src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showFullId = false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = false;\r
  25   boolean showAnnotation = true;\r
  26 \r
  27   boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  28   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  29   boolean conservationColourSelected = false;\r
  30   boolean abovePIDThreshold = false;\r
  31 \r
  32   SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  33 \r
  34   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  35 \r
  36   int             charHeight;\r
  37   int             charWidth;\r
  38   int             chunkWidth;\r
  39   int             chunkHeight;\r
  40 \r
  41   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  42   AlignmentI      alignment;\r
  43 \r
  44   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  45 \r
  46   int threshold;\r
  47   int increment;\r
  48 \r
  49   NJTree currentTree = null;\r
  50 \r
  51   boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  52   boolean scaleLeftWrapped  = true;\r
  53   boolean scaleRightWrapped = true;\r
  54 \r
  55 \r
  56   public AlignViewport(AlignmentI al,\r
  57                        boolean showText,\r
  58                        boolean showBoxes,\r
  59                        boolean wrapAlignment) {\r
  60 \r
  61     this.startRes = 0;\r
  62     this.endRes = al.getWidth()-1;\r
  63     this.startSeq = 0;\r
  64     this.endSeq = al.getHeight()-1;\r
  65     this.showText = showText;\r
  66     this.showBoxes = showBoxes;\r
  67     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  68 \r
  69     setAlignment(al);\r
  70     setFont( font );\r
  71  }\r
  72 \r
  73  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  74  {\r
  75    showSequenceFeatures = b;\r
  76  }\r
  77 \r
  78   public Vector vconsensus;\r
  79   AlignmentAnnotation consensus;\r
  80   AlignmentAnnotation conservation;\r
  81   AlignmentAnnotation quality;\r
  82 \r
  83   public int ConsPercGaps = 25; // JBPNote : This should be a scalable property!\r
  84 \r
  85   public void updateConservation()\r
  86   {\r
  87     Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
  88         jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
  89         alignment.getSequences(), 0,\r
  90         alignment.getWidth()-1);\r
  91     cons.calculate();\r
  92     cons.verdict(false, ConsPercGaps);\r
  93     cons.findQuality();\r
  94     int alWidth = alignment.getWidth();\r
  95     Annotation [] annotations = new Annotation[alWidth];\r
  96     Annotation [] qannotations = new Annotation[alWidth];\r
  97     String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
  98     float minR,minG,minB, maxR,maxG,maxB;\r
  99     minR = 0.3f;\r
 100     minG = 0.0f;\r
 101     minB = 0f;\r
 102     maxR = 1.0f-minR; maxG=0.9f-minG; maxB=0f-minB; // scalable range for colouring both Conservation and Quality\r
 103     float min = 0f;\r
 104     float max = 11f;\r
 105     float qmin = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
 106     float qmax = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
 107 \r
 108     for (int i = 0; i < alWidth; i++)\r
 109     {\r
 110       float value = 0;\r
 111       try\r
 112         {\r
 113           value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 114         }\r
 115       catch (Exception ex)\r
 116         {\r
 117           if (sequence.charAt(i) == '*') value = 11;\r
 118           if (sequence.charAt(i) == '+') value = 10;\r
 119         }\r
 120       float vprop = value-min;\r
 121       vprop/=max;\r
 122       annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 123                                       "Conservation graph", ' ', value, new Color(minR+maxR*vprop, minG+maxG*vprop, minB+maxB*vprop));\r
 124       // Quality calc\r
 125       value = ((Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 126       vprop = value - qmin;\r
 127       vprop/=qmax;\r
 128       qannotations[i] = new Annotation(" ",\r
 129                                       String.valueOf(value), ' ', value, new Color(minR+maxR*vprop, minG+maxG*vprop, minB+maxB*vprop));\r
 130     }\r
 131 \r
 132     if(conservation==null)\r
 133     {\r
 134       conservation = new AlignmentAnnotation("Conservation",\r
 135                                              "Conservation of total alignment less than "+ConsPercGaps+"% gaps",\r
 136                                              annotations,\r
 137                                              0f, // cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 138                                              11f, // cons.qualityRange[1].floatValue()\r
 139                                              1);\r
 140       alignment.addAnnotation(conservation);\r
 141       quality = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 142                                         "Alignment Quality based on Blosum62 scores",\r
 143                                         qannotations,\r
 144                                         cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 145                                         cons.qualityRange[1].floatValue(),\r
 146                                         1);\r
 147       alignment.addAnnotation(quality);\r
 148     }\r
 149     else {\r
 150       conservation.annotations = annotations;\r
 151       quality.annotations = qannotations;\r
 152     }\r
 153 \r
 154 \r
 155   }\r
 156 \r
 157   public void updateConsensus()\r
 158   {\r
 159     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 160 \r
 161     // this routine prevents vconsensus becoming a new object each time\r
 162     // consenus is calculated. Important for speed of Blosum62\r
 163     // and PID colouring of alignment\r
 164     if(vconsensus == null)\r
 165         vconsensus = alignment.getAAFrequency();\r
 166     else\r
 167     {\r
 168         Vector temp = alignment.getAAFrequency();\r
 169         vconsensus.clear();\r
 170         Enumeration e = temp.elements();\r
 171         while(e.hasMoreElements())\r
 172         {\r
 173           vconsensus.add(e.nextElement());\r
 174         }\r
 175     }\r
 176     Hashtable hash = null;\r
 177     for (int i = 0; i<alignment.getWidth(); i++)\r
 178     {\r
 179         hash = (Hashtable) vconsensus.elementAt(i);\r
 180         float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 181         value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 182 \r
 183         value *= 100;\r
 184         String maxRes = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 185         String mouseOver = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 186         if(maxRes.length()>2)\r
 187         {\r
 188           mouseOver = "["+maxRes+"] ";\r
 189           maxRes = "+ ";\r
 190         }\r
 191 \r
 192         mouseOver += (int)value+"%";\r
 193         annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 194 \r
 195     }\r
 196 \r
 197      if(consensus==null)\r
 198      {\r
 199        consensus = new AlignmentAnnotation("% Identity",\r
 200                                            "PID", annotations, 0f, 100f, 1);\r
 201        alignment.addAnnotation(consensus);\r
 202      }\r
 203      else\r
 204        consensus.annotations = annotations;\r
 205 \r
 206   }\r
 207 \r
 208 \r
 209   public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 210   {\r
 211     return selectionGroup;\r
 212   }\r
 213 \r
 214   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 215   {\r
 216     selectionGroup = sg;\r
 217   }\r
 218 \r
 219 \r
 220  public boolean getConservationSelected()\r
 221  {\r
 222    return conservationColourSelected;\r
 223  }\r
 224 \r
 225  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 226  {\r
 227    conservationColourSelected = b;\r
 228  }\r
 229 \r
 230  public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 231  {\r
 232    return abovePIDThreshold;\r
 233  }\r
 234 \r
 235  public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 236  {\r
 237    abovePIDThreshold = b;\r
 238  }\r
 239 \r
 240   public int getStartRes() {\r
 241     return startRes;\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public int getEndRes() {\r
 245     return endRes;\r
 246   }\r
 247 \r
 248   public int getStartSeq() {\r
 249     return startSeq;\r
 250   }\r
 251 \r
 252   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 253   {\r
 254      globalColourScheme = cs;\r
 255   }\r
 256 \r
 257   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 258   {\r
 259     return globalColourScheme;\r
 260   }\r
 261 \r
 262 \r
 263   public void setStartRes(int res) {\r
 264     this.startRes = res;\r
 265   }\r
 266   public void setStartSeq(int seq) {\r
 267     this.startSeq = seq;\r
 268   }\r
 269   public void setEndRes(int res) {\r
 270     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 271       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 272        res = alignment.getWidth()-1;\r
 273     }\r
 274     if (res < 0) {\r
 275       res = 0;\r
 276     }\r
 277     this.endRes = res;\r
 278   }\r
 279   public void setEndSeq(int seq) {\r
 280     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 281       seq = alignment.getHeight();\r
 282     }\r
 283     if (seq < 0) {\r
 284       seq = 0;\r
 285     }\r
 286     this.endSeq = seq;\r
 287   }\r
 288   public int getEndSeq() {\r
 289     return endSeq;\r
 290   }\r
 291 \r
 292   public void setFont(Font f) {\r
 293     font = f;\r
 294     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 295     temp.addNotify();\r
 296     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 297     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 298     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 299   }\r
 300 \r
 301   public Font getFont() {\r
 302     return font;\r
 303   }\r
 304   public void setCharWidth(int w) {\r
 305     this.charWidth = w;\r
 306   }\r
 307   public int getCharWidth() {\r
 308     return charWidth;\r
 309   }\r
 310   public void setCharHeight(int h) {\r
 311     this.charHeight = h;\r
 312   }\r
 313   public int getCharHeight() {\r
 314     return charHeight;\r
 315   }\r
 316   public void setChunkWidth(int w) {\r
 317     this.chunkWidth = w;\r
 318   }\r
 319   public int getChunkWidth() {\r
 320     return chunkWidth;\r
 321   }\r
 322   public void setChunkHeight(int h) {\r
 323     this.chunkHeight = h;\r
 324   }\r
 325   public int getChunkHeight() {\r
 326     return chunkHeight;\r
 327   }\r
 328   public AlignmentI getAlignment() {\r
 329     return alignment;\r
 330   }\r
 331   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 332     this.alignment = align;\r
 333   }\r
 334 \r
 335   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 336     wrapAlignment = state;\r
 337   }\r
 338   public void setShowText(boolean state) {\r
 339     showText = state;\r
 340   }\r
 341 \r
 342   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 343     renderGaps = state;\r
 344     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 345     {\r
 346       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 347       sr.renderGaps(state);\r
 348     }\r
 349   }\r
 350 \r
 351 \r
 352   public boolean getColourText()\r
 353   {\r
 354     return showColourText;\r
 355   }\r
 356 \r
 357   public void setColourText(boolean state)\r
 358   {\r
 359     showColourText = state;\r
 360   }\r
 361 \r
 362   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 363     showBoxes = state;\r
 364   }\r
 365 \r
 366   public boolean getWrapAlignment() {\r
 367       return wrapAlignment;\r
 368   }\r
 369   public boolean getShowText() {\r
 370     return showText;\r
 371   }\r
 372   public boolean getShowBoxes() {\r
 373     return showBoxes;\r
 374   }\r
 375 \r
 376   public char getGapCharacter() {\r
 377     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 378   }\r
 379   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 380     if (getAlignment() != null) {\r
 381       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 382     }\r
 383   }\r
 384   public void setThreshold(int thresh) {\r
 385     threshold = thresh;\r
 386   }\r
 387   public int getThreshold() {\r
 388     return threshold;\r
 389   }\r
 390   public void setIncrement(int inc) {\r
 391     increment = inc;\r
 392   }\r
 393   public int getIncrement() {\r
 394     return increment;\r
 395   }\r
 396   public int getIndex(int y) {\r
 397     int y1     = 0;\r
 398     int starty = getStartSeq();\r
 399     int endy   = getEndSeq();\r
 400 \r
 401     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 402       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 403         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 404 \r
 405         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 406           return i;\r
 407         }\r
 408         y1  = y2;\r
 409       } else {\r
 410         return -1;\r
 411       }\r
 412     }\r
 413     return -1;\r
 414   }\r
 415 \r
 416   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 417     return colSel;\r
 418   }\r
 419 \r
 420   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 421     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 422   }\r
 423   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 424       currentTree = tree;\r
 425   }\r
 426   public NJTree getCurrentTree() {\r
 427     return currentTree;\r
 428   }\r
 429 \r
 430     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 431         this.renderer = rend;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     public RendererI getRenderer() {\r
 435         return renderer;\r
 436     }\r
 437 \r
 438   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 439   {   colourAppliesToAllGroups = b; }\r
 440 \r
 441   public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 442   {return colourAppliesToAllGroups; }\r
 443 \r
 444   public boolean getShowFullId()\r
 445   {\r
 446     return showFullId;\r
 447   }\r
 448 \r
 449   public void setShowFullId(boolean b)\r
 450   {\r
 451     showFullId = b;\r
 452   }\r
 453 \r
 454   public boolean getShowAnnotation()\r
 455   {\r
 456     return showAnnotation;\r
 457   }\r
 458 \r
 459   public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 460   {\r
 461     showAnnotation = b;\r
 462   }\r
 463 \r
 464   public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 465   { return scaleAboveWrapped;}\r
 466 \r
 467   public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 468   { return scaleLeftWrapped; }\r
 469 \r
 470   public boolean getScaleRightWrapped()\r
 471   { return scaleRightWrapped; }\r
 472 \r
 473   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
 474   { scaleAboveWrapped = b; }\r
 475 \r
 476   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
 477   { scaleLeftWrapped = b; }\r
 478 \r
 479   public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
 480   { scaleRightWrapped = b; }\r
 481 \r
 482 \r
 483 }\r