src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showScores=false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = false;\r
  24   boolean groupEdit    = false;\r
  25   boolean groupDefiningMode = true;\r
  26 \r
  27   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  28   boolean conservationColourSelected = false;\r
  29 \r
  30   SequenceGroup rubberbandGroup = null;\r
  31 \r
  32   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  33 \r
  34   int             charHeight;\r
  35   int             charWidth;\r
  36   int             chunkWidth;\r
  37   int             chunkHeight;\r
  38 \r
  39   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  40   AlignmentI      alignment;\r
  41 \r
  42   Selection       sel    = new Selection();\r
  43   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  44 \r
  45   OutputGenerator og;\r
  46 \r
  47   String visibleConsensus;\r
  48 \r
  49   int threshold;\r
  50   int increment;\r
  51 \r
  52   NJTree currentTree = null;\r
  53 \r
  54   int window   = 50;\r
  55   int baseline = 30;\r
  56 \r
  57   Vector kmers;\r
  58 \r
  59   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  60                        boolean showScores,\r
  61                        boolean showText,\r
  62                        boolean showBoxes,\r
  63                        boolean wrapAlignment) {\r
  64     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,showScores,\r
  65          showText,\r
  66          showBoxes,\r
  67          wrapAlignment);\r
  68 \r
  69     setAlignment(da);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  73                        int startSeq, int endSeq,\r
  74                        boolean showScores,\r
  75                        boolean showText,\r
  76                        boolean showBoxes,\r
  77                        boolean wrapAlignment) {\r
  78 \r
  79     this.startRes = startRes;\r
  80     this.endRes   = endRes;\r
  81     this.startSeq = startSeq;\r
  82     this.endSeq   = endSeq;\r
  83 \r
  84     this.showScores    = showScores;\r
  85     this.showText      = showText;\r
  86     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  87     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  88 \r
  89    // og  = new AlignmentOutputGenerator(this);\r
  90 \r
  91     setFont( font );\r
  92  }\r
  93 \r
  94 \r
  95   public String getVisibleConsensus()\r
  96   {\r
  97     return visibleConsensus;\r
  98   }\r
  99 \r
 100   Vector consensus = new Vector();\r
 101   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
 102   {\r
 103     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
 104     {\r
 105       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
 106       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 107       Hashtable hash = null;\r
 108       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 109       {\r
 110         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 111         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 112       }\r
 113       visibleConsensus = sb.toString();\r
 114     }\r
 115 \r
 116 \r
 117     return consensus;\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public SequenceGroup getRubberbandGroup()\r
 121   {\r
 122     return rubberbandGroup;\r
 123   }\r
 124 \r
 125   public void setRubberbandGroup(SequenceGroup sg)\r
 126   {\r
 127     rubberbandGroup = sg;\r
 128   }\r
 129 \r
 130  public boolean getConservationSelected()\r
 131  {\r
 132    return conservationColourSelected;\r
 133  }\r
 134 \r
 135  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 136  {\r
 137    conservationColourSelected = b;\r
 138  }\r
 139 \r
 140   public int getStartRes() {\r
 141     return startRes;\r
 142   }\r
 143 \r
 144   public int getEndRes() {\r
 145     return endRes;\r
 146   }\r
 147 \r
 148   public int getStartSeq() {\r
 149     return startSeq;\r
 150   }\r
 151 \r
 152   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 153   {\r
 154      globalColourScheme = cs;\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 158   {\r
 159     return globalColourScheme;\r
 160   }\r
 161 \r
 162 \r
 163   public void setStartRes(int res) {\r
 164     this.startRes = res;\r
 165   }\r
 166   public void setStartSeq(int seq) {\r
 167     this.startSeq = seq;\r
 168   }\r
 169   public void setEndRes(int res) {\r
 170     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 171       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 172        res = alignment.getWidth() -1;\r
 173     }\r
 174     if (res < 0) {\r
 175       res = 0;\r
 176     }\r
 177     this.endRes = res;\r
 178   }\r
 179   public void setEndSeq(int seq) {\r
 180     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 181       seq = alignment.getHeight();\r
 182     }\r
 183     if (seq < 0) {\r
 184       seq = 0;\r
 185     }\r
 186     this.endSeq = seq;\r
 187   }\r
 188   public int getEndSeq() {\r
 189     return endSeq;\r
 190   }\r
 191 \r
 192   public void setFont(Font f) {\r
 193     font = f;\r
 194     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 195     temp.addNotify();\r
 196     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 197     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 198     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 199   }\r
 200 \r
 201   public Font getFont() {\r
 202     return font;\r
 203   }\r
 204   public void setCharWidth(int w) {\r
 205     this.charWidth = w;\r
 206   }\r
 207   public int getCharWidth() {\r
 208     return charWidth;\r
 209   }\r
 210   public void setCharHeight(int h) {\r
 211     this.charHeight = h;\r
 212   }\r
 213   public int getCharHeight() {\r
 214     return charHeight;\r
 215   }\r
 216   public void setChunkWidth(int w) {\r
 217     this.chunkWidth = w;\r
 218   }\r
 219   public int getChunkWidth() {\r
 220     return chunkWidth;\r
 221   }\r
 222   public void setChunkHeight(int h) {\r
 223     this.chunkHeight = h;\r
 224   }\r
 225   public int getChunkHeight() {\r
 226     return chunkHeight;\r
 227   }\r
 228   public AlignmentI getAlignment() {\r
 229     return alignment;\r
 230   }\r
 231   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 232     this.alignment = align;\r
 233   }\r
 234   public void setShowScores(boolean state) {\r
 235     showScores = state;\r
 236   }\r
 237   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 238     wrapAlignment = state;\r
 239   }\r
 240   public void setShowText(boolean state) {\r
 241     showText = state;\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 245     renderGaps = state;\r
 246     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 247     {\r
 248       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 249       sr.renderGaps(state);\r
 250     }\r
 251   }\r
 252 \r
 253 \r
 254   public boolean getColourText()\r
 255   {\r
 256     return showColourText;\r
 257   }\r
 258 \r
 259   public void setColourText(boolean state)\r
 260   {\r
 261     showColourText = state;\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 265     showBoxes = state;\r
 266   }\r
 267   public boolean getShowScores() {\r
 268     return showScores;\r
 269   }\r
 270   public boolean getWrapAlignment() {\r
 271       return wrapAlignment;\r
 272   }\r
 273   public boolean getShowText() {\r
 274     return showText;\r
 275   }\r
 276   public boolean getShowBoxes() {\r
 277     return showBoxes;\r
 278   }\r
 279  // public CommandParser getCommandLog() {\r
 280  ///   return log;\r
 281  // }\r
 282   public boolean getGroupEdit() {\r
 283     return groupEdit;\r
 284   }\r
 285   public void setGroupEdit(boolean state) {\r
 286     groupEdit = state;\r
 287   }\r
 288   public char getGapCharacter() {\r
 289     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 290   }\r
 291   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 292     if (getAlignment() != null) {\r
 293       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 294     }\r
 295   }\r
 296   public void setThreshold(int thresh) {\r
 297     threshold = thresh;\r
 298   }\r
 299   public int getThreshold() {\r
 300     return threshold;\r
 301   }\r
 302   public void setIncrement(int inc) {\r
 303     increment = inc;\r
 304   }\r
 305   public int getIncrement() {\r
 306     return increment;\r
 307   }\r
 308   public int getIndex(int y) {\r
 309     int y1     = 0;\r
 310     int starty = getStartSeq();\r
 311     int endy   = getEndSeq();\r
 312 \r
 313     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 314       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 315         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 316 \r
 317         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 318           return i;\r
 319         }\r
 320         y1  = y2;\r
 321       } else {\r
 322         return -1;\r
 323       }\r
 324     }\r
 325     return -1;\r
 326   }\r
 327   public Selection getSelection() {\r
 328     return sel;\r
 329   }\r
 330   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 331     return colSel;\r
 332   }\r
 333   public OutputGenerator getOutputGenerator() {\r
 334     return og;\r
 335   }\r
 336   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 337     setStartSeq(0);\r
 338     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 339   }\r
 340   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 341       currentTree = tree;\r
 342   }\r
 343   public NJTree getCurrentTree() {\r
 344     return currentTree;\r
 345   }\r
 346 \r
 347     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 348         this.renderer = rend;\r
 349     }\r
 350 \r
 351     public RendererI getRenderer() {\r
 352         return renderer;\r
 353     }\r
 354     public int getPIDWindow() {\r
 355         return window;\r
 356     }\r
 357     public void setPIDWindow(int window) {\r
 358         this.window = window;\r
 359     }\r
 360 \r
 361     public int getPIDBaseline() {\r
 362         return baseline;\r
 363     }\r
 364     public void setPIDBaseline(int baseline) {\r
 365         this.baseline = baseline;\r
 366     }\r
 367 \r
 368     public void setKmers(Vector kmers) {\r
 369         this.kmers = kmers;\r
 370     }\r
 371 \r
 372     public Vector getKmers() {\r
 373         return this.kmers;\r
 374     }\r
 375 \r
 376 \r
 377 }\r