src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showFullId = false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = false;\r
  25   boolean showAnnotation = true;\r
  26 \r
  27   boolean colourAppliesToAllGroups = true;\r
  28   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  29   boolean conservationColourSelected = false;\r
  30   boolean abovePIDThreshold = false;\r
  31 \r
  32   SequenceGroup selectionGroup = new SequenceGroup();\r
  33 \r
  34   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  35 \r
  36   int             charHeight;\r
  37   int             charWidth;\r
  38   int             chunkWidth;\r
  39   int             chunkHeight;\r
  40 \r
  41   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  42   AlignmentI      alignment;\r
  43 \r
  44   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  45 \r
  46   int threshold;\r
  47   int increment;\r
  48 \r
  49   NJTree currentTree = null;\r
  50 \r
  51   boolean scaleAboveWrapped = false;\r
  52   boolean scaleLeftWrapped  = true;\r
  53   boolean scaleRightWrapped = true;\r
  54 \r
  55 \r
  56   public AlignViewport(AlignmentI al,\r
  57                        boolean showText,\r
  58                        boolean showBoxes,\r
  59                        boolean wrapAlignment) {\r
  60 \r
  61     this.startRes = 0;\r
  62     this.endRes = al.getWidth()-1;\r
  63     this.startSeq = 0;\r
  64     this.endSeq = al.getHeight()-1;\r
  65     this.showText = showText;\r
  66     this.showBoxes = showBoxes;\r
  67     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  68 \r
  69     setAlignment(al);\r
  70     setFont( font );\r
  71  }\r
  72 \r
  73  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  74  {\r
  75    showSequenceFeatures = b;\r
  76  }\r
  77 \r
  78   AlignmentAnnotation consensus;\r
  79   AlignmentAnnotation conservation;\r
  80   public void updateConservation()\r
  81   {\r
  82     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
  83 \r
  84     Conservation cons = new jalview.analysis.Conservation("All",\r
  85         jalview.schemes.ResidueProperties.propHash, 3,\r
  86         alignment.getSequences(), 0,\r
  87         alignment.getWidth());\r
  88     cons.calculate();\r
  89     cons.verdict(false, 100);\r
  90     cons.findQuality();\r
  91     String sequence = cons.getConsSequence().getSequence();\r
  92     float minR,minG,minB, maxR,maxG,maxB;\r
  93     minR = 0.3f;\r
  94     minG = 0f;\r
  95     minB = 0f;\r
  96     maxR = 1.0f-minR; maxG=0.9f-minG; maxB=0f-minB; // scalable range for colouring\r
  97     float min = cons.qualityRange[0].floatValue();\r
  98     float max = cons.qualityRange[1].floatValue();\r
  99 \r
 100     for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 101     {\r
 102       float value = 0;\r
 103       try\r
 104       {\r
 105         //value = Integer.parseInt(sequence.charAt(i) + "");\r
 106         value = ((Double) cons.quality.get(i)).floatValue();\r
 107       }\r
 108       catch (Exception ex)\r
 109       {\r
 110         if (sequence.charAt(i) == '*') value = 10;\r
 111       }\r
 112       float vprop = value-min;\r
 113       vprop/=max;\r
 114       annotations[i] = new Annotation(sequence.charAt(i) + "",\r
 115                                       "Conservation graph", ' ', value, new Color(minR+maxR*vprop, minB+maxB*vprop, minB+maxB*vprop));\r
 116     }\r
 117 \r
 118     if(conservation==null)\r
 119     {\r
 120       conservation = new AlignmentAnnotation("Quality",\r
 121                                              "Quality of total alignment",\r
 122                                              annotations,\r
 123                                              cons.qualityRange[0].floatValue(),\r
 124                                              cons.qualityRange[1].floatValue(), 1);\r
 125       alignment.addAnnotation(conservation);\r
 126     }\r
 127     else\r
 128       conservation.annotations = annotations;\r
 129 \r
 130   }\r
 131 \r
 132   public void updateConsensus()\r
 133   {\r
 134     Annotation [] annotations = new Annotation[alignment.getWidth()];\r
 135 \r
 136     Vector cons = alignment.getAAFrequency();\r
 137     Hashtable hash = null;\r
 138     for (int i = 0; i < alignment.getWidth(); i++)\r
 139     {\r
 140         hash = (Hashtable) cons.elementAt(i);\r
 141         float value = Float.parseFloat(hash.get("maxCount").toString());\r
 142         value /= Float.parseFloat(hash.get("size").toString());\r
 143 \r
 144         value *= 100;\r
 145         String maxRes = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 146         String mouseOver = hash.get("maxResidue")+" ";\r
 147         if(maxRes.length()>2)\r
 148         {\r
 149           mouseOver = "["+maxRes+"] ";\r
 150           maxRes = "+ ";\r
 151         }\r
 152 \r
 153         mouseOver += (int)value+"%";\r
 154         annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 155 \r
 156     }\r
 157 \r
 158      if(consensus==null)\r
 159      {\r
 160        consensus = new AlignmentAnnotation("% Identity",\r
 161                                            "PID", annotations, 0f, 100f, 1);\r
 162        alignment.addAnnotation(consensus);\r
 163      }\r
 164      else\r
 165        consensus.annotations = annotations;\r
 166 \r
 167   }\r
 168 \r
 169   public String getVisibleConsensus()\r
 170   {\r
 171     return visibleConsensus;\r
 172   }\r
 173 \r
 174   String visibleConsensus;\r
 175   Vector consensusV = new Vector();\r
 176   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 177   {\r
 178     if(recalculate || consensusV.size()<1)\r
 179     {\r
 180       consensusV = alignment.getAAFrequency();\r
 181       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 182       Hashtable hash = null;\r
 183       for (int i = 0; i < consensusV.size(); i++)\r
 184       {\r
 185         hash = (Hashtable) consensusV.elementAt(i);\r
 186         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 187       }\r
 188       visibleConsensus = sb.toString();\r
 189     }\r
 190 \r
 191 \r
 192     return consensusV;\r
 193   }\r
 194 \r
 195 \r
 196   public SequenceGroup getSelectionGroup()\r
 197   {\r
 198     return selectionGroup;\r
 199   }\r
 200 \r
 201   public void setSelectionGroup(SequenceGroup sg)\r
 202   {\r
 203     selectionGroup = sg;\r
 204   }\r
 205 \r
 206 \r
 207  public boolean getConservationSelected()\r
 208  {\r
 209    return conservationColourSelected;\r
 210  }\r
 211 \r
 212  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 213  {\r
 214    conservationColourSelected = b;\r
 215  }\r
 216 \r
 217  public boolean getAbovePIDThreshold()\r
 218  {\r
 219    return abovePIDThreshold;\r
 220  }\r
 221 \r
 222  public void setAbovePIDThreshold(boolean b)\r
 223  {\r
 224    abovePIDThreshold = b;\r
 225  }\r
 226 \r
 227   public int getStartRes() {\r
 228     return startRes;\r
 229   }\r
 230 \r
 231   public int getEndRes() {\r
 232     return endRes;\r
 233   }\r
 234 \r
 235   public int getStartSeq() {\r
 236     return startSeq;\r
 237   }\r
 238 \r
 239   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 240   {\r
 241      globalColourScheme = cs;\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 245   {\r
 246     return globalColourScheme;\r
 247   }\r
 248 \r
 249 \r
 250   public void setStartRes(int res) {\r
 251     this.startRes = res;\r
 252   }\r
 253   public void setStartSeq(int seq) {\r
 254     this.startSeq = seq;\r
 255   }\r
 256   public void setEndRes(int res) {\r
 257     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 258       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 259        res = alignment.getWidth() -1;\r
 260     }\r
 261     if (res < 0) {\r
 262       res = 0;\r
 263     }\r
 264     this.endRes = res;\r
 265   }\r
 266   public void setEndSeq(int seq) {\r
 267     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 268       seq = alignment.getHeight();\r
 269     }\r
 270     if (seq < 0) {\r
 271       seq = 0;\r
 272     }\r
 273     this.endSeq = seq;\r
 274   }\r
 275   public int getEndSeq() {\r
 276     return endSeq;\r
 277   }\r
 278 \r
 279   public void setFont(Font f) {\r
 280     font = f;\r
 281     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 282     temp.addNotify();\r
 283     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 284     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 285     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 286   }\r
 287 \r
 288   public Font getFont() {\r
 289     return font;\r
 290   }\r
 291   public void setCharWidth(int w) {\r
 292     this.charWidth = w;\r
 293   }\r
 294   public int getCharWidth() {\r
 295     return charWidth;\r
 296   }\r
 297   public void setCharHeight(int h) {\r
 298     this.charHeight = h;\r
 299   }\r
 300   public int getCharHeight() {\r
 301     return charHeight;\r
 302   }\r
 303   public void setChunkWidth(int w) {\r
 304     this.chunkWidth = w;\r
 305   }\r
 306   public int getChunkWidth() {\r
 307     return chunkWidth;\r
 308   }\r
 309   public void setChunkHeight(int h) {\r
 310     this.chunkHeight = h;\r
 311   }\r
 312   public int getChunkHeight() {\r
 313     return chunkHeight;\r
 314   }\r
 315   public AlignmentI getAlignment() {\r
 316     return alignment;\r
 317   }\r
 318   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 319     this.alignment = align;\r
 320   }\r
 321 \r
 322   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 323     wrapAlignment = state;\r
 324   }\r
 325   public void setShowText(boolean state) {\r
 326     showText = state;\r
 327   }\r
 328 \r
 329   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 330     renderGaps = state;\r
 331     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 332     {\r
 333       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 334       sr.renderGaps(state);\r
 335     }\r
 336   }\r
 337 \r
 338 \r
 339   public boolean getColourText()\r
 340   {\r
 341     return showColourText;\r
 342   }\r
 343 \r
 344   public void setColourText(boolean state)\r
 345   {\r
 346     showColourText = state;\r
 347   }\r
 348 \r
 349   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 350     showBoxes = state;\r
 351   }\r
 352 \r
 353   public boolean getWrapAlignment() {\r
 354       return wrapAlignment;\r
 355   }\r
 356   public boolean getShowText() {\r
 357     return showText;\r
 358   }\r
 359   public boolean getShowBoxes() {\r
 360     return showBoxes;\r
 361   }\r
 362 \r
 363   public char getGapCharacter() {\r
 364     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 365   }\r
 366   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 367     if (getAlignment() != null) {\r
 368       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 369     }\r
 370   }\r
 371   public void setThreshold(int thresh) {\r
 372     threshold = thresh;\r
 373   }\r
 374   public int getThreshold() {\r
 375     return threshold;\r
 376   }\r
 377   public void setIncrement(int inc) {\r
 378     increment = inc;\r
 379   }\r
 380   public int getIncrement() {\r
 381     return increment;\r
 382   }\r
 383   public int getIndex(int y) {\r
 384     int y1     = 0;\r
 385     int starty = getStartSeq();\r
 386     int endy   = getEndSeq();\r
 387 \r
 388     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 389       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 390         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 391 \r
 392         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 393           return i;\r
 394         }\r
 395         y1  = y2;\r
 396       } else {\r
 397         return -1;\r
 398       }\r
 399     }\r
 400     return -1;\r
 401   }\r
 402 \r
 403   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 404     return colSel;\r
 405   }\r
 406 \r
 407   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 408     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 409   }\r
 410   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 411       currentTree = tree;\r
 412   }\r
 413   public NJTree getCurrentTree() {\r
 414     return currentTree;\r
 415   }\r
 416 \r
 417     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 418         this.renderer = rend;\r
 419     }\r
 420 \r
 421     public RendererI getRenderer() {\r
 422         return renderer;\r
 423     }\r
 424 \r
 425   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)\r
 426   {   colourAppliesToAllGroups = b; }\r
 427 \r
 428   public boolean getColourAppliesToAllGroups()\r
 429   {return colourAppliesToAllGroups; }\r
 430 \r
 431   public boolean getShowFullId()\r
 432   {\r
 433     return showFullId;\r
 434   }\r
 435 \r
 436   public void setShowFullId(boolean b)\r
 437   {\r
 438     showFullId = b;\r
 439   }\r
 440 \r
 441   public boolean getShowAnnotation()\r
 442   {\r
 443     return showAnnotation;\r
 444   }\r
 445 \r
 446   public void setShowAnnotation(boolean b)\r
 447   {\r
 448     showAnnotation = b;\r
 449   }\r
 450 \r
 451   public boolean getScaleAboveWrapped()\r
 452   { return scaleAboveWrapped;}\r
 453 \r
 454   public boolean getScaleLeftWrapped()\r
 455   { return scaleLeftWrapped; }\r
 456 \r
 457   public boolean getScaleRightWrapped()\r
 458   { return scaleRightWrapped; }\r
 459 \r
 460   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)\r
 461   { scaleAboveWrapped = b; }\r
 462 \r
 463   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)\r
 464   { scaleLeftWrapped = b; }\r
 465 \r
 466   public void setScaleRightWrapped(boolean b)\r
 467   { scaleRightWrapped = b; }\r
 468 \r
 469 \r
 470 }\r