src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1  /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class AlignViewport\r
  41 {\r
  42     int startRes;\r
  43     int endRes;\r
  44     int startSeq;\r
  45     int endSeq;\r
  46     boolean showJVSuffix = true;\r
  47     boolean showText = true;\r
  48     boolean showColourText = false;\r
  49     boolean showBoxes = true;\r
  50     boolean wrapAlignment = false;\r
  51     boolean renderGaps = true;\r
  52     boolean showSequenceFeatures = false;\r
  53     boolean showAnnotation = true;\r
  54     boolean showConservation = true;\r
  55     boolean showQuality = true;\r
  56     boolean showIdentity = true;\r
  57     boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  58     ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  59     boolean conservationColourSelected = false;\r
  60     boolean abovePIDThreshold = false;\r
  61     SequenceGroup selectionGroup;\r
  62     int charHeight;\r
  63     int charWidth;\r
  64     int wrappedWidth;\r
  65     Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);\r
  66     AlignmentI alignment;\r
  67     ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  68     int threshold;\r
  69     int increment;\r
  70     NJTree currentTree = null;\r
  71     boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  72     boolean scaleLeftWrapped = true;\r
  73     boolean scaleRightWrapped = true;\r
  74     boolean hasHiddenColumns = false;\r
  75     boolean hasHiddenRows = false;\r
  76 \r
  77     boolean cursorMode = false;\r
  78 \r
  79     // The following vector holds the features which are\r
  80     // currently visible, in the correct order or rendering\r
  81     Hashtable featuresDisplayed = null;\r
  82 \r
  83 \r
  84     /** DOCUMENT ME!! */\r
  85     public Vector vconsensus;\r
  86     AlignmentAnnotation consensus;\r
  87     AlignmentAnnotation conservation;\r
  88     AlignmentAnnotation quality;\r
  89 \r
  90     /** DOCUMENT ME!! */\r
  91     public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  92 \r
  93     // JBPNote Prolly only need this in the applet version.\r
  94     private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);\r
  95 \r
  96     boolean ignoreGapsInConsensusCalculation = false;\r
  97 \r
  98     boolean isDataset = false;\r
  99 \r
 100     boolean antiAlias = false;\r
 101 \r
 102 \r
 103     public AlignViewport(AlignmentI al, boolean dataset)\r
 104     {\r
 105       isDataset = dataset;\r
 106       setAlignment(al);\r
 107       init();\r
 108     }\r
 109     /**\r
 110      * Creates a new AlignViewport object.\r
 111      *\r
 112      * @param al DOCUMENT ME!\r
 113      */\r
 114     public AlignViewport(AlignmentI al)\r
 115     {\r
 116         setAlignment(al);\r
 117         init();\r
 118     }\r
 119 \r
 120     void init()\r
 121     {\r
 122         this.startRes = 0;\r
 123         this.endRes = alignment.getWidth() - 1;\r
 124         this.startSeq = 0;\r
 125         this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;\r
 126 \r
 127       antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);\r
 128 \r
 129       showJVSuffix = Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true);\r
 130       showAnnotation = Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true);\r
 131       showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);\r
 132 \r
 133       showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);\r
 134       showIdentity = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);\r
 135 \r
 136        String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");\r
 137        String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "") ;\r
 138        String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");\r
 139 \r
 140        int style = 0;\r
 141 \r
 142        if (fontStyle.equals("bold"))\r
 143        {\r
 144          style = 1;\r
 145        }\r
 146        else if (fontStyle.equals("italic"))\r
 147        {\r
 148          style = 2;\r
 149        }\r
 150 \r
 151        setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)));\r
 152 \r
 153 \r
 154        alignment.setGapCharacter( Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0) );\r
 155 \r
 156 \r
 157         // We must set conservation and consensus before setting colour,\r
 158         // as Blosum and Clustal require this to be done\r
 159         if(vconsensus==null && !isDataset)\r
 160         {\r
 161           updateConservation();\r
 162           updateConsensus();\r
 163         }\r
 164 \r
 165         if (jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR") != null)\r
 166         {\r
 167           globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,\r
 168               jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR"));\r
 169 \r
 170             if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 171             {\r
 172                 globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();\r
 173                 ((UserColourScheme)globalColourScheme).setThreshold(0, getIgnoreGapsConsensus());\r
 174             }\r
 175 \r
 176             if (globalColourScheme != null)\r
 177             {\r
 178                 globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 179             }\r
 180         }\r
 181     }\r
 182 \r
 183 \r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * DOCUMENT ME!\r
 187      *\r
 188      * @param b DOCUMENT ME!\r
 189      */\r
 190     public void setShowSequenceFeatures(boolean b)\r
 191     {\r
 192         showSequenceFeatures = b;\r
 193     }\r
 194 \r
 195     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 196     {\r
 197       return showSequenceFeatures;\r
 198     }\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * DOCUMENT ME!\r
 202      */\r
 203     public void updateConservation()\r
 204     {\r
 205       if(alignment.isNucleotide())\r
 206           return;\r
 207 \r
 208       try{\r
 209         Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 210             jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
 211             alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth() - 1);\r
 212         cons.calculate();\r
 213         cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
 214         cons.findQuality();\r
 215 \r
 216         int alWidth = alignment.getWidth();\r
 217         Annotation[] annotations = new Annotation[alWidth];\r
 218         Annotation[] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
 219         String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
 220         float minR;\r
 221         float minG;\r
 222         float minB;\r
 223         float maxR;\r
 224         float maxG;\r
 225         float maxB;\r
 226         minR = 0.3f;\r
 227         minG = 0.0f;\r
 228         minB = 0f;\r
 229         maxR = 1.0f - minR;\r
 230         maxG = 0.9f - minG;\r
 231         maxB = 0f - minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 232 \r
 233         float min = 0f;\r
 234         float max = 11f;\r
 235         float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 236         float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 237 \r
 238         for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 239         {\r
 240           float value = 0;\r
 241 \r
 242           try\r
 243           {\r
 244             value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 245           }\r
 246           catch (Exception ex)\r
 247           {\r
 248             if (sequence.charAt(i) == '*')\r
 249             {\r
 250               value = 11;\r
 251             }\r
 252 \r
 253             if (sequence.charAt(i) == '+')\r
 254             {\r
 255               value = 10;\r
 256             }\r
 257           }\r
 258 \r
 259           float vprop = value - min;\r
 260           vprop /= max;\r
 261           annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 262                                           String.valueOf(value), ' ', value,\r
 263                                           new Color(minR + (maxR * vprop),\r
 264               minG + (maxG * vprop),\r
 265               minB + (maxB * vprop)));\r
 266 \r
 267           // Quality calc\r
 268           value = ( (Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 269           vprop = value - qmin;\r
 270           vprop /= qmax;\r
 271           qannotations[i] = new Annotation(" ", String.valueOf(value), ' ',\r
 272                                            value,\r
 273                                            new Color(minR + (maxR * vprop),\r
 274               minG + (maxG * vprop),\r
 275               minB + (maxB * vprop)));\r
 276         }\r
 277 \r
 278         if (conservation == null)\r
 279         {\r
 280           conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 281                                                  "Conservation of total alignment less than " +\r
 282                                                  ConsPercGaps + "% gaps",\r
 283                                                  annotations, 0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 284                                                  11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 285                                                  AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 286 \r
 287           if (showConservation)\r
 288           {\r
 289             alignment.addAnnotation(conservation);\r
 290           }\r
 291 \r
 292           quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 293                                             "Alignment Quality based on Blosum62 scores",\r
 294                                             qannotations,\r
 295                                             cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 296                                             cons.qualityRange[1].floatValue(),\r
 297                                             AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 298 \r
 299           if (showQuality)\r
 300           {\r
 301             alignment.addAnnotation(quality);\r
 302           }\r
 303         }\r
 304         else\r
 305         {\r
 306           conservation.annotations = annotations;\r
 307           quality.annotations = qannotations;\r
 308           quality.graphMax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 309         }\r
 310       }\r
 311       catch (OutOfMemoryError error)\r
 312       {\r
 313         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 314             "Out of memory calculating conservation!!"\r
 315             +\r
 316             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 317             , "Out of memory",\r
 318             javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 319         System.out.println("Conservation calculation: " + error);\r
 320         System.gc();\r
 321 \r
 322       }\r
 323     }\r
 324 \r
 325     /**\r
 326      * DOCUMENT ME!\r
 327      */\r
 328     public void updateConsensus()\r
 329     {\r
 330       try{\r
 331         Annotation[] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 332 \r
 333         // this routine prevents vconsensus becoming a new object each time\r
 334         // consenus is calculated. Important for speed of Blosum62\r
 335         // and PID colouring of alignment\r
 336         if (vconsensus == null)\r
 337         {\r
 338           vconsensus = alignment.getAAFrequency();\r
 339         }\r
 340         else\r
 341         {\r
 342           Vector temp = alignment.getAAFrequency();\r
 343           vconsensus.clear();\r
 344 \r
 345           Enumeration e = temp.elements();\r
 346 \r
 347           while (e.hasMoreElements())\r
 348           {\r
 349             vconsensus.add(e.nextElement());\r
 350           }\r
 351         }\r
 352 \r
 353         Hashtable hash = null;\r
 354 \r
 355         for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 356         {\r
 357           hash = (Hashtable) vconsensus.elementAt(i);\r
 358 \r
 359           float value = 0;\r
 360           if (ignoreGapsInConsensusCalculation)\r
 361             value = ( (Float) hash.get("pid_nogaps")).floatValue();\r
 362           else\r
 363             value = ( (Float) hash.get("pid_gaps")).floatValue();\r
 364 \r
 365           String maxRes = hash.get("maxResidue").toString();\r
 366           String mouseOver = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 367 \r
 368           if (maxRes.length() > 1)\r
 369           {\r
 370             mouseOver = "[" + maxRes + "] ";\r
 371             maxRes = "+";\r
 372           }\r
 373 \r
 374           mouseOver += ( (int) value + "%");\r
 375           annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 376         }\r
 377 \r
 378         if (consensus == null)\r
 379         {\r
 380           consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",\r
 381                                               annotations, 0f, 100f,AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);\r
 382 \r
 383           if (showIdentity)\r
 384           {\r
 385             alignment.addAnnotation(consensus);\r
 386           }\r
 387         }\r
 388         else\r
 389         {\r
 390           consensus.annotations = annotations;\r
 391         }\r
 392 \r
 393         if (globalColourScheme != null)\r
 394           globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 395 \r
 396       }catch(OutOfMemoryError error)\r
 397       {\r
 398         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 399             "Out of memory calculating consensus!!"\r
 400             +\r
 401             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
 402             , "Out of memory",\r
 403             javax.swing.JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 404         System.out.println("Consensus calculation: " + error);\r
 405         System.gc();\r
 406       }\r
 407 \r
 408     }\r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * DOCUMENT ME!\r
 412      *\r
 413      * @return DOCUMENT ME!\r
 414      */\r
 415     public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 416     {\r
 417         return selectionGroup;\r
 418     }\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      * DOCUMENT ME!\r
 422      *\r
 423      * @param sg DOCUMENT ME!\r
 424      */\r
 425     public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 426     {\r
 427         selectionGroup = sg;\r
 428     }\r
 429 \r
 430     /**\r
 431      * DOCUMENT ME!\r
 432      *\r
 433      * @return DOCUMENT ME!\r
 434      */\r
 435     public boolean getConservationSelected()\r
 436     {\r
 437         return conservationColourSelected;\r
 438     }\r
 439 \r
 440     /**\r
 441      * DOCUMENT ME!\r
 442      *\r
 443      * @param b DOCUMENT ME!\r
 444      */\r
 445     public void setConservationSelected(boolean b)\r
 446     {\r
 447         conservationColourSelected = b;\r
 448     }\r
 449 \r
 450     /**\r
 451      * DOCUMENT ME!\r
 452      *\r
 453      * @return DOCUMENT ME!\r
 454      */\r
 455     public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 456     {\r
 457         return abovePIDThreshold;\r
 458     }\r
 459 \r
 460     /**\r
 461      * DOCUMENT ME!\r
 462      *\r
 463      * @param b DOCUMENT ME!\r
 464      */\r
 465     public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 466     {\r
 467         abovePIDThreshold = b;\r
 468     }\r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * DOCUMENT ME!\r
 472      *\r
 473      * @return DOCUMENT ME!\r
 474      */\r
 475     public int getStartRes()\r
 476     {\r
 477         return startRes;\r
 478     }\r
 479 \r
 480     /**\r
 481      * DOCUMENT ME!\r
 482      *\r
 483      * @return DOCUMENT ME!\r
 484      */\r
 485     public int getEndRes()\r
 486     {\r
 487         return endRes;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      * DOCUMENT ME!\r
 492      *\r
 493      * @return DOCUMENT ME!\r
 494      */\r
 495     public int getStartSeq()\r
 496     {\r
 497         return startSeq;\r
 498     }\r
 499 \r
 500     /**\r
 501      * DOCUMENT ME!\r
 502      *\r
 503      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 504      */\r
 505     public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 506     {\r
 507         globalColourScheme = cs;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     /**\r
 511      * DOCUMENT ME!\r
 512      *\r
 513      * @return DOCUMENT ME!\r
 514      */\r
 515     public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 516     {\r
 517         return globalColourScheme;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     /**\r
 521      * DOCUMENT ME!\r
 522      *\r
 523      * @param res DOCUMENT ME!\r
 524      */\r
 525     public void setStartRes(int res)\r
 526     {\r
 527         this.startRes = res;\r
 528     }\r
 529 \r
 530     /**\r
 531      * DOCUMENT ME!\r
 532      *\r
 533      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 534      */\r
 535     public void setStartSeq(int seq)\r
 536     {\r
 537         this.startSeq = seq;\r
 538     }\r
 539 \r
 540     /**\r
 541      * DOCUMENT ME!\r
 542      *\r
 543      * @param res DOCUMENT ME!\r
 544      */\r
 545     public void setEndRes(int res)\r
 546     {\r
 547         if (res > (alignment.getWidth() - 1))\r
 548         {\r
 549             // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 550             res = alignment.getWidth() - 1;\r
 551         }\r
 552 \r
 553         if (res < 0)\r
 554         {\r
 555             res = 0;\r
 556         }\r
 557 \r
 558         this.endRes = res;\r
 559     }\r
 560 \r
 561     /**\r
 562      * DOCUMENT ME!\r
 563      *\r
 564      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 565      */\r
 566     public void setEndSeq(int seq)\r
 567     {\r
 568         if (seq > alignment.getHeight())\r
 569         {\r
 570             seq = alignment.getHeight();\r
 571         }\r
 572 \r
 573         if (seq < 0)\r
 574         {\r
 575             seq = 0;\r
 576         }\r
 577 \r
 578         this.endSeq = seq;\r
 579     }\r
 580 \r
 581     /**\r
 582      * DOCUMENT ME!\r
 583      *\r
 584      * @return DOCUMENT ME!\r
 585      */\r
 586     public int getEndSeq()\r
 587     {\r
 588         return endSeq;\r
 589     }\r
 590 \r
 591     /**\r
 592      * DOCUMENT ME!\r
 593      *\r
 594      * @param f DOCUMENT ME!\r
 595      */\r
 596     public void setFont(Font f)\r
 597     {\r
 598         font = f;\r
 599 \r
 600         Container c = new Container();\r
 601 \r
 602         java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);\r
 603         setCharHeight(fm.getHeight());\r
 604         setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 605     }\r
 606 \r
 607     /**\r
 608      * DOCUMENT ME!\r
 609      *\r
 610      * @return DOCUMENT ME!\r
 611      */\r
 612     public Font getFont()\r
 613     {\r
 614         return font;\r
 615     }\r
 616 \r
 617     /**\r
 618      * DOCUMENT ME!\r
 619      *\r
 620      * @param w DOCUMENT ME!\r
 621      */\r
 622     public void setCharWidth(int w)\r
 623     {\r
 624         this.charWidth = w;\r
 625     }\r
 626 \r
 627     /**\r
 628      * DOCUMENT ME!\r
 629      *\r
 630      * @return DOCUMENT ME!\r
 631      */\r
 632     public int getCharWidth()\r
 633     {\r
 634         return charWidth;\r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * DOCUMENT ME!\r
 639      *\r
 640      * @param h DOCUMENT ME!\r
 641      */\r
 642     public void setCharHeight(int h)\r
 643     {\r
 644         this.charHeight = h;\r
 645     }\r
 646 \r
 647     /**\r
 648      * DOCUMENT ME!\r
 649      *\r
 650      * @return DOCUMENT ME!\r
 651      */\r
 652     public int getCharHeight()\r
 653     {\r
 654         return charHeight;\r
 655     }\r
 656 \r
 657     /**\r
 658      * DOCUMENT ME!\r
 659      *\r
 660      * @param w DOCUMENT ME!\r
 661      */\r
 662     public void setWrappedWidth(int w)\r
 663     {\r
 664         this.wrappedWidth = w;\r
 665     }\r
 666 \r
 667     /**\r
 668      * DOCUMENT ME!\r
 669      *\r
 670      * @return DOCUMENT ME!\r
 671      */\r
 672     public int getWrappedWidth()\r
 673     {\r
 674         return wrappedWidth;\r
 675     }\r
 676 \r
 677 \r
 678     /**\r
 679      * DOCUMENT ME!\r
 680      *\r
 681      * @return DOCUMENT ME!\r
 682      */\r
 683     public AlignmentI getAlignment()\r
 684     {\r
 685         return alignment;\r
 686     }\r
 687 \r
 688     /**\r
 689      * DOCUMENT ME!\r
 690      *\r
 691      * @param align DOCUMENT ME!\r
 692      */\r
 693     public void setAlignment(AlignmentI align)\r
 694     {\r
 695         this.alignment = align;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     /**\r
 699      * DOCUMENT ME!\r
 700      *\r
 701      * @param state DOCUMENT ME!\r
 702      */\r
 703     public void setWrapAlignment(boolean state)\r
 704     {\r
 705         wrapAlignment = state;\r
 706     }\r
 707 \r
 708     /**\r
 709      * DOCUMENT ME!\r
 710      *\r
 711      * @param state DOCUMENT ME!\r
 712      */\r
 713     public void setShowText(boolean state)\r
 714     {\r
 715         showText = state;\r
 716     }\r
 717 \r
 718     /**\r
 719      * DOCUMENT ME!\r
 720      *\r
 721      * @param state DOCUMENT ME!\r
 722      */\r
 723     public void setRenderGaps(boolean state)\r
 724     {\r
 725         renderGaps = state;\r
 726     }\r
 727 \r
 728     /**\r
 729      * DOCUMENT ME!\r
 730      *\r
 731      * @return DOCUMENT ME!\r
 732      */\r
 733     public boolean getColourText()\r
 734     {\r
 735         return showColourText;\r
 736     }\r
 737 \r
 738     /**\r
 739      * DOCUMENT ME!\r
 740      *\r
 741      * @param state DOCUMENT ME!\r
 742      */\r
 743     public void setColourText(boolean state)\r
 744     {\r
 745         showColourText = state;\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * DOCUMENT ME!\r
 750      *\r
 751      * @param state DOCUMENT ME!\r
 752      */\r
 753     public void setShowBoxes(boolean state)\r
 754     {\r
 755         showBoxes = state;\r
 756     }\r
 757 \r
 758     /**\r
 759      * DOCUMENT ME!\r
 760      *\r
 761      * @return DOCUMENT ME!\r
 762      */\r
 763     public boolean getWrapAlignment()\r
 764     {\r
 765         return wrapAlignment;\r
 766     }\r
 767 \r
 768     /**\r
 769      * DOCUMENT ME!\r
 770      *\r
 771      * @return DOCUMENT ME!\r
 772      */\r
 773     public boolean getShowText()\r
 774     {\r
 775         return showText;\r
 776     }\r
 777 \r
 778     /**\r
 779      * DOCUMENT ME!\r
 780      *\r
 781      * @return DOCUMENT ME!\r
 782      */\r
 783     public boolean getShowBoxes()\r
 784     {\r
 785         return showBoxes;\r
 786     }\r
 787 \r
 788     /**\r
 789      * DOCUMENT ME!\r
 790      *\r
 791      * @return DOCUMENT ME!\r
 792      */\r
 793     public char getGapCharacter()\r
 794     {\r
 795         return getAlignment().getGapCharacter();\r
 796     }\r
 797 \r
 798     /**\r
 799      * DOCUMENT ME!\r
 800      *\r
 801      * @param gap DOCUMENT ME!\r
 802      */\r
 803     public void setGapCharacter(char gap)\r
 804     {\r
 805         if (getAlignment() != null)\r
 806         {\r
 807             getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 808         }\r
 809     }\r
 810 \r
 811     /**\r
 812      * DOCUMENT ME!\r
 813      *\r
 814      * @param thresh DOCUMENT ME!\r
 815      */\r
 816     public void setThreshold(int thresh)\r
 817     {\r
 818         threshold = thresh;\r
 819     }\r
 820 \r
 821     /**\r
 822      * DOCUMENT ME!\r
 823      *\r
 824      * @return DOCUMENT ME!\r
 825      */\r
 826     public int getThreshold()\r
 827     {\r
 828         return threshold;\r
 829     }\r
 830 \r
 831     /**\r
 832      * DOCUMENT ME!\r
 833      *\r
 834      * @param inc DOCUMENT ME!\r
 835      */\r
 836     public void setIncrement(int inc)\r
 837     {\r
 838         increment = inc;\r
 839     }\r
 840 \r
 841     /**\r
 842      * DOCUMENT ME!\r
 843      *\r
 844      * @return DOCUMENT ME!\r
 845      */\r
 846     public int getIncrement()\r
 847     {\r
 848         return increment;\r
 849     }\r
 850 \r
 851     /**\r
 852      * DOCUMENT ME!\r
 853      *\r
 854      * @param y DOCUMENT ME!\r
 855      *\r
 856      * @return DOCUMENT ME!\r
 857      */\r
 858     public int getIndex(int y)\r
 859     {\r
 860         int y1 = 0;\r
 861         int starty = getStartSeq();\r
 862         int endy = getEndSeq();\r
 863 \r
 864         for (int i = starty; i <= endy; i++)\r
 865         {\r
 866             if ((i < alignment.getHeight()) &&\r
 867                     (alignment.getSequenceAt(i) != null))\r
 868             {\r
 869                 int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 870 \r
 871                 if ((y >= y1) && (y <= y2))\r
 872                 {\r
 873                     return i;\r
 874                 }\r
 875 \r
 876                 y1 = y2;\r
 877             }\r
 878             else\r
 879             {\r
 880                 return -1;\r
 881             }\r
 882         }\r
 883 \r
 884         return -1;\r
 885     }\r
 886 \r
 887     /**\r
 888      * DOCUMENT ME!\r
 889      *\r
 890      * @return DOCUMENT ME!\r
 891      */\r
 892     public ColumnSelection getColumnSelection()\r
 893     {\r
 894         return colSel;\r
 895     }\r
 896 \r
 897 \r
 898     /**\r
 899      * DOCUMENT ME!\r
 900      *\r
 901      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 902      */\r
 903     public void setCurrentTree(NJTree tree)\r
 904     {\r
 905         currentTree = tree;\r
 906     }\r
 907 \r
 908     /**\r
 909      * DOCUMENT ME!\r
 910      *\r
 911      * @return DOCUMENT ME!\r
 912      */\r
 913     public NJTree getCurrentTree()\r
 914     {\r
 915         return currentTree;\r
 916     }\r
 917 \r
 918     /**\r
 919      * DOCUMENT ME!\r
 920      *\r
 921      * @param b DOCUMENT ME!\r
 922      */\r
 923     public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 924     {\r
 925         colourAppliesToAllGroups = b;\r
 926     }\r
 927 \r
 928     /**\r
 929      * DOCUMENT ME!\r
 930      *\r
 931      * @return DOCUMENT ME!\r
 932      */\r
 933     public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 934     {\r
 935         return colourAppliesToAllGroups;\r
 936     }\r
 937 \r
 938     /**\r
 939      * DOCUMENT ME!\r
 940      *\r
 941      * @return DOCUMENT ME!\r
 942      */\r
 943     public boolean getShowJVSuffix()\r
 944     {\r
 945         return showJVSuffix;\r
 946     }\r
 947 \r
 948     /**\r
 949      * DOCUMENT ME!\r
 950      *\r
 951      * @param b DOCUMENT ME!\r
 952      */\r
 953     public void setShowJVSuffix(boolean b)\r
 954     {\r
 955         showJVSuffix = b;\r
 956     }\r
 957 \r
 958 \r
 959     /**\r
 960      * DOCUMENT ME!\r
 961      *\r
 962      * @return DOCUMENT ME!\r
 963      */\r
 964     public boolean getShowAnnotation()\r
 965     {\r
 966         return showAnnotation;\r
 967     }\r
 968 \r
 969     /**\r
 970      * DOCUMENT ME!\r
 971      *\r
 972      * @param b DOCUMENT ME!\r
 973      */\r
 974     public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 975     {\r
 976         showAnnotation = b;\r
 977     }\r
 978 \r
 979     /**\r
 980      * DOCUMENT ME!\r
 981      *\r
 982      * @return DOCUMENT ME!\r
 983      */\r
 984     public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 985     {\r
 986         return scaleAboveWrapped;\r
 987     }\r
 988 \r
 989     /**\r
 990      * DOCUMENT ME!\r
 991      *\r
 992      * @return DOCUMENT ME!\r
 993      */\r
 994     public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 995     {\r
 996         return scaleLeftWrapped;\r
 997     }\r
 998 \r
 999     /**\r
1000      * DOCUMENT ME!\r
1001      *\r
1002      * @return DOCUMENT ME!\r
1003      */\r
1004     public boolean getScaleRightWrapped()\r
1005     {\r
1006         return scaleRightWrapped;\r
1007     }\r
1008 \r
1009     /**\r
1010      * DOCUMENT ME!\r
1011      *\r
1012      * @param b DOCUMENT ME!\r
1013      */\r
1014     public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
1015     {\r
1016         scaleAboveWrapped = b;\r
1017     }\r
1018 \r
1019     /**\r
1020      * DOCUMENT ME!\r
1021      *\r
1022      * @param b DOCUMENT ME!\r
1023      */\r
1024     public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
1025     {\r
1026         scaleLeftWrapped = b;\r
1027     }\r
1028 \r
1029     /**\r
1030      * DOCUMENT ME!\r
1031      *\r
1032      * @param b DOCUMENT ME!\r
1033      */\r
1034     public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
1035     {\r
1036         scaleRightWrapped = b;\r
1037     }\r
1038 \r
1039     /**\r
1040      * Property change listener for changes in alignment\r
1041      *\r
1042      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1043      */\r
1044     public void addPropertyChangeListener(\r
1045         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1046     {\r
1047         changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);\r
1048     }\r
1049 \r
1050     /**\r
1051      * DOCUMENT ME!\r
1052      *\r
1053      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1054      */\r
1055     public void removePropertyChangeListener(\r
1056         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1057     {\r
1058         changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);\r
1059     }\r
1060 \r
1061     /**\r
1062      * Property change listener for changes in alignment\r
1063      *\r
1064      * @param prop DOCUMENT ME!\r
1065      * @param oldvalue DOCUMENT ME!\r
1066      * @param newvalue DOCUMENT ME!\r
1067      */\r
1068     public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue, Object newvalue)\r
1069     {\r
1070         changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);\r
1071     }\r
1072 \r
1073     public void setIgnoreGapsConsensus(boolean b)\r
1074     {\r
1075       ignoreGapsInConsensusCalculation = b;\r
1076       updateConsensus();\r
1077       if(globalColourScheme!=null)\r
1078       {\r
1079         globalColourScheme.setThreshold(globalColourScheme.getThreshold(), ignoreGapsInConsensusCalculation);\r
1080       }\r
1081     }\r
1082 \r
1083     public boolean getIgnoreGapsConsensus()\r
1084     {\r
1085      return ignoreGapsInConsensusCalculation;\r
1086     }\r
1087 \r
1088     public void setDataset(boolean b)\r
1089     {\r
1090       isDataset = b;\r
1091     }\r
1092 \r
1093     public boolean isDataset()\r
1094     {\r
1095       return isDataset;\r
1096     }\r
1097 \r
1098     public void hideSequence(SequenceI seq)\r
1099     {\r
1100       alignment.getHiddenSequences().hideSequence(seq);\r
1101       hasHiddenRows = true;\r
1102     }\r
1103 \r
1104     public void showSequence(int index)\r
1105     {\r
1106       alignment.getHiddenSequences().showSequence(index);\r
1107 \r
1108       if(alignment.getHiddenSequences().getSize()<1)\r
1109         hasHiddenRows = false;\r
1110     }\r
1111 \r
1112     public int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex)\r
1113     {\r
1114       return alignment.getHiddenSequences().adjustForHiddenSeqs(alignmentIndex);\r
1115     }\r
1116 }\r