src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.bin.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class AlignViewport\r
  41 {\r
  42     int startRes;\r
  43     int endRes;\r
  44     int startSeq;\r
  45     int endSeq;\r
  46     boolean showFullId = false;\r
  47     boolean showText = true;\r
  48     boolean showColourText = false;\r
  49     boolean showBoxes = true;\r
  50     boolean wrapAlignment = false;\r
  51     boolean renderGaps = true;\r
  52     boolean showSequenceFeatures = false;\r
  53     boolean showAnnotation = true;\r
  54     boolean showConservation = true;\r
  55     boolean showQuality = true;\r
  56     boolean showIdentity = true;\r
  57     boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  58     ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  59     boolean conservationColourSelected = false;\r
  60     boolean abovePIDThreshold = false;\r
  61     SequenceGroup selectionGroup;\r
  62     int charHeight;\r
  63     int charWidth;\r
  64     int chunkWidth;\r
  65     int chunkHeight;\r
  66     Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);\r
  67     AlignmentI alignment;\r
  68     ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  69     int threshold;\r
  70     int increment;\r
  71     NJTree currentTree = null;\r
  72     boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  73     boolean scaleLeftWrapped = true;\r
  74     boolean scaleRightWrapped = true;\r
  75 \r
  76     /** DOCUMENT ME!! */\r
  77     public Vector vconsensus;\r
  78     AlignmentAnnotation consensus;\r
  79     AlignmentAnnotation conservation;\r
  80     AlignmentAnnotation quality;\r
  81 \r
  82     /** DOCUMENT ME!! */\r
  83     public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  84 \r
  85     // JBPNote Prolly only need this in the applet version.\r
  86     private java.beans.PropertyChangeSupport changeSupport = new java.beans.PropertyChangeSupport(this);\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Creates a new AlignViewport object.\r
  90      *\r
  91      * @param al DOCUMENT ME!\r
  92      */\r
  93     public AlignViewport(AlignmentI al)\r
  94     {\r
  95         setAlignment(al);\r
  96         this.startRes = 0;\r
  97         this.endRes = al.getWidth() - 1;\r
  98         this.startSeq = 0;\r
  99         this.endSeq = al.getHeight() - 1;\r
 100 \r
 101         updateFromPreferences();\r
 102     }\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * DOCUMENT ME!\r
 106      */\r
 107     public void updateFromPreferences()\r
 108     {\r
 109         showFullId = Preferences.showFullId;\r
 110         showAnnotation = Preferences.showAnnotation;\r
 111         showConservation = Preferences.showConservation;\r
 112         showQuality = Preferences.showQuality;\r
 113         showIdentity = Preferences.showIdentity;\r
 114         showFullId = Preferences.showFullId;\r
 115 \r
 116         String fontName = Preferences.fontName;\r
 117         String fontStyle = Preferences.fontStyle;\r
 118         String fontSize = Cache.getProperty("FONT_SIZE");\r
 119 \r
 120         if ((fontName != null) && (fontStyle != null) && (fontSize != null))\r
 121         {\r
 122             int style = 0;\r
 123 \r
 124             if (fontStyle.equals("bold"))\r
 125             {\r
 126                 style = 1;\r
 127             }\r
 128             else if (fontStyle.equals("italic"))\r
 129             {\r
 130                 style = 2;\r
 131             }\r
 132 \r
 133             setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)));\r
 134         }\r
 135         else\r
 136         {\r
 137             setFont(font);\r
 138         }\r
 139 \r
 140         alignment.setGapCharacter(Preferences.gapSymbol);\r
 141 \r
 142         // We must set conservation and consensus before setting colour,\r
 143         // as Blosum and Clustal require this to be done\r
 144         updateConservation();\r
 145         updateConsensus();\r
 146 \r
 147         if (Preferences.defaultColour != null)\r
 148         {\r
 149             globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,\r
 150                     Preferences.defaultColour);\r
 151 \r
 152             if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 153             {\r
 154                 globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();\r
 155             }\r
 156 \r
 157             if (globalColourScheme != null)\r
 158             {\r
 159                 globalColourScheme.setConsensus(vconsensus);\r
 160             }\r
 161         }\r
 162     }\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * DOCUMENT ME!\r
 166      *\r
 167      * @param b DOCUMENT ME!\r
 168      */\r
 169     public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
 170     {\r
 171         showSequenceFeatures = b;\r
 172     }\r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * DOCUMENT ME!\r
 176      */\r
 177     public void updateConservation()\r
 178     {\r
 179         Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
 180                 jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
 181                 alignment.getSequences(), 0, alignment.getWidth() - 1);\r
 182         cons.calculate();\r
 183         cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
 184         cons.findQuality();\r
 185 \r
 186         int alWidth = alignment.getWidth();\r
 187         Annotation[] annotations = new Annotation[alWidth];\r
 188         Annotation[] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
 189         String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
 190         float minR;\r
 191         float minG;\r
 192         float minB;\r
 193         float maxR;\r
 194         float maxG;\r
 195         float maxB;\r
 196         minR = 0.3f;\r
 197         minG = 0.0f;\r
 198         minB = 0f;\r
 199         maxR = 1.0f - minR;\r
 200         maxG = 0.9f - minG;\r
 201         maxB = 0f - minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 202 \r
 203         float min = 0f;\r
 204         float max = 11f;\r
 205         float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 206         float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 207 \r
 208         for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 209         {\r
 210             float value = 0;\r
 211 \r
 212             try\r
 213             {\r
 214                 value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 215             }\r
 216             catch (Exception ex)\r
 217             {\r
 218                 if (sequence.charAt(i) == '*')\r
 219                 {\r
 220                     value = 11;\r
 221                 }\r
 222 \r
 223                 if (sequence.charAt(i) == '+')\r
 224                 {\r
 225                     value = 10;\r
 226                 }\r
 227             }\r
 228 \r
 229             float vprop = value - min;\r
 230             vprop /= max;\r
 231             annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 232                     String.valueOf(value), ' ', value,\r
 233                     new Color(minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop),\r
 234                         minB + (maxB * vprop)));\r
 235 \r
 236             // Quality calc\r
 237             value = ((Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 238             vprop = value - qmin;\r
 239             vprop /= qmax;\r
 240             qannotations[i] = new Annotation(" ", String.valueOf(value), ' ',\r
 241                     value,\r
 242                     new Color(minR + (maxR * vprop), minG + (maxG * vprop),\r
 243                         minB + (maxB * vprop)));\r
 244         }\r
 245 \r
 246         if (conservation == null)\r
 247         {\r
 248             conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 249                     "Conservation of total alignment less than " +\r
 250                     ConsPercGaps + "% gaps", annotations, 0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 251                     11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 252                     1);\r
 253 \r
 254             if (showConservation)\r
 255             {\r
 256                 alignment.addAnnotation(conservation);\r
 257             }\r
 258 \r
 259             quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 260                     "Alignment Quality based on Blosum62 scores", qannotations,\r
 261                     cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 262                     cons.qualityRange[1].floatValue(), 1);\r
 263 \r
 264             if (showQuality)\r
 265             {\r
 266                 alignment.addAnnotation(quality);\r
 267             }\r
 268         }\r
 269         else\r
 270         {\r
 271             conservation.annotations = annotations;\r
 272             quality.annotations = qannotations;\r
 273             quality.graphMax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 274         }\r
 275     }\r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * DOCUMENT ME!\r
 279      */\r
 280     public void updateConsensus()\r
 281     {\r
 282         Annotation[] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 283 \r
 284         // this routine prevents vconsensus becoming a new object each time\r
 285         // consenus is calculated. Important for speed of Blosum62\r
 286         // and PID colouring of alignment\r
 287         if (vconsensus == null)\r
 288         {\r
 289             vconsensus = alignment.getAAFrequency();\r
 290         }\r
 291         else\r
 292         {\r
 293             Vector temp = alignment.getAAFrequency();\r
 294             vconsensus.clear();\r
 295 \r
 296             Enumeration e = temp.elements();\r
 297 \r
 298             while (e.hasMoreElements())\r
 299             {\r
 300                 vconsensus.add(e.nextElement());\r
 301             }\r
 302         }\r
 303 \r
 304         Hashtable hash = null;\r
 305 \r
 306         for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 307         {\r
 308             hash = (Hashtable) vconsensus.elementAt(i);\r
 309 \r
 310             float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 311             value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 312 \r
 313             value *= 100;\r
 314 \r
 315             String maxRes = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 316             String mouseOver = hash.get("maxResidue") + " ";\r
 317 \r
 318             if (maxRes.length() > 2)\r
 319             {\r
 320                 mouseOver = "[" + maxRes + "] ";\r
 321                 maxRes = "+ ";\r
 322             }\r
 323 \r
 324             mouseOver += ((int) value + "%");\r
 325             annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 326         }\r
 327 \r
 328         if (consensus == null)\r
 329         {\r
 330             consensus = new AlignmentAnnotation("Consensus", "PID",\r
 331                     annotations, 0f, 100f, 1);\r
 332 \r
 333             if (showIdentity)\r
 334             {\r
 335                 alignment.addAnnotation(consensus);\r
 336             }\r
 337         }\r
 338         else\r
 339         {\r
 340             consensus.annotations = annotations;\r
 341         }\r
 342     }\r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * DOCUMENT ME!\r
 346      *\r
 347      * @return DOCUMENT ME!\r
 348      */\r
 349     public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 350     {\r
 351         return selectionGroup;\r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * DOCUMENT ME!\r
 356      *\r
 357      * @param sg DOCUMENT ME!\r
 358      */\r
 359     public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 360     {\r
 361         selectionGroup = sg;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * DOCUMENT ME!\r
 366      *\r
 367      * @return DOCUMENT ME!\r
 368      */\r
 369     public boolean getConservationSelected()\r
 370     {\r
 371         return conservationColourSelected;\r
 372     }\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * DOCUMENT ME!\r
 376      *\r
 377      * @param b DOCUMENT ME!\r
 378      */\r
 379     public void setConservationSelected(boolean b)\r
 380     {\r
 381         conservationColourSelected = b;\r
 382     }\r
 383 \r
 384     /**\r
 385      * DOCUMENT ME!\r
 386      *\r
 387      * @return DOCUMENT ME!\r
 388      */\r
 389     public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 390     {\r
 391         return abovePIDThreshold;\r
 392     }\r
 393 \r
 394     /**\r
 395      * DOCUMENT ME!\r
 396      *\r
 397      * @param b DOCUMENT ME!\r
 398      */\r
 399     public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 400     {\r
 401         abovePIDThreshold = b;\r
 402     }\r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * DOCUMENT ME!\r
 406      *\r
 407      * @return DOCUMENT ME!\r
 408      */\r
 409     public int getStartRes()\r
 410     {\r
 411         return startRes;\r
 412     }\r
 413 \r
 414     /**\r
 415      * DOCUMENT ME!\r
 416      *\r
 417      * @return DOCUMENT ME!\r
 418      */\r
 419     public int getEndRes()\r
 420     {\r
 421         return endRes;\r
 422     }\r
 423 \r
 424     /**\r
 425      * DOCUMENT ME!\r
 426      *\r
 427      * @return DOCUMENT ME!\r
 428      */\r
 429     public int getStartSeq()\r
 430     {\r
 431         return startSeq;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * DOCUMENT ME!\r
 436      *\r
 437      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 438      */\r
 439     public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 440     {\r
 441         globalColourScheme = cs;\r
 442     }\r
 443 \r
 444     /**\r
 445      * DOCUMENT ME!\r
 446      *\r
 447      * @return DOCUMENT ME!\r
 448      */\r
 449     public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 450     {\r
 451         return globalColourScheme;\r
 452     }\r
 453 \r
 454     /**\r
 455      * DOCUMENT ME!\r
 456      *\r
 457      * @param res DOCUMENT ME!\r
 458      */\r
 459     public void setStartRes(int res)\r
 460     {\r
 461         this.startRes = res;\r
 462     }\r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * DOCUMENT ME!\r
 466      *\r
 467      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 468      */\r
 469     public void setStartSeq(int seq)\r
 470     {\r
 471         this.startSeq = seq;\r
 472     }\r
 473 \r
 474     /**\r
 475      * DOCUMENT ME!\r
 476      *\r
 477      * @param res DOCUMENT ME!\r
 478      */\r
 479     public void setEndRes(int res)\r
 480     {\r
 481         if (res > (alignment.getWidth() - 1))\r
 482         {\r
 483             // log.System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 484             res = alignment.getWidth() - 1;\r
 485         }\r
 486 \r
 487         if (res < 0)\r
 488         {\r
 489             res = 0;\r
 490         }\r
 491 \r
 492         this.endRes = res;\r
 493     }\r
 494 \r
 495     /**\r
 496      * DOCUMENT ME!\r
 497      *\r
 498      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 499      */\r
 500     public void setEndSeq(int seq)\r
 501     {\r
 502         if (seq > alignment.getHeight())\r
 503         {\r
 504             seq = alignment.getHeight();\r
 505         }\r
 506 \r
 507         if (seq < 0)\r
 508         {\r
 509             seq = 0;\r
 510         }\r
 511 \r
 512         this.endSeq = seq;\r
 513     }\r
 514 \r
 515     /**\r
 516      * DOCUMENT ME!\r
 517      *\r
 518      * @return DOCUMENT ME!\r
 519      */\r
 520     public int getEndSeq()\r
 521     {\r
 522         return endSeq;\r
 523     }\r
 524 \r
 525     /**\r
 526      * DOCUMENT ME!\r
 527      *\r
 528      * @param f DOCUMENT ME!\r
 529      */\r
 530     public void setFont(Font f)\r
 531     {\r
 532         font = f;\r
 533 \r
 534         Container c = new Container();\r
 535 \r
 536         java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);\r
 537         setCharHeight(fm.getHeight());\r
 538         setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 539     }\r
 540 \r
 541     /**\r
 542      * DOCUMENT ME!\r
 543      *\r
 544      * @return DOCUMENT ME!\r
 545      */\r
 546     public Font getFont()\r
 547     {\r
 548         return font;\r
 549     }\r
 550 \r
 551     /**\r
 552      * DOCUMENT ME!\r
 553      *\r
 554      * @param w DOCUMENT ME!\r
 555      */\r
 556     public void setCharWidth(int w)\r
 557     {\r
 558         this.charWidth = w;\r
 559     }\r
 560 \r
 561     /**\r
 562      * DOCUMENT ME!\r
 563      *\r
 564      * @return DOCUMENT ME!\r
 565      */\r
 566     public int getCharWidth()\r
 567     {\r
 568         return charWidth;\r
 569     }\r
 570 \r
 571     /**\r
 572      * DOCUMENT ME!\r
 573      *\r
 574      * @param h DOCUMENT ME!\r
 575      */\r
 576     public void setCharHeight(int h)\r
 577     {\r
 578         this.charHeight = h;\r
 579     }\r
 580 \r
 581     /**\r
 582      * DOCUMENT ME!\r
 583      *\r
 584      * @return DOCUMENT ME!\r
 585      */\r
 586     public int getCharHeight()\r
 587     {\r
 588         return charHeight;\r
 589     }\r
 590 \r
 591     /**\r
 592      * DOCUMENT ME!\r
 593      *\r
 594      * @param w DOCUMENT ME!\r
 595      */\r
 596     public void setChunkWidth(int w)\r
 597     {\r
 598         this.chunkWidth = w;\r
 599     }\r
 600 \r
 601     /**\r
 602      * DOCUMENT ME!\r
 603      *\r
 604      * @return DOCUMENT ME!\r
 605      */\r
 606     public int getChunkWidth()\r
 607     {\r
 608         return chunkWidth;\r
 609     }\r
 610 \r
 611     /**\r
 612      * DOCUMENT ME!\r
 613      *\r
 614      * @param h DOCUMENT ME!\r
 615      */\r
 616     public void setChunkHeight(int h)\r
 617     {\r
 618         this.chunkHeight = h;\r
 619     }\r
 620 \r
 621     /**\r
 622      * DOCUMENT ME!\r
 623      *\r
 624      * @return DOCUMENT ME!\r
 625      */\r
 626     public int getChunkHeight()\r
 627     {\r
 628         return chunkHeight;\r
 629     }\r
 630 \r
 631     /**\r
 632      * DOCUMENT ME!\r
 633      *\r
 634      * @return DOCUMENT ME!\r
 635      */\r
 636     public AlignmentI getAlignment()\r
 637     {\r
 638         return alignment;\r
 639     }\r
 640 \r
 641     /**\r
 642      * DOCUMENT ME!\r
 643      *\r
 644      * @param align DOCUMENT ME!\r
 645      */\r
 646     public void setAlignment(AlignmentI align)\r
 647     {\r
 648         this.alignment = align;\r
 649     }\r
 650 \r
 651     /**\r
 652      * DOCUMENT ME!\r
 653      *\r
 654      * @param state DOCUMENT ME!\r
 655      */\r
 656     public void setWrapAlignment(boolean state)\r
 657     {\r
 658         wrapAlignment = state;\r
 659     }\r
 660 \r
 661     /**\r
 662      * DOCUMENT ME!\r
 663      *\r
 664      * @param state DOCUMENT ME!\r
 665      */\r
 666     public void setShowText(boolean state)\r
 667     {\r
 668         showText = state;\r
 669     }\r
 670 \r
 671     /**\r
 672      * DOCUMENT ME!\r
 673      *\r
 674      * @param state DOCUMENT ME!\r
 675      */\r
 676     public void setRenderGaps(boolean state)\r
 677     {\r
 678         renderGaps = state;\r
 679     }\r
 680 \r
 681     /**\r
 682      * DOCUMENT ME!\r
 683      *\r
 684      * @return DOCUMENT ME!\r
 685      */\r
 686     public boolean getColourText()\r
 687     {\r
 688         return showColourText;\r
 689     }\r
 690 \r
 691     /**\r
 692      * DOCUMENT ME!\r
 693      *\r
 694      * @param state DOCUMENT ME!\r
 695      */\r
 696     public void setColourText(boolean state)\r
 697     {\r
 698         showColourText = state;\r
 699     }\r
 700 \r
 701     /**\r
 702      * DOCUMENT ME!\r
 703      *\r
 704      * @param state DOCUMENT ME!\r
 705      */\r
 706     public void setShowBoxes(boolean state)\r
 707     {\r
 708         showBoxes = state;\r
 709     }\r
 710 \r
 711     /**\r
 712      * DOCUMENT ME!\r
 713      *\r
 714      * @return DOCUMENT ME!\r
 715      */\r
 716     public boolean getWrapAlignment()\r
 717     {\r
 718         return wrapAlignment;\r
 719     }\r
 720 \r
 721     /**\r
 722      * DOCUMENT ME!\r
 723      *\r
 724      * @return DOCUMENT ME!\r
 725      */\r
 726     public boolean getShowText()\r
 727     {\r
 728         return showText;\r
 729     }\r
 730 \r
 731     /**\r
 732      * DOCUMENT ME!\r
 733      *\r
 734      * @return DOCUMENT ME!\r
 735      */\r
 736     public boolean getShowBoxes()\r
 737     {\r
 738         return showBoxes;\r
 739     }\r
 740 \r
 741     /**\r
 742      * DOCUMENT ME!\r
 743      *\r
 744      * @return DOCUMENT ME!\r
 745      */\r
 746     public char getGapCharacter()\r
 747     {\r
 748         return getAlignment().getGapCharacter();\r
 749     }\r
 750 \r
 751     /**\r
 752      * DOCUMENT ME!\r
 753      *\r
 754      * @param gap DOCUMENT ME!\r
 755      */\r
 756     public void setGapCharacter(char gap)\r
 757     {\r
 758         if (getAlignment() != null)\r
 759         {\r
 760             getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 761         }\r
 762     }\r
 763 \r
 764     /**\r
 765      * DOCUMENT ME!\r
 766      *\r
 767      * @param thresh DOCUMENT ME!\r
 768      */\r
 769     public void setThreshold(int thresh)\r
 770     {\r
 771         threshold = thresh;\r
 772     }\r
 773 \r
 774     /**\r
 775      * DOCUMENT ME!\r
 776      *\r
 777      * @return DOCUMENT ME!\r
 778      */\r
 779     public int getThreshold()\r
 780     {\r
 781         return threshold;\r
 782     }\r
 783 \r
 784     /**\r
 785      * DOCUMENT ME!\r
 786      *\r
 787      * @param inc DOCUMENT ME!\r
 788      */\r
 789     public void setIncrement(int inc)\r
 790     {\r
 791         increment = inc;\r
 792     }\r
 793 \r
 794     /**\r
 795      * DOCUMENT ME!\r
 796      *\r
 797      * @return DOCUMENT ME!\r
 798      */\r
 799     public int getIncrement()\r
 800     {\r
 801         return increment;\r
 802     }\r
 803 \r
 804     /**\r
 805      * DOCUMENT ME!\r
 806      *\r
 807      * @param y DOCUMENT ME!\r
 808      *\r
 809      * @return DOCUMENT ME!\r
 810      */\r
 811     public int getIndex(int y)\r
 812     {\r
 813         int y1 = 0;\r
 814         int starty = getStartSeq();\r
 815         int endy = getEndSeq();\r
 816 \r
 817         for (int i = starty; i <= endy; i++)\r
 818         {\r
 819             if ((i < alignment.getHeight()) &&\r
 820                     (alignment.getSequenceAt(i) != null))\r
 821             {\r
 822                 int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 823 \r
 824                 if ((y >= y1) && (y <= y2))\r
 825                 {\r
 826                     return i;\r
 827                 }\r
 828 \r
 829                 y1 = y2;\r
 830             }\r
 831             else\r
 832             {\r
 833                 return -1;\r
 834             }\r
 835         }\r
 836 \r
 837         return -1;\r
 838     }\r
 839 \r
 840     /**\r
 841      * DOCUMENT ME!\r
 842      *\r
 843      * @return DOCUMENT ME!\r
 844      */\r
 845     public ColumnSelection getColumnSelection()\r
 846     {\r
 847         return colSel;\r
 848     }\r
 849 \r
 850     /**\r
 851      * DOCUMENT ME!\r
 852      *\r
 853      * @param height DOCUMENT ME!\r
 854      */\r
 855     public void resetSeqLimits(int height)\r
 856     {\r
 857         setEndSeq(height / getCharHeight());\r
 858     }\r
 859 \r
 860     /**\r
 861      * DOCUMENT ME!\r
 862      *\r
 863      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 864      */\r
 865     public void setCurrentTree(NJTree tree)\r
 866     {\r
 867         currentTree = tree;\r
 868     }\r
 869 \r
 870     /**\r
 871      * DOCUMENT ME!\r
 872      *\r
 873      * @return DOCUMENT ME!\r
 874      */\r
 875     public NJTree getCurrentTree()\r
 876     {\r
 877         return currentTree;\r
 878     }\r
 879 \r
 880     /**\r
 881      * DOCUMENT ME!\r
 882      *\r
 883      * @param b DOCUMENT ME!\r
 884      */\r
 885     public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 886     {\r
 887         colourAppliesToAllGroups = b;\r
 888     }\r
 889 \r
 890     /**\r
 891      * DOCUMENT ME!\r
 892      *\r
 893      * @return DOCUMENT ME!\r
 894      */\r
 895     public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 896     {\r
 897         return colourAppliesToAllGroups;\r
 898     }\r
 899 \r
 900     /**\r
 901      * DOCUMENT ME!\r
 902      *\r
 903      * @return DOCUMENT ME!\r
 904      */\r
 905     public boolean getShowFullId()\r
 906     {\r
 907         return showFullId;\r
 908     }\r
 909 \r
 910     /**\r
 911      * DOCUMENT ME!\r
 912      *\r
 913      * @param b DOCUMENT ME!\r
 914      */\r
 915     public void setShowFullId(boolean b)\r
 916     {\r
 917         showFullId = b;\r
 918     }\r
 919 \r
 920     /**\r
 921      * DOCUMENT ME!\r
 922      *\r
 923      * @return DOCUMENT ME!\r
 924      */\r
 925     public boolean getShowAnnotation()\r
 926     {\r
 927         return showAnnotation;\r
 928     }\r
 929 \r
 930     /**\r
 931      * DOCUMENT ME!\r
 932      *\r
 933      * @param b DOCUMENT ME!\r
 934      */\r
 935     public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 936     {\r
 937         showAnnotation = b;\r
 938     }\r
 939 \r
 940     /**\r
 941      * DOCUMENT ME!\r
 942      *\r
 943      * @return DOCUMENT ME!\r
 944      */\r
 945     public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 946     {\r
 947         return scaleAboveWrapped;\r
 948     }\r
 949 \r
 950     /**\r
 951      * DOCUMENT ME!\r
 952      *\r
 953      * @return DOCUMENT ME!\r
 954      */\r
 955     public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 956     {\r
 957         return scaleLeftWrapped;\r
 958     }\r
 959 \r
 960     /**\r
 961      * DOCUMENT ME!\r
 962      *\r
 963      * @return DOCUMENT ME!\r
 964      */\r
 965     public boolean getScaleRightWrapped()\r
 966     {\r
 967         return scaleRightWrapped;\r
 968     }\r
 969 \r
 970     /**\r
 971      * DOCUMENT ME!\r
 972      *\r
 973      * @param b DOCUMENT ME!\r
 974      */\r
 975     public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
 976     {\r
 977         scaleAboveWrapped = b;\r
 978     }\r
 979 \r
 980     /**\r
 981      * DOCUMENT ME!\r
 982      *\r
 983      * @param b DOCUMENT ME!\r
 984      */\r
 985     public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
 986     {\r
 987         scaleLeftWrapped = b;\r
 988     }\r
 989 \r
 990     /**\r
 991      * DOCUMENT ME!\r
 992      *\r
 993      * @param b DOCUMENT ME!\r
 994      */\r
 995     public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
 996     {\r
 997         scaleRightWrapped = b;\r
 998     }\r
 999 \r
1000     /**\r
1001      * DOCUMENT ME!\r
1002      *\r
1003      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1004      */\r
1005     public void addPropertyChangeListener(\r
1006         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1007     {\r
1008         changeSupport.addPropertyChangeListener(listener);\r
1009     }\r
1010 \r
1011     /**\r
1012      * DOCUMENT ME!\r
1013      *\r
1014      * @param listener DOCUMENT ME!\r
1015      */\r
1016     public void removePropertyChangeListener(\r
1017         java.beans.PropertyChangeListener listener)\r
1018     {\r
1019         changeSupport.removePropertyChangeListener(listener);\r
1020     }\r
1021 \r
1022     /**\r
1023      * DOCUMENT ME!\r
1024      *\r
1025      * @param prop DOCUMENT ME!\r
1026      * @param oldvalue DOCUMENT ME!\r
1027      * @param newvalue DOCUMENT ME!\r
1028      */\r
1029     public void firePropertyChange(String prop, Object oldvalue, Object newvalue)\r
1030     {\r
1031         changeSupport.firePropertyChange(prop, oldvalue, newvalue);\r
1032     }\r
1033 }\r