src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1  /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class AlignViewport\r
  41 {\r
  42     int startRes;\r
  43     int endRes;\r
  44     int startSeq;\r
  45     int endSeq;\r
  46     boolean showJVSuffix = true;\r
  47     boolean showText = true;\r
  48     boolean showColourText = false;\r
  49     boolean showBoxes = true;\r
  50     boolean wrapAlignment = false;\r
  51     boolean renderGaps = true;\r
  52     boolean showSequenceFeatures = false;\r
  53     boolean showAnnotation = true;\r
  54     boolean showConservation = true;\r
  55     boolean showQuality = true;\r
  56     boolean showIdentity = true;\r
  57     boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  58     ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  59     boolean conservationColourSelected = false;\r
  60     boolean abovePIDThreshold = false;\r
  61     SequenceGroup selectionGroup;\r
  62     int charHeight;\r
  63     int charWidth;\r
  64     int wrappedWidth;\r
  65     Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);\r
  66     AlignmentI alignment;\r
  67     ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  68     int threshold;\r
  69     int increment;\r
  70     NJTree currentTree = null;\r
  71     boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  72     boolean scaleLeftWrapped = true;\r
  73     boolean scaleRightWrapped = true;\r
  74     boolean hasHiddenColumns = false;\r
  75 \r
  76     // The following vector holds the features which are\r
  77     // currently visible, in the correct order or rendering\r
  78     Hashtable featuresDisplayed = null;\r
  79 \r
  80 \r
  81     /** DOCUMENT ME!! */\r
  82     public Vector vconsensus;\r
  83     AlignmentAnnotation consensus;\r
  84     AlignmentAnnotation conservation;\r
  85     AlignmentAnnotation quality;\r
  86 \r
  87     /** DOCUMENT ME!! */\r
  88     public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  89 \r
  90     // JBPNote Prolly only need this in the applet version.\r
  91     private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);\r
  92 \r
  93     boolean ignoreGapsInConsensusCalculation = false;\r
  94 \r
  95     boolean isDataset = false;\r
  96 \r
  97     boolean antiAlias = false;\r
  98 \r
  99 \r
 100     public AlignViewport(AlignmentI al, boolean dataset)\r
 101     {\r
 102       isDataset = dataset;\r
 103       setAlignment(al);\r
 104       init();\r
 105     }\r
 106     /**\r
 107      * Creates a new AlignViewport object.\r
 108      *\r
 109      * @param al DOCUMENT ME!\r
 110      */\r
 111     public AlignViewport(AlignmentI al)\r
 112     {\r
 113         setAlignment(al);\r
 114         init();\r
 115     }\r
 116 \r
 117     void init()\r
 118     {\r
 119         this.startRes = 0;\r
 120         this.endRes = alignment.getWidth() - 1;\r
 121         this.startSeq = 0;\r
 122         this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;\r
 123 \r
 124       antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);\r
 125 \r
 126       showJVSuffix = Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true);\r
 127       showAnnotation = Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true);\r
 128       showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);\r
 129 \r
 130       showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);\r
 131       showIdentity = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);\r
 132 \r
 133        String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");\r
 134        String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "") ;\r
 135        String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");\r
 136 \r
 137        int style = 0;\r
 138 \r
 139        if (fontStyle.equals("bold"))\r
 140        {\r
 141          style = 1;\r
 142        }\r
 143        else if (fontStyle.equals("italic"))\r
 144        {\r
 145          style = 2;\r
 146        }\r
 147 \r
 148        setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)));\r
 149 \r
 150 \r
 151        alignment.setGapCharacter( Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0) );\r
 152 \r
 153 \r
 154         // We must set conservation and consensus before setting colour,\r
 155         // as Blosum and Clustal require this to be done\r
 156         if(vconsensus==null && !isDataset)\r
 157         {\r
 158           updateConservation();\r
 159           updateConsensus();\r
 160         }\r
 161 \r
 162         if (jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR") != null)\r
 163         {\r
 164           globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,\r
 165               jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR"));\r
 166 \r
 167             if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 168             {\r
 169                 globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();\r
 170                 ((UserColourScheme)globalColourScheme).setThreshold(0, getIgnoreGapsConsensus());\r
 171             }\r
 172 \r
 173             if (globalColourScheme != null)\r
 174             {\r
 175                 globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 176             }\r
 177         }\r
 178     }\r
 179 \r
 180 \r
 181 \r
 182     /**\r
 183      * DOCUMENT ME!\r
 184      *\r
 185      * @param b DOCUMENT ME!\r
 186      */\r
 187     public void setShowSequenceFeatures(boolean b)\r
 188     {\r
 189         showSequenceFeatures = b;\r
 190     }\r
 191 \r
 192     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 193     {\r
 194       return showSequenceFeatures;\r
 195     }\r
 196 \r
 197     /**\r
 198      * DOCUMENT ME!\r
 199      */\r
 200     public void updateConservation()\r
 201     {\r
 202       if(alignment.isNucleotide())\r
 203           return;\r
 204 \r
 205       try{\r
 206         Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 207             jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
 208             alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth() - 1);\r
 209         cons.calculate();\r
 210         cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
 211         cons.findQuality();\r
 212 \r
 213         int alWidth = alignment.getWidth();\r
 214         Annotation[] annotations = new Annotation[alWidth];\r
 215         Annotation[] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
 216         String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
 217         float minR;\r
 218         float minG;\r
 219         float minB;\r
 220         float maxR;\r
 221         float maxG;\r
 222         float maxB;\r
 223         minR = 0.3f;\r
 224         minG = 0.0f;\r
 225         minB = 0f;\r
 226         maxR = 1.0f - minR;\r
 227         maxG = 0.9f - minG;\r
 228         maxB = 0f - minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 229 \r
 230         float min = 0f;\r
 231         float max = 11f;\r
 232         float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 233         float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 234 \r
 235         for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 236         {\r
 237           float value = 0;\r
 238 \r
 239           try\r
 240           {\r
 241             value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 242           }\r
 243           catch (Exception ex)\r
 244           {\r
 245             if (sequence.charAt(i) == '*')\r
 246             {\r
 247               value = 11;\r
 248             }\r
 249 \r
 250             if (sequence.charAt(i) == '+')\r
 251             {\r
 252               value = 10;\r
 253             }\r
 254           }\r
 255 \r
 256           float vprop = value - min;\r
 257           vprop /= max;\r
 258           annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 259                                           String.valueOf(value), ' ', value,\r
 260                                           new Color(minR + (maxR * vprop),\r
 261               minG + (maxG * vprop),\r
 262               minB + (maxB * vprop)));\r
 263 \r
 264           // Quality calc\r
 265           value = ( (Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 266           vprop = value - qmin;\r
 267           vprop /= qmax;\r
 268           qannotations[i] = new Annotation(" ", String.valueOf(value), ' ',\r
 269                                            value,\r
 270                                            new Color(minR + (maxR * vprop),\r
 271               minG + (maxG * vprop),\r
 272               minB + (maxB * vprop)));\r
 273         }\r
 274 \r
 275         if (conservation == null)\r
 276         {\r
 277           conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 278                                                  "Conservation of total alignment less than " +\r
 279                                                  ConsPercGaps + "% gaps",\r
 280                                                  annotations, 0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 281                                                  11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 282                                                  AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 283 \r
 284           if (showConservation)\r
 285           {\r
 286             alignment.addAnnotation(conservation);\r
 287           }\r
 288 \r
 289           quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 290                                             "Alignment Quality based on Blosum62 scores",\r
 291                                             qannotations,\r
 292                                             cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 293                                             cons.qualityRange[1].floatValue(),\r
 294                                             AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 295 \r
 296           if (showQuality)\r
 297           {\r
 298             alignment.addAnnotation(quality);\r
 299           }\r
 300         }\r
 301         else\r
 302         {\r
 303           conservation.annotations = annotations;\r
 304           quality.annotations = qannotations;\r
 305           quality.graphMax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 306         }\r
 307       }\r
 308       catch (OutOfMemoryError error)\r
 309       {\r
 310         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 311             "Out of memory calculating conservation!!"\r
 312             +\r
 313             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 314             , "Out of memory",\r
 315             javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 316         System.out.println("Conservation calculation: " + error);\r
 317         System.gc();\r
 318 \r
 319       }\r
 320     }\r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * DOCUMENT ME!\r
 324      */\r
 325     public void updateConsensus()\r
 326     {\r
 327       try{\r
 328         Annotation[] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 329 \r
 330         // this routine prevents vconsensus becoming a new object each time\r
 331         // consenus is calculated. Important for speed of Blosum62\r
 332         // and PID colouring of alignment\r
 333         if (vconsensus == null)\r
 334         {\r
 335           vconsensus = alignment.getAAFrequency();\r
 336         }\r
 337         else\r
 338         {\r
 339           Vector temp = alignment.getAAFrequency();\r
 340           vconsensus.clear();\r
 341 \r
 342           Enumeration e = temp.elements();\r
 343 \r
 344           while (e.hasMoreElements())\r
 345           {\r
 346             vconsensus.add(e.nextElement());\r
 347           }\r
 348         }\r
 349 \r
 350         Hashtable hash = null;\r
 351 \r
 352         for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 353         {\r
 354           hash = (Hashtable) vconsensus.elementAt(i);\r
 355 \r
 356           float value = 0;\r
 357           if (ignoreGapsInConsensusCalculation)\r
 358             value = ( (Float) hash.get("pid_nogaps")).floatValue();\r
 359           else\r
 360             value = ( (Float) hash.get("pid_gaps")).floatValue();\r
 361 \r
 362           String maxRes = hash.get("maxResidue").toString();\r
 363           String mouseOver = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 364 \r
 365           if (maxRes.length() > 1)\r
 366           {\r
 367             mouseOver = "[" + maxRes + "] ";\r
 368             maxRes = "+";\r
 369           }\r
 370 \r
 371           mouseOver += ( (int) value + "%");\r
 372           annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 373         }\r
 374 \r
 375         if (consensus == null)\r
 376         {\r
 377           consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",\r
 378                                               annotations, 0f, 100f,AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 379 \r
 380           if (showIdentity)\r
 381           {\r
 382             alignment.addAnnotation(consensus);\r
 383           }\r
 384         }\r
 385         else\r
 386         {\r
 387           consensus.annotations = annotations;\r
 388         }\r
 389 \r
 390         if (globalColourScheme != null)\r
 391           globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 392 \r
 393       }catch(OutOfMemoryError error)\r
 394       {\r
 395         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 396             "Out of memory calculating consensus!!"\r
 397             +\r
 398             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 399             , "Out of memory",\r
 400             javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 401         System.out.println("Consensus calculation: " + error);\r
 402         System.gc();\r
 403       }\r
 404 \r
 405     }\r
 406 \r
 407     /**\r
 408      * DOCUMENT ME!\r
 409      *\r
 410      * @return DOCUMENT ME!\r
 411      */\r
 412     public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 413     {\r
 414         return selectionGroup;\r
 415     }\r
 416 \r
 417     /**\r
 418      * DOCUMENT ME!\r
 419      *\r
 420      * @param sg DOCUMENT ME!\r
 421      */\r
 422     public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 423     {\r
 424         selectionGroup = sg;\r
 425     }\r
 426 \r
 427     /**\r
 428      * DOCUMENT ME!\r
 429      *\r
 430      * @return DOCUMENT ME!\r
 431      */\r
 432     public boolean getConservationSelected()\r
 433     {\r
 434         return conservationColourSelected;\r
 435     }\r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * DOCUMENT ME!\r
 439      *\r
 440      * @param b DOCUMENT ME!\r
 441      */\r
 442     public void setConservationSelected(boolean b)\r
 443     {\r
 444         conservationColourSelected = b;\r
 445     }\r
 446 \r
 447     /**\r
 448      * DOCUMENT ME!\r
 449      *\r
 450      * @return DOCUMENT ME!\r
 451      */\r
 452     public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 453     {\r
 454         return abovePIDThreshold;\r
 455     }\r
 456 \r
 457     /**\r
 458      * DOCUMENT ME!\r
 459      *\r
 460      * @param b DOCUMENT ME!\r
 461      */\r
 462     public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 463     {\r
 464         abovePIDThreshold = b;\r
 465     }\r
 466 \r
 467     /**\r
 468      * DOCUMENT ME!\r
 469      *\r
 470      * @return DOCUMENT ME!\r
 471      */\r
 472     public int getStartRes()\r
 473     {\r
 474         return startRes;\r
 475     }\r
 476 \r
 477     /**\r
 478      * DOCUMENT ME!\r
 479      *\r
 480      * @return DOCUMENT ME!\r
 481      */\r
 482     public int getEndRes()\r
 483     {\r
 484         return endRes;\r
 485     }\r
 486 \r
 487     /**\r
 488      * DOCUMENT ME!\r
 489      *\r
 490      * @return DOCUMENT ME!\r
 491      */\r
 492     public int getStartSeq()\r
 493     {\r
 494         return startSeq;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     /**\r
 498      * DOCUMENT ME!\r
 499      *\r
 500      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 501      */\r
 502     public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 503     {\r
 504         globalColourScheme = cs;\r
 505     }\r
 506 \r
 507     /**\r
 508      * DOCUMENT ME!\r
 509      *\r
 510      * @return DOCUMENT ME!\r
 511      */\r
 512     public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 513     {\r
 514         return globalColourScheme;\r
 515     }\r
 516 \r
 517     /**\r
 518      * DOCUMENT ME!\r
 519      *\r
 520      * @param res DOCUMENT ME!\r
 521      */\r
 522     public void setStartRes(int res)\r
 523     {\r
 524         this.startRes = res;\r
 525     }\r
 526 \r
 527     /**\r
 528      * DOCUMENT ME!\r
 529      *\r
 530      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 531      */\r
 532     public void setStartSeq(int seq)\r
 533     {\r
 534         this.startSeq = seq;\r
 535     }\r
 536 \r
 537     /**\r
 538      * DOCUMENT ME!\r
 539      *\r
 540      * @param res DOCUMENT ME!\r
 541      */\r
 542     public void setEndRes(int res)\r
 543     {\r
 544         if (res > (alignment.getWidth() - 1))\r
 545         {\r
 546             // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 547             res = alignment.getWidth() - 1;\r
 548         }\r
 549 \r
 550         if (res < 0)\r
 551         {\r
 552             res = 0;\r
 553         }\r
 554 \r
 555         this.endRes = res;\r
 556     }\r
 557 \r
 558     /**\r
 559      * DOCUMENT ME!\r
 560      *\r
 561      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 562      */\r
 563     public void setEndSeq(int seq)\r
 564     {\r
 565         if (seq > alignment.getHeight())\r
 566         {\r
 567             seq = alignment.getHeight();\r
 568         }\r
 569 \r
 570         if (seq < 0)\r
 571         {\r
 572             seq = 0;\r
 573         }\r
 574 \r
 575         this.endSeq = seq;\r
 576     }\r
 577 \r
 578     /**\r
 579      * DOCUMENT ME!\r
 580      *\r
 581      * @return DOCUMENT ME!\r
 582      */\r
 583     public int getEndSeq()\r
 584     {\r
 585         return endSeq;\r
 586     }\r
 587 \r
 588     /**\r
 589      * DOCUMENT ME!\r
 590      *\r
 591      * @param f DOCUMENT ME!\r
 592      */\r
 593     public void setFont(Font f)\r
 594     {\r
 595         font = f;\r
 596 \r
 597         Container c = new Container();\r
 598 \r
 599         java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);\r
 600         setCharHeight(fm.getHeight());\r
 601         setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 602     }\r
 603 \r
 604     /**\r
 605      * DOCUMENT ME!\r
 606      *\r
 607      * @return DOCUMENT ME!\r
 608      */\r
 609     public Font getFont()\r
 610     {\r
 611         return font;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     /**\r
 615      * DOCUMENT ME!\r
 616      *\r
 617      * @param w DOCUMENT ME!\r
 618      */\r
 619     public void setCharWidth(int w)\r
 620     {\r
 621         this.charWidth = w;\r
 622     }\r
 623 \r
 624     /**\r
 625      * DOCUMENT ME!\r
 626      *\r
 627      * @return DOCUMENT ME!\r
 628      */\r
 629     public int getCharWidth()\r
 630     {\r
 631         return charWidth;\r
 632     }\r
 633 \r
 634     /**\r
 635      * DOCUMENT ME!\r
 636      *\r
 637      * @param h DOCUMENT ME!\r
 638      */\r
 639     public void setCharHeight(int h)\r
 640     {\r
 641         this.charHeight = h;\r
 642     }\r
 643 \r
 644     /**\r
 645      * DOCUMENT ME!\r
 646      *\r
 647      * @return DOCUMENT ME!\r
 648      */\r
 649     public int getCharHeight()\r
 650     {\r
 651         return charHeight;\r
 652     }\r
 653 \r
 654     /**\r
 655      * DOCUMENT ME!\r
 656      *\r
 657      * @param w DOCUMENT ME!\r
 658      */\r
 659     public void setWrappedWidth(int w)\r
 660     {\r
 661         this.wrappedWidth = w;\r
 662     }\r
 663 \r
 664     /**\r
 665      * DOCUMENT ME!\r
 666      *\r
 667      * @return DOCUMENT ME!\r
 668      */\r
 669     public int getWrappedWidth()\r
 670     {\r
 671         return wrappedWidth;\r
 672     }\r
 673 \r
 674 \r
 675     /**\r
 676      * DOCUMENT ME!\r
 677      *\r
 678      * @return DOCUMENT ME!\r
 679      */\r
 680     public AlignmentI getAlignment()\r
 681     {\r
 682         return alignment;\r
 683     }\r
 684 \r
 685     /**\r
 686      * DOCUMENT ME!\r
 687      *\r
 688      * @param align DOCUMENT ME!\r
 689      */\r
 690     public void setAlignment(AlignmentI align)\r
 691     {\r
 692         this.alignment = align;\r
 693     }\r
 694 \r
 695     /**\r
 696      * DOCUMENT ME!\r
 697      *\r
 698      * @param state DOCUMENT ME!\r
 699      */\r
 700     public void setWrapAlignment(boolean state)\r
 701     {\r
 702         wrapAlignment = state;\r
 703     }\r
 704 \r
 705     /**\r
 706      * DOCUMENT ME!\r
 707      *\r
 708      * @param state DOCUMENT ME!\r
 709      */\r
 710     public void setShowText(boolean state)\r
 711     {\r
 712         showText = state;\r
 713     }\r
 714 \r
 715     /**\r
 716      * DOCUMENT ME!\r
 717      *\r
 718      * @param state DOCUMENT ME!\r
 719      */\r
 720     public void setRenderGaps(boolean state)\r
 721     {\r
 722         renderGaps = state;\r
 723     }\r
 724 \r
 725     /**\r
 726      * DOCUMENT ME!\r
 727      *\r
 728      * @return DOCUMENT ME!\r
 729      */\r
 730     public boolean getColourText()\r
 731     {\r
 732         return showColourText;\r
 733     }\r
 734 \r
 735     /**\r
 736      * DOCUMENT ME!\r
 737      *\r
 738      * @param state DOCUMENT ME!\r
 739      */\r
 740     public void setColourText(boolean state)\r
 741     {\r
 742         showColourText = state;\r
 743     }\r
 744 \r
 745     /**\r
 746      * DOCUMENT ME!\r
 747      *\r
 748      * @param state DOCUMENT ME!\r
 749      */\r
 750     public void setShowBoxes(boolean state)\r
 751     {\r
 752         showBoxes = state;\r
 753     }\r
 754 \r
 755     /**\r
 756      * DOCUMENT ME!\r
 757      *\r
 758      * @return DOCUMENT ME!\r
 759      */\r
 760     public boolean getWrapAlignment()\r
 761     {\r
 762         return wrapAlignment;\r
 763     }\r
 764 \r
 765     /**\r
 766      * DOCUMENT ME!\r
 767      *\r
 768      * @return DOCUMENT ME!\r
 769      */\r
 770     public boolean getShowText()\r
 771     {\r
 772         return showText;\r
 773     }\r
 774 \r
 775     /**\r
 776      * DOCUMENT ME!\r
 777      *\r
 778      * @return DOCUMENT ME!\r
 779      */\r
 780     public boolean getShowBoxes()\r
 781     {\r
 782         return showBoxes;\r
 783     }\r
 784 \r
 785     /**\r
 786      * DOCUMENT ME!\r
 787      *\r
 788      * @return DOCUMENT ME!\r
 789      */\r
 790     public char getGapCharacter()\r
 791     {\r
 792         return getAlignment().getGapCharacter();\r
 793     }\r
 794 \r
 795     /**\r
 796      * DOCUMENT ME!\r
 797      *\r
 798      * @param gap DOCUMENT ME!\r
 799      */\r
 800     public void setGapCharacter(char gap)\r
 801     {\r
 802         if (getAlignment() != null)\r
 803         {\r
 804             getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 805         }\r
 806     }\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * DOCUMENT ME!\r
 810      *\r
 811      * @param thresh DOCUMENT ME!\r
 812      */\r
 813     public void setThreshold(int thresh)\r
 814     {\r
 815         threshold = thresh;\r
 816     }\r
 817 \r
 818     /**\r
 819      * DOCUMENT ME!\r
 820      *\r
 821      * @return DOCUMENT ME!\r
 822      */\r
 823     public int getThreshold()\r
 824     {\r
 825         return threshold;\r
 826     }\r
 827 \r
 828     /**\r
 829      * DOCUMENT ME!\r
 830      *\r
 831      * @param inc DOCUMENT ME!\r
 832      */\r
 833     public void setIncrement(int inc)\r
 834     {\r
 835         increment = inc;\r
 836     }\r
 837 \r
 838     /**\r
 839      * DOCUMENT ME!\r
 840      *\r
 841      * @return DOCUMENT ME!\r
 842      */\r
 843     public int getIncrement()\r
 844     {\r
 845         return increment;\r
 846     }\r
 847 \r
 848     /**\r
 849      * DOCUMENT ME!\r
 850      *\r
 851      * @param y DOCUMENT ME!\r
 852      *\r
 853      * @return DOCUMENT ME!\r
 854      */\r
 855     public int getIndex(int y)\r
 856     {\r
 857         int y1 = 0;\r
 858         int starty = getStartSeq();\r
 859         int endy = getEndSeq();\r
 860 \r
 861         for (int i = starty; i <= endy; i++)\r
 862         {\r
 863             if ((i < alignment.getHeight()) &&\r
 864                     (alignment.getSequenceAt(i) != null))\r
 865             {\r
 866                 int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 867 \r
 868                 if ((y >= y1) && (y <= y2))\r
 869                 {\r
 870                     return i;\r
 871                 }\r
 872 \r
 873                 y1 = y2;\r
 874             }\r
 875             else\r
 876             {\r
 877                 return -1;\r
 878             }\r
 879         }\r
 880 \r
 881         return -1;\r
 882     }\r
 883 \r
 884     /**\r
 885      * DOCUMENT ME!\r
 886      *\r
 887      * @return DOCUMENT ME!\r
 888      */\r
 889     public ColumnSelection getColumnSelection()\r
 890     {\r
 891         return colSel;\r
 892     }\r
 893 \r
 894 \r
 895     /**\r
 896      * DOCUMENT ME!\r
 897      *\r
 898      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 899      */\r
 900     public void setCurrentTree(NJTree tree)\r
 901     {\r
 902         currentTree = tree;\r
 903     }\r
 904 \r
 905     /**\r
 906      * DOCUMENT ME!\r
 907      *\r
 908      * @return DOCUMENT ME!\r
 909      */\r
 910     public NJTree getCurrentTree()\r
 911     {\r
 912         return currentTree;\r
 913     }\r
 914 \r
 915     /**\r
 916      * DOCUMENT ME!\r
 917      *\r
 918      * @param b DOCUMENT ME!\r
 919      */\r
 920     public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 921     {\r
 922         colourAppliesToAllGroups = b;\r
 923     }\r
 924 \r
 925     /**\r
 926      * DOCUMENT ME!\r
 927      *\r
 928      * @return DOCUMENT ME!\r
 929      */\r
 930     public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 931     {\r
 932         return colourAppliesToAllGroups;\r
 933     }\r
 934 \r
 935     /**\r
 936      * DOCUMENT ME!\r
 937      *\r
 938      * @return DOCUMENT ME!\r
 939      */\r
 940     public boolean getShowJVSuffix()\r
 941     {\r
 942         return showJVSuffix;\r
 943     }\r
 944 \r
 945     /**\r
 946      * DOCUMENT ME!\r
 947      *\r
 948      * @param b DOCUMENT ME!\r
 949      */\r
 950     public void setShowJVSuffix(boolean b)\r
 951     {\r
 952         showJVSuffix = b;\r
 953     }\r
 954 \r
 955 \r
 956     /**\r
 957      * DOCUMENT ME!\r
 958      *\r
 959      * @return DOCUMENT ME!\r
 960      */\r
 961     public boolean getShowAnnotation()\r
 962     {\r
 963         return showAnnotation;\r
 964     }\r
 965 \r
 966     /**\r
 967      * DOCUMENT ME!\r
 968      *\r
 969      * @param b DOCUMENT ME!\r
 970      */\r
 971     public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 972     {\r
 973         showAnnotation = b;\r
 974     }\r
 975 \r
 976     /**\r
 977      * DOCUMENT ME!\r
 978      *\r
 979      * @return DOCUMENT ME!\r
 980      */\r
 981     public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 982     {\r
 983         return scaleAboveWrapped;\r
 984     }\r
 985 \r
 986     /**\r
 987      * DOCUMENT ME!\r
 988      *\r
 989      * @return DOCUMENT ME!\r
 990      */\r
 991     public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 992     {\r
 993         return scaleLeftWrapped;\r
 994     }\r
 995 \r
 996     /**\r
 997      * DOCUMENT ME!\r
 998      *\r
 999      * @return DOCUMENT ME!\r
1000      */\r
1001     public boolean getScaleRightWrapped()\r
1002     {\r
1003         return scaleRightWrapped;\r
1004     }\r
1005 \r
1006     /**\r
1007      * DOCUMENT ME!\r
1008      *\r
1009      * @param b DOCUMENT ME!\r
1010      */\r
1011     public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
1012     {\r
1013         scaleAboveWrapped = b;\r
1014     }\r
1015 \r
1016     /**\r
1017      * DOCUMENT ME!\r
1018      *\r
1019      * @param b DOCUMENT ME!\r
1020      */\r
1021     public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
1022     {\r
1023         scaleLeftWrapped = b;\r
1024     }\r
1025 \r
1026     /**\r
1027      * DOCUMENT ME!\r
1028      *\r
1029      * @param b DOCUMENT ME!\r
1030      */\r
1031     public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
1032     {\r
1033         scaleRightWrapped = b;\r
1034     }\r
1035 \r
1036     /**\r
1037      * Property change listener for changes in alignment\r
1038      *\r
1039      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1040      */\r
1041     public void addPropertyChangeListener(\r
1042         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1043     {\r
1044         changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);\r
1045     }\r
1046 \r
1047     /**\r
1048      * DOCUMENT ME!\r
1049      *\r
1050      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1051      */\r
1052     public void removePropertyChangeListener(\r
1053         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1054     {\r
1055         changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);\r
1056     }\r
1057 \r
1058     /**\r
1059      * Property change listener for changes in alignment\r
1060      *\r
1061      * @param prop DOCUMENT ME!\r
1062      * @param oldvalue DOCUMENT ME!\r
1063      * @param newvalue DOCUMENT ME!\r
1064      */\r
1065     public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue, Object newvalue)\r
1066     {\r
1067         changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);\r
1068     }\r
1069 \r
1070     public void setIgnoreGapsConsensus(boolean b)\r
1071     {\r
1072       ignoreGapsInConsensusCalculation = b;\r
1073       updateConsensus();\r
1074       if(globalColourScheme!=null)\r
1075       {\r
1076         globalColourScheme.setThreshold(globalColourScheme.getThreshold(), ignoreGapsInConsensusCalculation);\r
1077       }\r
1078 \r
1079     }\r
1080 \r
1081     public boolean getIgnoreGapsConsensus()\r
1082     {\r
1083      return ignoreGapsInConsensusCalculation;\r
1084     }\r
1085 \r
1086     public void setDataset(boolean b)\r
1087     {\r
1088       isDataset = b;\r
1089     }\r
1090 \r
1091     public boolean isDataset()\r
1092     {\r
1093       return isDataset;\r
1094     }\r
1095 }\r