src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import jalview.io.*;\r
   5 import jalview.analysis.NJTree;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 public class AlignViewport\r
  11 {\r
  12   int startRes;\r
  13   int endRes;\r
  14 \r
  15   int startSeq;\r
  16   int endSeq;\r
  17 \r
  18   boolean showScores=false;\r
  19   boolean showText=true;\r
  20   boolean showColourText=false;\r
  21   boolean showBoxes=true;\r
  22   boolean wrapAlignment=false;\r
  23   boolean renderGaps = true;\r
  24   boolean showSequenceFeatures = true;\r
  25 \r
  26   ColourSchemeI globalColourScheme = null;\r
  27   boolean conservationColourSelected = false;\r
  28 \r
  29   SequenceGroup rubberbandGroup = null;\r
  30 \r
  31   RendererI renderer = new SequenceRenderer(this);\r
  32 \r
  33   int             charHeight;\r
  34   int             charWidth;\r
  35   int             chunkWidth;\r
  36   int             chunkHeight;\r
  37 \r
  38   Font            font = new Font("SansSerif",Font.PLAIN,10);\r
  39   AlignmentI      alignment;\r
  40 \r
  41   Selection       sel    = new Selection(this);\r
  42   ColumnSelection colSel = new ColumnSelection();\r
  43 \r
  44   String visibleConsensus;\r
  45 \r
  46   int threshold;\r
  47   int increment;\r
  48 \r
  49   NJTree currentTree = null;\r
  50 \r
  51 \r
  52   public AlignViewport(AlignmentI da,\r
  53                        boolean showScores,\r
  54                        boolean showText,\r
  55                        boolean showBoxes,\r
  56                        boolean wrapAlignment) {\r
  57     this(0,da.getWidth()-1,0,da.getHeight()-1,showScores,\r
  58          showText,\r
  59          showBoxes,\r
  60          wrapAlignment);\r
  61 \r
  62     setAlignment(da);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public AlignViewport(int startRes, int endRes,\r
  66                        int startSeq, int endSeq,\r
  67                        boolean showScores,\r
  68                        boolean showText,\r
  69                        boolean showBoxes,\r
  70                        boolean wrapAlignment) {\r
  71 \r
  72     this.startRes = startRes;\r
  73     this.endRes   = endRes;\r
  74     this.startSeq = startSeq;\r
  75     this.endSeq   = endSeq;\r
  76 \r
  77     this.showScores    = showScores;\r
  78     this.showText      = showText;\r
  79     this.showBoxes     = showBoxes;\r
  80     this.wrapAlignment = wrapAlignment;\r
  81 \r
  82    // og  = new AlignmentOutputGenerator(this);\r
  83 \r
  84     setFont( font );\r
  85  }\r
  86 \r
  87  public void showSequenceFeatures(boolean b)\r
  88  {\r
  89    showSequenceFeatures = b;\r
  90  }\r
  91 \r
  92   public String getVisibleConsensus()\r
  93   {\r
  94     return visibleConsensus;\r
  95   }\r
  96 \r
  97   Vector consensus = new Vector();\r
  98   public Vector getConsensus(boolean recalculate)\r
  99   {\r
 100     if(recalculate || consensus.size()<1)\r
 101     {\r
 102       consensus = alignment.getAAFrequency();\r
 103       StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 104       Hashtable hash = null;\r
 105       for (int i = 0; i < consensus.size(); i++)\r
 106       {\r
 107         hash = (Hashtable) consensus.elementAt(i);\r
 108         sb.append(hash.get("maxResidue").toString().charAt(0));\r
 109       }\r
 110       visibleConsensus = sb.toString();\r
 111     }\r
 112 \r
 113 \r
 114     return consensus;\r
 115   }\r
 116 \r
 117   public SequenceGroup getRubberbandGroup()\r
 118   {\r
 119     return rubberbandGroup;\r
 120   }\r
 121 \r
 122   public void setRubberbandGroup(SequenceGroup sg)\r
 123   {\r
 124     rubberbandGroup = sg;\r
 125   }\r
 126 \r
 127  public boolean getConservationSelected()\r
 128  {\r
 129    return conservationColourSelected;\r
 130  }\r
 131 \r
 132  public void setConservationSelected(boolean b)\r
 133  {\r
 134    conservationColourSelected = b;\r
 135  }\r
 136 \r
 137   public int getStartRes() {\r
 138     return startRes;\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public int getEndRes() {\r
 142     return endRes;\r
 143   }\r
 144 \r
 145   public int getStartSeq() {\r
 146     return startSeq;\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI cs)\r
 150   {\r
 151      globalColourScheme = cs;\r
 152   }\r
 153 \r
 154   public ColourSchemeI getGlobalColourScheme()\r
 155   {\r
 156     return globalColourScheme;\r
 157   }\r
 158 \r
 159 \r
 160   public void setStartRes(int res) {\r
 161     this.startRes = res;\r
 162   }\r
 163   public void setStartSeq(int seq) {\r
 164     this.startSeq = seq;\r
 165   }\r
 166   public void setEndRes(int res) {\r
 167     if (res > alignment.getWidth()-1) {\r
 168       System.out.println(" Corrected res from " + res + " to maximum " + (alignment.getWidth()-1));\r
 169        res = alignment.getWidth() -1;\r
 170     }\r
 171     if (res < 0) {\r
 172       res = 0;\r
 173     }\r
 174     this.endRes = res;\r
 175   }\r
 176   public void setEndSeq(int seq) {\r
 177     if (seq > alignment.getHeight()) {\r
 178       seq = alignment.getHeight();\r
 179     }\r
 180     if (seq < 0) {\r
 181       seq = 0;\r
 182     }\r
 183     this.endSeq = seq;\r
 184   }\r
 185   public int getEndSeq() {\r
 186     return endSeq;\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void setFont(Font f) {\r
 190     font = f;\r
 191     javax.swing.JFrame temp = new javax.swing.JFrame();\r
 192     temp.addNotify();\r
 193     java.awt.FontMetrics fm = temp.getGraphics().getFontMetrics(font);\r
 194     setCharHeight(fm.getHeight());\r
 195     setCharWidth(fm.charWidth('M'));\r
 196   }\r
 197 \r
 198   public Font getFont() {\r
 199     return font;\r
 200   }\r
 201   public void setCharWidth(int w) {\r
 202     this.charWidth = w;\r
 203   }\r
 204   public int getCharWidth() {\r
 205     return charWidth;\r
 206   }\r
 207   public void setCharHeight(int h) {\r
 208     this.charHeight = h;\r
 209   }\r
 210   public int getCharHeight() {\r
 211     return charHeight;\r
 212   }\r
 213   public void setChunkWidth(int w) {\r
 214     this.chunkWidth = w;\r
 215   }\r
 216   public int getChunkWidth() {\r
 217     return chunkWidth;\r
 218   }\r
 219   public void setChunkHeight(int h) {\r
 220     this.chunkHeight = h;\r
 221   }\r
 222   public int getChunkHeight() {\r
 223     return chunkHeight;\r
 224   }\r
 225   public AlignmentI getAlignment() {\r
 226     return alignment;\r
 227   }\r
 228   public void setAlignment(AlignmentI align) {\r
 229     this.alignment = align;\r
 230   }\r
 231   public void setShowScores(boolean state) {\r
 232     showScores = state;\r
 233   }\r
 234   public void setWrapAlignment(boolean state) {\r
 235     wrapAlignment = state;\r
 236   }\r
 237   public void setShowText(boolean state) {\r
 238     showText = state;\r
 239   }\r
 240 \r
 241   public void setRenderGaps(boolean state){\r
 242     renderGaps = state;\r
 243     if(renderer instanceof SequenceRenderer)\r
 244     {\r
 245       SequenceRenderer sr = (SequenceRenderer)renderer;\r
 246       sr.renderGaps(state);\r
 247     }\r
 248   }\r
 249 \r
 250 \r
 251   public boolean getColourText()\r
 252   {\r
 253     return showColourText;\r
 254   }\r
 255 \r
 256   public void setColourText(boolean state)\r
 257   {\r
 258     showColourText = state;\r
 259   }\r
 260 \r
 261   public void setShowBoxes(boolean state) {\r
 262     showBoxes = state;\r
 263   }\r
 264   public boolean getShowScores() {\r
 265     return showScores;\r
 266   }\r
 267   public boolean getWrapAlignment() {\r
 268       return wrapAlignment;\r
 269   }\r
 270   public boolean getShowText() {\r
 271     return showText;\r
 272   }\r
 273   public boolean getShowBoxes() {\r
 274     return showBoxes;\r
 275   }\r
 276 \r
 277   public char getGapCharacter() {\r
 278     return getAlignment().getGapCharacter();\r
 279   }\r
 280   public void setGapCharacter(char gap) {\r
 281     if (getAlignment() != null) {\r
 282       getAlignment().setGapCharacter(gap);\r
 283     }\r
 284   }\r
 285   public void setThreshold(int thresh) {\r
 286     threshold = thresh;\r
 287   }\r
 288   public int getThreshold() {\r
 289     return threshold;\r
 290   }\r
 291   public void setIncrement(int inc) {\r
 292     increment = inc;\r
 293   }\r
 294   public int getIncrement() {\r
 295     return increment;\r
 296   }\r
 297   public int getIndex(int y) {\r
 298     int y1     = 0;\r
 299     int starty = getStartSeq();\r
 300     int endy   = getEndSeq();\r
 301 \r
 302     for (int i = starty; i <= endy; i++) {\r
 303       if (i < alignment.getHeight() && alignment.getSequenceAt(i) != null) {\r
 304         int y2 = y1 + getCharHeight();\r
 305 \r
 306         if (y>=y1 && y <=y2) {\r
 307           return i;\r
 308         }\r
 309         y1  = y2;\r
 310       } else {\r
 311         return -1;\r
 312       }\r
 313     }\r
 314     return -1;\r
 315   }\r
 316   public Selection getSelection() {\r
 317     return sel;\r
 318   }\r
 319   public ColumnSelection getColumnSelection() {\r
 320     return colSel;\r
 321   }\r
 322 \r
 323   public void resetSeqLimits(int height) {\r
 324     setStartSeq(0);\r
 325     setEndSeq(height/getCharHeight());\r
 326   }\r
 327   public void setCurrentTree(NJTree tree) {\r
 328       currentTree = tree;\r
 329   }\r
 330   public NJTree getCurrentTree() {\r
 331     return currentTree;\r
 332   }\r
 333 \r
 334     public void setRenderer(RendererI rend) {\r
 335         this.renderer = rend;\r
 336     }\r
 337 \r
 338     public RendererI getRenderer() {\r
 339         return renderer;\r
 340     }\r
 341 \r
 342 }\r