ensure lastSeq is refreshed if new feature added
[jalview.git] / src / jalview / gui / AlignmentPanel.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.jbgui.*;\r
24 \r
25 import jalview.schemes.*;\r
26 \r
27 import java.awt.*;\r
28 import java.awt.event.*;\r
29 import java.awt.print.*;\r
30 import java.io.*;\r
31 import javax.swing.*;\r
32 import java.beans.*;\r
33 \r
34 \r
35 \r
36 /**\r
37  * DOCUMENT ME!\r
38  *\r
39  * @author $author$\r
40  * @version $Revision$\r
41  */\r
42 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
43     implements AdjustmentListener, Printable\r
44 {\r
45   public AlignViewport av;\r
46   OverviewPanel overviewPanel;\r
47   SeqPanel seqPanel;\r
48   IdPanel idPanel;\r
49   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
50 \r
51   /** DOCUMENT ME!! */\r
52   public AlignFrame alignFrame;\r
53   ScalePanel scalePanel;\r
54   AnnotationPanel annotationPanel;\r
55   AnnotationLabels alabels;\r
56 \r
57   // this value is set false when selection area being dragged\r
58   boolean fastPaint = true;\r
59   int hextent = 0;\r
60   int vextent = 0;\r
61 \r
62   /**\r
63    * Creates a new AlignmentPanel object.\r
64    *\r
65    * @param af DOCUMENT ME!\r
66    * @param av DOCUMENT ME!\r
67    */\r
68   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
69   {\r
70     alignFrame = af;\r
71     this.av = av;\r
72     seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
73     idPanel = new IdPanel(av, this);\r
74 \r
75     scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
76 \r
77     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
78     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
79     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
80 \r
81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
82     alabels = new AnnotationLabels(this);\r
83 \r
84     annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
85     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
86 \r
87     fontChanged();\r
88 \r
89     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
90    seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
91 \r
92     setScrollValues(0, 0);\r
93 \r
94     setAnnotationVisible(av.getShowAnnotation());\r
95 \r
96     hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
97     vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
98 \r
99     final AlignmentPanel ap = this;\r
100     av.addPropertyChangeListener(new PropertyChangeListener()\r
101     {\r
102       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)\r
103       {\r
104         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))\r
105         {\r
106           PaintRefresher.Refresh(ap,\r
107                                  av.getSequenceSetId(),\r
108                                  true,\r
109                                  true);\r
110           alignmentChanged();\r
111         }\r
112       }\r
113       });\r
114 \r
115     adjustAnnotationHeight();\r
116 \r
117   }\r
118 \r
119   public void alignmentChanged()\r
120   {\r
121     av.alignmentChanged(this);\r
122 \r
123     if (overviewPanel != null)\r
124       overviewPanel.updateOverviewImage();\r
125 \r
126     alignFrame.updateEditMenuBar();\r
127 \r
128     repaint();\r
129   }\r
130 \r
131 \r
132 \r
133   /**\r
134    * DOCUMENT ME!\r
135    */\r
136   public void fontChanged()\r
137   {\r
138     // set idCanvas bufferedImage to null\r
139     // to prevent drawing old image\r
140     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
141 \r
142     scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
143         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
144     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
145         av.charHeight + fm.getDescent()));\r
146 \r
147     idPanel.idCanvas.gg = null;\r
148     seqPanel.seqCanvas.img = null;\r
149     annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
150 \r
151     Dimension d = calculateIdWidth();\r
152     d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
153     idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
154     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
155 \r
156     if (overviewPanel != null)\r
157       overviewPanel.setBoxPosition();\r
158 \r
159     repaint();\r
160   }\r
161 \r
162   /**\r
163    * DOCUMENT ME!\r
164    *\r
165    * @return DOCUMENT ME!\r
166    */\r
167   public Dimension calculateIdWidth()\r
168   {\r
169     Container c = new Container();\r
170 \r
171     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(\r
172       new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));\r
173 \r
174     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
175 \r
176     int i = 0;\r
177     int idWidth = 0;\r
178     String id;\r
179 \r
180     while ( (i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
181     {\r
182       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
183 \r
184       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
185 \r
186       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
187       {\r
188         idWidth = fm.stringWidth(id);\r
189       }\r
190 \r
191       i++;\r
192     }\r
193 \r
194     // Also check annotation label widths\r
195     i = 0;\r
196 \r
197     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
198     {\r
199       fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
200 \r
201       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
202       {\r
203         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
204 \r
205         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
206         {\r
207           idWidth = fm.stringWidth(label);\r
208         }\r
209 \r
210         i++;\r
211       }\r
212     }\r
213 \r
214     return new Dimension(idWidth, 12);\r
215   }\r
216 \r
217   /**\r
218    * DOCUMENT ME!\r
219    *\r
220    * @param results DOCUMENT ME!\r
221    */\r
222   public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
223   {\r
224     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
225 \r
226     // do we need to scroll the panel?\r
227     if (results != null)\r
228     {\r
229       SequenceI seq = results.getResultSequence(0);\r
230       int seqIndex = av.alignment.findIndex(seq);\r
231       int start = seq.findIndex(results.getResultStart(0)) - 1;\r
232       int end = seq.findIndex(results.getResultEnd(0)) - 1;\r
233 \r
234       if(!av.wrapAlignment)\r
235       {\r
236         if ( (av.getStartRes() > end)  || (av.getEndRes() < start) ||\r
237            ( (av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))\r
238         {\r
239           setScrollValues(start, seqIndex);\r
240         }\r
241       }\r
242       else\r
243       {\r
244         scrollToWrappedVisible(start);\r
245       }\r
246     }\r
247   }\r
248 \r
249   void scrollToWrappedVisible(int res)\r
250   {\r
251     int cwidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
252     if( res<=av.getStartRes() || res>=(av.getStartRes()+cwidth) )\r
253     {\r
254       vscroll.setValue(res / cwidth);\r
255       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;\r
256     }\r
257   }\r
258 \r
259   /**\r
260    * DOCUMENT ME!\r
261    *\r
262    * @return DOCUMENT ME!\r
263    */\r
264   public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
265   {\r
266     return overviewPanel;\r
267   }\r
268 \r
269   /**\r
270    * DOCUMENT ME!\r
271    *\r
272    * @param op DOCUMENT ME!\r
273    */\r
274   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
275   {\r
276     overviewPanel = op;\r
277   }\r
278 \r
279   /**\r
280    * DOCUMENT ME!\r
281    *\r
282    * @param b DOCUMENT ME!\r
283    */\r
284   public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
285   {\r
286     if (!av.wrapAlignment)\r
287     {\r
288       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
289       annotationScroller.setVisible(b);\r
290     }\r
291     repaint();\r
292   }\r
293 \r
294   public void adjustAnnotationHeight()\r
295   {\r
296     if (alignFrame.getHeight() == 0)\r
297     {\r
298       System.out.println("NEEDS FIXING");\r
299     }\r
300 \r
301     int height = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
302 \r
303     if (height > alignFrame.getHeight() / 2)\r
304     {\r
305       height = alignFrame.getHeight() / 2;\r
306     }\r
307 \r
308     annotationScroller.setPreferredSize(\r
309         new Dimension(annotationScroller.getWidth(),\r
310                       height));\r
311 \r
312     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(\r
313         annotationSpaceFillerHolder.getWidth(),\r
314         height));\r
315 \r
316     repaint();\r
317   }\r
318 \r
319   /**\r
320    * DOCUMENT ME!\r
321    *\r
322    * @param wrap DOCUMENT ME!\r
323    */\r
324   public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
325   {\r
326     av.startSeq = 0;\r
327     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
328     hscroll.setVisible(!wrap);\r
329     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
330 \r
331     if (wrap)\r
332     {\r
333       annotationScroller.setVisible(false);\r
334       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);\r
335     }\r
336     else if (av.showAnnotation)\r
337     {\r
338       annotationScroller.setVisible(true);\r
339       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);\r
340     }\r
341 \r
342     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
343 \r
344     repaint();\r
345   }\r
346 \r
347   // return value is true if the scroll is valid\r
348   public boolean scrollUp(boolean up)\r
349   {\r
350     if (up)\r
351     {\r
352       if (vscroll.getValue() < 1)\r
353       {\r
354         return false;\r
355       }\r
356 \r
357       fastPaint = false;\r
358       vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
359     }\r
360     else\r
361     {\r
362       if ( (vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
363       {\r
364         return false;\r
365       }\r
366 \r
367       fastPaint = false;\r
368       vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
369     }\r
370 \r
371     fastPaint = true;\r
372 \r
373     return true;\r
374   }\r
375 \r
376   /**\r
377    * DOCUMENT ME!\r
378    *\r
379    * @param right DOCUMENT ME!\r
380    *\r
381    * @return DOCUMENT ME!\r
382    */\r
383   public boolean scrollRight(boolean right)\r
384   {\r
385     if (!right)\r
386     {\r
387       if (hscroll.getValue() < 1)\r
388       {\r
389         return false;\r
390       }\r
391 \r
392       fastPaint = false;\r
393       hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
394     }\r
395     else\r
396     {\r
397       if ( (hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
398       {\r
399         return false;\r
400       }\r
401 \r
402       fastPaint = false;\r
403       hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
404     }\r
405 \r
406     fastPaint = true;\r
407 \r
408     return true;\r
409   }\r
410 \r
411   /**\r
412    * DOCUMENT ME!\r
413    *\r
414    * @param x DOCUMENT ME!\r
415    * @param y DOCUMENT ME!\r
416    */\r
417   public void setScrollValues(int x, int y)\r
418   {\r
419 \r
420     int width = av.alignment.getWidth();\r
421     int height = av.alignment.getHeight();\r
422 \r
423     if(av.hasHiddenColumns)\r
424      width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);\r
425 \r
426     av.setEndRes( (x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth)) -1);\r
427 \r
428     hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
429     vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
430 \r
431     if (hextent > width)\r
432     {\r
433       hextent = width;\r
434     }\r
435 \r
436     if (vextent > height)\r
437     {\r
438       vextent = height;\r
439     }\r
440 \r
441     if ( (hextent + x) > width)\r
442     {\r
443       x = width - hextent;\r
444     }\r
445 \r
446     if ( (vextent + y) > height)\r
447     {\r
448       y = height - vextent;\r
449     }\r
450 \r
451     if (y < 0)\r
452     {\r
453       y = 0;\r
454     }\r
455 \r
456     if (x < 0)\r
457     {\r
458       x = 0;\r
459     }\r
460 \r
461     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);\r
462     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);\r
463   }\r
464 \r
465   /**\r
466    * DOCUMENT ME!\r
467    *\r
468    * @param evt DOCUMENT ME!\r
469    */\r
470   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
471   {\r
472 \r
473     int oldX = av.getStartRes();\r
474     int oldY = av.getStartSeq();\r
475 \r
476     if (evt.getSource() == hscroll)\r
477     {\r
478       int x = hscroll.getValue();\r
479       av.setStartRes(x);\r
480       av.setEndRes( (x +\r
481                      (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
482     }\r
483 \r
484     if (evt.getSource() == vscroll)\r
485     {\r
486       int offy = vscroll.getValue();\r
487 \r
488       if (av.getWrapAlignment())\r
489       {\r
490         if(offy>-1)\r
491         {\r
492           int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.\r
493               seqCanvas.getWidth());\r
494           av.setStartRes(offy * rowSize);\r
495           av.setEndRes( (offy + 1) * rowSize);\r
496         }\r
497         else\r
498         {\r
499           //This is only called if file loaded is a jar file that\r
500           //was wrapped when saved and user has wrap alignment true\r
501           //as preference setting\r
502           SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
503               {\r
504                 public void run()\r
505                 {\r
506                   setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
507                 }\r
508               });\r
509         }\r
510       }\r
511       else\r
512       {\r
513         av.setStartSeq(offy);\r
514         av.setEndSeq(offy +\r
515                      (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
516       }\r
517     }\r
518 \r
519     if (overviewPanel != null)\r
520     {\r
521       overviewPanel.setBoxPosition();\r
522     }\r
523 \r
524     int scrollX = av.startRes - oldX;\r
525     int scrollY = av.startSeq - oldY;\r
526 \r
527     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
528     {\r
529       repaint();\r
530     }\r
531     else\r
532     {\r
533       // Make sure we're not trying to draw a panel\r
534       // larger than the visible window\r
535       if(scrollX>av.endRes-av.startRes)\r
536         scrollX = av.endRes-av.startRes;\r
537       else if(scrollX<av.startRes-av.endRes)\r
538         scrollX = av.startRes - av.endRes;\r
539 \r
540       if(scrollX!=0 || scrollY!=0)\r
541       {\r
542         idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);\r
543         seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX,\r
544                                      scrollY);\r
545         scalePanel.repaint();\r
546 \r
547         if (av.getShowAnnotation())\r
548         {\r
549           annotationPanel.fastPaint(scrollX);\r
550         }\r
551       }\r
552     }\r
553   }\r
554 \r
555   /**\r
556    * DOCUMENT ME!\r
557    *\r
558    * @param g DOCUMENT ME!\r
559    */\r
560   public void paintComponent(Graphics g)\r
561   {\r
562     invalidate();\r
563 \r
564     Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
565     idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
566     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
567     validate();\r
568 \r
569     if (av.getWrapAlignment())\r
570     {\r
571       int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
572 \r
573       if (av.hasHiddenColumns)\r
574         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
575 \r
576       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
577             if(canvasWidth>0)\r
578       {\r
579         int max = maxwidth /\r
580             seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.\r
581             getWidth()) +\r
582             1;\r
583         vscroll.setMaximum(max);\r
584         vscroll.setUnitIncrement(1);\r
585         vscroll.setVisibleAmount(1);\r
586       }\r
587     }\r
588     else\r
589     {\r
590       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
591     }\r
592 \r
593     if( this.getVisibleRect().getBounds() == g.getClipBounds()\r
594         && overviewPanel != null)\r
595         overviewPanel.updateOverviewImage();\r
596   }\r
597 \r
598   /**\r
599    * DOCUMENT ME!\r
600    *\r
601    * @param pg DOCUMENT ME!\r
602    * @param pf DOCUMENT ME!\r
603    * @param pi DOCUMENT ME!\r
604    *\r
605    * @return DOCUMENT ME!\r
606    *\r
607    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
608    */\r
609   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
610       throws PrinterException\r
611   {\r
612     pg.translate( (int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
613 \r
614     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
615     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
616 \r
617     if (av.getWrapAlignment())\r
618     {\r
619       return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
620     }\r
621     else\r
622     {\r
623       return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
624     }\r
625   }\r
626 \r
627   /**\r
628    * DOCUMENT ME!\r
629    *\r
630    * @param pg DOCUMENT ME!\r
631    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
632    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
633    * @param pi DOCUMENT ME!\r
634    *\r
635    * @return DOCUMENT ME!\r
636    *\r
637    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
638    */\r
639   public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
640       throws PrinterException\r
641   {\r
642     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
643     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
644     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
645 \r
646     pg.setColor(Color.white);\r
647     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
648     pg.setFont(av.getFont());\r
649 \r
650     ////////////////////////////////////\r
651     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
652     int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
653 \r
654     int totalSeq = (int) ( (pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
655         1;\r
656 \r
657     int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
658 \r
659     /////////////////////////////\r
660     /// Only print these sequences and residues on this page\r
661     int startRes;\r
662 \r
663     /////////////////////////////\r
664     /// Only print these sequences and residues on this page\r
665     int endRes;\r
666 \r
667     /////////////////////////////\r
668     /// Only print these sequences and residues on this page\r
669     int startSeq;\r
670 \r
671     /////////////////////////////\r
672     /// Only print these sequences and residues on this page\r
673     int endSeq;\r
674     startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
675     endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
676 \r
677     if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
678     {\r
679       endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
680     }\r
681 \r
682     startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
683     endSeq = startSeq + totalSeq;\r
684 \r
685     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
686     {\r
687       endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
688     }\r
689 \r
690     int pagesHigh = ( (av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
691 \r
692     if (av.showAnnotation)\r
693     {\r
694       pagesHigh += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
695     }\r
696 \r
697     pagesHigh /= pheight;\r
698 \r
699     if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
700     {\r
701       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
702     }\r
703 \r
704     //draw Scale\r
705     pg.translate(idWidth, 0);\r
706     scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
707     pg.translate( -idWidth, scaleHeight);\r
708 \r
709     ////////////////\r
710     // Draw the ids\r
711     Color currentColor = null;\r
712     Color currentTextColor = null;\r
713 \r
714     pg.setFont(new Font(av.getFont().getName(),\r
715                         Font.ITALIC,\r
716                         av.getFont().getSize()));\r
717     SequenceI seq;\r
718     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
719     {\r
720       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
721       if ( (av.getSelectionGroup() != null) &&\r
722           av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(seq))\r
723       {\r
724         currentColor = Color.gray;\r
725         currentTextColor = Color.black;\r
726       }\r
727       else\r
728       {\r
729         currentColor = av.getSequenceColour(seq);\r
730         currentTextColor = Color.black;\r
731       }\r
732 \r
733       pg.setColor(currentColor);\r
734       pg.fillRect(0, (i - startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
735                   av.getCharHeight());\r
736 \r
737       pg.setColor(currentTextColor);\r
738 \r
739       int xPos = 0;\r
740       if (av.rightAlignIds)\r
741       {\r
742         fm = pg.getFontMetrics();\r
743         xPos = idWidth - fm.stringWidth(\r
744             seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix())\r
745             ) - 4;\r
746       }\r
747 \r
748       pg.drawString(seq.getDisplayId( av.getShowJVSuffix()),\r
749                     xPos,\r
750                     ( ( (i - startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
751                     (av.getCharHeight() / 5));\r
752     }\r
753 \r
754     pg.setFont(av.getFont());\r
755 \r
756     // draw main sequence panel\r
757     pg.translate(idWidth, 0);\r
758     seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);\r
759 \r
760     if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
761     {\r
762       pg.translate( -idWidth-3, (endSeq - startSeq) * av.charHeight + 3);\r
763       alabels.drawComponent( (Graphics2D) pg, idWidth);\r
764       pg.translate(idWidth+3, 0);\r
765       annotationPanel.drawComponent( (Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
766                                     1);\r
767     }\r
768 \r
769     return Printable.PAGE_EXISTS;\r
770   }\r
771 \r
772   /**\r
773    * DOCUMENT ME!\r
774    *\r
775    * @param pg DOCUMENT ME!\r
776    * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
777    * @param pheight DOCUMENT ME!\r
778    * @param pi DOCUMENT ME!\r
779    *\r
780    * @return DOCUMENT ME!\r
781    *\r
782    * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
783    */\r
784   public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
785                                    int pi)\r
786       throws PrinterException\r
787   {\r
788 \r
789     int annotationHeight = 0;\r
790     AnnotationLabels labels = null;\r
791     if (av.showAnnotation)\r
792     {\r
793       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
794       labels = new AnnotationLabels(av);\r
795     }\r
796 \r
797     int hgap = av.charHeight;\r
798     if (av.scaleAboveWrapped)\r
799       hgap += av.charHeight;\r
800 \r
801     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
802         + hgap\r
803         + annotationHeight;\r
804 \r
805     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
806 \r
807     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
808     if (av.hasHiddenColumns)\r
809       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
810 \r
811 \r
812     int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
813         idWidth);\r
814 \r
815     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);\r
816 \r
817     pg.setColor(Color.white);\r
818     pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
819     pg.setFont(av.getFont());\r
820 \r
821     ////////////////\r
822     // Draw the ids\r
823     pg.setColor(Color.black);\r
824 \r
825     pg.translate(0, -pi * pheight);\r
826 \r
827     pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
828 \r
829     int ypos = hgap;\r
830     Font italic = new Font(av.getFont().getName(), Font.ITALIC,\r
831                            av.getFont().getSize());\r
832     pg.setFont(italic);\r
833 \r
834     do\r
835     {\r
836       for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
837       {\r
838         SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
839         String string = s.getDisplayId( av.getShowJVSuffix());\r
840         int xPos = 0;\r
841         if (av.rightAlignIds)\r
842         {\r
843           FontMetrics fm = getFontMetrics(italic);\r
844           xPos = idWidth - fm.stringWidth( string ) - 4;\r
845         }\r
846         pg.drawString(string, xPos,\r
847                       ( (i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
848                       (av.charHeight / 5));\r
849       }\r
850       if (labels != null)\r
851       {\r
852         pg.translate(-3,\r
853                      ypos +\r
854                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
855 \r
856         pg.setFont(av.getFont());\r
857         labels.drawComponent(pg, idWidth);\r
858         pg.setFont(italic);\r
859         pg.translate(+3,\r
860                      -ypos -\r
861                      (av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight));\r
862       }\r
863 \r
864       ypos += cHeight;\r
865     }\r
866     while (ypos < totalHeight);\r
867 \r
868     pg.translate(idWidth, 0);\r
869 \r
870     seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
871 \r
872     if ( (pi * pheight) < totalHeight)\r
873     {\r
874       return Printable.PAGE_EXISTS;\r
875 \r
876     }\r
877     else\r
878     {\r
879       return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
880     }\r
881   }\r
882 \r
883   int getVisibleIdWidth()\r
884   {\r
885     return\r
886         idPanel.getWidth() > 0 ? idPanel.getWidth() :\r
887         calculateIdWidth().width + 4;\r
888   }\r
889 \r
890   void makeAlignmentImage(int type, File file)\r
891   {\r
892     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
893     if (av.hasHiddenColumns)\r
894       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth);\r
895 \r
896     int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
897     int width = getVisibleIdWidth() + (maxwidth * av.charWidth);\r
898 \r
899     if (av.getWrapAlignment())\r
900     {\r
901       height = getWrappedHeight();\r
902       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
903           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
904       {\r
905         width = alignFrame.getWidth() - 22;\r
906       }\r
907       else\r
908         width = seqPanel.getWidth() + getVisibleIdWidth();\r
909 \r
910     }\r
911     else if (av.getShowAnnotation())\r
912     {\r
913       height += annotationPanel.adjustPanelHeight() + 3;\r
914     }\r
915 \r
916     try\r
917     {\r
918 \r
919     jalview.util.ImageMaker im;\r
920     if(type==jalview.util.ImageMaker.PNG)\r
921       im  = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
922                                         jalview.util.ImageMaker.PNG,\r
923                                         "Create PNG image from alignment",\r
924                                         width, height, file, null);\r
925     else\r
926       im = new jalview.util.ImageMaker(this,\r
927                                         jalview.util.ImageMaker.EPS,\r
928                                        "Create EPS file from alignment",\r
929                                         width, height, file, alignFrame.getTitle() );\r
930 \r
931       if (av.getWrapAlignment())\r
932       {\r
933         if(im.getGraphics()!=null)\r
934         {\r
935           printWrappedAlignment(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
936           im.writeImage();\r
937         }\r
938       }\r
939       else\r
940       {\r
941         if(im.getGraphics()!=null)\r
942         {\r
943           printUnwrapped(im.getGraphics(), width, height, 0);\r
944           im.writeImage();\r
945         }\r
946       }\r
947     }\r
948     catch (OutOfMemoryError err)\r
949     {\r
950       System.out.println("########################\n"\r
951                          + "OUT OF MEMORY " + file + "\n"\r
952                          + "########################");\r
953 \r
954       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
955                                             "Out of Memory Creating Image!!"\r
956                                             +\r
957                                             "\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory."\r
958                                             , "Out of memory",\r
959                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
960       System.out.println("Create IMAGE: " + err);\r
961       System.gc();\r
962 \r
963     }\r
964     catch (Exception ex)\r
965     {\r
966       ex.printStackTrace();\r
967     }\r
968   }\r
969   /**\r
970    * DOCUMENT ME!\r
971    */\r
972   public void makeEPS(File epsFile)\r
973   {\r
974     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.EPS, epsFile);\r
975   }\r
976 \r
977   /**\r
978    * DOCUMENT ME!\r
979    */\r
980   public void makePNG(File pngFile)\r
981   {\r
982     makeAlignmentImage(jalview.util.ImageMaker.PNG, pngFile);\r
983   }\r
984 \r
985   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
986   {\r
987     ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
988     //////////////////////////////////////////////\r
989     int idWidth = getVisibleIdWidth();\r
990     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
991     int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
992 \r
993     // Gen image map\r
994     //////////////////////////////////\r
995     if (imgMapFile != null)\r
996     {\r
997       try\r
998       {\r
999         int s, sSize = av.alignment.getHeight(),\r
1000             res, alwidth = av.alignment.getWidth(), g, gSize, f, fSize, sy;\r
1001         StringBuffer text = new StringBuffer();\r
1002         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
1003         out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
1004         out.println("<img src=\"" + imageName +\r
1005                     "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
1006                     + "<map name=\"Map\">");\r
1007 \r
1008         for (s = 0; s < sSize; s++)\r
1009         {\r
1010           sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
1011 \r
1012           SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
1013           SequenceFeature [] features = seq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
1014           SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
1015           for(res =0; res<alwidth; res++)\r
1016           {\r
1017             text = new StringBuffer();\r
1018             Object obj = null;\r
1019             if(av.alignment.isNucleotide())\r
1020               obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(seq.getCharAt(res)+"" );\r
1021             else\r
1022               obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
1023                     seq.getCharAt(res) + "");\r
1024 \r
1025               if (obj == null)\r
1026                   continue;\r
1027 \r
1028             String triplet = obj.toString();\r
1029             int alIndex = seq.findPosition(res);\r
1030             gSize = groups.length;\r
1031             for (g = 0; g < gSize; g++)\r
1032             {\r
1033               if(text.length()<1)\r
1034               {\r
1035                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1036                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1037                   + sy + ","\r
1038                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1039                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1040                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1041                   + alIndex + " " + triplet );\r
1042               }\r
1043 \r
1044               if(groups[g].getStartRes()<res && groups[g].getEndRes()>res)\r
1045                 text.append("<br><em>" + groups[g].getName() + "</em>");\r
1046             }\r
1047 \r
1048             if (features != null)\r
1049             {\r
1050               if(text.length()<1)\r
1051               {\r
1052                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\""\r
1053                   + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
1054                   + sy + ","\r
1055                   + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
1056                   + (av.charHeight + sy) + "\""\r
1057                   + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
1058                   + alIndex + " " + triplet );\r
1059               }\r
1060                 fSize = features.length;\r
1061                 for (f = 0; f < fSize; f++)\r
1062                 {\r
1063 \r
1064                   if ( (features[f].getBegin() <= seq.findPosition(res)) &&\r
1065                       (features[f].getEnd() >= seq.findPosition(res)))\r
1066                   {\r
1067                     if (features[f].getType().equals("disulfide bond"))\r
1068                     {\r
1069                       if (features[f].getBegin() == seq.findPosition(res)\r
1070                           || features[f].getEnd() == seq.findPosition(res))\r
1071                       {\r
1072                         text.append("<br>disulfide bond " + features[f].getBegin() + ":" +\r
1073                                        features[f].getEnd());\r
1074                       }\r
1075                     }\r
1076                     else\r
1077                     {\r
1078                       text.append("<br>");\r
1079                       text.append(features[f].getType());\r
1080                       if (features[f].getDescription() != null && !features[f].getType().equals(features[f].getDescription()))\r
1081                         text.append(" " + features[f].getDescription());\r
1082 \r
1083                       if (features[f].getValue("status") != null )\r
1084                       {\r
1085                         text.append(" (" + features[f].getValue("status") + ")");\r
1086                       }\r
1087                     }\r
1088                   }\r
1089 \r
1090                 }\r
1091               }\r
1092               if(text.length()>1)\r
1093               {\r
1094                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");\r
1095                 out.println(text.toString());\r
1096               }\r
1097             }\r
1098           }\r
1099         out.println("</map></body></html>");\r
1100         out.close();\r
1101 \r
1102       }\r
1103       catch (Exception ex)\r
1104       {\r
1105         ex.printStackTrace();\r
1106       }\r
1107     } ///////////END OF IMAGE MAP\r
1108 \r
1109   }\r
1110 \r
1111   int getWrappedHeight()\r
1112   {\r
1113     int seqPanelWidth = seqPanel.seqCanvas.getWidth();\r
1114 \r
1115     //If headless, seqPanel will have 0 width\r
1116     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
1117               && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
1118     {\r
1119       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth();\r
1120     }\r
1121 \r
1122     int chunkWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(\r
1123         seqPanelWidth\r
1124           );\r
1125 \r
1126     int hgap = av.charHeight;\r
1127     if (av.scaleAboveWrapped)\r
1128       hgap += av.charHeight;\r
1129 \r
1130     int annotationHeight = 0;\r
1131     if (av.showAnnotation)\r
1132     {\r
1133       annotationHeight = annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
1134     }\r
1135 \r
1136     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
1137         + hgap\r
1138         + annotationHeight;\r
1139 \r
1140     int maxwidth = av.alignment.getWidth();\r
1141     if (av.hasHiddenColumns)\r
1142       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;\r
1143 \r
1144 \r
1145     int height = ( (maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;\r
1146 \r
1147     return height;\r
1148   }\r
1149 \r
1150   /**\r
1151    * DOCUMENT ME!\r
1152    *\r
1153    * @author $author$\r
1154    * @version $Revision$\r
1155    */\r
1156   class Preview\r
1157       extends JFrame\r
1158   {\r
1159     /**\r
1160      * Creates a new Preview object.\r
1161      *\r
1162      * @param image DOCUMENT ME!\r
1163      */\r
1164     public Preview(Image image)\r
1165     {\r
1166       setResizable(true);\r
1167       setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1168       setVisible(true);\r
1169       getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1170       getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1171       validate();\r
1172       repaint();\r
1173     }\r
1174   }\r
1175 \r
1176   /**\r
1177    * DOCUMENT ME!\r
1178    *\r
1179    * @author $author$\r
1180    * @version $Revision$\r
1181    */\r
1182   class PreviewPanel\r
1183       extends JPanel\r
1184   {\r
1185     Image image;\r
1186 \r
1187     /**\r
1188      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1189      *\r
1190      * @param image DOCUMENT ME!\r
1191      */\r
1192     public PreviewPanel(Image image)\r
1193     {\r
1194       this.image = image;\r
1195     }\r
1196 \r
1197     /**\r
1198      * DOCUMENT ME!\r
1199      *\r
1200      * @param g DOCUMENT ME!\r
1201      */\r
1202     public void paintComponent(Graphics g)\r
1203     {\r
1204       if (image != null)\r
1205       {\r
1206         g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1207       }\r
1208       else\r
1209       {\r
1210         System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1211       }\r
1212     }\r
1213   }\r
1214 }\r