showFullId = false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = false;\r
  25   boolean showAnnotation = true;\r
  26 \r
  27   boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  28   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  29   boolean conservationColourSelected = false;\r
  30   boolean abovePIDThreshold = false;\r
  31 \r
  32   SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  33 \r
  34   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  35 \r
  36   int             charHeight;\r
  37   int             charWidth;\r
  38   int             chunkWidth;\r
  39   int             chunkHeight;\r
  40 \r
  41   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  42   AlignmentI      alignment;\r
  43 \r
  44   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  45 \r
  46   int threshold;\r
  47   int increment;\r
  48 \r
  49   NJTree currentTree = null;\r
  50 \r
  51 \r
  52   public AlignViewport(AlignmentI al,\r
  53                        boolean showText,\r
  54                        boolean showBoxes,\r
  55                        boolean wrapAlignment) {\r
  56 \r
  57     this.startRes = 0;\r
  58     this.endRes = al.getWidth()-1;\r
  59     this.startSeq = 0;\r
  60     this.endSeq = al.getHeight()-1;\r
  61     this.showText = showText;\r
  62     this.showBoxes = showBoxes;\r
  63     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  64 \r
  65     setAlignment(al);\r
  66     setFont( font );\r
  67  }\r
  68 \r
  69  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  70  {\r
  71    showSequenceFeatures = b;\r
  72  }\r
  73 \r
  74   AlignmentAnnotation consensus;\r
  75   AlignmentAnnotation conservation;\r
  76   public void updateConservation()\r
  77   {\r
  78     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
  79 \r
  80     Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
  81         jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
  82         alignment.getSequences(), 0,\r
  83         alignment.getWidth());\r
  84     cons.calculate();\r
  85     cons.verdict(false, 100);\r
  86     cons.findQuality();\r
  87     String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
  88     float minR,minG,minB, maxR,maxG,maxB;\r
  89     minR = 0.3f;\r
  90     minG = 0f;\r
  91     minB = 0f;\r
  92     maxR = 1.0f-minR; maxG=0.9f-minG; maxB=0f-minB; // scalable range for colouring\r
  93     float min = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
  94     float max = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
  95 \r
  96     for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
  97     {\r
  98       float value = 0;\r
  99       try\r
 100       {\r
 101         //value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 102         value = ((Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 103       }\r
 104       catch (Exception ex)\r
 105       {\r
 106         if (sequence.charAt(i) == '*') value = 10;\r
 107       }\r
 108       float vprop = value-min;\r
 109       vprop/=max;\r
 110       annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 111                                       "Conservation graph", ' ', value, new Color(minR+maxR*vprop, minB+maxB*vprop, minB+maxB*vprop));\r
 112     }\r
 113 \r
 114     if(conservation==null)\r
 115     {\r
 116       conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 117                                              "Conservation of total alignment",\r
 118                                              annotations,\r
 119                                              cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 120                                              cons.qualityRange[1].floatValue(), 1);\r
 121       alignment.addAnnotation(conservation);\r
 122     }\r
 123     else\r
 124       conservation.annotations = annotations;\r
 125 \r
 126   }\r
 127 \r
 128   public void updateConsensus()\r
 129   {\r
 130     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 131 \r
 132     Vector cons = alignment.getAAFrequency();\r
 133     Hashtable hash = null;\r
 134     for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 135     {\r
 136         hash = (Hashtable) cons.elementAt(i);\r
 137         float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 138         value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 139 \r
 140         value *= 100;\r
 141         String maxRes = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 142         String mouseOver = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 143         if(maxRes.length()>2)\r
 144         {\r
 145           mouseOver = "["+maxRes+"] ";\r
 146           maxRes = "+ ";\r
 147         }\r
 148 \r
 149         mouseOver += (int)value+"%";\r
 150         annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 151 \r
 152     }\r
 153 \r
 154      if(consensus==null)\r
 155      {\r
 156        consensus = new AlignmentAnnotation("% Identity",\r
 157                                            "PID", annotations, 0f, 100f, 1);\r
 158        alignment.addAnnotation(consensus);\r
 159      }\r
 160      else\r
 161        consensus.annotations = annotations;\r
 162 \r
 163   }\r
 164 \r
 165   public String getVisibleConsensus()\r
 166   {\r
 167     return visibleConsensus;\r
 168   }\r
 169 \r
 170   String visibleConsensus;\r
 171   Vector consensusV = new Vector();\r
 172   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 173   {\r
 174     if(recalculate || consensusV.size()<1)\r
 175     {\r
 176       consensusV = alignment.getAAFrequency();\r
 177       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 178       Hashtable hash = null;\r
 179       for (int i = 0; i < consensusV.size(); i++)\r
 180       {\r
 181         hash = (Hashtable) consensusV.elementAt(i);\r
 182         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 183       }\r
 184       visibleConsensus = sb.toString();\r
 185     }\r
 186 \r
 187 \r
 188     return consensusV;\r
 189   }\r
 190 \r
 191 \r
 192   public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 193   {\r
 194     return selectionGroup;\r
 195   }\r
 196 \r
 197   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 198   {\r
 199     selectionGroup = sg;\r
 200   }\r
 201 \r
 202 \r
 203  public boolean getConservationSelected()\r
 204  {\r
 205    return conservationColourSelected;\r
 206  }\r
 207 \r
 208  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 209  {\r
 210    conservationColourSelected = b;\r
 211  }\r
 212 \r
 213  public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 214  {\r
 215    return abovePIDThreshold;\r
 216  }\r
 217 \r
 218  public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 219  {\r
 220    abovePIDThreshold = b;\r
 221  }\r
 222 \r
 223   public int getStartRes() {\r
 224     return startRes;\r
 225   }\r
 226 \r
 227   public int getEndRes() {\r
 228     return endRes;\r
 229   }\r
 230 \r
 231   public int getStartSeq() {\r
 232     return startSeq;\r
 233   }\r
 234 \r
 235   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 236   {\r
 237      globalColourScheme = cs;\r
 238   }\r
 239 \r
 240   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 241   {\r
 242     return globalColourScheme;\r
 243   }\r
 244 \r
 245 \r
 246   public void setStartRes(int res) {\r
 247     this.startRes = res;\r
 248   }\r
 249   public void setStartSeq(int seq) {\r
 250     this.startSeq = seq;\r
 251   }\r
 252   public void setEndRes(int res) {\r
 253     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 254       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 255        res = alignment.getWidth() -1;\r
 256     }\r
 257     if (res < 0) {\r
 258       res = 0;\r
 259     }\r
 260     this.endRes = res;\r
 261   }\r
 262   public void setEndSeq(int seq) {\r
 263     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 264       seq = alignment.getHeight();\r
 265     }\r
 266     if (seq < 0) {\r
 267       seq = 0;\r
 268     }\r
 269     this.endSeq = seq;\r
 270   }\r
 271   public int getEndSeq() {\r
 272     return endSeq;\r
 273   }\r
 274 \r
 275   public void setFont(Font f) {\r
 276     font = f;\r
 277     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 278     temp.addNotify();\r
 279     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 280     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 281     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 282   }\r
 283 \r
 284   public Font getFont() {\r
 285     return font;\r
 286   }\r
 287   public void setCharWidth(int w) {\r
 288     this.charWidth = w;\r
 289   }\r
 290   public int getCharWidth() {\r
 291     return charWidth;\r
 292   }\r
 293   public void setCharHeight(int h) {\r
 294     this.charHeight = h;\r
 295   }\r
 296   public int getCharHeight() {\r
 297     return charHeight;\r
 298   }\r
 299   public void setChunkWidth(int w) {\r
 300     this.chunkWidth = w;\r
 301   }\r
 302   public int getChunkWidth() {\r
 303     return chunkWidth;\r
 304   }\r
 305   public void setChunkHeight(int h) {\r
 306     this.chunkHeight = h;\r
 307   }\r
 308   public int getChunkHeight() {\r
 309     return chunkHeight;\r
 310   }\r
 311   public AlignmentI getAlignment() {\r
 312     return alignment;\r
 313   }\r
 314   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 315     this.alignment = align;\r
 316   }\r
 317 \r
 318   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 319     wrapAlignment = state;\r
 320   }\r
 321   public void setShowText(boolean state) {\r
 322     showText = state;\r
 323   }\r
 324 \r
 325   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 326     renderGaps = state;\r
 327     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 328     {\r
 329       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 330       sr.renderGaps(state);\r
 331     }\r
 332   }\r
 333 \r
 334 \r
 335   public boolean getColourText()\r
 336   {\r
 337     return showColourText;\r
 338   }\r
 339 \r
 340   public void setColourText(boolean state)\r
 341   {\r
 342     showColourText = state;\r
 343   }\r
 344 \r
 345   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 346     showBoxes = state;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   public boolean getWrapAlignment() {\r
 350       return wrapAlignment;\r
 351   }\r
 352   public boolean getShowText() {\r
 353     return showText;\r
 354   }\r
 355   public boolean getShowBoxes() {\r
 356     return showBoxes;\r
 357   }\r
 358 \r
 359   public char getGapCharacter() {\r
 360     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 361   }\r
 362   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 363     if (getAlignment() != null) {\r
 364       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 365     }\r
 366   }\r
 367   public void setThreshold(int thresh) {\r
 368     threshold = thresh;\r
 369   }\r
 370   public int getThreshold() {\r
 371     return threshold;\r
 372   }\r
 373   public void setIncrement(int inc) {\r
 374     increment = inc;\r
 375   }\r
 376   public int getIncrement() {\r
 377     return increment;\r
 378   }\r
 379   public int getIndex(int y) {\r
 380     int y1     = 0;\r
 381     int starty = getStartSeq();\r
 382     int endy   = getEndSeq();\r
 383 \r
 384     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 385       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 386         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 387 \r
 388         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 389           return i;\r
 390         }\r
 391         y1  = y2;\r
 392       } else {\r
 393         return -1;\r
 394       }\r
 395     }\r
 396     return -1;\r
 397   }\r
 398 \r
 399   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 400     return colSel;\r
 401   }\r
 402 \r
 403   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 404     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 405   }\r
 406   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 407       currentTree = tree;\r
 408   }\r
 409   public NJTree getCurrentTree() {\r
 410     return currentTree;\r
 411   }\r
 412 \r
 413     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 414         this.renderer = rend;\r
 415     }\r
 416 \r
 417     public RendererI getRenderer() {\r
 418         return renderer;\r
 419     }\r
 420 \r
 421   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 422   {   colourAppliesToAllGroups = b; }\r
 423 \r
 424   public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 425   {return colourAppliesToAllGroups; }\r
 426 \r
 427   public boolean getShowFullId()\r
 428   {\r
 429     return showFullId;\r
 430   }\r
 431 \r
 432   public void setShowFullId(boolean b)\r
 433   {\r
 434     showFullId = b;\r
 435   }\r
 436 \r
 437   public boolean getShowAnnotation()\r
 438   {\r
 439     return showAnnotation;\r
 440   }\r
 441 \r
 442   public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 443   {\r
 444     showAnnotation = b;\r
 445   }\r
 446 \r
 447 }\r